View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4528-Insertion-5 (Length: 630)

Name: NF4528-Insertion-5
Description: NF4528
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4528-Insertion-5
NF4528-Insertion-5
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (8-630)||(13077111-13077732)
chr6 (8-630)||(13072907-13073528)
chr6 (13-232)||(13072122-13072341)
chr6 (13-232)||(13076326-13076545)
chr6 (13-176)||(13065368-13065528)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 574; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 574; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 630
Target Start/End: Original strand, 13077111 - 13077732
Alignment:
Q  8 cctttaacttcaaattgttgaaccactttatctgctgctgcttctaatattctacttcccactatggaatcaaatggttcttttggagacagattttgat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13077111 cctttaacttcaaattgttgaaccactttatctgctgctgcttctaatattctacttcccactatggaatcaaatggttcttttggagacagattttgat 13077210  T
Q  108 tttcttgtggcataccaacctcaccttttggttcaactctatctttttcttttgaacgagtagttgtaacttgtgttctttcttctttagatatgcttgc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13077211 tttcttgtggcataccaacctcaccttttggttcaactctatctttttcttttgaacgagtagttgtaacttgtgttctttcttctttagatatgcttgc 13077310  T
Q  208 ttctggtaaatgaatgtgcctttccacctctttgtcttcttgtacttcttctacttttggaatttcattgctcatgttttttggccttgtaaattcatga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13077311 ttctggtaaatgaatgtgcctttccacctctttgtcttcttgtacttcttctacttttggaatttcactgctcatgatttttggccttgtaaattcatga 13077410  T
Q  308 gcctctttcctttcaacnnnnnnncttggaggtttttcaaatgtagtagatgaatccaactcaattttagaagtgaattcttctggttctctttgatgtt 407  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13077411 gcctctttcctttcaactttttttcttggaggtttttcaaatgtagtaggtgaatccaactcaattttagaagtgaattcttctggttctctttgatgtt 13077510  T
Q  408 ctctcaatggagtttcatgtactttttcatgcactttatttgctactcttttggatccacaagccttgtcaaatggtgtagtcctttcctccatttgata 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13077511 ctctcaatggagtttcatgtactttttcatgcactttatctgctacccttttggatccacaagccttgtcaaatggtgtagtcctttcctccatttgata 13077610  T
Q  508 cttctctttctcttcttcactctttgcaatctttaacccttccattttcttcagaactattttttcttcaatagtctttggtgtttgaaatcctttctta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13077611 cttctctttctcttcttcactctttgcaatctttaacccttccattttcttcagaactattttttcttcaatagtctttggtgtttgaaatcctttctta 13077710  T
Q  608 tcattcttctccttgcacacatt 630  Q
    |||||||||| ||||||||||||    
T  13077711 tcattcttct-cttgcacacatt 13077732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 630
Target Start/End: Original strand, 13072907 - 13073528
Alignment:
Q  8 cctttaacttcaaattgttgaaccactttatctgctgctgcttctaatattctacttcccactatggaatcaaatggttcttttggagacagattttgat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13072907 cctttaacttcaaattgttgaaccactttatctgctgctgcttctaatattctacttcccactatggaatcaaatggttcttttggagacagattttgat 13073006  T
Q  108 tttcttgtggcataccaacctcaccttttggttcaactctatctttttcttttgaacgagtagttgtaacttgtgttctttcttctttagatatgcttgc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13073007 tttcttgtggcataccaacctcaccttttggttcaactctatctttttcttttgaacgagtagttgtaacttgtgttctttcttctttagatatgcttgc 13073106  T
Q  208 ttctggtaaatgaatgtgcctttccacctctttgtcttcttgtacttcttctacttttggaatttcattgctcatgttttttggccttgtaaattcatga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||||||||||||    
T  13073107 ttctggtaaatgaatgtgcctttccacctctttgtcttcttgtacttcttctacttttggaatttcaatgctaatgattaatggccttgtaaattcatga 13073206  T
Q  308 gcctctttcctttcaacnnnnnnncttggaggtttttcaaatgtagtagatgaatccaactcaattttagaagtgaattcttctggttctctttgatgtt 407  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13073207 gcctctttcctttcaactttttttcttggaggtttttcaaatgtagtagatgaatccaactcaattttaaaagtgaattcttctggttatctttgatgtt 13073306  T
Q  408 ctctcaatggagtttcatgtactttttcatgcactttatttgctactcttttggatccacaagccttgtcaaatggtgtagtcctttcctccatttgata 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13073307 ctctcaatggagtttcatgtactttttcatgcactttatctgctacccttttggatccacaagccttgtcaaatggtgtagtcctttcctccatttgata 13073406  T
Q  508 cttctctttctcttcttcactctttgcaatctttaacccttccattttcttcagaactattttttcttcaatagtctttggtgtttgaaatcctttctta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13073407 cttctctttctcttcttcactctttgcaatctttaacccttccattttcttcagaactattttttcttcaatagtctttggtgtttgaaatcctttctta 13073506  T
Q  608 tcattcttctccttgcacacatt 630  Q
    |||||||||| ||||||||||||    
T  13073507 tcattcttct-cttgcacacatt 13073528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 13 - 232
Target Start/End: Original strand, 13072122 - 13072341
Alignment:
Q  13 aacttcaaattgttgaaccactttatctgctgctgcttctaatattctacttcccactatggaatcaaatggttcttttggagacagattttgattttct 112  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||| |   ||| ||  || |||| | ||||||||||||||||||  || ||||||||| |    
T  13072122 aacttcaaattgttgagccgctttatctgctacagcttctaatgt---actgccttctgtggactgaaatggttcttttggagatggagtttgatttttt 13072218  T
Q  113 tgtggcataccaacctcaccttttggttcaactctatctttttcttttgaacgagtag------ttgtaacttgtgttctttcttctttagatatgcttg 206  Q
     ||||| ||||||  || ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||      |||||||| ||||||   |||||||||| ||| |||    
T  13072219 ggtggcttaccaatttcgccttttggttcaactctacaattttcttttgaatgagtagttgtaattgtaactcgtgttc---cttctttagagatggttg 13072315  T
Q  207 cttctggtaaatgaatgtgcctttcc 232  Q
    |||| |||| | ||||||||||||||    
T  13072316 cttcgggtacaagaatgtgcctttcc 13072341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 13 - 232
Target Start/End: Original strand, 13076326 - 13076545
Alignment:
Q  13 aacttcaaattgttgaaccactttatctgctgctgcttctaatattctacttcccactatggaatcaaatggttcttttggagacagattttgattttct 112  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||| |   ||| ||  || |||| | ||||||||||||||||||  || ||||||||| |    
T  13076326 aacttcaaattgttgagcctctttatctgctacagcttctaatgt---actgccttctgtggactgaaatggttcttttggagatggagtttgatttttt 13076422  T
Q  113 tgtggcataccaacctcaccttttggttcaactctatctttttcttttgaacgagtag------ttgtaacttgtgttctttcttctttagatatgcttg 206  Q
     ||||| ||||||  || ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||      |||||||| ||||||   |||||||||| ||| |||    
T  13076423 ggtggcttaccaatttcgccttttggttcaactctacaattttcttttgaatgagtagttgtaattgtaactcgtgttc---cttctttagagatggttg 13076519  T
Q  207 cttctggtaaatgaatgtgcctttcc 232  Q
    |||| |||| | ||||||||||||||    
T  13076520 cttcgggtacaagaatgtgcctttcc 13076545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 13 - 176
Target Start/End: Original strand, 13065368 - 13065528
Alignment:
Q  13 aacttcaaattgttgaaccactttatctgctgctgcttctaatattctacttcccactatggaatcaaatggttcttttggagacagattttgattttct 112  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||| |   ||| ||  || |||| | ||||||||||||||||||  || ||||||||| |    
T  13065368 aacttcaaattgttgagccgctttatctgctacagcttctaatgt---actgccttctgtggactgaaatggttcttttggagatggagtttgatttttt 13065464  T
Q  113 tgtggcataccaacctcaccttttggttcaactctatctttttcttttgaacgagtagttgtaa 176  Q
     ||||| ||||||  || ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||    
T  13065465 ggtggcttaccaatttcgccttttggttcaactctacaattttcttttgaatgagtagttgtaa 13065528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University