View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4529-Insertion-1 (Length: 950)

Name: NF4529-Insertion-1
Description: NF4529
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4529-Insertion-1
NF4529-Insertion-1
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (8-840)||(23750705-23751536)
chr2 (6-840)||(22618096-22618929)
chr2 (8-834)||(23851406-23852231)
chr2 (588-834)||(20573249-20573494)
chr2 (829-944)||(20573067-20573182)
chr2 (830-940)||(22618991-22619101)
chr2 (830-940)||(23751598-23751708)
chr2 (829-944)||(23852298-23852413)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 698; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 840
Target Start/End: Original strand, 23750705 - 23751536
Alignment:
Q  8 aaactatcaggaaatttcccttgaaaattattttgactaaggtaaagggtgtgcaattttgaaagtcgaccaatattttgtgggattgtgccattcagaa 107  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23750705 aaactatcgggaaatttcccttgaaaattattttgacaaaggtaaagggtgtgcaattttgaaagtcgaccaatattttgtgggattgtgccattcagaa 23750804  T
Q  108 agttttctgacacatcaaggttttctaggctgactaattgctcaagacttctaggaatgacaccataaaaatgattagaagaaataatcaaggtgtttag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23750805 agttttctgacacatcaaggttttcaaggctgactaattgctcaagactcctaggaatgacaccataaaaatgattagaagaaataatcaaggtgtttag 23750904  T
Q  208 actgatgaattgtccaatacaattaggaagatatccggttaaattattattgttcagaatcaaatactttagattgacaagtgctgttatactacaagga 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23750905 actgatgaattgtccaatacaattaggaagatatccggttaaattattattgttcagaatcaaatactttagtttgacaagtgctgttatactacaagga 23751004  T
Q  308 agacccccaaacaagtggttattagataggtccaagtgaattagatttcccagttttcctacggagtttggaatagttccattcaagtaattgttaccaa 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23751005 agacccccaaacaagtggttattagatatgtccaagtggattagatttcccagttttcctactgagtttggaatagttccattcaagtaattgttaccaa 23751104  T
Q  408 gggttaaatatttcaaatttgacaattttcccaaaatatttggaataggaccatggaaaaaactggattgaagtgtgaggattaccatattttcaagttg 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23751105 gggttaaatatttcaaatttgacaattttcccaaaatatttggaataggaccatggaaaaaacttgattgaagtgtgaggtttaccatattttcaagttg 23751204  T
Q  508 ccccaaccatgtcggcagttgatcattgaaattgttgttggtcatgtcaagttcctctaaaccagatccattgcatcctgcagattgtaaattaccgacg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |    
T  23751205 ccccaaccatgtcggcagttgattattgaaattgttgttggtcatgtcaagttcctctaaaccagatccatttcatcttgcagattgtaaattaccgatg 23751304  T
Q  608 agtgcatctccttgaagtctgtttccagacaaatctagtgacagaagctgacacatatttcctagcattgttggtatagaaccctcaaatatggttcaca 707  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23751305 agtgcatctccttgaagtcggtttccagacaaatctagtgacagaagctgacacatatttcctagcattgctggtatagaaccctc-aatatggttcaca 23751403  T
Q  708 tgattccatgaaatattaaggtacaaaagactctctaacccacctaaccataatggaacagattcaatgttattttgggaaagggtcaagcaatgtcaag 807  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||| |||| ||| || |||||    
T  23751404 tgattccatgaaatattgaggtacaaaagactctctaacccatctaaccattttggaacagattcaattttgttttgggaaa-ggtctagctatttcaag 23751502  T
Q  808 gaagtc-aatttcgaagcgctgatggaactgaac 840  Q
    |||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  23751503 gaagtcaaatttctaagagcttatggaactgaac 23751536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 676; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 840
Target Start/End: Original strand, 22618096 - 22618929
Alignment:
Q  6 caaaactatcaggaaatttcccttgaaaattattttgactaaggtaaagggtgtgcaattttgaaagtcgaccaatattttgtgggattgtgccattcag 105  Q
    |||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  22618096 caaaactatcaggaaattccccttgcaatttattttgactaagatagagggtttgcaaatttgaaagtcgaccaatattttggggtattgtgccattcag 22618195  T
Q  106 aaagttttctgacacatcaaggttttctaggctgactaattgctcaagacttctaggaatgacaccataaaaatgattagaagaaataatcaaggtgttt 205  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22618196 agagttttctgacacatcaaggttttctaggctgactaattgctcaagactcctaggaatgacaccataaaaatgattagaagaaataatcaaggtgttt 22618295  T
Q  206 agactgatgaattgtccaatacaattaggaagatatccggttaaattattattgttcagaatcaaatactttagattgacaagtgctgttatactacaag 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22618296 agactgatgaattgtccaatacaattaggaagatatccggttaaattattattgttcagaatcaaatactttagattgacaagtgctgttatactacaag 22618395  T
Q  306 gaagacccccaaacaagtggttattagataggtccaagtgaattagatttcccagttttcctacggagtttggaatagttccattcaagtaattgttacc 405  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22618396 gaagacccccaaacaagtggttattagatatgtccaagtggattagatttcccagttttcctactgagtttggaatagttccattcaagtaattgttacc 22618495  T
Q  406 aagggttaaatatttcaaatttgacaattttcccaaaatatttggaataggaccatggaaaaaactggattgaagtgtgaggattaccatattttcaagt 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22618496 aagggttaaatatttcaaatttgacaattttcccaaaatatttggaataggaccatggaaaaaacttgattgaagtgtgaggtttaccatattttcaagt 22618595  T
Q  506 tgccccaaccatgtcggcagttgatcattgaaattgttgttggtcatgtcaagttcctctaaaccagatccattgcatcctgcagattgtaaattaccga 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  22618596 tgccccaaccatgtcggcagttgattattgaaattgttgttggtcatgtcaagttcctctaaaccagatccatttcatcttgcagattgtaaattaccga 22618695  T
Q  606 cgagtgcatctccttgaagtctgtttccagacaaatctagtgacagaagctgacacatatttcctagcattgttggtatagaaccctcaaatatggttca 705  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  22618696 tgagtgcatctccttgaagtcggtttccagacaaatctagtgacagaagctgacacatatttcctagcattgttggtattgaaccctc-aatatggttca 22618794  T
Q  706 catgattccatgaaatattaaggtacaaaagactctctaacccacctaaccataatggaacagattcaatgttattttgggaaagggtcaagcaatgtca 805  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||| |||| ||| || |||    
T  22618795 catgattccatgaaatattgaggtacaaaagactctctaacccatctaaccattttggaacagattcaattttgttttgggaaa-ggtctagctatttca 22618893  T
Q  806 aggaagtc-aatttcgaagcgctgatggaactgaac 840  Q
    |||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  22618894 aggaagtcaaatttctaagagcttatggaactgaac 22618929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 834
Target Start/End: Original strand, 23851406 - 23852231
Alignment:
Q  8 aaactatcaggaaatttcccttgaaaattattttgactaaggtaaagggtgtgcaattttgaaagtcgaccaatattttgtgggattgtgccattcagaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| || ||  |||||||| || || ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  23851406 aaactatgaggaaatttcccttgcaaattgtttttacaaatataaagggtatgtaaatttgaaagttgaccaacattttgtgggattgtaccattcagaa 23851505  T
Q  108 agttttctgacacatcaaggttttctaggctgactaattgctcaagacttctaggaatgacaccataaaaatgattagaagaaataatcaaggtgtttag 207  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||| |||  | |||| || | ||| ||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  23851506 agttctctgagacatcaagggtttttagaataactagtttcccaatactcctaggaataacaccatcaaaattattagaagaaataatgaaggtttttag 23851605  T
Q  208 actgatgaattgtccaatacaattaggaagatatccggttaaattattattgttcagaatcaaatactttagattgacaagtgctgttatactacaagga 307  Q
    | |||  |||||||||||||||| ||||||| | || || |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  23851606 attgacaaattgtccaatacaatcaggaagagaacctgtcaaattattgttgttcagaaccaaataatttagattgacaagttcggtcatactacaagga 23851705  T
Q  308 agacccccaaacaagtggttattagataggtccaagtgaattagatttcccagttttcctacggagtttggaatagttccattcaagtaattgttaccaa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  23851706 agacccccaaacaagtggttatttgataggtccaactggattagatttcccagttttcctagggagtttggaatagttccattcaagtgattgttagcaa 23851805  T
Q  408 gggttaaatatttcaaatttgacaattttcccaaaatatttggaataggaccatggaaaaaactggattgaagtgtgaggattaccatattttcaagttg 507  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||| | | |||||||||| ||||||||| ||    
T  23851806 ggattaaatatttcaagtttgacaattttcccaaaaaatttggaataggcccatggaaaaaacttgaatgaattttaaggattaccagattttcaagctg 23851905  T
Q  508 ccccaaccatgtcggcagttgatcattgaaattgttgttggtcatgtcaagttcctctaaaccagatccattgcatcctgcagattgtaaattaccgacg 607  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||  || ||||||   ||| || ||||||||||||  | ||| | ||| || || ||     
T  23851906 ccccaaccatgttggcagctgatcattgaatttgttgttggtcaaatccagttccagcaaatcaaatccattgcatctcgtagaatttaagttgccaaca 23852005  T
Q  608 agtgcatctccttgaagtctgtttccagacaaatctagtgacagaagctgacacatatttcctagcattgttggtatagaaccctcaaatatggttcaca 707  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  |   |||||| ||||||||| ||||||||| |||    
T  23852006 agtgcgtctccttgaagtccgtttccagacaaatctattgacagaagatgacacatatttcctaaaacaattggtaaagaaccctc-aatatggtttaca 23852104  T
Q  708 tgattccatgaaatattaaggtacaaaagactctctaacccacctaaccataatggaacagattcaatgttattttgggaaagggtcaagcaatgtcaag 807  Q
    ||||||||||| | ||| || |||||||| |||| |||||| ||||||||   ||||||||||||||| || ||||| |||| ||| |||||||  |||     
T  23852105 tgattccatgacagattgagatacaaaaggctctttaaccctcctaaccactgtggaacagattcaattttgttttgagaaa-ggttaagcaattccaaa 23852203  T
Q  808 gaagtc-aatttcgaagcgctgatggaa 834  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  23852204 gaagtcaaatttcgaagagctaatggaa 23852231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 588 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 20573494 - 20573249
Alignment:
Q  588 cagattgtaaattaccgacgagtgcatctccttgaagtctgtttccagacaaatctagtgacagaagctgacacatatttcctagcattgttggtataga 687  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20573494 cagattttagattaccgacgagtgcatctccttcaagtctgtttccagacaaatctagtgacagaagctgacacatatttcctagcattgttggtataga 20573395  T
Q  688 accctcaaatatggttcacatgattccatgaaatattaaggtacaaaagactctctaacccacctaaccataatggaacagattcaatgttattttggga 787  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20573394 accctc-aatatggttcacatgattccatgaaatattgaggtacaaaatactctttaacccacctaaccataatggaacagattcaatgttgttttggga 20573296  T
Q  788 aagggtcaagcaatgtcaaggaagtc-aatttcgaagcgctgatggaa 834  Q
    || |||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  20573295 aa-ggtcaagcaacgtcaaggaagtcaaatttcgaagagctaatggaa 20573249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 829 - 944
Target Start/End: Complemental strand, 20573182 - 20573067
Alignment:
Q  829 atggaactgaactgatactattgttagaaaggtcaataatttcaattggaagtcatgtttctaaa-gcattcgaattgggaccattaagtccattatctg 927  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  20573182 atggaactgaactgattctattgttagaaaggtcaatagtttcaattg-aagtcatgtttctaaaagcattcagatttggaccattaagtccattatctg 20573084  T
Q  928 caagattgagtgactta 944  Q
    |||||||||||||||||    
T  20573083 caagattgagtgactta 20573067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 830 - 940
Target Start/End: Original strand, 22618991 - 22619101
Alignment:
Q  830 tggaactgaactgatactattgttagaaaggtcaataatttcaattggaagtcatgtttct-aaagcattcgaattgggaccattaagtccattatctgc 928  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||  ||||||| ||||| |||||||||    
T  22618991 tggaactgaactaatactattgttagaaaggttaatattttcaatt-gaagtcatgtttctaaaagcattcagatctggaccatcaagtctattatctgc 22619089  T
Q  929 aagattgagtga 940  Q
    ||||||||||||    
T  22619090 aagattgagtga 22619101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 830 - 940
Target Start/End: Original strand, 23751598 - 23751708
Alignment:
Q  830 tggaactgaactgatactattgttagaaaggtcaataatttcaattggaagtcatgtttct-aaagcattcgaattgggaccattaagtccattatctgc 928  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||  ||||||| ||||| |||||||||    
T  23751598 tggaactgaactaatactattgttagaaaggttaatattttcaatt-gaagtcatgtttctaaaagcattcagatctggaccatcaagtctattatctgc 23751696  T
Q  929 aagattgagtga 940  Q
    ||||||||||||    
T  23751697 aagattgagtga 23751708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 829 - 944
Target Start/End: Original strand, 23852298 - 23852413
Alignment:
Q  829 atggaactgaactgatactattgttagaaaggtcaataatttcaattggaagtcatgtttctaaag-cattcgaattgggaccattaagtccattatctg 927  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| || ||  ||||||||||||||||||  |||||  ||  ||||||| ||||||||||||||    
T  23852298 atggaactgaactaagactattgttagaaaggacaataactttaac-ggaagtcatgtttctaaaaacattcagatctggaccatcaagtccattatctg 23852396  T
Q  928 caagattgagtgactta 944  Q
    |||||||||||| ||||    
T  23852397 caagattgagtgtctta 23852413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University