View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4528-Insertion-2 (Length: 1140)

Name: NF4528-Insertion-2
Description: NF4528
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4528-Insertion-2
NF4528-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-1012)||(12272609-12273608)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 902; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 902; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1012
Target Start/End: Original strand, 12272609 - 12273608
Alignment:
Q  7 accaataaccataactaaattactaccataaaaggaagaaagaaactttagaaactcaaatatttagtagataattccaagacatgaatgtacctccaaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12272609 accaataaccataactaaattactaccataaaaggaagaaagaaactttagaaactcaaatatttagtagataattccaagacatgaatgtacctccaaa 12272708  T
Q  107 ttatgtgttgtgctgccccatatgaaccccaccaaagtgcagatgcaggggactgcgatacagccgttaatccaaaacctctatacaagccacgaacacc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12272709 ttatgtgttgtgctgccccatatgaaccccaccaaagtgcagatgcaggggactgcgatacagccgttaatccaaaacctctatacaagccacgaacacc 12272808  T
Q  207 ctcagcatgcactacccttcggataacatcaaatggtcctttacaatatgtagttccaggaagaccttgaaccattaacctttggcaaatctgagaaaac 306  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12272809 ctcagcatgcactactcttcggataacatcaaatggtcctttacaatatgtagttccaggaagaccttgaaccattagcctttggcaaatctgagaaaac 12272908  T
Q  307 attaaccaaaattattcacaatgatcaatcaagactaaaggacctatgcaaaaacaataatttaagctaccataattgcttaaatgtacatacataattg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12272909 attaaccaaaattattcacaatgatcaatcaagactaaaggacctatgcaaaaaccataatttaagctaccataattgcttaaatatacatacataattg 12273008  T
Q  407 taatatttgtccaccaatggaaaagcaaattgacagtatctaaaaatattacttaccacatccaaaggcacaaagtaaacacaagaagccaagtttgaaa 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12273009 taatatttgtccaccaatggaaaagca-----------tctaaaaatattacttaccacatccaaaggcacaaagtaaacacaagaaaccaagtttgaaa 12273097  T
Q  507 ccatgccagcaacagcatttgcaaggccaatacgtgatgcttctggaatatcactaccttgagtgtgtttcaacataaagtcctttgacatctcaagaga 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12273098 ccatgccagcaacagcatttgcaaggccaatacgtgatgcttctggaatatcgctaccttgagtgtgtttcaacataaagtcctttgacatctcaagaga 12273197  T
Q  607 tgtaagggctaaaaccctaccaggcattgatccaatagcagaagttccaaaacctctaaagattccaggaattccatcactcctcaaaatgtgagtgaac 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12273198 tgtaagggctaaaaccctaccaggcattgatccaatagcagaagttccaaaacctctaaagattccaggaattccatcactcctcaaaatgtgagtgaac 12273297  T
Q  707 actgacattcccttcatgttagagagtcctgaagcagctacttgcatccttgtcttcaccactgctgttggatgaagtaatgctgattgagccgtgaaga 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12273298 actgacattcccttcatgttagagagacctgaagcagctacttgcatccttgtcttcaccactgctgttggatgaagtaatgctgattgagccgtgaaga 12273397  T
Q  807 gtactgcaccaatgatgtggaacctggtcttatcc-acctaattacaaaattttcaaaataataataataattagggaaactctaaaaaatacttagctc 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12273398 gtactgcaccaatgatgtggaacctggtcttatccaacctaattacaaaattttcaaaataataataataattagggaaactctaaaaaatacttagctc 12273497  T
Q  906 -aggccaacttttaacttttcagcgtcctaaaatagagattatataatcaagtgattggacatga-gttaatgcgcttca--ttaggttaaaataaacat 1001  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  | ||||||||||||||||    
T  12273498 aaggccaacttttaacttttcagcgtcctaaaatagagattatataatcaagtgattggacacgaggttaatgcgcttcaattaaggttaaaataaacat 12273597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University