View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4556_high_1 (Length: 572)

Name: NF4556_high_1
Description: NF4556
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4556_high_1
NF4556_high_1
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (15-563)||(39521571-39522120)
chr4 (15-505)||(39544364-39544852)
chr4 (15-508)||(39576216-39576713)
chr4 (18-307)||(39511328-39511617)
chr4 (18-508)||(39525071-39525565)
chr4 (110-508)||(39580840-39581251)
chr4 (397-478)||(39581850-39581931)
chr4 (17-75)||(39580758-39580816)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (34-222)||(3331509-3331696)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 563
Target Start/End: Original strand, 39521571 - 39522120
Alignment:
Q  15 atgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgttttcagcgttgaaatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39521571 atgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgttttcagcgttgaaatt 39521670  T
Q  115 atgtaacggaatgaaaccaggaactgaaacggtgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatgaaaacgtaccatgtaagtg 214  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39521671 atgtaacagaaggaaaccaggaactgaaacggtgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaagtg 39521770  T
Q  215 ttgtttggaacggttttgaattcataggaagaattggaaaggaaaattcttgctgtttggttgagaggtgaagacactggtgattgacttgttacgttgg 314  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39521771 ttgcttggaacggttttgaattcataggaagaattggaaaggaaaattcttgctgtttggttgagaggtgaagacactggtgattgacttgttactttgg 39521870  T
Q  315 agttactttcgctgagtaattttttcgggtaagcatggtttgattcaccaatataatggttgttattttcatccacgtcgacatctgatccacaattgat 414  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  39521871 agttactttcgctgaataattttttcgggtaagcatggtttgattcaccaatataaaggttgttattttcattcacgtcgatatctgatccacaattgat 39521970  T
Q  415 gaagtatgtgtcttgaggatcgtatccgagtgaggggaattgtaatgatgagaattgaag-aaaaaagcaagtagaaagatagagcgttgaattgtgtgg 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39521971 gaagtatgtgtcttgaggatcgtatccgagtgaggggaattgtaatgatgagaattgaagaaaaaaagcaaggagaaagatagagcgttgaattgtgtgg 39522070  T
Q  514 aagtgaaaggttgacatagtgagagaggaaaattgtgtttgtttgatgat 563  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39522071 aagtgaaaggttgacatggtgagagaggaaaattgtgtttgtttgatgat 39522120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 15 - 505
Target Start/End: Original strand, 39544364 - 39544852
Alignment:
Q  15 atgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgttttcagcgttgaaatt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39544364 atgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaagaagagttggtggtgttttcagagttgaaatt 39544463  T
Q  115 atgtaacggaatgaaaccaggaactgaaacggtgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatgaaaacgtaccatgtaagtg 214  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||    
T  39544464 ttgtaacagaatgaaaccagggactgaaacattgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatggaaacataccatgtaggtg 39544563  T
Q  215 ttgtttggaacggttttgaattcataggaagaattggaaaggaaaattcttgctgtttggttgagaggtgaagacactggtgattgacttgttacgttgg 314  Q
    |||||||| | |||    |||||||||||||| | |||| |||| || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  39544564 ttgtttggtatggtagaaaattcataggaagactcggaatggaatatccttgctgtttggtagagaggtgaaaacactggtgattgacttgttactttgg 39544663  T
Q  315 agttactttcgctgagtaattttttcgggtaagcatggtttgattcaccaatataatggttgttattttcatccacgtcgacatctgatccacaattgat 414  Q
    ||   ||||  ||||    | |||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||    
T  39544664 ag---ctttttctgaaacttgtttttgggtaagtagggtttgattcaccaatataaaggttgttattttcattcacgtcaatatctgatccgcaattgat 39544760  T
Q  415 gaagtatgtgtcttgaggatcgtatccgagtgaggggaattgtaatgatgagaattgaagaa-aaaagcaagtagaaagatagagcgttgaa 505  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| | ||||||    
T  39544761 gaagtatgtgtcttggtgatcgtatccgagtgagggaaattgtaatgatgcgaattgaagaagaaaagcaagtaaaatgatagtgtgttgaa 39544852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 15 - 508
Target Start/End: Original strand, 39576216 - 39576713
Alignment:
Q  15 atgtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgttttcagcgttgaaatt 114  Q
    ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  39576216 atgtttgaggtgtgaatatgattttgaatctttttctaatgattttaacgtaatactcttttactaaagcagatttggtggtgttttcagcgttgaaatt 39576315  T
Q  115 atgtaacggaatgaaaccaggaactgaaacggtgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatgaaaacgtaccatgtaagtg 214  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  39576316 atgtaacagaaggaaaccaggaacggaaatgttgaattttgcagtggaaagtttagttggtgaagagaatgaaaagaaacggaaacgtaccatataagtg 39576415  T
Q  215 ttgtttggaacggttttgaattcataggaagaattggaaaggaaaattcttgctgtttggttgagaggtgaagacactggtgattgacttgttacgttgg 314  Q
    |||||||| | |||    ||||| ||||| || |  ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| || | ||| |  |||    
T  39576416 ttgtttggtatggtagaaaattcgtaggaggattcagaatggaaaattcttgctgtttggtaaagaggtgaagacactgatgatggattggtttctatgg 39576515  T
Q  315 agttactttcgctgagtaattttttcgggtaagcatggtttgattcaccaatataatggttgttattttcatccacgtcgacatctgatccacaattgat 414  Q
    |  | |||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  39576516 aacttctttggctgaatgattttttagggtaagcatggtttgattcaccaatataaagattcttattttcattcacgtcgatatctgatccacaattgat 39576615  T
Q  415 gaagtatgtgtcttgaggatcgtatccgagtgaggggaattgtaatgatgagaattgaagaa----aaaagcaagtagaaagatagagcgttgaattg 508  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||    |||||| |||| || ||||||| |||||||||    
T  39576616 gaagtatgtctcttgatgatcgtatccgagtgcagggaagtgtagtgatgagaattgaagaagaagaaaagccagtaaaatgatagagtgttgaattg 39576713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 18 - 307
Target Start/End: Original strand, 39511328 - 39511617
Alignment:
Q  18 tttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgttttcagcgttgaaattatg 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39511328 tttgaggtgtgaaagtgattttgaatctttttctgatgatttgaacgtagtattcttttactaaaggagagttggtggtgttttcagcgttgaaattttg 39511427  T
Q  118 taacggaatgaaaccaggaactgaaacggtgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatgaaaacgtaccatgtaagtgttg 217  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||||||    
T  39511428 taacagaatgaaaccaggaactgaaacagtgaattttgcagtggaaagtttagttggtgtagagaatgaaaggaaatggaaacgtaccatataggtgttg 39511527  T
Q  218 tttggaacggttttgaattcataggaagaattggaaaggaaaattcttgctgtttggttgagaggtgaagacactggtgattgacttgtt 307  Q
    ||||| | |||||||||||| ||  |||| | |||| ||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||  |||| ||||||| |||||    
T  39511528 tttgggatggttttgaattcgtaccaagattcggaacggaaaatccttgcagtttggtagagagatgaaggaactgatgattgatttgtt 39511617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 18 - 508
Target Start/End: Original strand, 39525071 - 39525565
Alignment:
Q  18 tttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgttttcagcgttgaaattatg 117  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | |||||| ||    
T  39525071 tttgaggtgtgaacgtgattttgaatttttttctgatgattttaaggtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgttttttgcatcgaaattttg 39525170  T
Q  118 taacggaatgaaaccaggaactgaaacggtgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatgaaaacgtaccatgtaagtgttg 217  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  39525171 taacagaatgaaaccagggactgaaacggtgaattttgcagtggaaaggttaagtggtgaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaggtgttg 39525270  T
Q  218 tttggaacggttttgaattcataggaagaattggaaaggaaaattcttgctgtttggttgagaggtgaagacactggtgattgacttgttacgttggagt 317  Q
    ||||| ||||||||||| || ||  |||| | |||| | || || ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||| |  |||||     
T  39525271 tttggtacggttttgaactcgtataaagattcggaatgaaatatccttgctgtttggtagagaggtgaaggcactgatgattgactggtttctatggag- 39525369  T
Q  318 tactttcgctgagtaattttttcgggtaagcatggtttgattcaccaatataatggttgttatttt------catccacgtcgacatctgatccacaatt 411  Q
      |||| |||||    | |||| |||||     |||||||||| |||||||||   || ||| |||      ||   |||| |  ||||||||||||| |    
T  39525370 --cttttgctgaaacttgttttagggtagttggggtttgattccccaatataaactttattactttcagtaacagtaacgttgctatctgatccacaact 39525467  T
Q  412 gatgaagtatgtgtcttgaggatcgtatccgagtgaggggaattgtaatgatgagaattgaagaa-aaaagcaagtagaaagatagagcgttgaattg 508  Q
    |||||||||| |||||||   |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||  | ||||||| |||||||||    
T  39525468 gatgaagtatatgtcttgttcatcgtatccgagcgaggggaagtataatgatgagaattgaataagaaaagcaagtaagatgatagagtgttgaattg 39525565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 110 - 508
Target Start/End: Original strand, 39580840 - 39581251
Alignment:
Q  110 aaattatgtaacggaatgaaaccaggaactgaaacggtgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatgaaaacgtaccatgt 209  Q
    ||||| |||||| ||  |||||| ||||  |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  39580840 aaattttgtaacagagagaaacctggaaaggaaacgttgaattttgcagtggaaagattagttggtaaagagaatagaaagaaatggaaacgtaccatgt 39580939  T
Q  210 aagtgttgtttggaacggttttgaattcataggaagaattggaaaggaaaattcttgctgtttggttgagaggtgaa---------gaca---ctggtga 297  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||| |||| ||  |||||||||||| ||||||||||         || |    || |||    
T  39580940 aagtgttgtttggtacggttttgaattcgtagaaagatttggaagggaatataattgctgtttggtagagaggtgaaagtggtgttgatagtgatgatga 39581039  T
Q  298 ttgacttgttacgttggagttactttcgctgagtaattttttcgggtaagcatggtttgattcaccaatataatggttgttattttcatccacgtcgaca 397  Q
    |||||||||||| ||||||   |||| |||||  | | ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||   || || | |    
T  39581040 ttgacttgttactttggag---cttttgctgaaaactgttttcggataagtagggtttgattcaccaatataaacgttgttactttcagtaacatcaaaa 39581136  T
Q  398 tctgatccacaattgatgaagtatgtgtcttgaggatcgt---atccgagtgaggggaattgtaatgatgagaattgaagaa-aaaagcaagtagaaaga 493  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||  |   ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||    
T  39581137 tctgatccgcaattgatgaagtatgtgtgttggggattatataatccgagcgaggaaaattgtaatgatgagaattgaagaagaaaagttagtagaacga 39581236  T
Q  494 tagagcgttgaattg 508  Q
    ||||  |||||||||    
T  39581237 tagactgttgaattg 39581251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 397 - 478
Target Start/End: Original strand, 39581850 - 39581931
Alignment:
Q  397 atctgatccacaattgatgaagtatgtgtcttgaggatcgtatccgagtgaggggaattgtaatgatgagaattgaagaaaa 478  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||||||   ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39581850 atcttatccacaactgatgaagtatatgtcttggtcatcgtatccaagtgaggcgaactgtaatgatgagaattgaagaaaa 39581931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 17 - 75
Target Start/End: Original strand, 39580758 - 39580816
Alignment:
Q  17 gtttgaggtgtgaaagtgattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttt 75  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| | |||| |||||    
T  39580758 gtttgaggtgtgaaagtgattttgaatcttttacgggtgattttaaagaaatattcttt 39580816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 34 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 3331696 - 3331509
Alignment:
Q  34 gattgtgaatctttttctgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgttttcagcgttgaaattatgtaacggaatgaaacca 133  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||| ||| ||||||     
T  3331696 gattgtgaatctttttatgatgattttaacgtaatactcttttactaaaggagagttggtggtgtttttagcgtcgaaattagttaacagaaggaaaccg 3331597  T
Q  134 ggaactgaaacggtgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatgaaaacgtaccatgtaagtgttgtttgg 222  Q
    | ||| |||| | |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  3331596 gaaacagaaatgttgaa-tttgcagtggaaaggttaattggtgaagagaatgaaaggaaatggaaacgtaccatgtaggtgttgtttgg 3331509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University