View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4534_high_10 (Length: 321)

Name: NF4534_high_10
Description: NF4534
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4534_high_10
NF4534_high_10
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (4-310)||(30339437-30339740)
chr5 (4-306)||(30398957-30399256)
chr5 (4-306)||(30434714-30435013)
chr5 (4-310)||(30243284-30243587)
chr5 (8-310)||(30748531-30748830)
chr5 (7-310)||(30482292-30482592)
chr5 (4-310)||(29852187-29852490)
chr5 (45-310)||(29871074-29871336)
chr5 (45-310)||(30059245-30059507)
chr5 (44-310)||(30678120-30678386)
chr5 (4-223)||(4380630-4380849)
chr5 (4-224)||(30205481-30205701)
chr5 (4-166)||(30714346-30714508)
chr5 (47-225)||(29709864-29710042)
chr5 (97-207)||(30474363-30474473)
chr5 (65-226)||(30203119-30203280)
chr5 (60-209)||(30522599-30522748)
chr5 (60-209)||(30562939-30563088)
chr5 (121-209)||(30429934-30430022)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (4-307)||(20297515-20297818)
chr4 (121-209)||(52350946-52351034)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-310)||(26706220-26706523)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (45-165)||(7582681-7582801)
chr1 (47-209)||(7098401-7098563)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 4 - 310
Target Start/End: Original strand, 30339437 - 30339740
Alignment:
Q  4 gagggttttcccatctctggaggtactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339437 gagggttttcccatctctggaggtactctacttacaacgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 30339536  T
Q  104 aatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 203  Q
    || ||| |||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339537 aacttgacaatctcctattgccctaaaattggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 30339636  T
Q  204 tctctaccttccgtggtcttactgatcttaacctatatgacggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttca 303  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||||| ||||||||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30339637 tctctaccttccgtggtcttactcagcttatcttatatgaaggtgaagg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttca 30339733  T
Q  304 atctctg 310  Q
    |||||||    
T  30339734 atctctg 30339740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 4 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 30399256 - 30398957
Alignment:
Q  4 gagggttttcccatctctggaggtactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399256 gagggttttcccatctctggaggaactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 30399157  T
Q  104 aatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 203  Q
     | |||  |||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||  |||    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399156 gagttgagaatcacagcttgccctaaacttggagtgccatgtcttccatctcttaaatccctctatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 30399057  T
Q  204 tctctaccttccgtggtcttactgatcttaacctatatgacggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttca 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||  |||| || |||||  |||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30399056 tctctaccttccgtggtcttactgagctttccctagattacggtagagg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttca 30398960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 4 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 30435013 - 30434714
Alignment:
Q  4 gagggttttcccatctctggaggtactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 103  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30435013 gagggctttcccatctttggaggtactcgaattacatgggttaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 30434914  T
Q  104 aatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 203  Q
    | ||||   |||    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30434913 agtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcggtgtcgatggacgtaacaatgagttactgaggtcaa 30434814  T
Q  204 tctctaccttccgtggtcttactgatcttaacctatatgacggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttca 303  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||   |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30434813 tctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatagtggtgaagga---ataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttca 30434717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 4 - 310
Target Start/End: Original strand, 30243284 - 30243587
Alignment:
Q  4 gagggttttcccatctctggaggtactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 103  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243284 gagggttttcccatctctagaggtactccaattatcttgtctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 30243383  T
Q  104 aatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 203  Q
    | ||||   |||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    | ||||||||||||||||||||||||||    
T  30243384 agtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctctttgtatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaa 30243483  T
Q  204 tctctaccttccgtggtcttactgatcttaacctatatgacggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttca 303  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| |||  | |||||   ||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30243484 tctctaccttccgtggtcttactcagcttaaactaattcacggtttcgg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttca 30243580  T
Q  304 atctctg 310  Q
    |||||||    
T  30243581 atctctg 30243587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 8 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 30748830 - 30748531
Alignment:
Q  8 gttttcccatctctggaggtactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatt 107  Q
    |||||||||||||| |||| |||| | |||  || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30748830 gttttcccatctctagaggaactcaacttaaaatccctaccaaacatagagggattattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagt 30748731  T
Q  108 tgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctc 207  Q
    ||   |||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  | |    | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748730 tggatatctgggattgccctgaacttggactgccatgtcttccatctcttaaatccctccatttatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctc 30748631  T
Q  208 taccttccgtggtcttactgatcttaacctatatgacggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatct 307  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| |||| ||   |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748630 taccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatagtggtgaaggaataa---catccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatct 30748534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 7 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 30482592 - 30482292
Alignment:
Q  7 ggttttcccatctctggaggtactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaat 106  Q
    |||||||| |||||||  ||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  30482592 ggttttccgatctctgatggatctccatttacgatacctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttcttac 30482493  T
Q  107 ttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatct 206  Q
    |||  ||||    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30482492 ttggaaatctcatattgccataaacttggactgccatctcttccatctcttgaaggcctctatgtggatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatct 30482393  T
Q  207 ctaccttccgtggtcttactgatcttaacctatatgacggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 306  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| ||||   || |||||||||   ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  30482392 ctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaatggagggtgaagga---ataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttgtcttcaata 30482296  T
Q  307 tctg 310  Q
    ||||    
T  30482295 tctg 30482292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 4 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 29852490 - 29852187
Alignment:
Q  4 gagggttttcccatctctggaggtactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 103  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |  |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  29852490 gagggttttcccatctctggagatacttctattacaacgcctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagagggaagatatttccttgtctttct 29852391  T
Q  104 aatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 203  Q
    ||||||  ||||    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||   |||  |||    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852390 aatttgaaaatctcatattgccctgaacttggactgccatgtcttccatctctgaaactgctccatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 29852291  T
Q  204 tctctaccttccgtggtcttactgatcttaacctatatgacggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttca 303  Q
    ||||||||||||||||||||||  | |||   ||| ||||||||      | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852290 tctctaccttccgtggtcttacaaagctttggctacatgacggt---ttcagaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttca 29852194  T
Q  304 atctctg 310  Q
    |||||||    
T  29852193 atctctg 29852187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 45 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 29871336 - 29871074
Alignment:
Q  45 taccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatg 144  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||     | ||||||||| |||||||||||||    
T  29871336 taccaaacatagagggtttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatttggaaatgccctaaaattggactgccatg 29871237  T
Q  145 tcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactgatcttaacctatatgac 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||  ||||  ||||    
T  29871236 tcttccatctcttaaagacctcgttgccgatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttttgtggtcttactcagcttgccctaagtgac 29871137  T
Q  245 ggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 310  Q
    |||||||||   ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29871136 ggtgaagga---ataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttctatctctg 29871074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 30059507 - 30059245
Alignment:
Q  45 taccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatg 144  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||   || |||| ||||||||||||||||||    
T  30059507 taccaaacatagagggtttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctctgaatgccgtaaacttggactgccatg 30059408  T
Q  145 tcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactgatcttaacctatatgac 244  Q
    ||||||||||||||||  ||||  |||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  | || |||      
T  30059407 tcttccatctcttaaatccctcactgtatcggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttttcgtaaatggg 30059308  T
Q  245 ggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 310  Q
    ||||||||   |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059307 ggtgaagg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30059245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 44 - 310
Target Start/End: Original strand, 30678120 - 30678386
Alignment:
Q  44 ctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcgattgccctaaact---tggactgc 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||    |||||||||||||   ||||||||    
T  30678120 ctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaggttggatatctggaattgccctaaactgcttggactgc 30678219  T
Q  141 catgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactgatcttaacctata 240  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||   |    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||    
T  30678220 catgtcttccatctcttaaagaactcgagatatggggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagctttccctata 30678319  T
Q  241 tgacggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 310  Q
    | |||||   ||   |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678320 taacggtttcgg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30678386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 4 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 4380849 - 4380630
Alignment:
Q  4 gagggttttcccatctctggaggtactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||   || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4380849 gagggttttcccatctctggaggtactcgaattatattgtctaccaaacataaaggggttattgaaagtggaaagaggggagttgtttccttgtctttct 4380750  T
Q  104 aatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 203  Q
    || |||   |||    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4380749 aacttggatatctagaattgccctaaacttggactgccatgtcatccatctcttaaacacctcgttgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 4380650  T
Q  204 tctctaccttccgtggtctt 223  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  4380649 tctctacctttcgtggtctt 4380630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 30205701 - 30205481
Alignment:
Q  4 gagggttttcccatctctggaggtactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||   |||  |  |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30205701 gaggattttcccatctctggaggtactcatattagaaatcctaccaaacttagaagggttattgaaagtggaaagaggtgagatgtttccttgtctttct 30205602  T
Q  104 aatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 203  Q
      |||  | |||  |  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||| | |||    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30205601 cgtttaaccatctccttttgccctaaacttggactgccatgtcttgtatctcttaaaaacctagatgtattgggatgtaacaatgagttgctgaggtcaa 30205502  T
Q  204 tctctaccttccgtggtctta 224  Q
    |||||| |||  |||||||||    
T  30205501 tctctagcttttgtggtctta 30205481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 4 - 166
Target Start/End: Original strand, 30714346 - 30714508
Alignment:
Q  4 gagggttttcccatctctggaggtactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 103  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||| | |||   || |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30714346 gagggttttcccctctctggagatactcgaattatcttgtctacgaaacatagtggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttctctttct 30714445  T
Q  104 aatttgtcaatc-atcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctc 166  Q
    || |||  |||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714446 aaattggtaatcgattg-ttgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctc 30714508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 47 - 225
Target Start/End: Original strand, 29709864 - 29710042
Alignment:
Q  47 ccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtc 146  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||  |||   |   | | ||||||||| |||| ||||||    
T  29709864 ccaaacttagaggggttagtgaatgtggaaagagaggaggtgtttccttgtccttctattttgaaaattgccctcttcactaaacttgaactgtcatgtc 29709963  T
Q  147 ttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttac 225  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||    
T  29709964 ttccgtctcttatagacctcgatgtttcgggatgtaacaatgagttactgagatcaatctctacctcatgtggtcttac 29710042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 97 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 30474473 - 30474363
Alignment:
Q  97 tctttctaatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactg 196  Q
    ||||||||||||| | || || ||||||||||||||||   ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||    
T  30474473 tctttctaatttgaccattattgattgccctaaacttgtgttgccatgccttccatcccttaaagacctcattgtatttggatgtaacaatgagttactg 30474374  T
Q  197 aggtcaatctc 207  Q
    || ||||||||    
T  30474373 agatcaatctc 30474363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 65 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30203280 - 30203119
Alignment:
Q  65 ttgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacc 164  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||   |||  |  || ||||||||||  |||| |||||||||||| | ||||| |||    
T  30203280 ttgaaagtggaaagagaggagatgtttccttgtctttttcaattggatatcgccttttaccctaaacttcaactgtcatgtcttccatatgttaaaaacc 30203181  T
Q  165 tcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttact 226  Q
    |   ||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||    
T  30203180 tttatgtaaatgaatgtaacaatgagttactgaggtcgatctctagcttctatggtcttact 30203119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 209
Target Start/End: Original strand, 30522599 - 30522748
Alignment:
Q  60 ggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaa 159  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  | |||||||| ||| | ||| | | |||||||||||||||  |||||   ||| ||||  ||||    
T  30522599 ggttgttgaaagtggaaacaggggagatttttccccgcctttctaagttggccatcgttggttgccctaaacttgggttgccacacctttcatcgtttaa 30522698  T
Q  160 agacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 209  Q
    ||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  30522699 agaactcattgtagatggatgtaacaatgagttgctggagtcaatctcta 30522748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 209
Target Start/End: Original strand, 30562939 - 30563088
Alignment:
Q  60 ggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaa 159  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  | |||||||| ||| | ||| | | |||||||||||||||  |||||   ||| ||||  ||||    
T  30562939 ggttgttgaaagtggaaacaggggagatttttccccgcctttctaagttggccatcgttggttgccctaaacttgggttgccacacctttcatcgtttaa 30563038  T
Q  160 agacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 209  Q
    ||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  30563039 agaactcattgtagatggatgtaacaatgagttgctggagtcaatctcta 30563088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 121 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 30430022 - 30429934
Alignment:
Q  121 ttgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 209  Q
    ||||| |||||||||  ||||||| ||| ||||| ||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  30430022 ttgccttaaacttgggttgccatgcctttcatcttttaaagaactcattgtagatggatgtaacaatgagttactggagtcaatctcta 30429934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 4 - 307
Target Start/End: Original strand, 20297515 - 20297818
Alignment:
Q  4 gagggttttcccatctctggaggtactccatttactatgcctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||| | || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20297515 gagggttttcccatctctggaggtactcgacttattttgtctacaaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttct 20297614  T
Q  104 aatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaa 203  Q
    || |||  ||||  | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  20297615 aagttgaaaatctccaaatgccctaaacttggaatgccatgtcttccatctcttaaatccctcgatgtcgatccatgtaacaatgagttactgagatcaa 20297714  T
Q  204 tctctaccttccgtggtcttactgatcttaacctatatgacggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttca 303  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||  ||||  |||| |||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  20297715 tctctactttccgtggtcttactcagctttccctacttgacagtgaagaaataataacatccttcccagatgggatgttcaaaaaccttacttctcttca 20297814  T
Q  304 atct 307  Q
    ||||    
T  20297815 atct 20297818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 121 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 52351034 - 52350946
Alignment:
Q  121 ttgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 209  Q
    ||||||||||||||   ||| ||  |||||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||| | ||||||| ||| |||| ||||    
T  52351034 ttgccctaaacttgtgttgcaattccttccatcccttaaagacctcattgtaattggatgtaacagtcagttactaaggccaatatcta 52350946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 4 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 26706523 - 26706220
Alignment:
Q  4 gagggttttcccatctctggaggtactccatttactatgcct-accaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttc 102  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  26706523 gagggttttcccatctctgaaggtactccactta-tatgagttaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggaaaggtgtttccttgtctttc 26706425  T
Q  103 taatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtcttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtca 202  Q
    |  |||| ||||   | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||    |||||||||||||||||||||||||||    
T  26706424 tcgtttgacaatatactattgccctaagctaggactgccatgtcttccatctcttaaatccctcaatgtttcgggatgtaacaatgagttactgaggtca 26706325  T
Q  203 atctctaccttccgtggtcttactgatcttaacctatatgacggtgaaggaataataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttc 302  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||   |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26706324 atccctacctttcgtggtcttactgagcttaccctatataacggcgaagg---aataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttc 26706228  T
Q  303 aatctctg 310  Q
    ||||||||    
T  26706227 aatctctg 26706220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 45 - 165
Target Start/End: Original strand, 7582681 - 7582801
Alignment:
Q  45 taccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatg 144  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||   |||| | ||||||||||||||| ||| || ||    
T  7582681 taccaaacttagaggggttgttgaaagtggaaaaaaaggagatgtttccttgtctttctattttgaacatcaacaattgccctaaacttgaacttccgtg 7582780  T
Q  145 tcttccatctcttaaagacct 165  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  7582781 tcttccatctgttaaagacct 7582801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 47 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 7098563 - 7098401
Alignment:
Q  47 ccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgtcaatcatcgattgccctaaacttggactgccatgtc 146  Q
    |||||| |||||||  | ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||  | ||||||||||||||| ||| || ||||    
T  7098563 ccaaacttagagggactgttgaaagtggaaagagatgagacgtttccttgtctttctattttggaaatcgacaattgccctaaacttgaacttccgtgtc 7098464  T
Q  147 ttccatctcttaaagacctcgttgtcaatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 209  Q
    |||||||| ||| |||||||  |||  ||| |||||| ||| || | |||| |||||||||||    
T  7098463 ttccatctgttagagacctctatgtagatgaatgtaataataagatgctgaagtcaatctcta 7098401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University