View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4541-Insertion-2 (Length: 892)
Name: NF4541-Insertion-2
Description: NF4541
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4541-Insertion-2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 11584750 - 11584294
Alignment:
| Q |
8 |
tcttttagatggagtggtaaatattacaagtaattcatacacaaaagtgagattttatatttgagcataggacaccatgaatatagtactaaataatttg |
107 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |
|
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| T |
11584750 |
tcttttagatggagtggtaaatattacaagtaattcatacacaaaagtgagattttatatttgagcataggacaccatgaatatc-------atagtttg |
11584658 |
T |
|
| Q |
108 |
acattttattagccaaactatgacttatgagttaaatatcatagtatctgcttacacttttatagggaatgtgagacaaactagttaatgtttatagatg |
207 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
11584657 |
acattttattagccaaactacaacttatgagttaaatatcatagtatttgcttacactttgatagggaatgtgagacaaactagttaatgtttatagatg |
11584558 |
T |
|
| Q |
208 |
agagttagaaacactctcttcccaacgcttactctaacatttgctatgctattgtgtaaaatcaatgtgatcgtccccacattatatgtgtaacttatac |
307 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
11584557 |
agagttagaaacactctcttcccaacgcttactctaacattcgctatgttattgtgtaaaatcaatgtgatcgtctccacattatatgtgtaacttatac |
11584458 |
T |
|
| Q |
308 |
aatatgctttctgagcatacatgatttatat--atatttcctaaatatgtacataaaaacagacatacatagggagagtaactacgagaatcaaacatta |
405 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11584457 |
aatatgctttctaagcatacatgatttatatatatatttcctaaatatgtacataaaaacagacatacatagggagagtaacaacgagaatcaaacatta |
11584358 |
T |
|
| Q |
406 |
tcccatggataaaacgcggtctccaaatcattaatctctaatttcttgatatttgtcctctctc |
469 |
Q |
| |
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|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
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|
| T |
11584357 |
tctcatggataaaacgcggtctccaaatcattaatctctaattttttgatatttgtcctctctc |
11584294 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 488 - 891
Target Start/End: Complemental strand, 11584018 - 11583620
Alignment:
| Q |
488 |
agattcttatttcttataaaaagttgtaacaaacttagtcagcactcttaaagtgattatttttatnnnnnnnnnnnttattatttaaaaaaccataaca |
587 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |
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| T |
11584018 |
agattcttattttttataaaa-gttgtaacaaacttagtcaacactcttaaagtgattattttt----taaaaaaggttattatttaaaaaactataaca |
11583924 |
T |
|
| Q |
588 |
aactggtttaaattataagatcacaaattattttattaaagcaataattacctgttttattctttgtattaaattaaatagttgcannnnnnnnnnnggt |
687 |
Q |
| |
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|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |
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| T |
11583923 |
aactggttcaaattataagatcacaaattattttattaaaacaataattacctattttattctttgtattaaattaaatagttgtatttttttttttggt |
11583824 |
T |
|
| Q |
688 |
gtgaactctggtattttatgttgagacggttagagattaatatttccaaataccatgattgtttatgaggttgacatatttcaacaaatgatattttttg |
787 |
Q |
| |
|
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|
| T |
11583823 |
gtgaactctggtattttatgttgagacggttagagattaatatttccaaataccatgattgtttatgaggttgacatatttcaacaaatgatgttttttg |
11583724 |
T |
|
| Q |
788 |
ttgatattattctatatttccatatgaatcaatctaaaacaatatttatagttaaacattcaagagaccatattattcacaagaataccgcatcatatta |
887 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11583723 |
ttgatattattccatatttccatatgcatcaatctaaaacaatactcatagttaaacattcaagagaccatattattcacaagaataccgcatcatatta |
11583624 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 160 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 11598725 - 11598610
Alignment:
| Q |
160 |
tacacttttatagggaatgtgagacaaactagttaatgtttatagatgagagttagaaacactctcttcccaacgcttactctaacatttgctatgctat |
259 |
Q |
| |
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|||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |
|
|
| T |
11598725 |
tacactttcatagagaatatgatgcaaactagttaatgtttttaaaagagagttagaaccactctcttcacaacgcttactctaacattcactatgttat |
11598626 |
T |
|
| Q |
260 |
tgtgtaaaatcaatgt |
275 |
Q |
| |
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|
| T |
11598625 |
tgtgtaaaaccaatgt |
11598610 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 835 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 11598512 - 11598460
Alignment:
| Q |
835 |
atagttaaacattcaagagaccatattattcac-aagaataccgcatcatatta |
887 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | |||||||||| |
|
|
| T |
11598512 |
atagttaaacattcaagaga-catattattcactaagaatatcacatcatatta |
11598460 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 11599009 - 11598966
Alignment:
| Q |
10 |
ttttagatggagtggtaa---atattacaagtaattcatacaca |
50 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11599009 |
ttttagatggagtggtaataaatattacaagtaattcatacaca |
11598966 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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