View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4546_low_8 (Length: 380)

Name: NF4546_low_8
Description: NF4546
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4546_low_8
NF4546_low_8
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (16-380)||(13244579-13244943)
chr1 (16-263)||(12963933-12964180)
chr1 (30-341)||(30368180-30368491)
chr1 (16-262)||(13271474-13271720)
chr1 (30-271)||(13070248-13070489)
chr1 (30-339)||(13100812-13101120)
chr1 (30-341)||(13007009-13007320)
chr1 (30-341)||(13204268-13204579)
chr1 (16-346)||(13080923-13081253)
chr1 (30-271)||(13094278-13094519)
chr1 (21-271)||(13129707-13129957)
chr1 (18-346)||(13085911-13086239)
chr1 (16-263)||(19279226-19279473)
chr1 (42-271)||(13161400-13161629)
chr1 (32-213)||(13065287-13065468)
chr1 (184-262)||(13010661-13010739)
chr1 (40-101)||(13895938-13895999)
chr1 (40-101)||(13888705-13888766)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (29-146)||(341825-341942)
chr6 (29-146)||(377541-377658)
chr6 (140-229)||(31380253-31380342)
chr6 (60-145)||(346845-346930)
chr6 (60-145)||(355504-355589)
chr6 (29-124)||(337787-337882)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (58-217)||(12164206-12164365)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (40-88)||(36668187-36668235)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (48-88)||(29669296-29669336)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 380
Target Start/End: Original strand, 13244579 - 13244943
Alignment:
Q  16 caaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagagg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  13244579 caaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatgcaacaaatatggggagatgattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcagctagagg 13244678  T
Q  116 aggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggtt 215  Q
    ||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244679 agggattataaatgtaccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggtt 13244778  T
Q  216 gcagcttctttgttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaagg 315  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13244779 gcagcttctttgttatggaagtttcgcatacaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaaacacggcttaaagg 13244878  T
Q  316 tcgaagtcagtaaaagatgcatttgatataacaaagttgtaagtgtgatgcatgttgtgtctgtg 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244879 tcgaagtcagtaaaagatgcatttgatataacaaagttgtaagtgtgatgcatgttgtgtctgtg 13244943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Original strand, 12963933 - 12964180
Alignment:
Q  16 caaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagagg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||    
T  12963933 caaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcaaatagagg 12964032  T
Q  116 aggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggtt 215  Q
    ||  ||| |||| || || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  12964033 agaaattatacaagtgccatcttataagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatattagctttgttcaaatgaaaatggtt 12964132  T
Q  216 gcagcttctttgttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcac 263  Q
    || |||  | ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||    
T  12964133 gctgctaatgtgttgtggaagtttcacatagaagtggtggaaggtcac 12964180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 30 - 341
Target Start/End: Original strand, 30368180 - 30368491
Alignment:
Q  30 tctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatg 129  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |  ||||||  |||| ||||||    
T  30368180 tctttgtatgctatgggaaggatggaaaaaatatggggagaagattgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagagaggacacattatacatg 30368279  T
Q  130 tcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 229  Q
    | || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |||||    
T  30368280 taccatcttacaagttcatagctttcaatacaggacctagaagttgtatgggtaaagatcttagtttcgttcaaatgaagatggttgcagctgccttgtt 30368379  T
Q  230 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtcgaagtcagtaaa 329  Q
     |||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |  ||  ||||| ||||| || | ||||| || ||||| || ||| | || | ||||    
T  30368380 atggaagtttcacatacaggtcgtggaaggtcaccctgtaacccctagggcttctgttgtcctttgaatgaaacatggcttgaacgtcaaggttactaaa 30368479  T
Q  330 agatgcatttga 341  Q
    ||||||||||||    
T  30368480 agatgcatttga 30368491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 16 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 13271720 - 13271474
Alignment:
Q  16 caaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagagg 115  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || |||    
T  13271720 caaagttaatatactctttgtatgcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtgattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagataaagg 13271621  T
Q  116 aggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggtt 215  Q
    |   ||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||    
T  13271620 acaaattatacatgtaccatcttacaagttcatagcattcaatgcaggtcctagaagctgtcttgggaaagatattagctttattcaaatgaaaatggtt 13271521  T
Q  216 gcagcttctttgttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtca 262  Q
    ||||||||| | || |||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  13271520 gcagcttctgtattatggaagtttcacatacatgtggtggaaggtca 13271474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 30 - 271
Target Start/End: Original strand, 13070248 - 13070489
Alignment:
Q  30 tctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatg 129  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| |  | ||||  |||| ||||||    
T  13070248 tctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatg 13070347  T
Q  130 tcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 229  Q
    | || |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  13070348 ttccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtccgagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgtt 13070447  T
Q  230 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaac 271  Q
       |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13070448 acagaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctgtaac 13070489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 30 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 13101120 - 13100812
Alignment:
Q  30 tctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatg 129  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | || |  ||||||  |||| ||||||    
T  13101120 tctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatg 13101021  T
Q  130 tcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 229  Q
    | || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || || ||| |||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  13101020 taccatcttacaagttcatagctttcaat-caggacctagaagttgtatgggtaaggatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgtt 13100922  T
Q  230 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtcgaagtcagtaaa 329  Q
       |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| | ||    |||| ||||  ||| |||||| || ||||| |||||| |||||| ||||    
T  13100921 accgaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctataaccccgaagctttcttttgttcttcacatgaaacatggcttgaaggtcaaagtcactaaa 13100822  T
Q  330 agatgcattt 339  Q
    ||||||||||    
T  13100821 agatgcattt 13100812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 30 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 13007320 - 13007009
Alignment:
Q  30 tctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatg 129  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| | || |  ||||||  |||| ||||||    
T  13007320 tctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtgtcagagagaggacacattatacatg 13007221  T
Q  130 tcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 229  Q
    | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| |||||||||| ||||| |||||  |||||||    
T  13007220 taccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtatgggcaaggatattagcttcattcaaatgaagatggtcgcagcagctttgtt 13007121  T
Q  230 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtcgaagtcagtaaa 329  Q
        ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| | ||    |||| ||||  ||| |||||| || ||||| |||||  |||||| ||||    
T  13007120 accaaagtttcacataaaggtggtggcaggtcaccctataaccccgaagctttcttttgttcttcacatgaaacatggcttgaaggttaaagtcactaaa 13007021  T
Q  330 agatgcatttga 341  Q
    ||||||||||||    
T  13007020 agatgcatttga 13007009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 30 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 13204579 - 13204268
Alignment:
Q  30 tctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatg 129  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||| |  | ||||  |||| ||||||    
T  13204579 tctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatgggtatcagagacaggacacattatacatg 13204480  T
Q  130 tcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 229  Q
    | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  13204479 taccatcttacaagttcatagctttcaatacaggtcctagaagttgtttgggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgtt 13204380  T
Q  230 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtcgaagtcagtaaa 329  Q
       ||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||| |  |  | |||| ||||  ||| ||||||  | || ||||||||  |||||| ||||    
T  13204379 acagaattttcacataaagatagtggaaggtcaccctgtaaccccaaagatttcttttgttcttcacatgaaatatggtttaaaggttaaagtcactaaa 13204280  T
Q  330 agatgcatttga 341  Q
    ||||||||||||    
T  13204279 agatgcatttga 13204268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 16 - 346
Target Start/End: Original strand, 13080923 - 13081253
Alignment:
Q  16 caaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagagg 115  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  13080923 caaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatggggagaggattgcttggagtttaagcctgagagatggatatcagatagagg 13081022  T
Q  116 aggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggtt 215  Q
    |   ||| |||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||    
T  13081023 acaaattatacaagtgccgtcttataagttcatagcgtttaatgcaggtccaagaagctgtcttgggaaagatattagttttcttcaaatgaaaatggtt 13081122  T
Q  216 gcagcttctttgttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaagg 315  Q
    |||||| |  | || |  ||||||| |||  ||||||||||||||||| |  |||  |  ||   ||||||| || |||||||| | || ||||| ||||    
T  13081123 gcagctgcagttttatttaagtttcacattcaggtggtggaaggtcactcaataattcctagggtttctattctccttcgcatggaacatggctttaagg 13081222  T
Q  316 tcgaagtcagtaaaagatgcatttgatataa 346  Q
    || || |  ||||||||||||||||||||||    
T  13081223 tcaaaattcgtaaaagatgcatttgatataa 13081253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 30 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 13094519 - 13094278
Alignment:
Q  30 tctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatg 129  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |  || ||||  ||| ||||||    
T  13094519 tctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatg 13094420  T
Q  130 tcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 229  Q
    | || |||||||||||||||||||||||  |||| || |||| |||||| || |||||| |||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  13094419 taccatcttacaagttcatagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatattagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgtt 13094320  T
Q  230 gtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaac 271  Q
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13094319 acggaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctgtaac 13094278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 21 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 13129957 - 13129707
Alignment:
Q  21 ttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggca 120  Q
    ||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |  || ||||  |    
T  13129957 ttgatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagata 13129858  T
Q  121 ttgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagc 220  Q
    || ||||||| || |||||||||||| ||||||||||  |||| || |||| |||||| || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||    
T  13129857 ttatacatgtaccatcttacaagttcgtagctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagc 13129758  T
Q  221 ttctttgttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaac 271  Q
    | |||||||   |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13129757 tgctttgttacagaagtttcacatacaggtggtggaaggtcaccctgtaac 13129707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 13086239 - 13085911
Alignment:
Q  18 aagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggag 117  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||| |||| ||||||||||| || ||||||||||| | || ||||     
T  13086239 aagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggtaaggatcgcttcgaatttaagcccgagagatggatatcagataaaggac 13086140  T
Q  118 gcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgc 217  Q
      ||| | ||||| || |||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  13086139 atattttgcatgtaccatcttgcaagttcatagcatttaatgcaggtcctcgaagttgtcttgggaaagatattagcattgttcaaatgaaaatggttgc 13086040  T
Q  218 agcttctttgttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcaccctgtaacgctgagaacttctattgtcgttcgcatgaagcacggcttaaaggtc 317  Q
    |||| || |||| |||||||||| |||| | || |||||||||||  ||||||| |  |||  |||||||||  | |||||| | || || || || |||    
T  13086039 agctgctatgttatggaagtttcacatacaagttgtggaaggtcattctgtaactccaagagtttctattgttctccgcatggaacatggattcaaagtc 13085940  T
Q  318 gaagtcagtaaaagatgcatttgatataa 346  Q
     |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13085939 aaagttagtaaaagatgaatttgatataa 13085911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Original strand, 19279226 - 19279473
Alignment:
Q  16 caaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagagg 115  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  19279226 caaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgattgcctagaatttcggcctgagagatggatatcggatagagg 19279325  T
Q  116 aggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggtt 215  Q
    |   ||| ||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | || |||||| |||  ||| |||||||||||||||||    
T  19279326 acaaattatacatgtaccatcgtacaagttcatagcgtttaatgcaggtccgagaagctgtctcggaaaagatattactttccttcaaatgaaaatggtt 19279425  T
Q  216 gcagcttctttgttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtcac 263  Q
    |||||| || | || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  19279426 gcagctgctgtattatggaagtttcgcatacaggtcgtggaaggtcac 19279473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 42 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 13161629 - 13161400
Alignment:
Q  42 atgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttaca 141  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |  || ||||  ||| ||||||| || |||||||    
T  13161629 atgggcaggatggaacaactatggggggaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatctgagaggggagatattatacatgtaccttcttaca 13161530  T
Q  142 agttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttgtggaagtttcg 241  Q
    |||||||| |||||||  |||| || |||| |||||| || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||  |||||||||     
T  13161529 agttcatatctttcaacacaggacccagaatttgtataggtaaagatcttagtttcattcaaatgaagatggtcgcagctgctttgttacggaagtttca 13161430  T
Q  242 cataaaggtggtggaaggtcaccctgtaac 271  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  13161429 catacaggtggtggaaggtcaccttgtaac 13161400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 32 - 213
Target Start/End: Original strand, 13065287 - 13065468
Alignment:
Q  32 tttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtc 131  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||    || |||   ||| |||||||     
T  13065287 tttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatggggagaagactgcatggaatttaagcctgagagatggatatcaaaaagcggacaaattatacatgta 13065386  T
Q  132 ccgtcttacaagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatgg 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | || |||||| | | ||||||| ||||||| ||||    
T  13065387 ccgtcttacaagttcatagctttcaatgcagggccaagaagttgtttgggtaaagatatcaccttcgttgaaatgaagatgg 13065468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 184 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 13010739 - 13010661
Alignment:
Q  184 aagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgttgtggaagtttcgcataaaggtggtggaaggtca 262  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||| ||||| ||||||  |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||    
T  13010739 aagatcttagtttcattctaatgaagatggtcgcagctgatttgttatggaaatttcgcatacaagtggtggaaggtca 13010661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 40 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 13895999 - 13895938
Alignment:
Q  40 caatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatgg 101  Q
    |||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  13895999 caatgggaagaatggaaaacatatggggaaaagattgcttggagttcaagccagaaagatgg 13895938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 101
Target Start/End: Original strand, 13888705 - 13888766
Alignment:
Q  40 caatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatgg 101  Q
    |||||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  13888705 caatgggaagaatggaaagcatatggggaaaagattgcttggagttcaagccagaaagatgg 13888766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 29 - 146
Target Start/End: Original strand, 341825 - 341942
Alignment:
Q  29 ttctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacat 128  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||| | || |||||| ||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |  ||||||||||||||  ||    
T  341825 ttctttgtatgcaatgggaagggatgaaaatatttggggaaaagattgcttggagtttaagccagagaggtggatttctgagagaggaggcattgtttat 341924  T
Q  129 gtcccgtcttacaagttc 146  Q
    |  |||||||||||||||    
T  341925 gcgccgtcttacaagttc 341942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 146
Target Start/End: Original strand, 377541 - 377658
Alignment:
Q  29 ttctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacat 128  Q
    |||||||||| ||||||| ||  | ||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||  ||||||| |||    
T  377541 ttctttgtattcaatggggagatttgaagagatatggggagaagattgcttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggtagcattgttcat 377640  T
Q  129 gtcccgtcttacaagttc 146  Q
    |  |||||||| ||||||    
T  377641 gaaccgtcttataagttc 377658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 229
Target Start/End: Original strand, 31380253 - 31380342
Alignment:
Q  140 caagttcatagctttcaatgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgcagcttctttgtt 229  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||  ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || |||  ||| |||||||||||    
T  31380253 caagttcatatctttcaatacaggacccggaagttgtattggtaaagatcttagtttcattcaaattaagatgtctgcggcttctttgtt 31380342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 346930 - 346845
Alignment:
Q  60 atatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagtt 145  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||| |||   || |||||||||||    
T  346930 atatggggaaaagattgtttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggaggcattgttcatacaccatcttacaagtt 346845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 355589 - 355504
Alignment:
Q  60 atatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagtt 145  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||| |||   || |||||||||||    
T  355589 atatggggaaaagattgtttggagttcaagccagagagatggatatctgagagaggaggcattgttcatacaccatcttacaagtt 355504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 29 - 124
Target Start/End: Original strand, 337787 - 337882
Alignment:
Q  29 ttctttgtatgcaatgggaagg-atggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgt 124  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| || | || |||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||| || |  ||||||||||||||    
T  337787 ttctttgtattcaatgggaagggatgcaa-atatttggggagaagattgcttggagttcaagccagagaggtggatttctgagagaggaggcattgt 337882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 12164365 - 12164206
Alignment:
Q  58 aaatatggggagaagattgcttggaatttaagcctgaaagatggatatcggttagaggaggcattgtacatgtcccgtcttacaagttcatagctttcaa 157  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||    | |||||| || ||  |||| || |||||||||||||| ||||| ||    
T  12164365 aaatatggggagaagattgcttggaatttaagccagagaggtggatttctcaaaaaggagggatagtttatgttccttcttacaagttcattgcttttaa 12164266  T
Q  158 tgcaggtcctagaagttgtattgggaaagatcttagcttcgttcaaatgaaaatggttgc 217  Q
    ||| || || || |||||| | || || ||| | |||||| || | ||||||||||||||    
T  12164265 tgctggaccaaggagttgtttgggtaaggatataagcttcattgagatgaaaatggttgc 12164206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 36668235 - 36668187
Alignment:
Q  40 caatgggaaggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaa 88  Q
    |||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36668235 caattggaagggtggaggaaatatggggagaagattgcttggaatttaa 36668187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 48 - 88
Target Start/End: Original strand, 29669296 - 29669336
Alignment:
Q  48 aggatggaacaaatatggggagaagattgcttggaatttaa 88  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29669296 aggatggagaaaatatggggggaagattgcttggaatttaa 29669336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University