View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4523_low_1 (Length: 755)

Name: NF4523_low_1
Description: NF4523
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4523_low_1
NF4523_low_1
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (11-739)||(53422740-53423467)
chr3 (412-739)||(48374786-48375113)
chr3 (412-739)||(53430703-53431030)
chr3 (414-716)||(26095113-26095415)
chr3 (409-717)||(53307565-53307873)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 53423467 - 53422740
Alignment:
Q  11 catcatcacctctggttagacttttcatatttatacaaaatgtgaataatcaatttaatctcaatgattagttcactttacctttgaaaatttctaaaac 110  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53423467 catcatgacctctggatagacttttcatatttatacaaaatgtgaataatcaatttaatctcaatgattagttcactttacctttgaaaatttctaaaac 53423368  T
Q  111 agttcttgaaattaaaaattatcaaccatattaaccattttaggtcaattgatttagtttctaaacatgataaaacttaagtgtggtgctttagacactg 210  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53423367 agttcttgaaattaaaaatgatcaaccatattaaccattttaggtcgattgatttagtttctaaacatgataaaacttaagtgtggtgctttagacactg 53423268  T
Q  211 ttttcctactttatcaactaacaagatggtaattaaattgtcaaatttatggagactgatgtgataaaagattttattttataaatcattttgaattttt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53423267 ttttcctactttatcaactaacaagatggtaattaaattgtcaaatttatggagactgatgtgataaaagattttattttataaatcattttgaattttt 53423168  T
Q  311 taagtttcaaaagtaaaattgtctaaccaaaacaatatttcacaaattaaattgataactcactcaaatcaatgtcaataaatagtactcatcaactcct 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53423167 taagtttcaaaagtaaaattgtctaaccaaaaca--atttcacaaattaaattgataactcactcaaatcaatgtcaataaatagtactcatcaactcct 53423070  T
Q  411 atttttcaaaatgcagcaactcaaattaacaatatgaaggatcccattacaacggatttagggtcaattgccacaccttatgactatggagcaggggaaa 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53423069 atttttcaaaatgcagcaactcaaattaacaatatgaaggatcccattacaacggatttagggtcaattgccacaccttatgactatggagcaggggaaa 53422970  T
Q  511 ttacaatatctgaatcattccaaccagggctagtttttgaaaccagcaccattgactacttgaactacttgtgttacctaggatacaatacaa-ccacaa 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53422969 ttacaatatctgaatcattccaaccagggctagtttatgaaaccagcaccattgactacttgaactacttgtgttacctaggatacaatacaacccacaa 53422870  T
Q  610 ttaaggctatctcaaaaaccgtccctggtagtttcagttgccctaaggattcaactcctgatcatatttccaatatcaactatccttcaatagcaatctc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53422869 ttaaggctatctcaaaaaccgtccctggtagtttcagttgccctaaggattcaactcctgatcatatttccaatatcaactatccttcaatagcaatctc 53422770  T
Q  710 caacttcactgggagaggaagtgtgaatgt 739  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53422769 caacttcactgggagaggaagtgtgaatgt 53422740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 412 - 739
Target Start/End: Original strand, 48374786 - 48375113
Alignment:
Q  412 tttttcaaaatgcagcaactcaaattaacaatatgaaggatcccattacaacggatttagggtcaattgccacaccttatgactatggagcaggggaaat 511  Q
    |||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  48374786 tttttcgatatgcagcaacacaaattaataatatgaaggctcccattactacagatttagggtcagttgccacaccttatgactatggagcaggggacat 48374885  T
Q  512 tacaatatctgaatcattccaaccagggctagtttttgaaaccagcaccattgactacttgaactacttgtgttacctaggatacaatacaaccacaatt 611  Q
     |||| |  |||||||||||||||||| || |||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||    
T  48374886 aacaacaattgaatcattccaaccaggtctcgtttatgaaactagcaccattgactacttgaattacttgtgttacataggatacaacacaaccactatt 48374985  T
Q  612 aaggctatctcaaaaaccgtccctggtagtttcagttgccctaaggattcaactcctgatcatatttccaatatcaactatccttcaatagcaatctcca 711  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||| || |||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  48374986 aaggttatttcaaaaactgtccctgatactttcaactgccccaaggaatcaactcctgatcatatttccaatatcaattatccttccatagcaatttcca 48375085  T
Q  712 acttcactgggagaggaagtgtgaatgt 739  Q
    |||||||||||| || || |||||||||    
T  48375086 acttcactgggaaagaaactgtgaatgt 48375113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 412 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 53431030 - 53430703
Alignment:
Q  412 tttttcaaaatgcagcaactcaaattaacaatatgaaggatcccattacaacggatttagggtcaattgccacaccttatgactatggagcaggggaaat 511  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53431030 tttttctaaattcagcaactcaagttaacaacttgaaggatcccattacaacagatttagggtcgattgccacaccttatgactatggagcaggtgaaat 53430931  T
Q  512 tacaatatctgaatcattccaaccagggctagtttttgaaaccagcaccattgactacttgaactacttgtgttacctaggatacaatacaaccacaatt 611  Q
     |||  | ||||||||| || |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| || |||    
T  53430930 aacaccaactgaatcataccgaccaggtcttgtttatgaaaccagcaccattgactacttgaacttcttgtgttacataggatataacacaacaactatt 53430831  T
Q  612 aaggctatctcaaaaaccgtccctggtagtttcagttgccctaaggattcaactcctgatcatatttccaatatcaactatccttcaatagcaatctcca 711  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||| || |||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||    
T  53430830 aaggttatttcaaaaactgtccctgataatttcaactgccctaaggattcgactcgtgatcatatttccaatattaattacccttccatagcaatctcca 53430731  T
Q  712 acttcactgggagaggaagtgtgaatgt 739  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||    
T  53430730 acttcactgggataggaagtgtgaatgt 53430703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 414 - 716
Target Start/End: Complemental strand, 26095415 - 26095113
Alignment:
Q  414 tttcaaaatgcagcaactcaaattaacaatatgaaggatcccattacaacggatttagggtcaattgccacaccttatgactatggagcaggggaaatta 513  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |    
T  26095415 tttctaaatgcagcaactcaaattaacaatatgaagggtcccattgcaacagatttagggttaattgccacaccttatgactatggagctggggggataa 26095316  T
Q  514 caatatctgaatcattccaaccagggctagtttttgaaaccagcaccattgactacttgaactacttgtgttacctaggatacaatacaaccacaattaa 613  Q
    ||| | ||||| || ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| || |||||||| |||||    
T  26095315 caacaactgaaccactccaaccagggctcgtttatgaaaccagcaccattgactacttgaacttcttgtgttatataggatataacacaaccaccattaa 26095216  T
Q  614 ggctatctcaaaaaccgtccctggtagtttcagttgccctaaggattcaactcctgatcatatttccaatatcaactatccttcaatagcaatctccaac 713  Q
    || ||| |||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||    
T  26095215 ggttatttcaaaaactgtccctgatagtttcaactgccctaaggattcgacgcgtgatcatatttccaatatcaattacccttccatcgcaatctctaac 26095116  T
Q  714 ttc 716  Q
    |||    
T  26095115 ttc 26095113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 409 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 53307873 - 53307565
Alignment:
Q  409 ctatttttcaaaatgcagcaactcaaattaacaatatgaaggatcccattacaacggatttagggtcaattgccacaccttatgactatggagcagggga 508  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  53307873 ctatttttataaatgcagcagctcaaattaacaatatgaaggctcccattaccacgaatttggggtcaattgccacaccttatgactatggagcaggaga 53307774  T
Q  509 aattacaatatctgaatcattccaaccagggctagtttttgaaaccagcaccattgactacttgaactacttgtgttacctaggatacaatacaaccaca 608  Q
    ||| |||| | ||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||     
T  53307773 aataacaacaactgaaccattccaacccgggctagtttatgaaactagcaccattgactacctaaactacttgtgttacataggattgaatacaaccacg 53307674  T
Q  609 attaaggctatctcaaaaaccgtccctggtagtttcagttgccctaaggattcaactcctgatcatatttccaatatcaactatccttcaatagcaatct 708  Q
     | |||  |||||| ||||||| ||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||  ||||||| | || || |||||||| ||||| ||||||||||    
T  53307673 gtgaagattatctctaaaaccgcccctgatagtttcaactgccccaaggattcaactattgatcatgtctcgaacatcaactacccttccatagcaatct 53307574  T
Q  709 ccaacttca 717  Q
    |||||||||    
T  53307573 ccaacttca 53307565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University