View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4549-Insertion-6 (Length: 887)

Name: NF4549-Insertion-6
Description: NF4549
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4549-Insertion-6
NF4549-Insertion-6
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (7-887)||(47053664-47054544)
chr7 (10-59)||(47072563-47072612)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 853; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 853; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 47054544 - 47053664
Alignment:
Q  7 aattacctgatcagtttttgtctttcatgtgaagtagaaatatcaaaccacttccttcccaatcccatttcccacaagcatccaaaattcattagattct 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47054544 aattacctgatcagtttttgtctttcatgcgaagtagaaatatcaaaccacttccttcccaatcccatttcccacaagcatccaaaattcattagatttt 47054445  T
Q  107 acaattagagccttttctatctttagatacttgatccacaaagctccttagattttaagtaccacttttttagtgttgggtgaagacggaatttaaggca 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47054444 acaattagagccttttctatctttagatacttgatccacaaagctccttagattttaagtaccacttttttagtgttgggtgaagatggaatttaaggca 47054345  T
Q  207 tcacaccatatatttgcattttttattcaaaatcaactataaacagaagtgttaatctcctttgaaagtagttaattatgttacttttattctgtgttag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47054344 tcacaccatatatttgcattttttattcaaaatcaactataaacagaagtgttaatctcctttgaaagtagttaattatgttacttttattctgtgttag 47054245  T
Q  307 tttgcatttaggttctttagtttcaagttgatatacgattcatggttgagagtaagaatgttttgctttaatatttcatttggtatcagatgtaaataat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47054244 tttgcatttaggttctttagtttcaagttgatatacgattcatggttgagagtaagaatgttttgctttaatatttcatttggtatcagatgtaaataat 47054145  T
Q  407 tctacttctatcaccttcgtcccctttcttctctacattctcacccagatgaaaaccattccctcctaattactttccaatgcttcaaggttaaaatttt 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  47054144 tctacttctatcaccttcgtcccctttcttctctacattctcacccagatgaaaaccattccctcctaattactttccaatgcttcaaggttaaaaattt 47054045  T
Q  507 tagtgttgatcatgtgccatgactatgtccctataaagtagaaataaactatttaggaactttactatgatgcctctaccttggacaaatggaaaagatg 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47054044 tagtgttgatcatgtgccatgactatgtccctataaagtagaaataatctatttaggaactttactatgatgcctctaccttggacaaatggaaaagatg 47053945  T
Q  607 aaacctgttggtgcttttgtgagtcggtcattgcatgtcagctagcgctgccacaagcattttgtagactgatgaagctgccaatgtttggagaaagctt 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47053944 aaacctgttggtgcttttgtgagtcggtcattgcgtgtcagctagcgctgccacaagcattttgtagactgatgaagctgccaatgtttggagaaagctt 47053845  T
Q  707 agtgattgtttctcagaagataacattggttagaaacttagaatttcataactcagcgtcgtctaagttccctaagctctattagggtttagtttcttct 806  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  47053844 agtgattgtttctcagaagataacattggttagaaacttagaatttcataactcagcgtcgtctaagttccctaagctctgttagggtttagtttcttct 47053745  T
Q  807 tagagaagagtgtgtgctcttccagcttggctcgtgtgtctctttgcctttgctccctttctctctttgtttcagttgtga 887  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47053744 tagagaagagtgtgtgctcttccagcttggctcgtgtgtctctttgcctttgctccctttctctctttgtttcagttgtga 47053664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 10 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 47072612 - 47072563
Alignment:
Q  10 tacctgatcagtttttgtctttcatgtgaagtagaaatatcaaaccactt 59  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  47072612 tacctaatcaatttttgactttcatgagaagtagagatatcaaaccactt 47072563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University