View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4550_low_2 (Length: 546)

Name: NF4550_low_2
Description: NF4550
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4550_low_2
NF4550_low_2
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (13-530)||(13271708-13272225)
chr1 (149-531)||(13244213-13244592)
chr1 (149-498)||(13086261-13086610)
chr1 (204-530)||(19278912-19279238)
chr1 (204-531)||(13080609-13080936)
chr1 (202-527)||(30367853-30368175)
chr1 (228-346)||(12963679-12963797)
chr1 (197-525)||(13069916-13070241)
chr1 (237-525)||(13204586-13204871)
chr1 (202-525)||(13007327-13007647)
chr1 (202-520)||(13064958-13065273)
chr1 (197-458)||(13101194-13101452)
chr1 (389-531)||(12963804-12963946)
chr1 (241-520)||(13129960-13130236)
chr1 (241-520)||(13094531-13094807)
chr1 (149-359)||(19727443-19727647)
chr1 (241-498)||(13161675-13161929)
chr1 (149-336)||(13214132-13214313)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (237-361)||(31396455-31396580)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 13272225 - 13271708
Alignment:
Q  13 gagatgaagaatagtgtagctcaagaaaatattcatcaattcttgttcaaaatgataatgcattcaaaatatgatgatgataaaagtagattaaaaacca 112  Q
    |||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  13272225 gagaagaagaacagtatagctcaaaaaaatattcatcaattcttgttcaaaatgataatgcattcgaaatatgatgaaaataaaagtagattaaaaacca 13272126  T
Q  113 atgaagatgttgcggaaattcaacctgttggcatgttaaaagcactaatgaaagaaggattgggaaaggaagaaatgaatgaaaatgaaaagtatattag 212  Q
     |||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13272125 gtgaagatgttgctgaaattcatcctgttggtgtgttaaaaccactaatgaaggaaggcttgggaaaggaagaaacgaatgaaaatgaaaagtatattag 13272026  T
Q  213 agacactgcattcactctcttggcagcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaagca 312  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13272025 agacactgcattcactctcttggctgcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctaatgtggaagca 13271926  T
Q  313 aaacttattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagcttgtttaccttcatg 412  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  13271925 aaacttattcaagagatcaaagatcattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagctgatttaccttcatg 13271826  T
Q  413 cagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacaccatgttggtcc 512  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271825 cagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacaccatgttggtcc 13271726  T
Q  513 aaacacaaagttaatata 530  Q
    ||||||||||||||||||    
T  13271725 aaacacaaagttaatata 13271708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 149 - 531
Target Start/End: Original strand, 13244213 - 13244592
Alignment:
Q  149 taaaagcactaatgaaagaaggattgggaaaggaagaaatgaatgaaaatgaaaagtatattagagacactgcattcactctcttggcagcaggaaatgg 248  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||  |||||||  |   |||| |||||||| |||||||||||  | | |||||| |  |||||||||||    
T  13244213 taaaagaactaatgaaggaaagattgggaaagggggaaatgatcg---atgagaagtatatcagagacactgcggtaaatctcttcggtgcaggaaatgg 13244309  T
Q  249 aacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataattgtctaaca 348  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13244310 aacaattagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattggggaagcgaaaattattcaagagatcaaagataattgtctaaca 13244409  T
Q  349 caagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagcttgtttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctccta 448  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||     
T  13244410 caagaggagaatttaatcaataatttaaacgtggaaaagattgataagcttgtttaccttcatggagccatatgtgaaaccttgaggctatatcctcctc 13244509  T
Q  449 taccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaacacaaagttaatatat 531  Q
    |  ||||| | |||||||| ||  | || ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  13244510 tggcatttcagcacaagtgcgctatcaaatctgatatactacctagtggagaacatgttggtccaaatacaaagttgatatat 13244592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 149 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 13086610 - 13086261
Alignment:
Q  149 taaaagcactaatgaaagaaggattgggaaaggaagaaatgaatgaaaatgaaaagtatattagagacactgcattcactctcttggcagcaggaaatgg 248  Q
    |||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||    
T  13086610 taaaggcactgatgaaggaaggcttgggaaatgaggaaatggttgaaattgataagtatattagagacactgcattcaatctcttagctgcaggaagtgg 13086511  T
Q  249 aacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataattgtctaaca 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   || |||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  13086510 aacagttagttcaggtctaagttggttctcttggcttgtttcaactcatttcatagtggaagctaaaataattcaagagataaaagataattgtctatca 13086411  T
Q  349 caagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagcttgtttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctccta 448  Q
    || ||||| |||||| ||| ||||||||  ||||||||  || |||| || || |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||     
T  13086410 catgaggataatttggtcactaatttaagagttgaaaagcttaataaactagtgtaccttcatggagctatatgtgaagcattgaggctttatcctcctg 13086311  T
Q  449 taccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtgga 498  Q
    |||||||| | |||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||    
T  13086310 taccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtgga 13086261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 204 - 530
Target Start/End: Original strand, 19278912 - 19279238
Alignment:
Q  204 gtatattagagacactgcattcactctcttggcagcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctatt 303  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  19278912 gtatattagagacactgctctcaatctcttggctgcaggtaatggaacaattagttcgggtctcaattggttcttttggctcgtatcaactcatcctatt 19279011  T
Q  304 gtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagcttgttt 403  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| ||||| ||||||| ||||||||||  ||||| | |||  || |  |||||||||| ||||    
T  19279012 gtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataatttgatcacaaattttagtgtgaaagagcttgataagctagttt 19279111  T
Q  404 accttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacacca 503  Q
    | ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  19279112 atcttcatggagctatatgtgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatatactacctagtggagacca 19279211  T
Q  504 tgttggtccaaacacaaagttaatata 530  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  19279212 tgttagtctaaatacaaagttaatata 19279238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 204 - 531
Target Start/End: Original strand, 13080609 - 13080936
Alignment:
Q  204 gtatattagagacactgcattcactctcttggcagcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctatt 303  Q
    |||||||||||| ||| || ||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||| |||||||| |||||||| |||||||      
T  13080609 gtatattagagatactacaatcaatctcttggttgcaggaaatggaacaattagtacaggtctcacttggtttttttggctggtttcaacgcatcctagg 13080708  T
Q  304 gtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagcttgttt 403  Q
    || || |  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||| |||  |||||||  ||| ||| |  |||||||||| ||||    
T  13080709 gtagatggtaaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatgagaattttatcgctaatttaggtgtggaagagcttgataagctagttt 13080808  T
Q  404 accttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacacca 503  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||| |||||| || || ||||| | |||||||||||  | || || |||| ||| ||||||||| ||||    
T  13080809 accttcatggagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagacca 13080908  T
Q  504 tgttggtccaaacacaaagttaatatat 531  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  13080909 tgttagtccaaatacaaagttaatatat 13080936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 202 - 527
Target Start/End: Original strand, 30367853 - 30368175
Alignment:
Q  202 aagtatattagagacactgcattcactctcttggcagcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatccta 301  Q
    |||||| ||||||||| |||| || |||| |||  |||||| ||||| ||| |||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  30367853 aagtatcttagagacaatgcactctctcttttgttagcaggtaatggcacacttagttcaagtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatccta 30367952  T
Q  302 ttgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaat-gttgaaaacattgataagcttg 400  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || || || | ||||||| |    |||| || ||| || |||| | |||||||||| |    
T  30367953 ttgtggaagccaaaattattcaagagatcaaagataattgtgtatcaaaacatgagaattgg----ataacttcaatggtggaaagccttgataagctag 30368048  T
Q  401 tttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggaca 500  Q
    | ||||| |||| ||||||||||||| || ||||| | |||||| || |||| ||||| |  |   ||||| | || ||||||||||||||||||||| |    
T  30368049 tctacctccatggagctatatgtgaatccatgaggttgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatactacctagtggaga 30368148  T
Q  501 ccatgttggtccaaacacaaagttaat 527  Q
      ||||| ||||||| || ||||||||    
T  30368149 gaatgttagtccaaataccaagttaat 30368175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 228 - 346
Target Start/End: Original strand, 12963679 - 12963797
Alignment:
Q  228 tctcttggcagcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaagcaaaacttattcaagag 327  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  12963679 tctcttagctgcaggaagtggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaaactaaaattattcaagag 12963778  T
Q  328 atcaaagataattgtctaa 346  Q
    || |||||||||| |||||    
T  12963779 attaaagataattttctaa 12963797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 197 - 525
Target Start/End: Original strand, 13069916 - 13070241
Alignment:
Q  197 atgaaaagtatattagagacactgcattcactctcttggcagcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactca 296  Q
    |||| |||||| ||||||||| |||| || |||||||   |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  13069916 atgagaagtatcttagagacaatgcactctctctctttttagcaggaaatggcacagttacttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactca 13070015  T
Q  297 tcctattgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataag 396  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||| || |  |||||||||||||||  |   | |  ||  |  | ||   |  |||||||     
T  13070016 tcctattgtggaagccaaaattattcaagaaataaaagataactggcccacacaagaggagaatcag---actccttggagagatgtggatcttgataat 13070112  T
Q  397 cttgtttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtg 496  Q
    || || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| || |  |||||| | || || ||||||||||||||||    
T  13070113 ctagtgtaccttcatggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatactacctagtg 13070212  T
Q  497 gacaccatgttggtccaaacacaaagtta 525  Q
    || | | |||| ||||||| |||| ||||    
T  13070213 gagagcgtgttagtccaaatacaaggtta 13070241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 237 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 13204871 - 13204586
Alignment:
Q  237 agcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagat 336  Q
    |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||    
T  13204871 agcaggaagtggtccagctagttcaggtctaagttggtttttttggcttgtttccactcatcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagat 13204772  T
Q  337 aattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagcttgtttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggc 436  Q
    || ||||  |||||||||||||||  |||   |  ||  |  | |||  |  |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |    
T  13204771 aactgtcctacacaagaggagaatcagat---tccttcgagagatgagtatcttgataagctagtgtaccttcatggagctatatgtgaagccttgagac 13204675  T
Q  437 tttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaacacaaagtta 525  Q
    ||||||||||| |||| ||||| || |  |||||| | || || |||||||||||||||||| | | |||| ||||||| |||| ||||    
T  13204674 tttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatactacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggtta 13204586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 202 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 13007647 - 13007327
Alignment:
Q  202 aagtatattagagacactgcattcactctcttggcagcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatccta 301  Q
    |||||| ||||||||| ||   ||||||||||   |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  13007647 aagtatcttagagacaatgtcctcactctctttttagcaggaaatggcacaattagttcaggtctcagttggtttttctggcttgtttcaactcatccta 13007548  T
Q  302 ttgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagcttgt 401  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||||  |   | |  ||| |  | ||   |  |||||||||| ||    
T  13007547 ttgtggaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactggcccacacaagaggagaatcag---actcctttgagagatgtggatcttgataagctagt 13007451  T
Q  402 ttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacac 501  Q
     ||||| |||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||| ||||| || |  |||||| | ||||| |||||||||||||||||| |     
T  13007450 gtacctccatggagctctatgtgaagccatgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaattccgatatactacctagtggagag 13007351  T
Q  502 catgttggtccaaacacaaagtta 525  Q
    | |||| ||||||| |||| ||||    
T  13007350 cgtgttagtccaaatacaaggtta 13007327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 202 - 520
Target Start/End: Original strand, 13064958 - 13065273
Alignment:
Q  202 aagtatattagagacactgcattcactctcttggcagcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatccta 301  Q
    |||||| |||||||||||||| ||| ||| |||  ||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||     
T  13064958 aagtatcttagagacactgcagtcaatctattgttagcgggaaacggcacagttagttcaggtctcagttggttcttttggcttgtttcatgtcatcctg 13065057  T
Q  302 ttgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagcttgt 401  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |  | || || || |||||   || || || ||| |||||  ||||||| ||  |    
T  13065058 ttgtggaagccaagattattcaagagatgaaagataattgtctatctgatgatgaaaacttgat---tacttcaattgtggaaaagcttgataaactaat 13065154  T
Q  402 ttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacac 501  Q
    |||||| || | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||  | || || |||| |||| | ||  |||||||||| |||||||||  |    
T  13065155 ttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatatacttcctagtggagtc 13065254  T
Q  502 catgttggtccaaacacaa 520  Q
    |||||  ||||||| ||||    
T  13065255 catgtaagtccaaatacaa 13065273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 197 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 13101452 - 13101194
Alignment:
Q  197 atgaaaagtatattagagacactgcattcactctcttggcagcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactca 296  Q
    |||| |||||| ||||||||| || | ||||||||||   ||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||| |||||    
T  13101452 atgagaagtatcttagagacaatgtaatcactctctttttagcaggaaatggcccagttagttcagctctcagttggtttttctggcttgtttccactca 13101353  T
Q  297 tcctattgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataag 396  Q
    ||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||  |||   |  ||  |  | |||  |  ||||||||    
T  13101352 tcctattgtggaagccaaaataattcaagaaatcaaagataactgtcctacacaagaggagaatcagat---tccttcgagagatgagtatcttgataag 13101256  T
Q  397 cttgtttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctataccatttga 458  Q
    || || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  13101255 ctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttga 13101194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 389 - 531
Target Start/End: Original strand, 12963804 - 12963946
Alignment:
Q  389 ttgataagcttgtttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatact 488  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||| |    
T  12963804 ttgataagcttgtttatcttcatggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcagatatatt 12963903  T
Q  489 acctagtggacaccatgttggtccaaacacaaagttaatatat 531  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  12963904 acctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttgatatat 12963946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 241 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 13130236 - 13129960
Alignment:
Q  241 ggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataatt 340  Q
    ||||||||  || ||||||||| ||| |||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||    
T  13130236 ggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 13130137  T
Q  341 gtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagcttgtttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggcttta 440  Q
    |  ||||||||||||  |||  |||   || ||| |    ||   |  |||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  13130136 ggttaacacaagagggtaatcggat---tactttgaggcatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggcttta 13130040  T
Q  441 tcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaacacaa 520  Q
    |||||||||||| ||||| || |  ||| || | || ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||    
T  13130039 tcctcctataccttttgagcatatctgttcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttagtccaaatacaa 13129960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 241 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 13094807 - 13094531
Alignment:
Q  241 ggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataatt 340  Q
    |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  13094807 ggaaatggtacaattagttcagctctcagttggtttttctggcttctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcagagataatt 13094708  T
Q  341 gtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagcttgtttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggcttta 440  Q
    |  |||||| ||||||  ||  |||   || ||| |  | ||   |  |||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  13094707 ggttaacacgagaggattatcggat---tactttgagggatgtggatcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggcttta 13094611  T
Q  441 tcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtggacaccatgttggtccaaacacaa 520  Q
    ||||||| |||| ||||| || |  |||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||    
T  13094610 tcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatctgatatactacctagtggataccatgttactccaaatacaa 13094531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 149 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 19727647 - 19727443
Alignment:
Q  149 taaaagcactaatgaaagaaggattgggaaaggaagaaatgaatgaaaatgaaaagtatattagagacactgcattcactctcttggcagcaggaaatgg 248  Q
    |||||||||||||||| |||||||  |||||||  ||||||||||| ||      |||| ||||||||| |  | ||||||||||   ||||||||||||    
T  19727647 taaaagcactaatgaaggaaggatctggaaagggggaaatgaatgagaa------gtatcttagagacaatttactcactctctttttagcaggaaatgg 19727554  T
Q  249 aacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataattgtctaaca 348  Q
      |||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||| || |  |||    
T  19727553 cccagttagtacaggtctcagttggtttttttggcttgtttcgactcatcctattgtcgaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactggcccaca 19727454  T
Q  349 caagaggagaa 359  Q
    |||||||||||    
T  19727453 caagaggagaa 19727443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 241 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 13161929 - 13161675
Alignment:
Q  241 ggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagataatt 340  Q
    ||||||||  || ||||||||| ||| |||||||| || |||||  |||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||    
T  13161929 ggaaatggttcaattagttcagctctcagttggtttttctggctcctttcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataatt 13161830  T
Q  341 gtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaacattgataagcttgtttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgaggcttta 440  Q
    | |||||||||||||| |||  |||   || ||| |  | ||      |||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  13161829 ggctaacacaagaggataatcggat---tattttgagggatgtggttcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggcttta 13161733  T
Q  441 tcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatactacctagtgga 498  Q
    ||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || || ||||||||||||||||||    
T  13161732 tccacctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatactacctagtgga 13161675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 149 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 13214313 - 13214132
Alignment:
Q  149 taaaagcactaatgaaagaaggattgggaaaggaagaaatgaatgaaaatgaaaagtatattagagacactgcattcactctcttggcagcaggaaatgg 248  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||  |||||| |||| ||      |||| ||||||||| |||  ||||||||||   ||||||||||||    
T  13214313 taaaagcactaatgaaggaaggatttggaaagggggaaatggatgagaa------gtatcttagagacaatgcgatcactctctttttagcaggaaatgg 13214220  T
Q  249 aacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgtttcaactcatcctattgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagat 336  Q
      ||||| |||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||    
T  13214219 cccagttcgttcaggtctcatttggtttttctggcttgtttcaactcatcttattgtggaagctaaaattattcaagaaataaaagat 13214132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 237 - 361
Target Start/End: Original strand, 31396455 - 31396580
Alignment:
Q  237 agcaggaaatggaacagttagttcaggtctaagttggttcttttggcttgttt-caactcatcctattgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaaga 335  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||  ||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||  ||||    
T  31396455 agcaggaaatggcacaattagttcaagtctcggttggtttttctggcttgttttcaactcatcctaatgtggaagccaaaattattcaagagattcaaga 31396554  T
Q  336 taattgtctaacacaagaggagaatt 361  Q
    ||| |||| ||| ||| | |||||||    
T  31396555 taactgtcaaacccaacatgagaatt 31396580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University