View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4531-Insertion-2 (Length: 709)

Name: NF4531-Insertion-2
Description: NF4531
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4531-Insertion-2
NF4531-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-707)||(29505542-29506236)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (11-445)||(27424-27855)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (11-445)||(170937-171368)
scaffold0017 (11-448)||(182024-182458)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (11-448)||(35900503-35900937)
chr1 (11-443)||(44614065-44614497)
chr1 (11-447)||(17809936-17810369)
chr1 (11-306)||(11542858-11543150)
chr1 (23-335)||(44146385-44146694)
chr1 (206-601)||(44783806-44784201)
chr1 (23-234)||(44794106-44794317)
chr1 (348-419)||(11542791-11542862)
chr1 (607-708)||(44614594-44614692)
chr1 (607-708)||(44793877-44793975)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-510)||(26729682-26730179)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (11-348)||(29227245-29227579)
chr2 (11-348)||(29340544-29340878)
chr2 (356-448)||(29218241-29218333)
chr2 (356-448)||(29331540-29331632)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 545; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 29506236 - 29505542
Alignment:
Q  7 aaaattcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29506236 aaaattcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggat 29506137  T
Q  107 ttgtcaaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29506136 ttgtcaaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcgcttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagc 29506037  T
Q  207 cacttaatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattata 306  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29506036 cacttgatataaaatgtccaggagaagaagagccgccaaaacatcaagtgccaataactgatgcaggagattacagttcaatatttttggaagcattata 29505937  T
Q  307 catgagcatggggctaggattcttcactacttttgttggctttatagggtcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaat 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29505936 catgagcatggggctaggattcttcactacttttgttggctttatagggtcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctattccaaattcttgaat 29505837  T
Q  407 gctttgatattgaaagtgttcttgtggtggaagcagtgaatgcatgtctagttgctctaaactggatgaatgctaagccaggtacttctgttctttccta 506  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29505836 gctttgatattgaaagtgttcatgtggtggaagcagtgaatacatgtctagttgttctaaactggatgaatgctaag-caggtacttctgttctttccta 29505738  T
Q  507 ctttgttacttccacttttatggtttaaccgaatcatgaaaacttttagccttggggatggttgctttattaactgctgaaaattcattaaccatgtgac 606  Q
    ||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  29505737 cttagttagtttcacttttatggtttaactgaatcatgaaaacttttagcaat-gggatagttgctttattaactgctg-taattcgttaaccatgtgac 29505640  T
Q  607 tgttgatatatgtgtaactaaaaggttttctacaattttgtattgcattttctctatgttcaaaaatctgtcatcaaagacggaatcaatctcataatat 706  Q
    ||||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  29505639 tgttgatatatgtgtaact-aaacattttctacaa-tttgtattgca-tttctcaatgttcaataatctgtcatcaaagacagtatcaatctcataatat 29505543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 11 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 27855 - 27424
Alignment:
Q  11 ttcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgt 110  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  27855 ttcaaatcacttgaatttctagatctgtcaagaaatcatttgtcaggcgaaattccttccagtctagctcgcattgatcgtctcactatgttggatttgt 27756  T
Q  111 caaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccact 210  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| || ||    
T  27755 caaacaatcagctctatgggaaagttccagttggaacgcagctgcagacatttaacgcttcaagttttgaagggaattcaaatctctgtggagaacccct 27656  T
Q  211 taatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattatacatg 310  Q
    | ||| |||||| ||||||||||||   | | | ||||  |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  27655 tgatagaaaatgcccaggagaagaa---ccagcaaaaccacaagtgccaacaactgatgcaggagatgaaaattcaatattttttgaagcattatatatg 27559  T
Q  311 agcatggggctaggattcttcactacttttgttggctttatagggtcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatgctt 410  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27558 agcatggggataggattcttcactggtttcgttggtttggtaggctcaatattgttactaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatactt 27459  T
Q  411 tgatattgaaagtgttcttgtggtggaagcagtga 445  Q
    |  |||||| | | ||| ||||||||||| |||||    
T  27458 tactattgagaattttcatgtggtggaagtagtga 27424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 11 - 445
Target Start/End: Original strand, 170937 - 171368
Alignment:
Q  11 ttcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgt 110  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||||    
T  170937 ttcaaatcacttgaatttctagatctgtcaagaaatcatttgtcaggcgaaattccttccagtctagctcgcattgatcgtctcactatgttggatttgt 171036  T
Q  111 caaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccact 210  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| || ||    
T  171037 caaacaatcagctctatgggaaagttccagttggaacgcagctgcagacatttaacgcttcaagttttgaagggaattcaaatctctgtggagaacccct 171136  T
Q  211 taatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattatacatg 310  Q
    | ||| |||||| ||||||||||||   | | | ||||  |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  171137 tgatagaaaatgcccaggagaagaa---ccagcaaaaccacaagtgccaacaactgatgcaggagatgaaaattcaatattttttgaagcattatatatg 171233  T
Q  311 agcatggggctaggattcttcactacttttgttggctttatagggtcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatgctt 410  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  171234 agcatggggataggattcttcactggtttcgttggtttggtaggctcaatattgttactaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatactt 171333  T
Q  411 tgatattgaaagtgttcttgtggtggaagcagtga 445  Q
    |  |||||| | | ||| ||||||||||| |||||    
T  171334 tactattgagaattttcatgtggtggaagtagtga 171368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 11 - 448
Target Start/End: Original strand, 182024 - 182458
Alignment:
Q  11 ttcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgt 110  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||  |||||| ||||    
T  182024 ttcaagtcactcgaatttcttgatctgtcaagaaataatctgtcaggaagaattccttccagtctagctcacattgaccgtctcacttggttggacttgt 182123  T
Q  111 caaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccact 210  Q
    || ||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| | |||||    
T  182124 catacaatcatctcaatgggaaaattccaattggaacgcagctgcagacatttaacgcttcaagttttgaagaaaattctaatctatgtggataaccact 182223  T
Q  211 taatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattatacatg 310  Q
    | ||||||| |||||| | |||||   |  ||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  182224 tgatataaagtgtccatgcgaaga---gacaccaaaacatcaagtgccaacaacggatgcaggagatgaaaattcagtatttttggaagcattatatatg 182320  T
Q  311 agcatggggctaggattcttcactacttttgttggctttatagggtcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatgctt 410  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||  |||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  |||    
T  182321 agcatggggataggattcttcactggtttcattggcttggtaggctcaatattgttactaccatcttggagagaaacttactccagattcttgaacactt 182420  T
Q  411 tgatattgaaagtgttcttgtggtggaagcagtgaatg 448  Q
    |||||||||||||  || |||||||||||| |||||||    
T  182421 tgatattgaaagtcatcatgtggtggaagccgtgaatg 182458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 11 - 448
Target Start/End: Original strand, 35900503 - 35900937
Alignment:
Q  11 ttcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| || |||||||| ||||||  |||||| ||||    
T  35900503 ttcaagtcacttgaatttcttgatctctcaagaaatcatctttcaggaagaattccttccagtctagcccacattgatcgtctcacttggttggacttgt 35900602  T
Q  111 caaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccact 210  Q
    |||||||  |||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||    
T  35900603 caaacaacaagctctatgtgaaaattccaattggaacgcaactgcagacatttaacgcttcatgttttgaagaaaattctaatctctgcggagaaccact 35900702  T
Q  211 taatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattatacatg 310  Q
    | ||||||| ||||||||    ||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35900703 tgatataaagtgtccagg---cgaagagccaccgaaatatcaagtgcaaacaactgatgcaggagatgacaatttaatatttttggaagcattatacatg 35900799  T
Q  311 agcatggggctaggattcttcactacttttgttggctttatagggtcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatgctt 410  Q
    ||   |||| |||||||||||| |   || ||||||||   ||| |||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  | |    
T  35900800 agtggggggataggattcttcattggcttcgttggcttggcaggctcaatatttttactaccatcttggagagaaacttgctccaaattcttgaacacat 35900899  T
Q  411 tgatattgaaagtgttcttgtggtggaagcagtgaatg 448  Q
    ||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||    
T  35900900 tgatattgaaaatcttcttgtggaggaagcagtaaatg 35900937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 11 - 443
Target Start/End: Original strand, 44614065 - 44614497
Alignment:
Q  11 ttcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgt 110  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||||| | ||||||||||||| ||||||  |||||||| ||  | | |||||||||||    
T  44614065 ttcaagttacttgaatttcttgatctgtcaagaaattgtctttcaggtagaattccttccagtatagctcgcattgatcgtcttgccatgttggatttgt 44614164  T
Q  111 caaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccact 210  Q
    ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||   |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||    
T  44614165 caaacaatcagctctgtggaaacattccaattggaacgcagctgcagagctttaatgcttcaagttttgaaggaaattcaaatctctgtggagaacccct 44614264  T
Q  211 taatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgac---aattcaatatttttggaagcattatac 307  Q
    | ||| |||||||||||   ||||||| | | | |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    |||||||||||||||||||||||||||    
T  44614265 tgatagaaaatgtccag---aagaagatccatcaaaacatcaagtgccaacaactgatgcaggagatgatgataattcaatatttttggaagcattatac 44614361  T
Q  308 atgagcatggggctaggattcttcactacttttgttggctttatagggtcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatg 407  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||  | || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||      
T  44614362 atgagcatggggataggattcttcactggtttcgttggcttggtcggctcaatgttgttactaccatcttggagagaaacttactccagattcttgaaca 44614461  T
Q  408 ctttgatattgaaagtgttcttgtggtggaagcagt 443  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||||||||||    
T  44614462 ctttgatattgaaagtcatcatgtggtggaagcagt 44614497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 11 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 17810369 - 17809936
Alignment:
Q  11 ttcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgt 110  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  17810369 ttcaaatcactcgaatttcttgatctgtcaagaaatcatctgtcaggcagaattccttccagtctagctcacattgatcgtctctctatgttggatttgt 17810270  T
Q  111 caaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccact 210  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||   |||| ||||| |||| ||||  |||||| |||||||| |||||    
T  17810269 caaacaatcagctctatggaaaaattccaattggaacgcagcttcagacatttaatgcttccagtttcgaagaaaattttaatctttgtggagaaccact 17810170  T
Q  211 taatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattatacatg 310  Q
    | ||| || |||||| ||   |||||| |   | || |    |||||||| |||  |||||| |||||| || ||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  17810169 tgataaaatatgtcctgg---agaagatcccgcaaatccgagagtgccaacaacaaatgcaggagatgagaactcaatgtttttagaaacattatacatg 17810073  T
Q  311 agcatggggctaggattcttcactacttttgttggctttatagggtcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatgctt 410  Q
    ||||||||||| || ||||| |||  ||| ||||||||  |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||  |||    
T  17810072 agcatggggcttgggttctttactggtttcgttggcttggtaggctcaatattgttactaccgtcttggagagatacttactccagattcttgaacactt 17809973  T
Q  411 tgatattgaaagtgttcttgtggtggaagcagtgaat 447  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  17809972 tgatattgaaagtcttcacgtggtggaagcagtgaat 17809936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 11 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 11543150 - 11542858
Alignment:
Q  11 ttcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgt 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||    
T  11543150 ttcaagtcacttgaatttcttgatctgtcaagaaaccgtctttcaggcagaattccttccagtctagctcatattgatcgtctcacttggttggacttgt 11543051  T
Q  111 caaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccact 210  Q
    |||||||||| || ||||||||| |||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||    
T  11543050 caaacaatcaactatatggaaaagttccaattggaaggcagcttcagacatttagcgcttcaagttttgaaggaaattataatctttgtggagaaccact 11542951  T
Q  211 taatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattata 306  Q
    | ||||||||||||| ||||||||      ||| |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11542950 tgatataaaatgtcctggagaagattc---accaaaacatcaagtgccgacaactgatgcagaagatgacaattcaatatttttggaagcattata 11542858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 23 - 335
Target Start/End: Original strand, 44146385 - 44146694
Alignment:
Q  23 gaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgtcaaacaatcagc 122  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| ||    
T  44146385 gaatttcttgatctttcaagaaatcgtctttcaggcaaaattccttccagcctagctcatattgatcgtctcactatgttggacttgtcaaataatcggc 44146484  T
Q  123 tttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccacttaatataaaatg 222  Q
    | ||||| |||||||||||||| || ||| ||||||  |||| |||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||  |||||    
T  44146485 tctatgggaaaattccaattgggacacagttgcagagctttaacacttcatattttgaaggaaattctaatctctgtggagaaccacttgataataaatg 44146584  T
Q  223 tccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattatacatgagcatggggcta 322  Q
    ||||||||||||   || | | |||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||    
T  44146585 tccaggagaaga---gccatcaaaacatcaagtgccgactactgatgcaggagatgacaattcaatatttttagaagcattctacatgagcatggggata 44146681  T
Q  323 ggattcttcacta 335  Q
    |||||||||||||    
T  44146682 ggattcttcacta 44146694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 206 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 44784201 - 44783806
Alignment:
Q  206 ccacttaatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattat 305  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||   || ||| |||||||||||||||| || |||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  44784201 ccacttcatataaaatgtccaggtgaaga---gccaccaaaacatcaagtgccaacaattgatgctggagatgacaattcagtatttttggaagcgttat 44784105  T
Q  306 acatgagcatggggctaggattcttcactacttttgttggctttatagggtcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaa 405  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44784104 acatgagcatggggataggattctttactagtttcgttggttttataggctcaatattgttactaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaa 44784005  T
Q  406 tgctttgatattgaaagtgttcttgtggtggaagcag---tgaatg--catgtctagttgctctaaactggatgaatgctaagccaggtacttctgttct 500  Q
    | |||| ||||||| | |  || | ||||||||||||   | ||||  | || |||| | ||||||| |||||||||| |  | ||||||||||||||||    
T  44784004 tactttaatattgagaatcatcatctggtggaagcagtaatcaatgtacctggctaggttctctaaagtggatgaatgat-ggtcaggtacttctgttct 44783906  T
Q  501 ttcctactttgttacttccacttttatggtttaaccgaatcatgaaaacttttagccttggggatggttgctttattaactgctgaaaattcattaacca 600  Q
    ||| ||||||   | ||  | |||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  44783905 ttcttacttttccatttaaatttttatggtttaactgaatcataaatacttttagcctttgggatagttgctttattaactactg-aaattcatttacca 44783807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 44794317 - 44794106
Alignment:
Q  23 gaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgtcaaacaatcagc 122  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||  |||| ||||||||| |||    
T  44794317 gaatttcttgatctttcaagaaatcatttgtcaggcaaaattccttccagtctagctcatattgatcgtcttactatgttaaatttttcaaacaatgagc 44794218  T
Q  123 tttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccacttaatataaaatg 222  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| ||| ||||||    
T  44794217 tctatggagaaattccaattggaacgcagctgcagacattcaacgcttcaagttttgaaggaaattctaatctctgtggagaaccccttgatagaaaatg 44794118  T
Q  223 tccaggagaaga 234  Q
     |||| ||||||    
T  44794117 cccagaagaaga 44794106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 348 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 11542862 - 11542791
Alignment:
Q  348 ttatagggtcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatgctttgatattga 419  Q
    ||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11542862 ttataggctcaatatcgttactgccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatgctttaatattga 11542791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 607 - 708
Target Start/End: Original strand, 44614594 - 44614692
Alignment:
Q  607 tgttgatatatgtgtaactaaaaggttttctacaattttgtattgcattttctctatgttcaaaaatctgtcatcaaagacggaatcaatctcataatat 706  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||||| || ||||||||||| ||||||  ||||||| |||||  ||| ||||||   ||||||||||||||||    
T  44614594 tgttgatatatgtgtaact-aaagcatttctataa-tttgtattgca-tttctcactgttcaataatcttccattaaagacaatatcaatctcataatat 44614690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 607 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 44793975 - 44793877
Alignment:
Q  607 tgttgatatatgtgtaactaaaaggttttctacaattttgtattgcattttctctatgttcaaaaatctgtcatcaaagacggaatcaatctcataatat 706  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  |||||| || ||||||||||| ||||||  ||||||| |||||  ||| ||||||   ||||||||||||||||    
T  44793975 tgttgatatatgtgtaact-aaagcatttctataa-tttgtattgca-tttctcactgttcaataatcttccattaaagacaatatcaatctcataatat 44793879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 11 - 510
Target Start/End: Original strand, 26729682 - 26730179
Alignment:
Q  11 ttcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgt 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26729682 ttcaaatcacttgaatttcttgatctatcaagtaatcatttgtcaggaagaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactatgttggatttgt 26729781  T
Q  111 caaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccact 210  Q
    ||||||||| ||| ||||| || ||||||| |||||  ||| |||||| |||||   |  || |||||| ||||||| |  ||||||||||||| |||||    
T  26729782 caaacaatctgctctatgggaagattccaactggaatacagttgcagagttttaatgccgcatgttttggaggaaattccgatctctgtggagaaccact 26729881  T
Q  211 taatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattatacatg 310  Q
    |  |||||||||||||||||||||    |||||| ||||||||||||||| |||  || ||| | | || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26729882 tggtataaaatgtccaggagaaga--gccaaccg-aacatcaagtgccaacaacaaattcaggaaacgagaattcaatatttttggaagctttatacatg 26729978  T
Q  311 agcatggggctaggattcttcactacttttgttggctttatagggtcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatgctt 410  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||  |||| |||||| ||||  || | |||||||||||||| ||||||| |||||||||  | |    
T  26729979 agcatggggataggattcttcactagtttcgttggcttggtaggctcaataatgttaatatcgtcttggagagaaacttactccagattcttgaacacct 26730078  T
Q  411 tgatattgaaagtgttcttgtggtggaagcagtgaatg--catgtctagttgctctaaactggatgaatgctaagccaggtacttctgttctttcctact 508  Q
    |||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| ||| |||||||||| | || ||||||||| || |||||| ||||    
T  26730079 tgatcttgaaagccttcatgtggtggaagcagtgaatgaacttgtctagttgctccaaagtggatgaatgatgag-caggtacttatgctctttcttact 26730177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 156; Significance: 2e-82; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 11 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 29227579 - 29227245
Alignment:
Q  11 ttcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgt 110  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||| |||||||||||    
T  29227579 ttcaaatcactcgaatttcttgatctgtcaagaaatcgtctttcaggtagaattccttccagtctagctcacattgatcgtcttgctatgttggatttgt 29227480  T
Q  111 caaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccact 210  Q
    || ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||   ||||||||||||| |||||| | || || |||||||| || ||    
T  29227479 cacacaatcaactctatggaaaaattccaattggaacacagttgcagacctttaatgcttcaagttttgatggaaattccaacctttgtggagatcccct 29227380  T
Q  211 taatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattatacatg 310  Q
    | ||| ||||||||||||||   |||||||| | ||||  |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  29227379 tgatagaaaatgtccaggag---aagagcaatcaaaaccacaagtgccaacaactgatgtaggagatgacaattcaatatttctggaagcattctacatg 29227283  T
Q  311 agcatggggctaggattcttcactacttttgttggctt 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  29227282 agcatggggctaggattcttcactggtttcgttggctt 29227245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 11 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 29340878 - 29340544
Alignment:
Q  11 ttcaagtcacttgaatttcttgatctatcaagaaatcatctatcaggcacaattccttccagtctagctcatattgatcgcctcactacgttggatttgt 110  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||  ||| |||||||||||    
T  29340878 ttcaaatcactcgaatttcttgatctgtcaagaaatcgtctttcaggtagaattccttccagtctagctcacattgatcgtcttgctatgttggatttgt 29340779  T
Q  111 caaacaatcagctttatggaaaaattccaattggaacgcagctgcagacttttagcacttcaagttttgaaggaaatcctaatctctgtggagagccact 210  Q
    || ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||   ||||||||||||| |||||| | || || |||||||| || ||    
T  29340778 cacacaatcaactctatggaaaaattccaattggaacacagttgcagacctttaatgcttcaagttttgatggaaattccaacctttgtggagatcccct 29340679  T
Q  211 taatataaaatgtccaggagaagaagagcaaccgaaacatcaagtgccaataactgatgcagtagatgacaattcaatatttttggaagcattatacatg 310  Q
    | ||| ||||||||||||||   |||||||| | ||||  |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  29340678 tgatagaaaatgtccaggag---aagagcaatcaaaaccacaagtgccaacaactgatgtaggagatgacaattcaatatttctggaagcattctacatg 29340582  T
Q  311 agcatggggctaggattcttcactacttttgttggctt 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  29340581 agcatggggctaggattcttcactggtttcgttggctt 29340544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 356 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 29218333 - 29218241
Alignment:
Q  356 tcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatgctttgatattgaaagtgttcttgtggtggaagcagtgaatg 448  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| | |  || |||| |||||||||||||||    
T  29218333 tcaatattgttactaccgtcttggaaagaaacctactccaaattcttgaatgcgataatattgagaatcatcatgtgctggaagcagtgaatg 29218241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 356 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 29331632 - 29331540
Alignment:
Q  356 tcaatattgttcctaccatcttggagagaaacctactccaaattcttgaatgctttgatattgaaagtgttcttgtggtggaagcagtgaatg 448  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| | |  || |||| |||||||||||||||    
T  29331632 tcaatattgttactaccgtcttggaaagaaacctactccaaattcttgaatgcgataatattgagaatcatcatgtgctggaagcagtgaatg 29331540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University