View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4549-Insertion-3 (Length: 1030)

Name: NF4549-Insertion-3
Description: NF4549
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4549-Insertion-3
NF4549-Insertion-3
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (158-1008)||(42308483-42309321)
chr7 (14-86)||(42308341-42308414)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 682; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 682; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 158 - 1008
Target Start/End: Original strand, 42308483 - 42309321
Alignment:
Q  158 gatactagaagatcctttcaataatttctttgtctttctctagctctaaggtaacattattttatgcatatagatatagctatgtagggatttaattaag 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42308483 gatactagaagatcctttcaataatttctttgtctttctctagctctaaggtaacattattttatacatatagatatagctatgtagggatttaattaag 42308582  T
Q  258 gcccccctcttatttattattagtactataagtcctgtaacttttggctatgtaggtgttaaatatttgaatatatattattaatgtggttaaatgtgta 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||          ||||    
T  42308583 gcccccctcttatttattattagtactataagtcttataacttttggctatgtaggtgttaaatatttgaatat----tattaatg----------tgta 42308668  T
Q  358 ctgaacaagaacttagcttgttacatagacaaacataagaagatcttcctatgaagtttgtccctttaatgtatgaactttatccttttcttcaattttg 457  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42308669 ctgaacaagaacttagcttgtcacatagacaaacataagaagatcttcctatgaagtttgtctctttaatgtatgaactttatccttttcttcaattttg 42308768  T
Q  458 ggacagccgaaagaaaccattttttatgtgctttcaagtgaatgtagttagatttggttttttatttcctctgtgtctctttctttagttatatgcagag 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42308769 ggacagccgaaagaaaccattttttatgtgctttcaagtgaatgtagttagatttggttttttatttcctctgtgtctctttctttagttatatgcagag 42308868  T
Q  558 acaacccatatggtctatttatttgacagggtggtccaatatacttttttcccccatggtagttgatttctttgtttaaatgtcataattgtttctacca 657  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42308869 acaacccatatggtctatttatttgacagggtggtccaatatacttttttcccccatggtagttgatttctttgtttaaatgtcataattgtttctacca 42308968  T
Q  658 aagcaaaccataaagcaacacattcacaaggaagcttgtaaaaatatttagttatactaattttattaatgacgacatttccttttgcnnnnnnncaatc 757  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||       |||||    
T  42308969 aagcaaaccataaagcaacacattcacaaggaagcttgtaaaaatatttagttatactaattttattaatgatgacatttccttttgctttttttcaatc 42309068  T
Q  758 atactcactcatacaccttcttcatgttttacacgatgtgatgaa----tatttacaaatatttttacctttctcatttgttctgataccacatatattt 853  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42309069 atactcactcatacac---cttcatgttttacacgatgtgatgaatatttatttacaaatatttttacctttctcatttgttctgataccacatatattt 42309165  T
Q  854 ttcaggttgtgattttcatagcaatggaaagattgaacacagagttgtactaccaaaacttgtcacataatgaaagag-atg-aaggcttaggaagaaag 951  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  42309166 ttcaggttgtgattttcgtagcaatggaaagattgaacacagagttgtactaccaaaac-tgtcacataatgaaagagaatgaaaggcttaggaagaaag 42309264  T
Q  952 ctccaaattctgaatc-agagaatcaagcacttttgtctcagcttaaacaaaggctct 1008  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42309265 ct-caaattctgaatcaagagaatcaagcacttttgtctcagcttaaacaaaagctct 42309321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 14 - 86
Target Start/End: Original strand, 42308341 - 42308414
Alignment:
Q  14 atatttgtttacttt-aatacttgtttttatgccaaatcatccttattctatatcttctattagcttcttctaa 86  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42308341 atatttgtttacttttaatacttgtttttatgccaaatcatccttattctatatcttctattagcttcttctaa 42308414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University