View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4540-Insertion-2 (Length: 981)

Name: NF4540-Insertion-2
Description: NF4540
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4540-Insertion-2
NF4540-Insertion-2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-946)||(38633811-38634750)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 870; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 870; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 38634750 - 38633811
Alignment:
Q  7 aacaggttctggttatggagaaaacaatcttgagaaatcttgaatggtatttgacagttcctactccttatgtctttctggttcggtacatcaaagcctc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38634750 aacaggttctggttatggagaaaacaatcttgagaaatcttgaatggtatttgacagttcctactccttatgtctttctggttcggtacatcaaagcctc 38634651  T
Q  107 aaccccctctgacaaagaggtaatatatattacttcatagtttgattgtggaaattattaagtgtcttgtgactgatgcaatgtagaatggaatggcctt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38634650 aaccccctctgacaaagaggtaatatatattactttatagtttgattgtggaaattattaagtgtcttgtgactgatgcaatgtagaatggaatggcctt 38634551  T
Q  207 ctctaattgtggattctgtttttatcaatgtagatggaaagtatggtgaatttccttgctgaactttctatgatgcattatgctactgtatcctcgtact 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38634550 ctctaattgtggattctgtttttatcaatgtagatggaaagtatggtgaatttccttgctgaactttctatgatgcattatgctactgtatcctcgtact 38634451  T
Q  307 gcccttcaatgattgctgcttctgctgtatacgcggcaagatcaactcttgagaggagccctttttggacagatactctgaagcactacacaggctactc 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38634450 gcccttcaatgattgctgcttctgctgtatacgcggcaagatcaactcttgagaggagccctttttggactgatactctgaagcactacacaggctactc 38634351  T
Q  407 tgaggaacaactaaggtaatgtaatatcagcaaaactatatatgatgaaactgaatgtttgttttatgcgattgttttgtgtcaaagaaagtaacatttt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38634350 tgaggaacaactaaggtaatgtagtatcagcaaaactatatatgatgaaactgaatgtttgttttatgcgattgttttgtgtcaaagaaagtaacatttt 38634251  T
Q  507 gtttatttatgttgtcagggattgtgccaaactcatggtgagctttcattctgctgctccagagagtaggctaagggcaatttacaagaagttctgtagc 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38634250 gtttatttatgttgtcagggattgtgccaaactcatggcgagctttcattctgctgctccagagagtaggctaagggcaatttacaagaagttctgtagc 38634151  T
Q  607 tctgatcgttgtgctgttgctcttatgactccagccaaaaatttgtcttcagaatcttgattagattctagtttagggttgtcttttggatgattgtatc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38634150 tctgatcgttgtgctgttgctcttatgactccagccaaaaatttgtcttcagaatcttgattagattctagtttagggttgtcttttggatgattgtatc 38634051  T
Q  707 tactatatcggtaatacaatgatttagctattgacttttgaaacttatgcctggtttcatttaggagtgatcattattatcatgatccattttgctgnnn 806  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  38634050 tactatatcggt-atacaatgatttagctattgacttttgaaacttatgcctggtttcatttaggagtgatcattattatcatgatccattttgctgttt 38633952  T
Q  807 nnnnnaagtgtgttacaaagtttggaacaatcttagagaatcatgacccctgcctcacaggttgattctttttgtagttatatgattgaatggaatttta 906  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38633951 tttttaagtgtgttacaaagtttggaacaatcttagagaatcatga-ccctgcctcacaggttgattctttttgtagttatatgattgaatggaatttta 38633853  T
Q  907 atatttgcaaattc-tgtgtt-gtttatttgtctatggtgtg 946  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  38633852 atatttgcaaattcttgtgttggtttatttgtctatggtgtg 38633811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University