View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4529_low_2 (Length: 405)

Name: NF4529_low_2
Description: NF4529
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4529_low_2
NF4529_low_2
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (19-398)||(31252625-31253004)
chr3 (19-398)||(13002582-13002961)
chr3 (19-398)||(31093382-31093761)
chr3 (19-397)||(16163315-16163695)
chr3 (19-397)||(27206654-27207023)
chr3 (126-205)||(25658831-25658910)
chr3 (126-205)||(25665236-25665315)
chr3 (126-205)||(25671641-25671720)
chr3 (126-205)||(25678046-25678125)
chr3 (126-205)||(25684722-25684801)
chr3 (126-195)||(27229419-27229488)
chr3 (241-391)||(25658949-25659099)
chr3 (241-391)||(25665354-25665504)
chr3 (241-391)||(25671759-25671909)
chr3 (241-391)||(25678164-25678314)
chr3 (241-391)||(25684840-25684990)
chr3 (264-324)||(27229557-27229617)
[»] scaffold0029 (2 HSPs)
scaffold0029 (243-387)||(43042-43186)
scaffold0029 (243-325)||(18092-18174)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (243-387)||(33130018-33130162)
chr2 (245-387)||(33120275-33120417)
chr2 (240-353)||(19113240-19113353)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 398
Target Start/End: Original strand, 31252625 - 31253004
Alignment:
Q  19 tttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtggagcaattattttctttccttgttaactttttattgttttattcttatcaaatttgtttgatcccat 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31252625 tttatatcaaacacctcaacagtatggtgtgtggagcaattattttctttccttgttaactttttattgttttattcttatcaaatttgtttgatcccat 31252724  T
Q  119 tcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttccgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatcatgatgag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31252725 tcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttctgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatcatgatgag 31252824  T
Q  219 tattggtgtggaacgccgaatacaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31252825 tattggtgtggaacgccgaatacaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatag 31252924  T
Q  319 ctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattgatgatgt 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31252925 ctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattgatgatgt 31253004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 13002961 - 13002582
Alignment:
Q  19 tttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtggagcaattattttctttccttgttaactttttattgttttattcttatcaaatttgtttgatcccat 118  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13002961 tttatatcaaacaccacaacaatatggtgtgtggagcaattattttctttccttgttaactttttattgtttaattcttatcaaatttgtttgatcccat 13002862  T
Q  119 tcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttccgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatcatgatgag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13002861 tcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttctgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatcatgatgag 13002762  T
Q  219 tattggtgtggaacgccgaatacaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13002761 tattggtgtggaacgccgaatacaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatag 13002662  T
Q  319 ctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattgatgatgt 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13002661 ctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattgatgatgt 13002582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 31093761 - 31093382
Alignment:
Q  19 tttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtggagcaattattttctttccttgttaactttttattgttttattcttatcaaatttgtttgatcccat 118  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  31093761 tttatatcaagcaccacaacaatatggtgcgtggagccattattttctttccatgttaagttttcattgatttatacttatcaaatttatttgatcccat 31093662  T
Q  119 tcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttccgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatcatgatgag 218  Q
     ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  31093661 gcactaatttctgttcattaatgatgcaggttttatttctgataaagtcgaaattttgaaagcatgttgcggaggaagtggaccatatcatcatgatcag 31093562  T
Q  219 tattggtgtggaacgccgaatacaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatag 318  Q
     |||  ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31093561 aatttttgtggaacgtcgaatacaacaatttgctccgatccttcaaaactattaaattgggatggtcaacactttaccgaagccgcttataagcatatag 31093462  T
Q  319 ctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattgatgatgt 398  Q
    ||||| | ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31093461 ctaaatgtttagtggaaggctcttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaatcgatgatgt 31093382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 19 - 397
Target Start/End: Original strand, 16163315 - 16163695
Alignment:
Q  19 tttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtggagcaattattttctttccttgttaactttttattgttttattcttatcaaatttgtttgatcccat 118  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||  |||||||||  ||||||| |||||||||||    
T  16163315 tttatatgaagcaccacaacaatatggtctgtggagcaattattttacttccttgttaagtttacatttatttattcttgacaaatttatttgatcccat 16163414  T
Q  119 --tcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttccgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatcatgatg 216  Q
      |||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | ||| |    
T  16163415 cctcactagtttatgtgcattaatgatgtaggctttacttctgataaggtcgaggttttgaaagcatgttgtggaggaattggaccataccaccgtgacg 16163514  T
Q  217 agtattggtgtggaacgccgaatacaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaat 316  Q
       |||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || || |||||||| || |||||||||||    
T  16163515 ctaattggtgtggaatgcctggtacaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattttgatggacctcacttaaccgaagcagcatataagcaaat 16163614  T
Q  317 agctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattgatgatg 397  Q
    ||| ||||| ||||| |||||  |||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  16163615 agccaaaggtttaattgaaggttcttttgcaaatccatccctaaaacctgctgctttcaagatagtctagaattgatgatg 16163695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 397
Target Start/End: Original strand, 27206654 - 27207023
Alignment:
Q  19 tttatatcaaacaccacaacagtatggtgtgtggagcaattattttctttccttgttaactttttattgttttattcttatcaaatttgtttgatcccat 118  Q
    |||||| ||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||     |||| | ||||||| |||||||| |||| | ||||    
T  27206654 tttataccaagcaccagaacaatatgg-gtgtggagcaattattttctttcctggtttac-----attgatctattcttgtcaaatttatttgtttccat 27206747  T
Q  119 tcactaatttatgtacattaatgatgcaggttttatttccgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccatatcatcatgatgag 218  Q
     |||||| ||   || || ||| |||||||||||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||     
T  27206748 gcactaactt---tatatcaataatgcaggttttactttggataacgtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccataccattttgatgat 27206844  T
Q  219 tattggtgtggaacgccgaatacaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatag 318  Q
      ||  ||||||  || || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||| ||||||     
T  27206845 cttttttgtggatggcagagtacaacaatttgctctgatccttcgaaactaataaattgggatggaccgcactttactgaagcagctcataaacaaataa 27206944  T
Q  319 ctaaaggattaatcgaaggcccttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattgatgatg 397  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27206945 ctaaaggtttaatcgaaggccattttgcaaatccttctctaaaacccgctcctttcaagatagtttagaattgatgatg 27207023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 126 - 205
Target Start/End: Original strand, 25658831 - 25658910
Alignment:
Q  126 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttccgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 205  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25658831 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 25658910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 126 - 205
Target Start/End: Original strand, 25665236 - 25665315
Alignment:
Q  126 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttccgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 205  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25665236 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 25665315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 126 - 205
Target Start/End: Original strand, 25671641 - 25671720
Alignment:
Q  126 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttccgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 205  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25671641 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 25671720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 126 - 205
Target Start/End: Original strand, 25678046 - 25678125
Alignment:
Q  126 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttccgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 205  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25678046 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 25678125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 126 - 205
Target Start/End: Original strand, 25684722 - 25684801
Alignment:
Q  126 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttccgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 205  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25684722 tttatgtaaattaatgatgcaggttttatttctgataaggaagagattttgaaagcatgttgtggaggaagtggaccata 25684801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 195
Target Start/End: Original strand, 27229419 - 27229488
Alignment:
Q  126 tttatgtacattaatgatgcaggttttatttccgataaggtcgagattttgaaagcatgttgtggaggaa 195  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  27229419 tttatgtacattaatcatgcaggctttacttctgataaggtcaagattatgcaagcatgttgtggaggaa 27229488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 391
Target Start/End: Original strand, 25658949 - 25659099
Alignment:
Q  241 caacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggccc 340  Q
    ||||||||||| | || |||||||||   ||||||||||||||  | || || || |||||  | ||||||  |||||| || ||| || | ||||||||    
T  25658949 caacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcacacttaactgaagcatcatataagttaatagcaaagggactagttgaaggccc 25659048  T
Q  341 ttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 391  Q
    ||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  25659049 ttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 25659099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 391
Target Start/End: Original strand, 25665354 - 25665504
Alignment:
Q  241 caacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggccc 340  Q
    ||||||||||| | || |||||||||   ||||||||||||||  | || || || |||||  | ||||||  |||||| || ||| || | ||||||||    
T  25665354 caacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcacacttaactgaagcatcatataagttaatagcaaagggactagttgaaggccc 25665453  T
Q  341 ttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 391  Q
    ||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  25665454 ttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 25665504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 391
Target Start/End: Original strand, 25671759 - 25671909
Alignment:
Q  241 caacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggccc 340  Q
    ||||||||||| | || |||||||||   ||||||||||||||  | || || || |||||  | ||||||  |||||| || ||| || | ||||||||    
T  25671759 caacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcacacttaactgaagcatcatataagttaatagcaaagggactagttgaaggccc 25671858  T
Q  341 ttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 391  Q
    ||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  25671859 ttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 25671909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 391
Target Start/End: Original strand, 25678164 - 25678314
Alignment:
Q  241 caacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggccc 340  Q
    ||||||||||| | || |||||||||   ||||||||||||||  | || || || |||||  | ||||||  |||||| || ||| || | ||||||||    
T  25678164 caacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcacacttaactgaagcatcatataagttaatagcaaagggactagttgaaggccc 25678263  T
Q  341 ttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 391  Q
    ||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  25678264 ttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 25678314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 391
Target Start/End: Original strand, 25684840 - 25684990
Alignment:
Q  241 caacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggccc 340  Q
    ||||||||||| | || |||||||||   ||||||||||||||  | || || || |||||  | ||||||  |||||| || ||| || | ||||||||    
T  25684840 caacagtttgccccgacccttcaaaatatataaattgggatggctcacacttaactgaagcatcatataagttaatagcaaagggactagttgaaggccc 25684939  T
Q  341 ttttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttagaattg 391  Q
    ||||||| ||||||| || ||| || ||| |||||| ||||||||||||||    
T  25684940 ttttgcaaatccttcccttaaaactcctcttttcaatatagcttagaattg 25684990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 264 - 324
Target Start/End: Original strand, 27229557 - 27229617
Alignment:
Q  264 aaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaag 324  Q
    ||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  27229557 aaattaataaattaggatggatcccactttaccgaagcagctcataagcaaatagcaaaag 27229617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 43186 - 43042
Alignment:
Q  243 acagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggccctt 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||  || | || || || |    
T  43186 acagtttgctctgatccttcaaaacgtataaattgggacggaccacactttactgaagcagcttataagctaatagcaaaagggctagttgagggtccat 43087  T
Q  343 ttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttaga 387  Q
    || || |||||||||| ||| |  ||| |||||| ||||||||||    
T  43086 tttcaaatccttctcttaaatcccctcttttcaaaatagcttaga 43042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 243 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 18174 - 18092
Alignment:
Q  243 acagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaagg 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  18174 acagtttgctctgatccttcaaaacgtataaattgggacggaccacactttactgaagcagcttataagctaatagcaaaagg 18092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 243 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 33130162 - 33130018
Alignment:
Q  243 acagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggccctt 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||  || | || || || |    
T  33130162 acagtttgctctgatccttcaaaacgtataaattgggacggacctcactttactgaagcagcttataagctaatagcaaaagggctagttgagggtccat 33130063  T
Q  343 ttgcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttaga 387  Q
    || || |||||||||| ||| |  ||| |||||| ||||||||||    
T  33130062 tttcaaatccttctcttaaatcccctcttttcaaaatagcttaga 33130018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 245 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 33120417 - 33120275
Alignment:
Q  245 agtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggccctttt 344  Q
    ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||  || | || || || |||    
T  33120417 agtttgctctgatccttcaaatcgtataaattgggacggacctcactttactgaagcagcttataagctaatagcaaaagggctagttgagggtccattt 33120318  T
Q  345 gcatatccttctctaaaacctgctcctttcaagatagcttaga 387  Q
     || |||||||||| ||| |  ||| |||||| ||||||||||    
T  33120317 tcaaatccttctcttaaatcccctcttttcaaaatagcttaga 33120275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 240 - 353
Target Start/End: Original strand, 19113240 - 19113353
Alignment:
Q  240 acaacagtttgctctgatccttcaaaactaataaattgggatggaccccattttaccgaagccgcttataagcaaatagctaaaggattaatcgaaggcc 339  Q
    ||||| |||||||| || ||||| |||   ||||||||||||||||||||  |||| ||||| || |||| ||||||||| |||||| || | ||||| |    
T  19113240 acaactgtttgctccgacccttctaaatatataaattgggatggaccccaccttacagaagcagcatataggcaaatagcaaaaggactagttgaaggtc 19113339  T
Q  340 cttttgcatatcct 353  Q
    |||||||| |||||    
T  19113340 cttttgcaaatcct 19113353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University