View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4533_high_9 (Length: 408)

Name: NF4533_high_9
Description: NF4533
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4533_high_9
NF4533_high_9
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (1-389)||(22831066-22831454)
chr7 (5-389)||(22815062-22815446)
chr7 (1-389)||(22889327-22889715)
chr7 (1-389)||(22840087-22840475)
chr7 (1-389)||(22898298-22898686)
chr7 (1-389)||(22805344-22805732)
chr7 (1-389)||(22875951-22876339)
chr7 (1-389)||(22809679-22810067)
chr7 (4-389)||(22893979-22894364)
chr7 (1-357)||(22880631-22880987)
chr7 (80-389)||(22885629-22885934)
chr7 (1-170)||(22858673-22858842)
chr7 (221-389)||(22858497-22858665)
chr7 (4-312)||(22842264-22842584)
chr7 (136-389)||(22913703-22913956)
chr7 (295-377)||(22922209-22922291)
chr7 (295-381)||(22933300-22933386)
chr7 (1-60)||(22914032-22914091)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-389)||(21150291-21150679)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (334-389)||(15628281-15628336)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22831454 - 22831066
Alignment:
Q  1 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831454 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcata 22831355  T
Q  101 tagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaat 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831354 tagtttttaaaaacacttcgaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgtatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaat 22831255  T
Q  201 tgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831254 tgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccat 22831155  T
Q  301 gtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22831154 gtttttggtgttgagcttgacactcgtaaaaattttgagtttgatgatatcaatgataatcatgttggaattgatatcaatgatttgaa 22831066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 5 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22815446 - 22815062
Alignment:
Q  5 atcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |    ||  | || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  22815446 atcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaatgatacagaaagagccaaaggatatgctttctatccaaatcctatagt 22815347  T
Q  105 ttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaattgtt 204  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| | |||| | |    |||||| || |||||||||| |||||||||    
T  22815346 tttcaaaaacacttccaatgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtgtttgcaataagacctcaatatccaccttttagtggccaaggaattgtt 22815247  T
Q  205 tttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccatgttt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22815246 tttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaagtcaataccttggtctctttaacgattccaacaatggaaacagtaacaaccatgttt 22815147  T
Q  305 ttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  22815146 ttggtgttgagcttgacactcgtcaagatttgcagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtatcgatatcaattatttgaa 22815062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22889715 - 22889327
Alignment:
Q  1 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcata 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| |    ||| | || | ||| ||||||||||||||  |    
T  22889715 ttatatcttgatggtattgctgagttaactacaaatggcttactaaaactcaccaatgatacagaaagagacaaaggacatggtttctatccaaatccaa 22889616  T
Q  101 tagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaat 200  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||| | |    ||| ||  |||| |||||||||||||    
T  22889615 tagttttcaaaaacacttccagtgaaagcgtgtcttctttctcaactacttttttatttgccataatacctcaatatgcaaatattggtggccatggaat 22889516  T
Q  201 tgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccat 300  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||    
T  22889515 tgtttttgttatttctccaacaaaagggctaccagattcactaccaagtcaataccttggtctctttaacgattccaacagtggaaacagtagcaaccat 22889416  T
Q  301 gtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22889415 gtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaacgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaa 22889327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22840475 - 22840087
Alignment:
Q  1 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcata 100  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| | |||  |||||||||||||||||||||||||||    | ||| | || | | |||||||||||||||| ||    
T  22840475 ttatatcttgatggtaccgctgagttagcctcaactggcttactaagactcaccaatgatacaaaacaagaaaaaggacaagctttctatccaaatccta 22840376  T
Q  101 tagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaat 200  Q
    ||||||| |||||||||||||  | |||||| || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    |||||| || ||||||||||||||||    
T  22840375 tagttttcaaaaacacttccagcggaagtgtttcttctttctcaactacttttgtattttccataaaatcttcatatccaactcttagtggccatggaat 22840276  T
Q  201 tgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccat 300  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||||||    
T  22840275 tgttttcgttatttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaagtcaataccttggtctctttaaccaatccaacattggaaacggtggcaaccat 22840176  T
Q  301 gtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| || || |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22840175 gtttttggtgttgaacttgatactcttctaagtagtgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 22840087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22898686 - 22898298
Alignment:
Q  1 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||||  || ||| | |||| |||||||||||||||||| ||    
T  22898686 ttatatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttacttagactcaccaatgataccaagcaagaaaaagcacatgctttctatccaaatccta 22898587  T
Q  101 tagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaat 200  Q
    ||||||| || |||||||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||| | |    |||||| || ||||||||||||||||    
T  22898586 tagttttcaagaacacttctaatggaagtgtttcttctttctcaactacttttgtgtttgccataagacctcaatatccaactcttagtggccatggaat 22898487  T
Q  201 tgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccat 300  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||    
T  22898486 tgtttttgttgtctctcctacaaaagggctaccaaattcactacaaagtcaataccttggtctctttaacaaatccaacaatggaaatagtagcaaccat 22898387  T
Q  301 gtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    |||||||||||||| ||||| |||  |   | |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898386 gtttttggtgttgaacttgatactattattagtagtgagtttaatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 22898298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22805732 - 22805344
Alignment:
Q  1 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcata 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |  | ||  | ||   ||||||||||||||||||  |    
T  22805732 ttatatcttgatggttttgctgagttaacctcagatggcatactaagactcaccaatgatacagaacaagtaataggtcatgctttctatccaaatccaa 22805633  T
Q  101 tagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaat 200  Q
    ||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | |    |||||| || ||| ||||||||||||    
T  22805632 tagttttcaaaaacacttccagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataatacctcaatatccaccttttactggccatggaat 22805533  T
Q  201 tgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccat 300  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||| |||||||||| ||||||||    
T  22805532 tgtttttgttctttctccaacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaataccttggtctctttaatgattccaacaatggaaacagtggcaaccat 22805433  T
Q  301 gtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    |||||||||||||| |||||||||  | || |||||||||||| |||| |  |  ||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||    
T  22805432 gtttttggtgttgaacttgacacttctaaagattttgagtttggtgatgttgacaataaccacgatggtattaatatcaatgatctgaa 22805344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22876339 - 22875951
Alignment:
Q  1 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| |     || | || | ||| |||||||||||||| ||    
T  22876339 ttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaaaactcaccaatgatacagaatatgaaaaaggacatggtttctatccaaatccta 22876240  T
Q  101 tagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaat 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | |    |||||| ||||||||||  |||||||    
T  22876239 tagttttcaaaaacacttccaatggaagtgtgtcttctttctcaactacttttgtatttgccataagacctcaatatccaactattagtggtgatggaat 22876140  T
Q  201 tgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccat 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||||| | || |||| |||||||||||||||||||    
T  22876139 tgtttttgttgtttctcctacaaaagggctaccaaactcactaccacgtcaataccttggtctctttaacaattcaaacaatggaaacagtagcaaccat 22876040  T
Q  301 gtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    |||||||||||||| |||||  ||  |   | |  ||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22876039 gtttttggtgttgaacttgattctgttttgactaatgagtttaatgatatcgatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaa 22875951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22810067 - 22809679
Alignment:
Q  1 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcata 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |  || | || | |||||||||||||||||| |     
T  22810067 ttatatcttgatggtattgctgagttaaccccagatggcttactaagactcaccaatgatacagaacatgaaaaaggacatgctttctatccaaatcctg 22809968  T
Q  101 tagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaat 200  Q
    ||||||| |||||||||  || || |||||| || ||||||||||||||||||| |||| |||||| | |    |||||| || |||||  |||||||||    
T  22809967 tagttttcaaaaacactatcagtgaaagtgtatcttctttctcaactacttttgtatttgccataagacctcaatatccaactcttagttcccatggaat 22809868  T
Q  201 tgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccat 300  Q
    ||| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||  | ||| ||||||  |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  22809867 tgtatttgttgtttcacctacaaaagggctgccaaattcaaaagcaagtcaatatcttggtctctttaaccaatccaacaatggaaacagtagtaaccat 22809768  T
Q  301 gtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    ||||| |||||||| || || |||| || || |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22809767 gttttcggtgttgaactagatactcttctaagtagtgagtttgatgatatcaatgataaccatattggtattgatatcaatgatttgaa 22809679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 4 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22894364 - 22893979
Alignment:
Q  4 tatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatag 103  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||   | ||| | |||| |||||||||||||||| | |||||    
T  22894364 tatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttactaagactcaccaatgacaccaaacaagaaaaagcacatgctttctatccaaaccctatag 22894265  T
Q  104 tttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgta--tccatctattagtggccatggaatt 201  Q
    |||| || ||||||||||||| |||||| || || |||||||||||||||| |||| |||||| |  |||  |  |||| ||  ||||||||||||||||    
T  22894264 ttttgaagaacacttccaatggaagtgtttcttcattctcaactacttttgtatttgccataaga--catcaaggtccaacttatagtggccatggaatt 22894167  T
Q  202 gtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccatg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  |  |||| ||||||||||| || | ||||||| ||||||   ||||||||| |    
T  22894166 gtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactccaaggttcataccttggtctctttgacgattccaacaatggaaatcctagcaaccacg 22894067  T
Q  302 tttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    ||||||||||||| ||||| |||  | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22894066 tttttggtgttgaacttgatactattgaaaatcgtgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 22893979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 22880987 - 22880631
Alignment:
Q  1 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||  ||| ||||||||||||||||||||||||| || |    ||  | || |||||||||||||||||||| ||    
T  22880987 ttatatcttgatggtattgctaaggtaaactcaaatggcttactaagactcaccaatgacacagaaagagccaaaggatatgctttctatccaaatccta 22880888  T
Q  101 tagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaat 200  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| | |||| || ||| | ||||||||||| |    
T  22880887 tagttttcaaaaacacttccaatgaaagtgtgtattctttctcaactacttttgtatttgccatcaaatctaggtatacagctacttgtggccatggact 22880788  T
Q  201 tgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccat 300  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||| ||   | ||||| |||||||| ||||||||||    
T  22880787 tgtttttgttgtttcaccaacaaaagggctaccaaattcgctaccaagtaaataccttggtctctttgacactttcaacactggaaacattagcaaccat 22880688  T
Q  301 gtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgat 357  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  22880687 gtttttgctgttgagtttgacactgttcaagattttgagtttgacgatatcaatgat 22880631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 80 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22885934 - 22885629
Alignment:
Q  80 atgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatcc 179  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  || || ||||||||| ||||||||||||| || |  |||| | ||||||||    |||||    
T  22885934 atgctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacact--cagtgaaagtgtgtcttctttctcaactaattctttatttgctataaaatcttaatatcc 22885837  T
Q  180 atctattagtggccatggaattgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaac 279  Q
    | ||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||  ||| | ||||||    
T  22885836 aactcatagtggccatggaattgtttttgttatttcacctacaaaagggctaccaaattcactacaatattaataccttggtctct--aacaattccaac 22885739  T
Q  280 attggaaacagtagcaaccatgtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatca 379  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22885738 aatggaaacagtagcagccatgtttttggtattgagcttgacactgatcaaaattttgagtttgatgaaatcaatgataaccatattggtattgatatca 22885639  T
Q  380 atgatttgaa 389  Q
    ||||||||||    
T  22885638 atgatttgaa 22885629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 22858842 - 22858673
Alignment:
Q  1 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcata 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  22858842 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcaactggcttactaagactcaccaatgatatcgggcaagatacagcacatgctttctatccaaatccta 22858743  T
Q  101 tagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatc 170  Q
    ||||||| ||||||||||| | || || |||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  22858742 tagttttcaaaaacacttctagtgaaactgtgtcttctttctcaactacttttttatttgccataaaatc 22858673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 221 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22858665 - 22858497
Alignment:
Q  221 caaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccatgtttttggtgttgagcttga 320  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22858665 caaaagggctaccagattcacttccaaaccaataccttggtccctttaacgattccaacattggaaacactagcaaccatgtgtttgctgttgagcttga 22858566  T
Q  321 cactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    ||||  |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  22858565 cactattcaagatcttgagtttgatgatatcaataataaccatgctggtattgacatcaataatttgaa 22858497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 4 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 22842584 - 22842264
Alignment:
Q  4 tatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatag 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||    | | | | ||   ||||||| |||||||| |  ||||    
T  22842584 tatcttgatggtattgctgagttaacctcaggtggcttaccaagactcaccaatgatacaaaacaatacaaaggtcatgctttatatccaaaaccaatag 22842485  T
Q  104 tttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccat------ctattagtggccatgg 197  Q
    |||| ||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||     |||||       || |||||||||| ||    
T  22842484 ttttcaaaaacacttctagtgaaagtgtgtcttctttctcaactacttttttatttgccataaaatctccagatccagaactaactcttagtggccacgg 22842385  T
Q  198 aattgtttt--tgtt----ctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagt 291  Q
     ||||||||  ||||    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||| |||    
T  22842384 gattgttttgttgtttcaactttcacctacaaaagggcaaccaaattcactaccaggtcaataccttggtctctttaacaattccaacaatggaaatagt 22842285  T
Q  292 agcaaccatgtttttggtgtt 312  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  22842284 agcaaccatgtttttggtgtt 22842264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 136 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 22913956 - 22913703
Alignment:
Q  136 tctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaattgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaa 235  Q
    |||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||   || |||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  22913956 tctttctctactacttttgtttttgccataaaatctgagtttcctaatcttagtggccatggaattgtttttgttctttctccaacaaaagggttaccaa 22913857  T
Q  236 attcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccatgtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattt 335  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||| || ||  | || |||| ||||||||  |  ||||||||||||||| | |||||||| |||  |   |||      
T  22913856 attcactaccaagtcaataccttggtctattcaatgaatcaaacaatggaaacaacaataaccatgtttttggtttggagcttgatactattatgaatac 22913757  T
Q  336 tgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
     ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  22913756 ggagttcgatgatatcaatgacaaccatgttggaattgatatcaatggtttgaa 22913703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 295 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 22922291 - 22922209
Alignment:
Q  295 aaccatgtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatat 377  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  22922291 aaccatctttttgctgttgagtttgacactgttcaagattttgagtttggtgatattaatgataaccatgttggtatagatat 22922209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 295 - 381
Target Start/End: Original strand, 22933300 - 22933386
Alignment:
Q  295 aaccatgtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaat 381  Q
    |||||| |||||| ||| ||| ||||||||  |||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  22933300 aaccatatttttgctgtcgagtttgacactgctcaagactttgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaat 22933386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 22914091 - 22914032
Alignment:
Q  1 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgat 60  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| | |||||||||    
T  22914091 ttatatcttgatggtgttgctgaattaacctcaaatggtttactaagattaaccaatgat 22914032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 389
Target Start/End: Original strand, 21150291 - 21150679
Alignment:
Q  1 ttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||| |  |  || | ||   |||||||||||||||||| ||    
T  21150291 ttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaagactcactagtgatacagatcatgaaatagggcatgctttctatccaaatccta 21150390  T
Q  101 tagtttttaaaaacacttccaatgcaagtgtgtcatctttctcaactacttttgaatttaccataaaatccatgtatccatctattagtggccatggaat 200  Q
    |||||||  |||||||||||   | ||||||||  ||||| ||||||||||||| |||| |||||| | |    |||||| || || |||||||||||||    
T  21150391 tagttttcgaaaacacttccggcgaaagtgtgttttctttttcaactacttttgtatttgccataagacctcaatatccaactcttggtggccatggaat 21150490  T
Q  201 tgtttttgttctttctcctacaaaagggctaccaaattcactaccaaatcaatactttggtctctttaactactccaacattggaaacagtagcaaccat 300  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||    
T  21150491 tgtttttgttatttctcctacaaaagagctaccaaattcactaccaacacaataccttggtctctttaacaattccaacaatggaaacagtagcaaccat 21150590  T
Q  301 gtttttggtgttgagcttgacactcgtcaaaattttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150591 gtttttggtgttgagcttgacactgttcaagattttgagtttgatgatatcaataataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 21150679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 334 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 15628336 - 15628281
Alignment:
Q  334 tttgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaa 389  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||    
T  15628336 tttgggtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaatggtttgaa 15628281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University