View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4549-Insertion-1 (Length: 1090)

Name: NF4549-Insertion-1
Description: NF4549
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4549-Insertion-1
NF4549-Insertion-1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-998)||(26375328-26376326)
[»] scaffold1211 (1 HSPs)
scaffold1211 (689-877)||(6-194)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 907; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 907; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 998
Target Start/End: Original strand, 26375328 - 26376326
Alignment:
Q  8 ctgacccccatatttattgttgcaggagaaaagaaagtggtttaagaaaatggttagtttttatttctttacctctattaaggaatctttgttcaggttt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26375328 ctgacccccatatttattgttgcaggagaaaagaaagtggtttaagaaaatggttagtttttatttctttacctctattaaggattctttgttcaggttt 26375427  T
Q  108 tgagcaacagcttgatttactagtaaatagtttatttttgtttgctacttagaatgtctggtatattaacctttatgagaaattggttttccacgtgaaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26375428 tgagcaacagcttgatttactagtaaatagtttatttttgtttgctacttagaatgtctggtatattaacctttatgagaaattggttttccacgtgaaa 26375527  T
Q  208 cggttgaatcacccttttatttagtaattagttattcaattaaattcttaataagatgcttttaattttaagcggtttgtctacatccttgtggtattga 307  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26375528 cgattgaatcacacttttatttagtaattagttattcaattaaattcttaataagatacttttaattttaagcggtttgtctacatccttgtggtattga 26375627  T
Q  308 ttgtaaatttaccaagttatatagaggaataaactcagttgtaaatatcaccaaatgacaattgcatgcaaccactttacaatctttttggcttgtatgc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26375628 ttgtaaatttaccaagttatatagaggaataaactcagttgtaaatatcaccaaatgacaattgcatgcaaccactttacaatctttttggcttgtatgc 26375727  T
Q  408 catgaatgaatatgacctatgatagtttaaaatctttctggcttgtatgccatgaatgaatatgacctaggtttatttaaaattagcccagttaacccta 507  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26375728 catgaatgaatatgacctaggatagtttaaaatctttctggcttgtatgccatgaatgaatatgacctaggtttgtttaaaattagcccagttaacccta 26375827  T
Q  508 tttggatttcaaaaatcagtaaggaattctgtgtctgtactgcaaat--aaaagagtattgcataataaaacagaatgaagtttcctgttcaatgaat-- 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||      
T  26375828 tttggatttcaaaaatcagtaaggaattctgtgtctgtactgcaaataaaaaagagtattgcataataaaacagaatgaagtttcatgttcaatgaatat 26375927  T
Q  604 --attgtacagattcctattcttatccgtgcttccaatcatattttctcatagtagaatgtttgtatatgtataataattttctttgtagccttgggaag 701  Q
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26375928 taattgtacagatttctattcttatccgtgcttccaatcatattttctcatagtagaatgtttgtatatgtataataattttctttgtagccttgggaag 26376027  T
Q  702 aaagactgcagacagctcaagagttgggtaccctggttttactgagtaatctggatccatcctacacgtcgtttgaagttgaggtatctaggatccaact 801  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26376028 aaagactacagacagctcaagagttgggtaccctggttttactgagtaatctggatccatcctacacgtcgtttgaagttgaggtatctaggatccaact 26376127  T
Q  802 tttcctcccattctaatatagttttggaagtacctttgatgcaatagagtttgaaaaatgttgtgtgggattgtgtcgtgtggattcataatcatgtaac 901  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26376128 tttcctcccattctaatatagttttggaagtacctttgatgcaatagagtttgaaaaatgttgtgtgggattgtgtcgtgtggattcataatcgtgtaac 26376227  T
Q  902 tgaaacgtaaatggatatgatggatgtacccatctgttgagagatg-attacttcaccctagaactctctccactctttattatgtttg-tcgtttaat 998  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26376228 tgaaacataaatggatatgatggatgtacccatctgttgagagatgaattacttcaccctagtactctctccactctttattatgtttgttcgtttaat 26376326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1211 (Bit Score: 137; Significance: 6e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold1211
Description:

Target: scaffold1211; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 689 - 877
Target Start/End: Original strand, 6 - 194
Alignment:
Q  689 tagccttgggaagaaagactgcagacagctcaagagttgggtaccctggttttactgagtaatctggatccatcctacacgtcgtttgaagttgaggtat 788  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6 tagccttgggaagaaagactacagaaagctcaagagctgggtaccctggttttgctgagtgatctggatccatcctacacgtcgtttgaagtagaggtat 105  T
Q  789 ctaggatccaacttttcctcccattctaatatagttttggaagtacctttgatgcaatagagtttgaaaaatgttgtgtgggattgtgt 877  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||    
T  106 ctaggatccaactttttctcccgttctaatatagtttcgaaagtacctttgatgcaatagaatatgaaaaatgttgtgtggggttgtgt 194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University