View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4541_high_2 (Length: 772)

Name: NF4541_high_2
Description: NF4541
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4541_high_2
NF4541_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-760)||(42444094-42444841)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 695; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 695; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 760
Target Start/End: Original strand, 42444094 - 42444841
Alignment:
Q  17 atctttcaacaaactaagctaaacagaatatggtaggtaggaacaacaagacaacaacaaccttttaaaaacaaatactaatcattgttgccgacttaag 116  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42444094 atcttccaaaaaactaagctaaacagaatatggtaggtaggaacaacaagacaacaacaaccttttaaaaacaaatactagtcattgttgccgacttaag 42444193  T
Q  117 aataaatatacactacatgaatcatgacatatataatataaccatgccagccagcaaaaagtgttacttacaaagttacatataaatatataatcattgt 216  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444194 aataaatatacaccacatgaatcatgacatatataatataaccatgctagccagcaaaaagtgttacttacaaagttacatataaatatataatcattgt 42444293  T
Q  217 gaatgtatt----tagagcacacctctttcattcttccatcaagcagaaagtaaagtttctcttgaacatggattatttccttttcattgctctcacttt 312  Q
    |||||||||    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444294 gaatgtatttatttagagcacacttctttcattcttccatcaagcagaaagtaaagtttctcttgaacatggattatttccttttcattgctctcacttt 42444393  T
Q  313 cgtgttgagtttccatattcattttactcaaggaagtgaactgcaccctaccgctcggagtactgagacaagcacttcaaaaatatacattatccatgtg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444394 cgtgttgagtttccatattcattttactcaaggaagtgaactgcaccctaccgctcggagtactgagacaagcacttcaaaaatatacattatccatgtg 42444493  T
Q  413 aataagccagagggtaagctattcactcaatcagaagaagatttagaaagctggcatcattcattcatgccaactacggttatgagctctgatgaacaac 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444494 aataagccagagggtaagctattcactcaatcagaagaagatttagaaagctggcatcattcattcatgccaactacggttatgagctctgatgaacaac 42444593  T
Q  513 cgcgaatgatttattcatacagaaatgtgttgagtggttttgccgcaagactaactcaagaagagttgagagctgttgaacagaagaatggttttgtttc 612  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42444594 cgcgaatgatttattcataccgaaatgtgttgagtggttttgccgcaagactaactcaagaagagttgagagctgttcaacagaagaatggttttgtttc 42444693  T
Q  613 agctcatcccgaaaggacactacgtcgtcaaaccacacataccccagatttcttggggttgcagcaaaatatcggattttggaaggaatcaaattttgga 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42444694 agctcatcccgaaaggacactacgtcgtcaaaccacacataccccagatttcttggggttgcagcaaaatatcggatcttggaaggaatcaaattttgga 42444793  T
Q  713 aagggaattattattggtgttctagattcaggaatcacacctgatgat 760  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444794 aagggaattattattggtgttctagattcaggaatcacacctgatgat 42444841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University