View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4526-Inserion-5 (Length: 772)

Name: NF4526-Inserion-5
Description: NF4526
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4526-Inserion-5
NF4526-Inserion-5
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-772)||(5953572-5954336)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 5954336 - 5953572
Alignment:
Q  8 atatggatattatagaccatcacagtaactggttagtacaagtattgcaccagcagggtatttcatttcacattcatcaatacattttctatcattgatt 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5954336 atatggatattatagaccagcacagtaactggttagtacaagtattgcaccagcagggtatttcatttcacattcatcaatacattttttatcattgatt 5954237  T
Q  108 ctttcttagtgtgagacattgatgtgtttatgtaagcttcaagaatgaagcctagaaatgagtttgaaggttgaagacttttgaagtcttgttatttggt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5954236 ctttcttagtgtgagacattgatgtgtttatgtaagcttcaagaatgaagcctagaaatgagtttgaaggttgaagacttttgaagtcttgttatttggt 5954137  T
Q  208 aatttattttggcacttttgaagatactggctagtggctactactgtaatacaagttgtgatgcaagtgtttgtcaaacaactccggctttgtttcataa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5954136 aatttattttggcacttttgaagatactggctagtggctactactgtaatacaagttgtgatgcaagtgtttatcaaacaactccggctttgtttcataa 5954037  T
Q  308 ccagcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagggtgctttcatttcatattctactactgtaatgcttcgtttattatagattttgagacgatgcacaatg 407  Q
    |||||                      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5954036 ccagctttctttttcattttcatttttgaagggtgctttcatttcatattctactactgtaatgcttcgtttattatagattttgagacgatgcacaatg 5953937  T
Q  408 tatttgaagtagaggctaattaacttttagtagaaaaatgcattgcaatttcaccnnnnnnngataatggttagcgcaaaacccttggtgcaacatagtc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  5953936 tatttgaagtagaggctaattaacttttagtagaaaaatgcattgcaatttcacctttttttaataatggttagcgcaaaacccttggtgcgatatagtc 5953837  T
Q  508 gcagggttgaaattaaaaggtttataaggcgacattaaaccaagtataattagatgagattaattttcatacacagttttatattgtttaaaaatcgcaa 607  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5953836 gcggggttgaaattaaaaggtttataaggcgacattaaaccaagtataatgagatgagattaattttcatacacagttttatattgttgaaaaatcgcaa 5953737  T
Q  608 ccactcatgtttggctttagaaatagctatggttaaagtnnnnnnnngatcaataatttgattgttacgattgattgacaatataaaaaacttttacatc 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5953736 ccactcatgtttggctttagaaatagctatggttaaagtaaaaaaatgatcaataatttgattgttacgattgattgacagtataaaaaacttttacatc 5953637  T
Q  708 aaaaatgtatacaaattcaatcctaattagattctaattagattgtaaagttcttttttgttact 772  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5953636 aaaaatgcatacaaattcaatcctaattagattctaattagattgtaaagttcttttttgttact 5953572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University