View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4550-Insertion-3 (Length: 836)

Name: NF4550-Insertion-3
Description: NF4550
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4550-Insertion-3
NF4550-Insertion-3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-742)||(28525968-28526703)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 712; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 712; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 742
Target Start/End: Original strand, 28525968 - 28526703
Alignment:
Q  7 actctcaaggacatggaacgcacactgcctcgaccacggctggtagtgtggtgaaaaatgcaaacatttttggacttgctagaggctcagctagtggaat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28525968 actctcaaggacatggaacgcacactgcctcgaccacggctggtaatgtggtgaaaaatgcaaacatttttggacttgctagaggctcagctagtggaat 28526067  T
Q  107 gaggtatacttcaagaattgcagcgtataaagtatgctggctttctggttgcgcgaattcagacgtgttagcagctatggatcaagcagtttctgatggt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526068 gaggtatacttcaagaattgcagcgtataaagtatgctggctttctggttgcgcgaattcagacgtgttagcagctatggatcaagcagtttctgatggt 28526167  T
Q  207 gttgatgtactatcactatctttaggaagtattccaaaaccattttataatgatagtattgctacagcttcatttggagcaacgaaaaacggtgtttttg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526168 gttgatgtactatcactatctttaggaagtattccaaaaccattttataatgatagtattgctatagcttcatttggagcaacgaaaaacggtgtttttg 28526267  T
Q  307 tttcttgctcagcaggcaactcaggcccttttgcatcaacggtgggaaacggcgcaccatggatcatgacagttgctgctagctacattgacagaacttt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526268 tttcttgctcagcaggcaactcaggcccttttgcatcaactgtgggaaacggcgcaccatggatcatgacagttgctgctagctacattgacagaacttt 28526367  T
Q  407 tccaacaaaagtaaaacttggaaactcaaaaaattttgaaggcacatctttgtaccaaggaaaaaacgaaccaaaccaacaattcccacttgtttatgga 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526368 tccaacaaaagtaaaacttggaaactcaaaaaattttgaaggcacatctttgtaccaaggaaaaaacgaaccaaaccaacaattcccacttgtttatgga 28526467  T
Q  507 aaaacagcaggtaaaaagagagaagcagtattctgcacaaaaaactcacttgataaaaaacttgtttttggaaaaatagttgtttgtgaaagaggaatca 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526468 aaaacagcaggtaaaaagagagaagcagtattctgcacaaaaaactcacttgataaaaaacttgtttttggaaaaatagttgtttgtgaaagaggaatca 28526567  T
Q  607 atggtagaaccgaaaaaggagcggaagttaaaaattcaggtggatatggaatgatactactcaactctgcaaatcaaggcgaagagcttctttctgatcc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28526568 atggtagaaccgaaaaaggagcggaagttaaaaattcaggtggatatggaatgatactactcaactctgcaaatcaaggcgaagagcttctttctgatcc 28526667  T
Q  707 ccacattatgccagctacttccttaagtgcttcagc 742  Q
     |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28526668 tcacattttgccagctacttccttaggtgcttcagc 28526703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University