View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4544_low_3 (Length: 466)

Name: NF4544_low_3
Description: NF4544
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4544_low_3
NF4544_low_3
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (31-450)||(26250832-26251251)
chr7 (33-450)||(26242384-26242801)
chr7 (32-450)||(26297432-26297850)
chr7 (54-450)||(26191252-26191648)
chr7 (266-444)||(26223525-26223703)
chr7 (266-444)||(26203887-26204065)
chr7 (32-329)||(26179191-26179488)
chr7 (38-445)||(19103295-19103702)
chr7 (32-442)||(26128562-26128972)
chr7 (54-342)||(26155298-26155586)
chr7 (32-442)||(26087776-26088187)
chr7 (32-442)||(26111564-26111975)
chr7 (370-445)||(26301803-26301878)
chr7 (56-206)||(26204125-26204275)
chr7 (56-206)||(26223763-26223913)
chr7 (31-108)||(26186571-26186648)
chr7 (34-169)||(26302070-26302205)
chr7 (267-329)||(26301904-26301966)
chr7 (371-444)||(26207428-26207501)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (34-442)||(44903245-44903653)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 26251251 - 26250832
Alignment:
Q  31 catgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagc 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26251251 catgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggcagaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagc 26251152  T
Q  131 ttctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcat 230  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26251151 ttctcgtaatcattttcaagttcatgaaaactgttgtatagtgacccatagcttctttctgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcat 26251052  T
Q  231 tgttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattata 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26251051 tgttttccaattcccaatcacaaagttgctgacgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattata 26250952  T
Q  331 atggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattct 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26250951 atggggtttatattttctaacaaaataaattgcacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattct 26250852  T
Q  431 acagtccaaggatacttcat 450  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  26250851 acagtccaaggatacttcat 26250832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 33 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 26242801 - 26242384
Alignment:
Q  33 tgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagctt 132  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||    
T  26242801 tgtgtcccctattcgcctttcttttatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccgattgtagttttactaagatt 26242702  T
Q  133 ctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcattg 232  Q
    ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  26242701 ctcataatcactttcaagttcatgaaaactgttgtatagtgacccatagcttctttccgctgatacataatttggttcaaaaatggccgtcataacattg 26242602  T
Q  233 ttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataat 332  Q
     |||||  |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26242601 gtttccctttcccagtcacaaagttgaagacgggtcatctcaactgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataat 26242502  T
Q  333 ggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctac 432  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  26242501 ggggtttatattttctaacaaaataaattccacagtcggagaagtagcttgagctgcaaaagtgaatccttggaatatttagttttgcagctgattccac 26242402  T
Q  433 agtccaaggatacttcat 450  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  26242401 agtccaaggatacatcat 26242384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 32 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 26297850 - 26297432
Alignment:
Q  32 atgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagct 131  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||| |    
T  26297850 atgtgtcccctattagcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgacttgattccgattgtagttttaaaaagtt 26297751  T
Q  132 tctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt 231  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  26297750 tctcataatcactttcaagttcatgaaaactgttgtatagtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccgtcatagcgtt 26297651  T
Q  232 gttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataa 331  Q
    |||||||  |||||||| |  ||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26297650 gttttccctttcccaattatgaagctgcagacgtgtcatctcaatggtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtttcagaaactaaattataa 26297551  T
Q  332 tggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcta 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26297550 tggggtttatattttctaacaaaataaattgcacaataggagaagtagcttgagctgtaaaagtcaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcca 26297451  T
Q  432 cagtccaaggatacttcat 450  Q
    |||||||||| || |||||    
T  26297450 cagtccaagggtatttcat 26297432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 54 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 26191648 - 26191252
Alignment:
Q  54 tttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttctcgtaatcattttcaatttc 153  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||  ||||| | |||||||| ||||| || ||| |||| | |||    
T  26191648 tttcatcatcctttttagcccaagctgaaactggtcctacactccaagatttgatcccccttgtagtattacaaagtttctcatattcactttctagttc 26191549  T
Q  154 atgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcattgttttccaattcccaatcacaa 253  Q
    ||||||||| |||||| |||  ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||  |||  |   || ||| ||||||  |  |||||||  |    
T  26191548 atgaaaactattgtatagtgtgccatagcttttttcctctgattcataaattggttcaaaataggctgtggcaggattcttttcccttaaccaatcagga 26191449  T
Q  254 agttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggtttatattttctaacaa 353  Q
    |  |||||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||  | | ||    
T  26191448 atctgcagaggggtcatctcaatggtatgaggaaaactaggaatagtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatcatgaggcctatatttcatgataa 26191349  T
Q  354 aataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggatacttcat 450  Q
    ||| ||   ||||   ||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||    
T  26191348 aatgaaaggcacagctggagaagtaacttgagctataaaagtgaatccttggaatgtttagttttgcagctgcttccactgtccaaggatacatcat 26191252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 266 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 26223703 - 26223525
Alignment:
Q  266 gtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggtttatattttctaacaaaataaattccac 365  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||  || |||    
T  26223703 gtcatctcaattgtatgaggcaaacaaggaacagtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatcatgaggtctatactttctaacaaaatagcttgcac 26223604  T
Q  366 attcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggata 444  Q
    | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  26223603 aattggagaagtagcttgagctgtaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcaactgtccaaggata 26223525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 266 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 26204065 - 26203887
Alignment:
Q  266 gtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggtttatattttctaacaaaataaattccac 365  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||  |  |||    
T  26204065 gtcatctcaattgtatgaggcaaacaaggaacggtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatcatgaggtctatactttctaacaaaatagctcgcac 26203966  T
Q  366 attcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggata 444  Q
    | | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  26203965 aattggagaagtagcttgagctgtaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcaactgtccaaggata 26203887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 32 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 26179488 - 26179191
Alignment:
Q  32 atgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagct 131  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||| | ||||  |  |    
T  26179488 atgtgtccccttttggcctttttttcaccatccttgttagtccaagctgaaactggtcctacactccaagttttgatccccattgtagtgttacttaatt 26179389  T
Q  132 tctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt 231  Q
    | || |||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||  ||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||  |||      || |||    
T  26179388 tttcataatcactttcaagttcatgaaaactattgtatagtgttccataacttcttttctctgattcaaacattggttcaaaataggcagcggcaggatt 26179289  T
Q  232 gttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattat 329  Q
     ||| |   |  |||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26179288 ctttgcatgtaaccaatcaggaagttgcagaggagtcatctcaattgtatgaggaaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattat 26179191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 38 - 445
Target Start/End: Original strand, 19103295 - 19103702
Alignment:
Q  38 cccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttctcgt 137  Q
    |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||| |||||||| || | |||| | |||| ||| ||  | |    
T  19103295 cccctactggcctttttttcatcatccttgttagccctagctgaaactggtcctacacaccaagatttgatccccaatgtagtcttaccaagttttacat 19103394  T
Q  138 aatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcattgttttc 237  Q
    ||||| |||| | |||||||||||| |||||| |||  ||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||  |||  | | || ||| |||      
T  19103395 aatcactttccagttcatgaaaactattgtatagtgttccataacttcttttctctgattcaaacattggttcaaaataggcagtgacagaattctttgt 19103494  T
Q  238 caattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggt 337  Q
       |  |||||||  ||| |||||| | ||||||||||| |||||||| |||| |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||    
T  19103495 tcttaaccaatcaggaagctgcagaggagtcatctcaatggtatgaggcaaaccaggaaccgtaaatttctgcgtatcagaaactaaattattatgaggt 19103594  T
Q  338 ttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtcc 437  Q
     |||| ||  | | |||||  |   |||| | ||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||   |||||||||||||| ||| || ||||    
T  19103595 ctatacttcatgataaaatggaaaacacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcgacggtcc 19103694  T
Q  438 aaggatac 445  Q
    ||| ||||    
T  19103695 aagcatac 19103702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 32 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 26128972 - 26128562
Alignment:
Q  32 atgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagct 131  Q
    ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||| || |  ||| | |||||||  |    
T  26128972 atgtgtcccctattccccttgttttcatcatccttgttagcccatgatgaaactggtcctacactccaagatttgatccccaaggtagtgttacaaatgt 26128873  T
Q  132 tctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt 231  Q
    | || |||||| |||| | |||||||||||| ||| || |||  ||||| ||||||| |  ||||||||| |||| |||||||  |||  |   |  | |    
T  26128872 tttcataatcactttccagttcatgaaaactattgcatagtgttccataacttcttttctgtgattcataaattgcttcaaaataggcagtggcaaaact 26128773  T
Q  232 gttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataa 331  Q
     | |  |  |  ||||  |  ||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26128772 ctgtgaccttatccaaaaaggaagctgcagaggagtcatctcaattgtatgaggcaaaccaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattatca 26128673  T
Q  332 tggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattcta 431  Q
    |  ||| |||| ||  | | |||||    | |||| | |||||||||||||||||||  | | | ||| ||||||||   |||||||||||||| ||| |    
T  26128672 tttggtctatacttcatgataaaatgttctgcacagttggagaagtagcttgagctgttataatgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcga 26128573  T
Q  432 cagtccaagga 442  Q
    | |||||||||    
T  26128572 ccgtccaagga 26128562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 54 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 26155586 - 26155298
Alignment:
Q  54 tttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttctcgtaatcattttcaatttc 153  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| | |||||| || || ||| | |||| ||| || || |||||| |||| | |||    
T  26155586 tttcatcatccttgttagcccatgatgaaactggtcctacactccaagttttgatccccatggtagtgttactaagtttttcataatcactttccagttc 26155487  T
Q  154 atgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggcctt--catagcattgttttccaattcccaatcac 251  Q
    ||||||||| |||||| |||  ||||| ||||||| |  ||||||||| |||| |||||||  |||  |  || | |  ||| | |  ||  ||||  |     
T  26155486 atgaaaactattgtatagtgttccataacttcttttctgtgattcataaattgcttcaaaataggcagtggcaaaactctgtgtccttat--ccaaaaag 26155389  T
Q  252 aaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataatggggtttata 342  Q
     ||| |||||| | ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||    
T  26155388 gaagctgcagaggagtcatttcaattgtatgaggcaaaccaggaattgtaaatttgtgtgtatcagaaactaaattatcatgaggtctata 26155298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 32 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 26088187 - 26087776
Alignment:
Q  32 atgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagct 131  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||| |  | | ||| |    
T  26088187 atgtgtcccctattggcctttttttcatcattcttgttggtccaagctgaaactggccctacactccaagatttgatccccattgtagtgcttccaagtt 26088088  T
Q  132 tctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt 231  Q
    | || |||||| |||| | |||||||||||| |||||| |||  ||||| ||  ||| | |||||||| | |||| |||||||  |||  |   ||  ||    
T  26088087 tttcataatcactttccagttcatgaaaactattgtatagtgttccataactaattttctctgattcaaaaattgtttcaaaataggcagtggcaggttt 26087988  T
Q  232 gttttccaattcccaatcacaaagttgca-gatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattata 330  Q
     |||  |  |  ||||  |  ||| |||| || | ||||||||||||| |||||| || | |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  26087987 ctttgtccttaaccaaaaaggaagctgcaggaggagtcatctcaattgaatgagggaatccaggaacagtaaatttctgtgtatcagaaaccaaattatc 26087888  T
Q  331 atggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattct 430  Q
    ||| ||| |||| ||  | | |||||    | |||| | ||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||   |||||||||||||| |||     
T  26087887 atgaggtctatacttcatgataaaatgttctgcacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcg 26087788  T
Q  431 acagtccaagga 442  Q
    || |||||||||    
T  26087787 accgtccaagga 26087776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 32 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 26111975 - 26111564
Alignment:
Q  32 atgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagct 131  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||| |  | | ||| |    
T  26111975 atgtgtcccctattggcctttttttcatcattcttgttggtccaagctgaaactggccctacactccaagatttgatccccattgtagtgcttccaagtt 26111876  T
Q  132 tctcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt 231  Q
    | || |||||| |||| | |||||||||||| |||||| |||  ||||| ||  ||| | |||||||| | |||| |||||||  |||  |   ||  ||    
T  26111875 tttcataatcactttccagttcatgaaaactattgtatagtgttccataactaattttctctgattcaaaaattgtttcaaaataggcagtggcaggttt 26111776  T
Q  232 gttttccaattcccaatcacaaagttgca-gatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattata 330  Q
     |||  |  |  ||||  |  ||| |||| || | ||||||||||||| |||||| || | |||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  26111775 ctttgtccttaaccaaaaaggaagctgcaggaggagtcatctcaattgaatgagggaatccaggaacagtaaatttctgtgtatcagaaaccaaattatc 26111676  T
Q  331 atggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattct 430  Q
    ||| ||| |||| ||  | | |||||    | |||| | ||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||   |||||||||||||| |||     
T  26111675 atgaggtctatacttcatgataaaatgttctgcacagttggagaagtagcttgagctgtaatagtgaattcttggaatacctagttttgcagctgcttcg 26111576  T
Q  431 acagtccaagga 442  Q
    || |||||||||    
T  26111575 accgtccaagga 26111564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 370 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 26301878 - 26301803
Alignment:
Q  370 ggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggatac 445  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||| || ||||||||||||    
T  26301878 ggagaagtagcttgagctgtaaaagtacatcctcggaatgttcagttttgaagctgattcaactgtccaaggatac 26301803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 56 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 26204275 - 26204125
Alignment:
Q  56 tcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttctcgtaatcattttcaatttcat 155  Q
    ||||| || ||||||  ||| |||||||| ||||| | |||||| |||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| |||||| |||| | |||||    
T  26204275 tcatcgtctttgttaatccatgctgaaaccggtcctatactccaagatttgatccctattgtagttttaccaagtttctcataatcactttctagttcat 26204176  T
Q  156 gaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattg 206  Q
    ||||||| |||||| |||  ||| ||||||||| | |||||||| ||||||    
T  26204175 gaaaactattgtatagtgttccaaagcttcttttctctgattcaaacattg 26204125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 56 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 26223913 - 26223763
Alignment:
Q  56 tcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttctcgtaatcattttcaatttcat 155  Q
    ||||| || ||||||  ||| |||||||| ||||| | |||||| |||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| |||||| |||| | |||||    
T  26223913 tcatcgtctttgttaatccatgctgaaaccggtcctatactccaagatttgatccctattgtagttttaccaagtttctcataatcactttctagttcat 26223814  T
Q  156 gaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattg 206  Q
    ||||||| |||||| |||  ||| ||||||||| | |||||||| ||||||    
T  26223813 gaaaactattgtatagtgttccaaagcttcttttctctgattcaaacattg 26223763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 31 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 26186648 - 26186571
Alignment:
Q  31 catgtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgat 108  Q
    |||||||||||||||  ||||  |||||||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26186648 catgtgtcccctattacccttcttttcatcatccttgttagccaatgatgaaactggtcctacactccatgatttgat 26186571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 34 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 26302205 - 26302070
Alignment:
Q  34 gtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttc 133  Q
    |||||||||||  | ||| |||||||| | ||||||||||||  | ||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||  ||| || ||| |||    
T  26302205 gtgtcccctatgagtcttgctttcatccttcttgttagcccaaacagaaactggtcctacattccaagatttgattcccattgttgtttgactaagtttc 26302106  T
Q  134 tcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtat 169  Q
     | |||||| |||||| |||||||||||| ||||||    
T  26302105 acataatcactttcaagttcatgaaaactattgtat 26302070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 267 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 26301966 - 26301904
Alignment:
Q  267 tcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattat 329  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26301966 tcatctcaattgtatgaggcaaaccagcaatagtaaatttctgtgtatcagaaaccaaattat 26301904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 371 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 26207501 - 26207428
Alignment:
Q  371 gagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctacagtccaaggata 444  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||   ||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  26207501 gagaagtagcttgagctgtaatagtaaagccttggaatgccgagttttgcagctgattccactgtccatggata 26207428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 34 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 44903653 - 44903245
Alignment:
Q  34 gtgtcccctattcgcctttctttcatcatccttgttagcccaggctgaaactggtccgacactccatgatttgattccaattgtacttttacaaagcttc 133  Q
    ||||||||||||  |||| | ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| || || || || |||||| |||||| ||  |||    
T  44903653 gtgtcccctattgcccttccgttcatcacccttgttagcccaagttgaaactggtcctacactccaagacttaatccccattgtagttttactaactttc 44903554  T
Q  134 tcgtaatcattttcaatttcatgaaaactgttgtatggtgacccatagcttctttccgctgattcatacattggttcaaaaatggccttcatagcatt-g 232  Q
    || |||||| |||||| |||||||||||| ||| ||  || |||||| |||||| || | |||||| | ||||||||||||  |||  |   |||||| |    
T  44903553 tcataatcactttcaagttcatgaaaactattgcatattgtcccataacttcttgcctccgattcaaaaattggttcaaaataggctgtggcagcatttg 44903454  T
Q  233 ttttccaattcccaatcacaaagttgcagatgggtcatctcaattgtatgaggtaaacaaggaattgtaaatttctgtgtatcagaaactaaattataat 332  Q
    |  |||    ||||||| | ||| |||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| || ||    
T  44903453 tagtcctca-cccaatcgcgaagctgcagacggctcatctcaatggtatgaggcaaacaaggaatagtaaacttctgtgtatcagaaactaaatgatcat 44903355  T
Q  333 ggggtttatattttctaacaaaataaattccacattcggagaagtagcttgagctgcaaaagtaaatccttggaatgtttagttttgcagctgattctac 432  Q
    | ||| |||| |||||||||||||||  | |||| | ||||||||||||||||||| || | |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  44903354 gaggtctatactttctaacaaaataacatgcacaattggagaagtagcttgagctgtaataataaagcctaggaatgcttagttttgcagctgattccac 44903255  T
Q  433 agtccaagga 442  Q
    ||||||||||    
T  44903254 agtccaagga 44903245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University