View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4536-Insertion-1 (Length: 805)

Name: NF4536-Insertion-1
Description: NF4536
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4536-Insertion-1
NF4536-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-805)||(5754549-5755333)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 590; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 590; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 5755333 - 5754549
Alignment:
Q  8 atatgcaagtagtatatgatatgctgagcaagaaggttagaaatagaaaaacaggacaaaaagagtgacgttgggtttatggaagcgggattaacgtttt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5755333 atatgcaagtagtatatgatatgctgagcaagaaggttagaaatagaaaaacaggacaaaaagagtgacgttgggtttatggaagcgggattaacgtttt 5755234  T
Q  108 aaattggtattctctctctctaccactttcttaaaccttcttaaatcctgtcttgccacaaagtaaaactagaattagagtagtaacataagtactgttg 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5755233 aaattggtattctctctctctaccactttcttaaaccttcttaaatcctgtcttgccacaaagtaaaactagaattagagtagtaacataagtagtgttg 5755134  T
Q  208 tgacatgctttaaaatctcacattgaaagcgcatatatgaagc-atgcgctttcgtcatggcctggtgcatgaggcgcatcaggcccacaagtcattgta 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||  |||| | ||||||    
T  5755133 tgacatgctttaaaatctcacattgaaagcgcatgtatggagccatgcgctttcgtcatggctaggtgcatgaggtgcatcaggct-acaaattattgta 5755035  T
Q  307 gggtttgggtttttccctgtcattttagtgtgt--ttaatgtttaaaggtcaagaaaatatannnnnnnnnnnnnngtgtaatcttataaaaccaatatg 404  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||    
T  5755034 gggtttgggtttttccatgtcattttagtgtgtgtttaatgtttaaaggtcaagaaaatatttttttttcttttttgtgtaatcttataaaaccaatatg 5754935  T
Q  405 aaatgactctaatgaattgtagaggttaagagttgagagtgagattgttgggttgaaaaatattgtaaatatttaggatgagtgaaaatctttaagtctt 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  5754934 aaatgactctaatgaattgtagaggttaagagttgagagtaagattattgggttgaaaaatattgtaaatatctaagatgagtgaaaatctttaagtctt 5754835  T
Q  505 gttcattcatataaagagattggaaaatatataggtagaaatttagtagtttttgaagaagttagttgatgataatttcttgtacatatatctcttgtat 604  Q
    ||    |||||||| |||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5754834 gt----tcatataatgagattggaaa----ataggtagaaatttagtagtttttgaagaagttagttgaagataatttcttgtacatatatctcttgtat 5754743  T
Q  605 cttttgtaagaaataacttattgatagtgtatgatccaccctgaataccacatacaaattgaatataaatacgatcattttttatgaccatagtatttct 704  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5754742 cttttgtaaga---aacttattgatagtgtatgatccaccctgaataccacatacaaattgaatataaatacgatcattttttatgaccatagtatttct 5754646  T
Q  705 ctaacaacaacacaaatcacattataattattatatcaaaaaacaatataaataatattttattcaagatgtctccatatccgtcctaataccccatgat 804  Q
    | ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5754645 c-aacaacaacacaaatcacattata---attatatcaaaaaacaatataaataatattttattcaagatgtttccatatccgtcctaataccccatgat 5754550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University