View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4551-Insertion-2 (Length: 621)

Name: NF4551-Insertion-2
Description: NF4551
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4551-Insertion-2
NF4551-Insertion-2
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (279-621)||(25800490-25800832)
chr7 (279-621)||(35493179-35493523)
chr7 (9-251)||(35493572-35493814)
chr7 (9-251)||(25800201-25800443)
chr7 (279-618)||(20654377-20654712)
chr7 (279-618)||(20615670-20616012)
chr7 (445-618)||(20648365-20648538)
chr7 (9-174)||(9301272-9301437)
chr7 (9-174)||(9305710-9305875)
chr7 (9-174)||(20654051-20654215)
chr7 (9-174)||(20615344-20615509)
chr7 (9-174)||(20480986-20481151)
chr7 (9-113)||(39678342-39678446)
chr7 (528-612)||(32454603-32454687)
chr7 (9-78)||(41754887-41754956)
chr7 (342-379)||(3721103-3721140)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (279-618)||(3730977-3731313)
chr4 (9-163)||(33731038-33731192)
chr4 (9-174)||(13021820-13021984)
chr4 (10-163)||(44815534-44815686)
chr4 (331-553)||(42575105-42575326)
chr4 (9-174)||(11035460-11035625)
chr4 (9-174)||(11973017-11973179)
chr4 (9-174)||(5527458-5527623)
chr4 (489-618)||(5527038-5527167)
chr4 (9-160)||(3731489-3731639)
chr4 (9-174)||(12218450-12218608)
chr4 (33-174)||(42574744-42574884)
chr4 (284-411)||(5527164-5527292)
chr4 (479-524)||(7369476-7369521)
chr4 (9-92)||(24638537-24638621)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (279-621)||(32248874-32249213)
chr6 (9-251)||(32248581-32248823)
chr6 (279-621)||(23914467-23914807)
chr6 (279-621)||(19708681-19709020)
chr6 (9-251)||(23914175-23914417)
chr6 (9-174)||(17588940-17589105)
chr6 (13-174)||(19708358-19708519)
chr6 (9-174)||(2537867-2538032)
chr6 (9-125)||(3083051-3083167)
chr6 (78-174)||(16307337-16307433)
chr6 (70-131)||(17100710-17100771)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (319-621)||(28262385-28262684)
chr5 (9-175)||(42772911-42773077)
chr5 (94-174)||(28257066-28257146)
chr5 (9-54)||(28257007-28257052)
chr5 (279-310)||(28257307-28257338)
chr5 (342-379)||(7175031-7175068)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (278-616)||(26529519-26529852)
chr8 (279-621)||(24446800-24447139)
chr8 (9-251)||(26529904-26530141)
chr8 (9-174)||(24447300-24447465)
chr8 (9-83)||(24411117-24411191)
chr8 (79-163)||(23637612-23637696)
chr8 (79-163)||(23637116-23637200)
chr8 (28-92)||(37370767-37370831)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (9-249)||(20608907-20609147)
chr1 (281-621)||(29697684-29698018)
chr1 (283-618)||(20608519-20608851)
chr1 (279-554)||(44505964-44506237)
chr1 (9-174)||(44506399-44506564)
chr1 (452-618)||(20132024-20132190)
chr1 (445-616)||(8529484-8529654)
chr1 (9-174)||(20131597-20131762)
chr1 (9-174)||(24161431-24161596)
chr1 (9-163)||(14495739-14495890)
chr1 (416-618)||(25587949-25588141)
chr1 (9-106)||(29697363-29697460)
chr1 (279-379)||(20131924-20132024)
chr1 (52-92)||(25181818-25181858)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (279-621)||(44823092-44823432)
chr3 (279-617)||(51138253-51138587)
chr3 (279-618)||(53360542-53360872)
chr3 (282-611)||(28097920-28098245)
chr3 (9-251)||(44823483-44823725)
chr3 (9-174)||(35370056-35370221)
chr3 (10-162)||(7107320-7107471)
chr3 (9-174)||(28098407-28098574)
chr3 (9-163)||(53361044-53361197)
chr3 (94-174)||(51138011-51138091)
chr3 (9-41)||(3420657-3420689)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (9-243)||(35191281-35191515)
chr2 (295-617)||(44537981-44538300)
chr2 (324-618)||(21148225-21148517)
chr2 (9-171)||(25046968-25047129)
chr2 (324-621)||(35191573-35191848)
chr2 (16-155)||(19900137-19900276)
chr2 (63-174)||(27340499-27340609)
chr2 (9-41)||(311564-311596)
[»] scaffold0086 (1 HSPs)
scaffold0086 (9-174)||(49529-49697)
[»] scaffold0990 (3 HSPs)
scaffold0990 (9-174)||(1753-1918)
scaffold0990 (283-489)||(1391-1587)
scaffold0990 (505-618)||(1293-1406)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (22-131)||(200397-200506)
scaffold0003 (22-131)||(193713-193822)
[»] scaffold0149 (1 HSPs)
scaffold0149 (22-131)||(13042-13151)
[»] scaffold0077 (1 HSPs)
scaffold0077 (22-131)||(43338-43447)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (49-88)||(36644-36683)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 279 - 621
Target Start/End: Original strand, 25800490 - 25800832
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25800490 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacgtgttgcatccgcatccacaaatataattacccaaaattatgtgattttctcaaatta 25800589  T
Q  379 taatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagatt 478  Q
    |||  |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25800590 taacattattggtgtgtcaatatccgtgttgtatctggtgtcggtgtttgtatccacacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagatg 25800689  T
Q  479 gtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaa 578  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25800690 gtggtttgaatgtaaccaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgagtgtgattatggtttaacaa 25800789  T
Q  579 ttttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcactgta 621  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25800790 ttttgatttgtttaaatggttttaacactttgatttcactgta 25800832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 279 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 35493523 - 35493179
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  35493523 tatgaatcacatacactcctcatattagatgtgtctgaacacgtgtggcatccgcatccacaaatataattaccctaaattatgtgattttctcaaatta 35493424  T
Q  379 taatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagatt 478  Q
    ||| |||||||| |||||||||| |||||||||| | |||| ||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  35493423 taacgttattggcgtgtcagtattcgtgttgtatctggtgtaggtgttcatatccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctcagatg 35493324  T
Q  479 gtggtttgaatgtaactaaaaacaaa--agatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaac 576  Q
    ||| |||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  35493323 gtgatttgaatgtaacaaaaaaaaaaagagatggtggtttgaaactttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgagtgtgattaaggtttaac 35493224  T
Q  577 aattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcactgta 621  Q
     ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35493223 cattttgaattgtttaaatggttttaacactttgatttcactgta 35493179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 9 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 35493814 - 35493572
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35493814 caacatattcttaaataaaccacgacataacaattgtgtcccattacacaggccatatatagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 35493715  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatatggtagtgtagccatttctttctttctaccctatt 208  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  35493714 tttacctttaaaatatatggtgggatacttccttgagcaattgagtttaagaattcatgttgatatggtagtgtagccatttgtttctttctaccctgtt 35493615  T
Q  209 tatctatctttaatccaccagttctatttccacttctatttga 251  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  35493614 tatctatctttaatccactgattctatttccacttctatttga 35493572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 9 - 251
Target Start/End: Original strand, 25800201 - 25800443
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||     
T  25800201 caacatattcttaaataaaccacaatataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcactgttt 25800300  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatatggtagtgtagccatttctttctttctaccctatt 208  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  25800301 tttacctttaaaatatgtggtgggatacttccttgagaaattgagtttaggaattcctgttgatatggtagtatagtcatttgtttctttctaccctatt 25800400  T
Q  209 tatctatctttaatccaccagttctatttccacttctatttga 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  25800401 tatctatctttaatccaccagttctgttttcacttctatttga 25800443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 279 - 618
Target Start/End: Original strand, 20654377 - 20654712
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||| | |||||| || |||||| |||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||||    
T  20654377 tatgaatcacatacattcgtcatattagatgtgtctgaacacgtgttgcatccgtatccactaatataattaccctaaattatatgattttatcaaatta 20654476  T
Q  379 t-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagat 477  Q
      || |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||| |||||||      ||||||||| |||||||| |||| |||| | ||    
T  20654477 gcaacgttattggcgtgtcagtatccgtgttgtatctggtgtcggtgttcgtatccatactc-----ttagcggtcttctctttttatggtctctcaaat 20654571  T
Q  478 tgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaaca 577  Q
     |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  20654572 ggtggcttgaaagtaactaataacaaaagatggtggtttgaagctttctagtgtttctgtttttagttgcaggtaacatgagtgtaattatcgtttaaca 20654671  T
Q  578 attttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcact 618  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  20654672 attttgaattgtttaaatggttttaactctttgatttcact 20654712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 279 - 618
Target Start/End: Original strand, 20615670 - 20616012
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatcc-------acaaatataattatccaaaattatgtgattttct 371  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||| | |||||| || ||||       || |||||||||| || ||||||||||||| |||    
T  20615670 tatgaatcacatacattcgtcatattagatgtgtctgaacacgtgttgcatccgtatcccgtatccactaatataattaccctaaattatgtgattctct 20615769  T
Q  372 caaattat-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcct 470  Q
    |||||||| || |||| ||| |||||||||||| |||||||| | |||||||| || ||| |||||||      ||||||||| |||||||| |||| ||    
T  20615770 caaattatcaaagttactggcgtgtcagtatccatgttgtatttggtgtcggtgttcgtatccatactc-----ttagcggtcttctctttttatggtct 20615864  T
Q  471 ctaagattgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatgg 570  Q
    || | || |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  20615865 ctcaaatggtggcttgaaagtaaccaaaaacaaaagatggtggtttgaagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgagtgtgattatcg 20615964  T
Q  571 tttaacaattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcact 618  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20615965 tttaacaattttgtattgtttaaatggttttaacactttgatttcact 20616012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 445 - 618
Target Start/End: Original strand, 20648365 - 20648538
Alignment:
Q  445 ttagcggtcctctcttttaatggcctctaagattgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagt 544  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |||| | || |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20648365 ttagcggtcttctctttttatggtctctcaaatggtggcttgaaagtaactaataacaaaagatggtggtttgaagctttctagtgtttctgtttttagt 20648464  T
Q  545 tgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcact 618  Q
    ||  |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20648465 tgcaggtaacatgagtatgattatcgtttaacaattttgaattgtttaaatggttttaacactttgatttcact 20648538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Original strand, 9301272 - 9301437
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||     
T  9301272 caacatattcttaaaaagcccatgacataacaatcgtgtcccattacacaggccaaatctagggactatgtttcacactaacatcaaaggtgcacctttt 9301371  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9301372 tttacctttaaaatatatggagggatacttccttgagcaattgagtttaggaattcatgttgatat 9301437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Original strand, 9305710 - 9305875
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||     
T  9305710 caacatattcttaaaaagcccatgacataacaatcgtgtcccattacacaggccaaatctagggactatgtttcacactaacatcaaaggtgcacctttt 9305809  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9305810 tttacctttaaaatatatggagggatacttccttgagcaattgagtttaggaattcatgttgatat 9305875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Original strand, 20654051 - 20654215
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20654051 caacatattcttaaataaaccacgacataa-aatcgcgttccattacacaggccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 20654149  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||   || ||| |||| |||||||||  |||| ||||||||||    
T  20654150 tttacctttaaaatatgtgatgggaatcttcctttagcagttgagtttaaaaattcatgttgatat 20654215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Original strand, 20615344 - 20615509
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacc-ttt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20615344 caacatattcttaaataaaccacgacataa-aatcgcgttccattacacaggccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 20615442  T
Q  108 ctttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
     ||||  ||||||||||||| ||||||  || |||||||| |||||||||  |||| ||||||||||    
T  20615443 ttttatctttaaaatatgtgatgggattcttccttgagcagttgagtttaaaaattcatgttgatat 20615509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 20481151 - 20480986
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||     
T  20481151 caacatattcttaaagaaaccacgacataacaatcgtgtttcattacacaggtcatatctagggtctatgtttcgcaacaaaatcagagatacacctttt 20481052  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| ||  ||||| | |||||||||| ||||  |||||||||    
T  20481051 tttacctttaaaatatgtggtggaatacttctttgagtagttgagtttagaaattcttgttgatat 20480986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 9 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 39678446 - 39678342
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  39678446 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacagaccatatatagggtcaatgtttcgcaacaacatcaaaggtgtacctttt 39678347  T
Q  109 tttac 113  Q
    |||||    
T  39678346 tttac 39678342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 528 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 32454687 - 32454603
Alignment:
Q  528 gtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgat 612  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  32454687 gtgtttctatttttaatagttggtaacgtgagtgtgattatggtttaacaattttgaattgttaaaatggttttaagactttgat 32454603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 9 - 78
Target Start/End: Original strand, 41754887 - 41754956
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatg 78  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41754887 caacgtattcttaaataaaccacgacataacaatcatgttccattacacagaccatatctagggtctatg 41754956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 342 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 3721140 - 3721103
Alignment:
Q  342 atataattatccaaaattatgtgattttctcaaattat 379  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  3721140 atataattatactaaattatgtgattttctcaaattat 3721103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 279 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 3731313 - 3730977
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  3731313 tatgaatcacatacactcctcatattagatgtgtctgaacacgtgttgcatcctcatccacaaatataattaccctaaattatgtgattttctcaaatta 3731214  T
Q  379 t-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagat 477  Q
    | || |||||||| |||||||||||  |||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||    ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  3731213 tcaacgttattggcgtgtcagtatctatgttgtatctggtgtcggtgtttgtatccatacttctta----gcggtcctctctttttatggcctctcagat 3731118  T
Q  478 tgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaaca 577  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  3731117 ggtggtttgaatgtaaccaaaaacaaaagatggtggtttaaagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgagtgtgattatcatttaaca 3731018  T
Q  578 attttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcact 618  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  3731017 attttgaattgtttaaataattttaacactttgatttcact 3730977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 9 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 33731192 - 33731038
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33731192 caacatattcttaaataaaccacgacataataatcgtgtcccattacagagcccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 33731093  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaatt 163  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||    
T  33731092 tttacctttaaaatatgtggtgggatacttccttgagcaattgagtttaagaatt 33731038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 13021984 - 13021820
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  13021984 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtctcattacacagaccatatctagagtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcatcttt- 13021886  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13021885 tttacctttaaaatatgtggtgggatacttccttgaacaattgagtttaggaattcatgttgatat 13021820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 10 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 44815686 - 44815534
Alignment:
Q  10 aacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttct 109  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |    
T  44815686 aacatattcttaaataaacaacgacataacaatcgtgtcccattacacaggtcatatctagggtctatgtttcacaacaacatc-aaggtgcaccttttt 44815588  T
Q  110 ttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaatt 163  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  44815587 ttacctttaaaatatgtggtgggatacttccttgagcaattgagtttaggaatt 44815534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 331 - 553
Target Start/End: Original strand, 42575105 - 42575326
Alignment:
Q  331 cgcatccacaaatataattat-cca-aaattatgtgattttctcaaattat-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtattt 427  Q
    |||||||||||||||||||   ||| |||||| |||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||| | |||||||| ||     
T  42575105 cgcatccacaaatataattgcgccataaattacgtgattttctcaaattatcaacgttattggcgtgtcagtatccgtattctatctggtgtcggtgttc 42575204  T
Q  428 gtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagattgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttcta 527  Q
    ||| ||||||||||||    ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  42575205 gtatccatacttctta----gcggtcctctctttttatggcctctcagatggtggtttgaatgtaacaaaaaacaaaagatgatggtttgaagctttcta 42575300  T
Q  528 gtgtttctgtttttagttgttggtaa 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  42575301 gtgtttctgtttttagttgttggtaa 42575326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Original strand, 11035460 - 11035625
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||     
T  11035460 caacatattcttaaataaactacgacataacaatcgtgttccattacacaggccatatctagggtctatgtttcgcaacaacgtcgaatgtgcacctttt 11035559  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  11035560 tttacctttaaaatatttggtgggattcttccttgagcaattgagtttaagaattcatgttgatat 11035625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Original strand, 11973017 - 11973179
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11973017 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcatgtcccattacacaacccatatcgagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 11973116  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| ||||||   |  ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  11973117 tttacctttaaa---tacggtgggatacttccttgagcaattgagtttaagaattcatgttgatat 11973179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 5527623 - 5527458
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5527623 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcatgtttaattacacatgccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 5527524  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||  ||||||||||||| ||||||  || |||||||| |||||||||  |||| ||||||||||    
T  5527523 tttatctttaaaatatgtgatgggattcttccttgagcagttgagtttaaaaattcatgttgatat 5527458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 489 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 5527167 - 5527038
Alignment:
Q  489 tgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaattttgatttg 588  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||    
T  5527167 tgtaactaaaaacaaaagatggtggtttgaagctttctagtgtttctgtttttagttgctggtaacatgagtgtgattatcgtttaacaattttgaactg 5527068  T
Q  589 tttaaatggttttaaaactttgatttcact 618  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  5527067 tttaaatgattttaatactttgatttcact 5527038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 3731639 - 3731489
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3731639 caacctattcttatataaaccacgacataataatcatgttccattacacaggccatatctaggg-ctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 3731541  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttagga 160  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||    
T  3731540 tttacctttaaaatatgtggtgtgatacttccttgagcagttgagtttagga 3731489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 12218608 - 12218450
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  12218608 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaggccat-------gtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 12218516  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| | |||||||| |||||||||| || ||||| ||||| ||| ||||||||  |||||||||    
T  12218515 tttacctataaaatatatggtgggatacttccttgaacaattaagtgtaggaatttctgttgatat 12218450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 33 - 174
Target Start/End: Original strand, 42574744 - 42574884
Alignment:
Q  33 acataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttctttacttttaaaatatgtggtggg 132  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||    
T  42574744 acataacaatcgtgttccattactcaggccatacatagggtctatgtttcacaacaacatcaaagttacactttt-tttacctttaaaatatgtgttggg 42574842  T
Q  133 atattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||| || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  42574843 atacttccttgagcagttgagtttaggaattcatgttgatat 42574884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 284 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 5527292 - 5527164
Alignment:
Q  284 atcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaattat-aat 382  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||| | ||||||| | |||||| |  |||||| |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||| ||     
T  5527292 atcacatgcattcctcatattagatgtgtatgaacacgtgttgcatccatatccactaatataattaccctaaattatgtgattctctcaaattatcaac 5527193  T
Q  383 gttattggtgtgtcagtatccgtgttgta 411  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  5527192 gttattggcgtgtcagtatctgtgttgta 5527164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 479 - 524
Target Start/End: Original strand, 7369476 - 7369521
Alignment:
Q  479 gtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagcttt 524  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7369476 gtggtttgaatgtaacaaaaaacaaaagatggtggtttgaagcttt 7369521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 9 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 24638621 - 24638537
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcg-tgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacat 92  Q
    |||||||||| |||| ||||||| |||||| |||   ||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  24638621 caacatattcataaacaaaccacaacataataatttatgtcccattacacagaccatatttaggatctatgtttcgcaacaacat 24638537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 279 - 621
Target Start/End: Original strand, 32248874 - 32249213
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||  | |||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||    
T  32248874 tatgaatcacatacactcctcatattagatgtgtctaaacatgtgttgcatccgtatccacaaatataattaccctaaattatgtgattttttaaaatta 32248973  T
Q  379 t-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagat 477  Q
    | || |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||| ||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32248974 tcaacgttattggcgtgtcagtatccgtgttgtatctggtgtcggtgttcgtatccatacttctta----gcggtcctctcttttaatggcctctcagat 32249069  T
Q  478 tgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaaca 577  Q
      |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  32249070 gatggtttgactgtaaccaaaaacaaaagatggtggtttgaagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtatcatgagtgtgattatgatttaaca 32249169  T
Q  578 attttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcactgta 621  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32249170 attttgaattgtttaaatggttttaacactttgatttcactgta 32249213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 9 - 251
Target Start/End: Original strand, 32248581 - 32248823
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32248581 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatggtgtcccattacacatgtcatatttatggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 32248680  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatatggtagtgtagccatttctttctttctaccctatt 208  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  32248681 tttacctttaaaatatgtgctaggatatttccttgagtaattgagtttaggaattcctgttgatatggtagtgtagccatttgtttctttctcccctatt 32248780  T
Q  209 tatctatctttaatccaccagttctatttccacttctatttga 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32248781 tatctatctttaatccaccagttctatttccacttctatttga 32248823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 279 - 621
Target Start/End: Original strand, 23914467 - 23914807
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| | ||||||   | |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  23914467 tatgaatcacatacactcctcacattagatgtgtctgaacacgtgttgcatcaccgtccacaaatataattaacctaaattatgtgattttctcaaatta 23914566  T
Q  379 taatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagatt 478  Q
    ||| || ||||| |||||||||| | || ||||| |||||||||| ||  || |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||| |||||||||     
T  23914567 taacgtcattggcgtgtcagtattcatgatgtatctagtgtcggtgttcatatccatacttcttaatcaacggtcctctctt--aatggtctctaagatg 23914664  T
Q  479 gtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaa 578  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  23914665 gtggtttgaatgtaaccaaaaacagaagatggtggtttgaagttttatagtctttctgtttttagttgttggtaagatgagtgtgattatggtttaacaa 23914764  T
Q  579 ttttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcactgta 621  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  23914765 ttttgaattgtttaaatgattttaacactttcatttcactgta 23914807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 279 - 621
Target Start/End: Original strand, 19708681 - 19709020
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || | |||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||    
T  19708681 tatgaatcacatacactcctcatattagatgtgtctgaatacgtgttgcatccgcatccgcaaatataattaccctaaattatgtgattttctcaactta 19708780  T
Q  379 t-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagat 477  Q
    | || |||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||| | || | | ||||||||    ||| ||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  19708781 tcaacgttattggcgtgtcagtatccgtgttgtatctggtgtcgatgttcgcatccatactt----atttgcggtcctctctttttatgacctctcagat 19708876  T
Q  478 tgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaaca 577  Q
     |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  19708877 ggtggtttgaatgtaaccaaacgcaaaagatggtggtttgaagttttctagtgtttatgtttttagttgttggttacatgagtgtgattatcgtttaaca 19708976  T
Q  578 attttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcactgta 621  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  19708977 attttgaattgtttaaatggttttaacactttggtttcactgta 19709020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 9 - 251
Target Start/End: Original strand, 23914175 - 23914417
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23914175 caacatattcttaaataaattacgacataacatccgtgtcctattacacagaccatatctagggtttatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 23914274  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatatggtagtgtagccatttctttctttctaccctatt 208  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| || |||||   ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  23914275 tttacctttaaaatatgtggtgggatacttacttgagtaattgagtctaagaattccggttgatatggtagtgtagccacttgtttctttctaccctatt 23914374  T
Q  209 tatctatctttaatccaccagttctatttccacttctatttga 251  Q
    ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23914375 tatttgtctttaatccaccggttctatttccacttctatttga 23914417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Original strand, 17588940 - 17589105
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17588940 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaacccatattgaggttctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 17589039  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| ||||||| || |||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  17589040 tttacctttaaaaaatatggtgggatacttccttgagcaattgagtttaagaattcatgttgatat 17589105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 13 - 174
Target Start/End: Original strand, 19708358 - 19708519
Alignment:
Q  13 atattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttcttta 112  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19708358 atattcttaaataaaccatgacataacaattgtgttccattacacaggccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcaccttttttta 19708457  T
Q  113 cttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    | ||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||  ||||  |||||||||    
T  19708458 cctttaaaatatgtggtgggatacttccttgagcagttgagtttataaattcctgttgatat 19708519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 2538032 - 2537867
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  2538032 caacatattcttaaataaacaacgacataacaatcgtgttccattacacatgccatatctaggatctatgtttcacaacaacatcaaaggtgcacctttt 2537933  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| ||||||| || |||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  2537932 tttacctttaaaaaatatggtgggatacttccttcagcagttgagtttaggaatttctgttgatat 2537867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 9 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 3083167 - 3083051
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| || |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  3083167 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcatgttccactacacaggctatatttaaggtctatgtttcgcagcaacatcaaaggtgcacctttt 3083068  T
Q  109 tttacttttaaaatatg 125  Q
    ||||| |||||||||||    
T  3083067 tttacctttaaaatatg 3083051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 78 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 16307433 - 16307337
Alignment:
Q  78 gtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttctttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||| || |||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  16307433 gttttgcaacaacatcaaaggtgcacctttttttacctttaaaatatatggtcggatacttccttgagaaattgagtttaggaattcttgttgatat 16307337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 70 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 17100771 - 17100710
Alignment:
Q  70 gggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttctttacttttaaaatatgtggtgg 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || || || ||||  |||||||||||||||||    
T  17100771 gggtctatgtttcgcaacaacatcaatggagctcccttttttagctttaaaatatgtggtgg 17100710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 319 - 621
Target Start/End: Original strand, 28262385 - 28262684
Alignment:
Q  319 acatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaattat-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagt 417  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  28262385 acatgttgcatccgcatccacaaatataattaccctaaattatgtgattttctcaaattatcaacgttattggcgtgtcagtatccgtgttgtatctggt 28262484  T
Q  418 gtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagattgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttg 517  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||    ||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  28262485 gtcggtgtttgtatccatacttctta----gcggtcctctctttttatggtctcttagatggtggtttgaatgtaaccaagaacaaaagatggtggtttg 28262580  T
Q  518 gagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcac 617  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28262581 aagatttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgagtgtgattattgtttaacaattctgaattgtttaaatggttttaacactttgatttcac 28262680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 175
Target Start/End: Original strand, 42772911 - 42773077
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||     
T  42772911 caacatattcttaaataaaccacggcataacaatcgtgttccattacacatgccatatatagggtctatgtttcgcaacagcatcaacgttgcacctttt 42773010  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatatg 175  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  42773011 tttacctttaaaatatatggtggaatacttccttgagcaattgagtttaagaattcatattgatatg 42773077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 94 - 174
Target Start/End: Original strand, 28257066 - 28257146
Alignment:
Q  94 aaaggtgcacctttctttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||||  ||||||||||||||  |||||||||    
T  28257066 aaaggtgcacctttttttacctttaaaatatgtggtgggatacttccttaagcagctgagtttaggaattcctgttgatat 28257146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 54
Target Start/End: Original strand, 28257007 - 28257052
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccatta 54  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  28257007 caacatattcttaaataaaccaagacataacaatcgtgttccatta 28257052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 279 - 310
Target Start/End: Original strand, 28257307 - 28257338
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28257307 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgt 28257338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 342 - 379
Target Start/End: Original strand, 7175031 - 7175068
Alignment:
Q  342 atataattatccaaaattatgtgattttctcaaattat 379  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  7175031 atataattatgccaaattatgtgattttctcaaattat 7175068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 278 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 26529852 - 26529519
Alignment:
Q  278 atatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatt 377  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  26529852 atatgaatcacatacactcctcatattaaatgtgtctgaacacgtgttgcatccggatccacaaatataattaccctaaattatgtgattttctcaaatt 26529753  T
Q  378 at-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaaga 476  Q
    || ||  ||||||| ||||||||||| ||||||||| |  ||||| | || ||| |||||||||||| |     |||||||||||||||||||||| |||    
T  26529752 atcaacattattggcgtgtcagtatctgtgttgtatctgatgtcgttgttcgtatccatacttcttagta----gtcctctcttttaatggcctctcaga 26529657  T
Q  477 ttgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaac 576  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  26529656 tggtggtttgaatgtaaccaaaaacaaaagatggtggttt-aaactttctagtgtttctatttttagttgttggtaaca-gagtgtgattatggtttaac 26529559  T
Q  577 aattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttca 616  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26529558 aattttgaattatttaaatggttttaacactttgatttca 26529519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 279 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 24447139 - 24446800
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  24447139 tatgaatcacatacactcctcatattagatatgtctgaacacatgttgcatccgcatccacaaatataattaccctaaattatgtgattttctcaaatta 24447040  T
Q  379 t-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagat 477  Q
    | || |||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||| || |||  |||||||||||      ||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  24447039 tcaacgttattggcgtgtcagtatccgtgttgtatctgatgtcggtgttcgtattcatacttcttag-----ggtcctctctttttatggcctctcatat 24446945  T
Q  478 tgtggtttgaatgtaactaaaaa-caaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaac 576  Q
     |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||  ||||||    
T  24446944 ggtggtttgaatgtaaccaaaaaacaaaagatggtggtttaaagccttctagtgtttctgtttttaattgttggtaacatgagtgtaattatcatttaac 24446845  T
Q  577 aattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcactgta 621  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  24446844 aattttgaatagtttaaatggttttaacactttgatatcactgta 24446800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 9 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26530141 - 26529904
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |             
T  26530141 caacatattcttaaagaaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacagaccatatctaaggtctatgtttcgcaacaacatcaaagtt--------- 26530051  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatatggtagtgtagcca----tttctttctttctaccc 204  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| |    ||| |||||||||||||    
T  26530050 tttacctttaaaatatgtggtggaatacttcattgagcaattgaatttaggaattcctgttgatatggtagtgtagctagccttttgtttctttctaccc 26529951  T
Q  205 tatttatctatctttaatccaccagttctatttccacttctatttga 251  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  26529950 gatttatctatctttaatccaccggttctatttacacttcaatttga 26529904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 24447465 - 24447300
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  24447465 caacatattcttaaataaatcacgacataacaatcgtgttccattacacataccgtatctagcgtgtatgttttgcaacaacatcaaaggtgcacctttt 24447366  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||  |||||||||    
T  24447365 tttacctttaaaatatgtggtgggatacttccttgagcagttgagtttaagaattcctgttgatat 24447300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 9 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 24411191 - 24411117
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcg 83  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24411191 caacatattcttaaataaaccacgatataacaattgtgtcccattacacatgccatatctagggtctatgtttcg 24411117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 79 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 23637696 - 23637612
Alignment:
Q  79 tttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttctttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaatt 163  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||| |||||    
T  23637696 tttcgcaacaacatcaaaggtacacctttttttacttttaaaatatatggtgggatacttccttgagcaattgagcttaagaatt 23637612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 79 - 163
Target Start/End: Original strand, 23637116 - 23637200
Alignment:
Q  79 tttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttctttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaatt 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||| |||||    
T  23637116 tttcgcaacaacatcaaaggtgcaccttattttacctttaaaatatatggtgggatacttccttaagcaattgagtttaagaatt 23637200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 37370831 - 37370767
Alignment:
Q  28 ccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacat 92  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  37370831 ccacaacataataatcgtgtcccattacacgggccatatttagggtctatgtttcacaagaacat 37370767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 177; Significance: 4e-95; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 9 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 20609147 - 20608907
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  20609147 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtccctttacacaggtcatatctaggttctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcaccttgt 20609048  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatatggtagtgtagccatttctttctttctaccctatt 208  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20609047 tttacctttaaaatatgtggtgggatacttccttgaacatttgagtttaggaattcatgttgatatgatagtgtagccatttgtttctttctaccctatt 20608948  T
Q  209 tatctatctttaatccaccagttctatttccacttctattt 249  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  20608947 tatctatctttaatccaccggttctattttcacttctattt 20608907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 281 - 621
Target Start/End: Original strand, 29697684 - 29698018
Alignment:
Q  281 tgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaattat- 379  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  | |||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||     
T  29697684 tgaatcacatacactcctcatattagatgtgtctgaacaggtgttgcatccgcatccataaatataattaccttaaattatgtgattttctcaaatcatc 29697783  T
Q  380 aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagattg 479  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| | |||||| | |||||||| |||||| |||||      |||||| | ||||||||||| ||||||||| |||| |    
T  29697784 aatattattggcgtgtcagtatccatattgtatctggtgtcggtgtttgtatccata------aattagagttcctctctttttatggcctctcagatgg 29697877  T
Q  480 tggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaat 579  Q
    ||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  29697878 tggtt-gaatgtaaccataaacaaaagatggtagtttgaagctttctagtgcttctgtttttagttgttggtaacatgaatgtgattattgtttaacaat 29697976  T
Q  580 tttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcactgta 621  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29697977 tttgaattgtttaaatggttttaacactttgatttcactgta 29698018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 283 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 20608851 - 20608519
Alignment:
Q  283 aatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaattat-aa 381  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||  | ||||||  ||||| | ||||||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||| ||    
T  20608851 aatcacatacactcctcatattagatgtgtctaaacatgtgttgcatctgcatctagaaatataattaccctaaattatgttattttttcaaattatcaa 20608752  T
Q  382 tgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagattgtg 481  Q
     |||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||| || ||  || || ||||||    |||||| || |||||||||| ||||||| |||| ||     
T  20608751 cgttattggcgtgttagtatccgtgttgtatctggtgtcagtgttcctatccctacttc----ttagcgatcatctcttttaacggcctcttagatggtt 20608656  T
Q  482 gtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaattt 581  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20608655 gtttgaatgtaaccaaaaacaaaatatggtggtttgaagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgagtgtgattatggtttaacaattt 20608556  T
Q  582 tgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcact 618  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20608555 tgaattgtttaaatggttttaagactttgatttcact 20608519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 279 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 44506237 - 44505964
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||    
T  44506237 tatgaatcacatacactcctcatatcagatgtgtctgaacacgtgttgcatccgcatccacaaatataattactctaaattatgtaattttctcaaatta 44506138  T
Q  379 t-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagat 477  Q
    | || ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||    |||||||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  44506137 tcaacgttattggtgtgttagtatctgtgttgtatctagtgtcggtgttcgtatccatacttc----ttagcggtcctctctttttatggcctctcatat 44506042  T
Q  478 tgtggtttgaatgtaac-taaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaac 554  Q
     ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  44506041 ggtggtttgaatgtaacaaaaaaacaaaagatggtggtttgaagctttctagtgtttcggtctttagttgttggtaac 44505964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 44506564 - 44506399
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  44506564 caacattttcttaaataaaccacgatataaaaatcgtgttccattacacaggccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaagttgcacctttt 44506465  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  44506464 tttacctttaaaatatgtggtgggataattccttcagcagttgagtttaggaattcctgttgatat 44506399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 452 - 618
Target Start/End: Original strand, 20132024 - 20132190
Alignment:
Q  452 tcctctcttttaatggcctctaagattgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggt 551  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||    
T  20132024 tcctctctttttatggcctctcagatggtggtttgaatgtaacaaaaaacaaaagaaggtggtttgaagctttctagtgtttctatttttagttggttgt 20132123  T
Q  552 aacatgattgtgattatggtttaacaattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcact 618  Q
    ||||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  20132124 aacattagtgtgattatcgtttaacaattttgaattgttcaaatggttttaacactttgatttcact 20132190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 445 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 8529654 - 8529484
Alignment:
Q  445 ttagcggtcctctcttttaatggcctctaagattgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagt 544  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||  ||| |||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8529654 ttagaggtcctctctttttatggcctattagatggtggtta-aatataaccataaacaaaagatggtagtttgaagctttctagtgtttctgtttttagt 8529556  T
Q  545 tgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttca 616  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8529555 tgttggtaacatgagtatgattatcgtttaacaattttgaattgtttaaatggttttaacactttgatttca 8529484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Original strand, 20131597 - 20131762
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  20131597 caacatttacttaaataaacaacgacataacaatcgtgttccatcacacaggtcatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacttttt 20131696  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  20131697 tgtacctttaaaatatgtggtgggatacttccatgagcagttgagtttaggaattcctgttgatat 20131762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Original strand, 24161431 - 24161596
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||     
T  24161431 caacatattcttaaataaaacacgacataacaatcgtgtcccatttcacaagacatatatggggtctatgtttcgcaacagaatcaaagatacacctttt 24161530  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||    
T  24161531 tttacctttaaaacatgtggcgggatacttccttgagcaactaagtttaagaattcatgttgatat 24161596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 9 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 14495890 - 14495739
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||   |||||||||||| |||||||||     
T  14495890 caacatattctcaaaaaaaccacgacataataatcgtgtcccattacacaggccatatctaaggtctatgtttc---acaacatcaaagctgcacctttt 14495794  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaatt 163  Q
    ||||| |||  ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  14495793 tttacctttgcaatatgtggtgggatatttccttaagcaattgtgtttaggaatt 14495739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 416 - 618
Target Start/End: Original strand, 25587949 - 25588141
Alignment:
Q  416 gtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagattgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtt 515  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||    ||||| |||| |||| |||||||||  ||   |||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  25587949 gtgtcggtatttgtatccatacttctta----gcggttctctatttttatggcctctcggacgatggtttaaatgtaatcaaaaataaaagatggtggtt 25588044  T
Q  516 tggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttc 615  Q
    || |||||||||||||||||      | || |||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  25588045 tgaagctttctagtgtttct------aattattggtaacatgagtgtgattatcatttaacaattttgaattgtttaaatgattttaacactttgatttc 25588138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 9 - 106
Target Start/End: Original strand, 29697363 - 29697460
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctt 106  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29697363 caacatattgttaaataaacaacgacataacaatcgtgtttcattacataggccatatctagggtctatgtttcgcaaaaacatcaaaggtgcacctt 29697460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 279 - 379
Target Start/End: Original strand, 20131924 - 20132024
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||  | |||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  20131924 tatgaatcacatacactcctcgtattagatgtgtctgaacatgtgttgcatccgcatccataaatataattaccctaaattatgtgattttctcaaatta 20132023  T
Q  379 t 379  Q
    |    
T  20132024 t 20132024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 52 - 92
Target Start/End: Original strand, 25181818 - 25181858
Alignment:
Q  52 ttacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacat 92  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25181818 ttacacatgtcatatttagggtctatgtttcgcaacaacat 25181858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 279 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 44823432 - 44823092
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    |||||||| ||||||||||| | |||| |||| | | ||||| | ||||||  || | |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  44823432 tatgaatcgcatacactccttacattagatgtatttaaacacgtgttgcatcagcgtacacaaatataattaacctaaattatgtgattttctcaaatta 44823333  T
Q  379 taatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagatt 478  Q
    ||| |||||||| |||||||||| | |||||||| | |||||| | || ||| |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||| |||| ||||     
T  44823332 taacgttattggcgtgtcagtattcatgttgtatctggtgtcgttgttcgtatccatacttcttaatcaacggtcctctctt--aatggtctctcagatg 44823235  T
Q  479 gtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaa 578  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  44823234 gtggtttgaatgtaacaaaaaacaaaagatggtggtttgaagctttttagtgtttctgtttttagttgttggtaagatgagtgtgattatggtttaacaa 44823135  T
Q  579 ttttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcactgta 621  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  44823134 ttttgaattgtttaaatgattttaacactttcatttcactgta 44823092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 7e-94
Query Start/End: Original strand, 279 - 617
Target Start/End: Original strand, 51138253 - 51138587
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||    
T  51138253 tatgaatcacgcacactcctcatattagatgtgtctgaacatgtgttgcatccgcatccacaaatataattaccctaaattatgttattttctcaaatta 51138352  T
Q  379 t-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagat 477  Q
    | || |||||| | ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||    ||||||||||||||| ||||||||| |||     
T  51138353 tcaacgttattagcgtgtcagtatctgtgttgtatctggtgtcggtattcgtatccatacttctta----gcggtcctctctttttatggcctctcagac 51138448  T
Q  478 tgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaaca 577  Q
     ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  51138449 ggtggtttgagtgtaaccaaaaacaaaagttggtggtttgaagctttctagtgtttccgtttttagttgttggtaacatgagtgtgattatcg-ttaaca 51138547  T
Q  578 attttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcac 617  Q
    |||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  51138548 atttcgaattgtttaaatggttttaacactttgatttcac 51138587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 279 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 53360872 - 53360542
Alignment:
Q  279 tatgaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaatta 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||  | ||||||      |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  53360872 tatgaatcacatacactcctcatattagatgtgtctgaacatgtgttgcat------ccacaaatataattatcctatattatgtaattttctcaaatta 53360779  T
Q  379 t-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagat 477  Q
    | ||  ||||| |||||| ||| || ||||||||| | | |||||| || ||| |||||||||||| |    ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  53360778 tcaaccttattagtgtgttagtttctgtgttgtatttggcgtcggtgttcgtatccatacttcttagt----ggtcctctctttttatggcctctcagat 53360683  T
Q  478 tgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaaca 577  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||    
T  53360682 ggtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtgatttgaagctttctagtgtttctgtttttagttgctggtaacatgagtgtgattatcatttaaca 53360583  T
Q  578 attttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcact 618  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53360582 attttgaattgtttaaatggttttaacactttgatttcact 53360542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 282 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 28098245 - 28097920
Alignment:
Q  282 gaatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaattat-a 380  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||||| ||||| |||||| | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |    
T  28098245 gaatcacatacactcctcatattagatgtgtctgaacagatgttgcatccgcattcacaaaaacaattaccctaaattatgtgattttctaaaattatca 28098146  T
Q  381 atgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagattgt 480  Q
    | |||||  |  ||| ||||| |||||||||| | |||||||| || ||| ||||||||||||    ||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||    
T  28098145 acgttatgagcatgttagtattcgtgttgtatctggtgtcggtgttcgtatccatacttctta----gcggtcctctcgttttatggcctctcagatggt 28098050  T
Q  481 ggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaatt 580  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  28098049 ggtttgaatgtaaccaaaaccaaaagatggtggtttgaagctttctagtgtttctgtttttagttatt-gtaacatgagtgtgattatcgtttaacaatt 28097951  T
Q  581 ttgatttgtttaaatggttttaaaactttga 611  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||    
T  28097950 ttgaattgtttaaatgcttttaacactttga 28097920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 9 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 44823725 - 44823483
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  44823725 caacatattcttaaataaatcacgacataacattcgtgtcccattacacataccatatctagggtttatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctctt 44823626  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatatggtagtgtagccatttctttctttctaccctatt 208  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  44823625 tttacctttaaaatatatggtgggatacttacttgagtaattgagtttaagaattccggttgatatggtagtgtagccacttgtttctttctaccctatt 44823526  T
Q  209 tatctatctttaatccaccagttctatttccacttctatttga 251  Q
    |||  |||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  44823525 tattcatctttaatcaaccggttgtatttccacttctatttga 44823483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 35370221 - 35370056
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  35370221 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaggacatatctaggatctatgtttggcaataacatcaaaggtgcacctttt 35370122  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| || ||  |||||||||    
T  35370121 tttacctttaaaatatgtggtgggatacttccttgagcaattgagtttaagagttcctgttgatat 35370056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 10 - 162
Target Start/End: Original strand, 7107320 - 7107471
Alignment:
Q  10 aacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttct 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7107320 aacatattcttaaataaaccacgacataacaaccgtgtcccattacacagaccatatctagg-tctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcaccttttt 7107418  T
Q  110 ttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaat 162  Q
    |||| |||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  7107419 ttacctttaaaatatgtagtgggatacttccctgagcaattgagtttaggaat 7107471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 28098574 - 28098407
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtc--tatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  28098574 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgttccattacacaggccatatctagggtctatatgtttcacaacaacatcaaaggtgcatctt 28098475  T
Q  107 tctttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||| || |  |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  28098474 tttttacctttaaaatatgtggtgggatacttccccgagcaaatgagtttaggaattcatgttgatat 28098407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 9 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 53361197 - 53361044
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||     
T  53361197 caacaaattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgttcctttacacagaccatatctagggtatatgtttcacaacaacatcaaagatgcaccttt- 53361099  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaatt 163  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || |||||    
T  53361098 tttaccttaaaaatatgtggtgggatactttcttgagcagttgagtatatgaatt 53361044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 94 - 174
Target Start/End: Original strand, 51138011 - 51138091
Alignment:
Q  94 aaaggtgcacctttctttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||||||| |||| ||||| || |||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  51138011 aaaggtgcagctttttttaccttgaaaatacgtggtgggatacttgcttgagcagttgagtttaggaatttctgttgatat 51138091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 9 - 41
Target Start/End: Original strand, 3420657 - 3420689
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaa 41  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3420657 caacatattcttaaataaacaacgacataacaa 3420689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 151; Significance: 1e-79; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 9 - 243
Target Start/End: Original strand, 35191281 - 35191515
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  35191281 caacgtatttttaaataaaccacaacaaaacaatcgtgtccctttacacaggccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaatgtgcacctttt 35191380  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatatggtagtgtagccatttctttctttctaccctatt 208  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||    
T  35191381 tttacctttaaactatatggtgggatacttccttgagcaattgagtttaggagttcctgttaatatggtagtgtgaccatttgtttctttctaccctatt 35191480  T
Q  209 tatctatctttaatccaccagttctatttccactt 243  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35191481 tatctatctttaatccaccggttctatttccactt 35191515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 295 - 617
Target Start/End: Original strand, 44537981 - 44538300
Alignment:
Q  295 tcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaattataa-tgttattggtgt 393  Q
    ||||||| ||| |||| ||| ||||  | |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44537981 tcctcatgttagatgtgtctaaacatgtgttgcattcacatccacaaatataattaccctaaattagatgattttctcaaattataaatgttattggtgt 44538080  T
Q  394 gtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagattgtggtttgaatgtaa 493  Q
    |||||||||  |||| ||| | |||| ||| || ||| ||||||||||||    |||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  44538081 gtcagtatctatgttatatctggtgttggtgttcgtatccatacttctta----gcggtcctatctttttatggcatctaagatggtggtttgaatgtaa 44538176  T
Q  494 ctaaaaacaaaagatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaattttgatttgtttaa 593  Q
    | |||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  44538177 ccaaaaacaaaagagggtggtttgaagctttcttatgtttctgtttttagttgttggtaacatgagtgtgattatcgtttaacaattttgaattgtttaa 44538276  T
Q  594 atggttttaaaactttgatttcac 617  Q
    ||| || ||| | ||||| |||||    
T  44538277 atgattctaacattttgacttcac 44538300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 324 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 21148517 - 21148225
Alignment:
Q  324 ttgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaattat-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcgg 422  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21148517 ttgcattcacatccacaaatataattaccataaattatgtgattttctcaaattatcaacgttgttggcatgtcagtatccgtgttgtatttagtgtcgg 21148418  T
Q  423 tatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagattgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagct 522  Q
    | || ||| ||||| | |||  ||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||    
T  21148417 tgttcgtatccata-tactt-cttagcggtcatctctttttatggcctctcagatggtggtttgaatgtaaacaaaaataaaagatggtggtttgaagct 21148320  T
Q  523 ttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcact 618  Q
    || |||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  21148319 ttatagtgtttttgtttttaattgttggt-acatgagtgtgattattatttaacaattttgaattgtttaaatggttttaacattttgatttcact 21148225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 9 - 171
Target Start/End: Original strand, 25046968 - 25047129
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  25046968 caacacattcttaaataaaccacgacataacagtcatgtcccattacacaggtcatatttatggtctatgtttcacaacaacatcaaaggtgcacctttt 25047067  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttga 171  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25047068 tttacctttaaaatatgtggtggga-acttccttgagcaattgagtttaggaattcatgttga 25047129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 324 - 621
Target Start/End: Original strand, 35191573 - 35191848
Alignment:
Q  324 ttgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaattat-aatgttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcgg 422  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||| ||||||||| | |||||      
T  35191573 ttgcatccgcatccacaaatataattaccctaaattatgtgattttctcaaattatcaacgttattgatgtgttagtatctgtgttgtatctggtgtcaa 35191672  T
Q  423 tatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagattgtggtttgaatgtaactaaaaacaaaagatggtggtttggagct 522  Q
    | ||  || ||||||||||||    ||||||||||||||||||||                   |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||     
T  35191673 tgttcatatccatacttctta----gcggtcctctcttttaatggt------------------aatgtaaccaaaaataaaa-atggtggtttggagcc 35191749  T
Q  523 ttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaattttgatttgtttaaatggttttaaaactttgatttcactgta 621  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || ||||||    
T  35191750 ttatagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgagtatgattatggtttaacaattttgaattgtttaaatagttttaaaactttgagtttactgta 35191848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 155
Target Start/End: Original strand, 19900137 - 19900276
Alignment:
Q  16 ttcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttctttactt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  19900137 ttcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaggctatatctaggatctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcaccttattttacct 19900236  T
Q  116 ttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtt 155  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  19900237 ttaaaatatgtggtaggatacttccttgagcaattaagtt 19900276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 63 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 27340609 - 27340499
Alignment:
Q  63 atatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttctttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaat 162  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  27340609 atatctagggtccatgtttcacaacaacatcaaagatgcacctttttttaccgttaaaatatgtggt-ggatctttccttgagcaattgagtttaagaat 27340511  T
Q  163 taatgttgatat 174  Q
    |  |||||||||    
T  27340510 tcctgttgatat 27340499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 9 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 311596 - 311564
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaa 41  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  311596 caacatattcttaaataaaccacaacataacaa 311564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0086
Description:

Target: scaffold0086; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 49697 - 49529
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacc---t 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  49697 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccaataaacaggccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctcat 49598  T
Q  106 ttctttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    || ||||| |||||||||||| | |||||| || ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  49597 ttttttacctttaaaatatgttgagggatacttccttaagcaattgagtttaagaattcatgttgatat 49529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0990 (Bit Score: 98; Significance: 6e-48; HSPs: 3)
Name: scaffold0990
Description:

Target: scaffold0990; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 9 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 1918 - 1753
Alignment:
Q  9 caacatattcttaaataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttc 108  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||| || |||||||||||| || |||||||     
T  1918 caacatattcttaaataacccacgacataacaatcgtgttccattacacaggccatttcttgggtctatgttacgaaacaacatcaaacgtacacctttt 1819  T
Q  109 tttacttttaaaatatgtggtgggatattttcttgagcaattgagtttaggaattaatgttgatat 174  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | | || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  1818 tttacctttaaaatatgtggtggaaaacttccttgagcagttgagtttaggaattcatgttgatat 1753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0990; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 283 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 1587 - 1391
Alignment:
Q  283 aatcacatacactcctcatattaaatgtttctgaacacatattgcattcgcatccacaaatataattatccaaaattatgtgattttctcaaattataat 382  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||| ||||||||      |||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |     
T  1587 aatcacatacactcctcatattagatgtgtctgaacacgtgttgcatccgcatcca------taattaccctaaattatgtgattttctcacattatcaa 1494  T
Q  383 gttattggtgtgtcagtatccgtgttgtatatagtgtcggtatttgtacccatacttcttaattagcggtcctctcttttaatggcctctaagattgtgg 482  Q
      ||| || || |||||||||| ||||||| |  ||||||| ||| || ||||||||||||    ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  1493 catataggcgtatcagtatccgcgttgtatctgatgtcggtgtttatatccatacttctta----gcggtcctctctttttatggcctctcagatggtgg 1398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0990; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 505 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 1406 - 1293
Alignment:
Q  505 agatggtggtttggagctttctagtgtttctgtttttagttgttggtaacatgattgtgattatggtttaacaattttgatttgtttaaatggttttaaa 604  Q
    ||||||||||||| | | ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||     
T  1406 agatggtggtttgaatcattctaatgtttgtgtttttagttgttgctaacatgagtgtgattatcatttatcaattttgaattgtttaaatggttttaac 1307  T
Q  605 actttgatttcact 618  Q
    ||||||||||||||    
T  1306 actttgatttcact 1293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 131
Target Start/End: Original strand, 200397 - 200506
Alignment:
Q  22 aataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttctttacttttaaaa 121  Q
    ||||||||||||||||  | || |||||| ||||| |  |||||| | |||||||||||||||||||||||||| || || || || ||||  |||||||    
T  200397 aataaaccacgacatagaagtcttgtcccgttacaaagtccatatttggggtctatgtttcgcaacaacatcaatggagctcccttttttagctttaaaa 200496  T
Q  122 tatgtggtgg 131  Q
    ||||||||||    
T  200497 tatgtggtgg 200506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 131
Target Start/End: Original strand, 193713 - 193822
Alignment:
Q  22 aataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttctttacttttaaaa 121  Q
    ||||||||||||||||  | || |||| | ||||| |  |||||| | |||||||||||| ||||||||||||| || || || |  ||||  |||||||    
T  193713 aataaaccacgacatagaagtcttgtctcgttacaaagtccatatttggggtctatgttttgcaacaacatcaatggagctccctcttttagctttaaaa 193812  T
Q  122 tatgtggtgg 131  Q
    ||||||||||    
T  193813 tatgtggtgg 193822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0149 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0149
Description:

Target: scaffold0149; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 13151 - 13042
Alignment:
Q  22 aataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttctttacttttaaaa 121  Q
    ||||||||||||||||  | || |||||| ||||| |  |||||| | | |||||||||||||||||||||||| || || || || ||||  |||||||    
T  13151 aataaaccacgacatagaagtcttgtcccgttacaaagtccatatttggcgtctatgtttcgcaacaacatcaatggagctcccttttttagctttaaaa 13052  T
Q  122 tatgtggtgg 131  Q
    ||||||||||    
T  13051 tatgtggtgg 13042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0077 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0077
Description:

Target: scaffold0077; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 131
Target Start/End: Original strand, 43338 - 43447
Alignment:
Q  22 aataaaccacgacataacaatcgtgtcccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaacaacatcaaaggtgcacctttctttacttttaaaa 121  Q
    ||||||||||||||||  | || |||||| ||||| |  |||||| | ||||||||||| |||||||||||||| || || || || ||||  |||||||    
T  43338 aataaaccacgacatagaagtcttgtcccgttacaaagtccatatttggggtctatgttgcgcaacaacatcaatggagctcccttttttagctttaaaa 43437  T
Q  122 tatgtggtgg 131  Q
    ||||||||||    
T  43438 tatgtggtgg 43447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 36683 - 36644
Alignment:
Q  49 ccattacacaagccatatctagggtctatgtttcgcaaca 88  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  36683 ccattacacatgtcatatctagggtctatgtttcgcaaca 36644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University