View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4556_low_5 (Length: 232)

Name: NF4556_low_5
Description: NF4556
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4556_low_5
NF4556_low_5
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (13-220)||(29541756-29541963)
chr6 (13-220)||(18161374-18161581)
chr6 (13-220)||(16899255-16899462)
chr6 (13-220)||(31358870-31359077)
chr6 (15-220)||(34766667-34766872)
chr6 (15-196)||(18704892-18705073)
chr6 (15-196)||(18710827-18711008)
[»] scaffold0058 (1 HSPs)
scaffold0058 (13-220)||(53355-53562)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (15-220)||(17150684-17150889)
chr4 (14-220)||(16254548-16254749)
chr4 (13-220)||(6693527-6693734)
chr4 (15-220)||(520738-520943)
chr4 (15-212)||(7845291-7845488)
chr4 (106-176)||(54698640-54698710)
chr4 (106-176)||(26813334-26813404)
chr4 (15-50)||(13791747-13791782)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (12-220)||(14892577-14892785)
chr8 (13-220)||(21211795-21212002)
chr8 (86-220)||(22832121-22832255)
chr8 (105-177)||(18233759-18233831)
chr8 (105-177)||(18243210-18243282)
chr8 (105-164)||(12916388-12916447)
chr8 (105-164)||(25036229-25036288)
chr8 (105-164)||(25050266-25050325)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (13-220)||(9544065-9544272)
chr7 (13-220)||(16141009-16141216)
chr7 (13-220)||(46498423-46498630)
chr7 (13-220)||(5389996-5390203)
chr7 (13-220)||(26304865-26305072)
chr7 (13-220)||(26361746-26361953)
chr7 (13-220)||(32099689-32099896)
chr7 (13-220)||(8502358-8502565)
chr7 (13-220)||(44898608-44898815)
chr7 (13-220)||(6535793-6536000)
chr7 (15-180)||(42596698-42596863)
chr7 (43-220)||(13284254-13284432)
chr7 (106-176)||(7582477-7582547)
chr7 (106-176)||(15175386-15175456)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (13-220)||(148017-148224)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (13-220)||(18362586-18362793)
chr5 (13-220)||(26201150-26201357)
chr5 (13-220)||(27413457-27413664)
chr5 (13-220)||(33940629-33940836)
chr5 (15-220)||(20949166-20949371)
chr5 (22-199)||(23375743-23375920)
chr5 (105-202)||(5601579-5601676)
chr5 (106-176)||(24413672-24413742)
chr5 (106-176)||(30453465-30453535)
chr5 (106-176)||(30458543-30458613)
chr5 (15-88)||(19781874-19781947)
chr5 (105-177)||(24289951-24290023)
chr5 (105-177)||(24299458-24299530)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (13-220)||(8974155-8974362)
chr3 (13-220)||(6423616-6423823)
chr3 (13-220)||(9538444-9538651)
chr3 (13-220)||(12387297-12387503)
chr3 (105-202)||(48979673-48979770)
chr3 (106-176)||(28366940-28367010)
chr3 (106-164)||(28374773-28374831)
chr3 (106-164)||(28382595-28382653)
chr3 (105-176)||(4384458-4384529)
chr3 (22-71)||(11461143-11461192)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (13-220)||(16156192-16156399)
chr1 (15-220)||(1988014-1988219)
chr1 (73-220)||(22959697-22959844)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (13-220)||(45015662-45015869)
chr2 (13-220)||(18652527-18652734)
chr2 (15-220)||(27168811-27169016)
chr2 (13-220)||(9512589-9512796)
chr2 (15-222)||(22903455-22903657)
chr2 (105-202)||(1791955-1792052)
[»] scaffold0313 (2 HSPs)
scaffold0313 (15-220)||(7080-7285)
scaffold0313 (15-220)||(10862-11067)
[»] scaffold0254 (1 HSPs)
scaffold0254 (15-220)||(6393-6598)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (13-199)||(20084-20270)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (22-199)||(16545-16722)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (106-176)||(103154-103224)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (73-220)||(189351-189498)
[»] scaffold0010 (1 HSPs)
scaffold0010 (105-177)||(257898-257970)
[»] scaffold0529 (1 HSPs)
scaffold0529 (180-220)||(1-41)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 29541756 - 29541963
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29541756 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 29541855  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29541856 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 29541955  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  29541956 catcatga 29541963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 18161374 - 18161581
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  18161374 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18161473  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  18161474 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 18161573  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  18161574 catcatga 18161581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 16899255 - 16899462
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  16899255 tcatcacagatggagactatgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16899354  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| |||||  ||||||||    
T  16899355 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgagatactctgaaaata 16899454  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  16899455 catcatga 16899462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 31358870 - 31359077
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  31358870 tcatcacaaatgaagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 31358969  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  31358970 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 31359069  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  31359070 catcatga 31359077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Original strand, 34766667 - 34766872
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34766667 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 34766766  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34766767 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 34766866  T
Q  215 tgatga 220  Q
    | ||||    
T  34766867 tcatga 34766872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 15 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 18705073 - 18704892
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  18705073 atcacagatggagactttgttgcaacaaccaaataaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcatgtattactaaactcta 18704974  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatg 196  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  18704973 aagctagactctttttatcatgtgcactgaccatggaagaaagtgcaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatg 18704892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 15 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 18711008 - 18710827
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||||||    
T  18711008 atcacagatggagactttgttgcaacaaccaaataaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcatgtattactaaactcta 18710909  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatg 196  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  18710908 aagctagactctttttatcatgtgcactgaccatggaagaaagtgcaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatg 18710827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 176; Significance: 6e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 53562 - 53355
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  53562 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaatagatgaaaaagctcaggtattgttaaattc 53463  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  53462 taaagctagactctttctatcatgtgcattaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttaaaaata 53363  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  53362 catcatga 53355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 174; Significance: 9e-94; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Original strand, 17150684 - 17150889
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  17150684 atcacagatggagactttgttccaacaaccaacgaaggaactgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaatgctcaggtattgttaaacttta 17150783  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 214  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17150784 aagctagactctttctatcatttgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 17150883  T
Q  215 tgatga 220  Q
    | ||||    
T  17150884 tcatga 17150889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 220
Target Start/End: Original strand, 16254548 - 16254749
Alignment:
Q  14 catcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactct 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  16254548 catcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagttgtcacagaaaagagtacatggtcaacagatgaaaaagctcaagtattgttaaactct 16254647  T
Q  114 aaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||    
T  16254648 aaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaaga-----gggataccttgaaaatac 16254742  T
Q  214 atgatga 220  Q
    || ||||    
T  16254743 atcatga 16254749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 6693527 - 6693734
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  6693527 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6693626  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  6693627 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 6693726  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  6693727 catcatga 6693734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 520943 - 520738
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  520943 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 520844  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  520843 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 520744  T
Q  215 tgatga 220  Q
    | ||||    
T  520743 tcatga 520738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 7845488 - 7845291
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  7845488 atcacagatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctataaaggaaaagaaggcatggtcaacagatgaaaaggctcatgtattactaaactcta 7845389  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||  ||||||||    
T  7845388 aagctagactttttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgagtgtaaaaatgccaaagaggtatgggacactctgaaaata 7845291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 106 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 54698710 - 54698640
Alignment:
Q  106 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 176  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  54698710 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 54698640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 106 - 176
Target Start/End: Original strand, 26813334 - 26813404
Alignment:
Q  106 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 176  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26813334 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 26813404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 15 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 13791782 - 13791747
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaa 50  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13791782 atcaaagatggagactttgttccaacaaccaaagaa 13791747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 12 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 14892785 - 14892577
Alignment:
Q  12 atcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaact 111  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  14892785 atcatcacatatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaatt 14892686  T
Q  112 ctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaat 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  14892685 ctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgataaagaggtatgggataccttaaaaat 14892586  T
Q  212 acatgatga 220  Q
    |||| ||||    
T  14892585 acatcatga 14892577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 21212002 - 21211795
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  21212002 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 21211903  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  21211902 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 21211803  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  21211802 catcatga 21211795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 86 - 220
Target Start/End: Original strand, 22832121 - 22832255
Alignment:
Q  86 tgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgct 185  Q
    |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||     
T  22832121 tgaaaaagctcaggtattactaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatgaaagaaagtgaaagagttgatgagtgtaaaaatgcc 22832220  T
Q  186 aaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 220  Q
    |||||||||||||| || |||| | ||||| ||||    
T  22832221 aaagaggtatgggacactttgagagtacatcatga 22832255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 177
Target Start/End: Original strand, 18233759 - 18233831
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 177  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  18233759 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 18233831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 177
Target Start/End: Original strand, 18243210 - 18243282
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 177  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  18243210 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 18243282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 164
Target Start/End: Original strand, 12916388 - 12916447
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 164  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12916388 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaaga 12916447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 25036288 - 25036229
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 164  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25036288 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaaga 25036229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 25050325 - 25050266
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 164  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25050325 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaaga 25050266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 9544272 - 9544065
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  9544272 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9544173  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  9544172 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggataccctgaaaata 9544073  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  9544072 catcatga 9544065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 16141216 - 16141009
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  16141216 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16141117  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  16141116 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 16141017  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  16141016 catcatga 16141009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 46498423 - 46498630
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  46498423 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 46498522  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  46498523 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 46498622  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  46498623 catcatga 46498630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 5390203 - 5389996
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  5390203 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 5390104  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  5390103 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 5390004  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  5390003 catcatga 5389996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 26304865 - 26305072
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  26304865 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26304964  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  26304965 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26305064  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  26305065 catcatga 26305072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 26361953 - 26361746
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  26361953 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26361854  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  26361853 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26361754  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  26361753 catcatga 26361746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 32099689 - 32099896
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  32099689 tcatcacaaatggagattttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattattaaactc 32099788  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  32099789 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 32099888  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  32099889 catcatga 32099896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 8502358 - 8502565
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  8502358 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 8502457  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  8502458 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 8502557  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  8502558 catcatga 8502565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 44898608 - 44898815
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  44898608 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 44898707  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  44898708 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 44898807  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  44898808 catcatga 44898815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 6535793 - 6536000
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  6535793 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcagcagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6535892  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  6535893 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 6535992  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  6535993 catcatga 6536000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 15 - 180
Target Start/End: Original strand, 42596698 - 42596863
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42596698 atcacagatggagactttgttccaaagaccaaaaaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattgttaaactcta 42596797  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaaga 180  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||    
T  42596798 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagaggtgatgaatgcaaga 42596863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 43 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 13284432 - 13284254
Alignment:
Q  43 ccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatg-gtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcac 141  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13284432 ccaaagaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatgtgtcaacagatgaaaaatctcaagtattgttaaattctaaagctagactctttctattatgtgcac 13284333  T
Q  142 taaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  13284332 taaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaagaatgctaaagaggtatgggatactttgaaagtacatcatga 13284254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 106 - 176
Target Start/End: Original strand, 7582477 - 7582547
Alignment:
Q  106 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 176  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7582477 taaattctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 7582547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 106 - 176
Target Start/End: Original strand, 15175386 - 15175456
Alignment:
Q  106 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 176  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15175386 taaactctaaagcttgactttttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 15175456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 148017 - 148224
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||    
T  148017 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtaaaggaaaagagtgcatggtcaacaaatgaaaaagctcaggtattactaaactc 148116  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  148117 ttaagctagactctttctatcatgtgcacttaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtaagaatgctaaagaggtatgtgataccttaaaaata 148216  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  148217 catcatga 148224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 18362586 - 18362793
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  18362586 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18362685  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  18362686 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 18362785  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  18362786 catcatga 18362793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 26201357 - 26201150
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  26201357 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 26201258  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  26201257 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 26201158  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  26201157 catcatga 26201150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 27413457 - 27413664
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||| |     
T  27413457 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaaggtcaggtattactaaattt 27413556  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  27413557 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 27413656  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  27413657 catcatga 27413664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 33940629 - 33940836
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  33940629 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 33940728  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  33940729 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 33940828  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  33940829 catcatga 33940836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Original strand, 20949166 - 20949371
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20949166 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 20949265  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20949266 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 20949365  T
Q  215 tgatga 220  Q
    | ||||    
T  20949366 tcatga 20949371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 22 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 23375920 - 23375743
Alignment:
Q  22 atggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctag 121  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  23375920 atggagactttgttccaaagactaaagaaggaaccatcaaacaaaagagtgcatggtcaatagatgacaaagctcatgtattgttaaactctaaacctag 23375821  T
Q  122 actctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatggga 199  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  23375820 actctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaaatgaaagagttgataaatgcaagaatgctaaagaggtatggga 23375743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 105 - 202
Target Start/End: Original strand, 5601579 - 5601676
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggatac 202  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||| ||||||||    
T  5601579 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgatactgcaaaaaaggtgtgggatac 5601676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 106 - 176
Target Start/End: Original strand, 24413672 - 24413742
Alignment:
Q  106 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 176  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24413672 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 24413742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 106 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 30453535 - 30453465
Alignment:
Q  106 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 176  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30453535 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 30453465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 106 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 30458613 - 30458543
Alignment:
Q  106 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 176  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30458613 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 30458543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 15 - 88
Target Start/End: Original strand, 19781874 - 19781947
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatga 88  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  19781874 atcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagttgtaaaggaaaatagtgcatggtccacagatga 19781947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 24290023 - 24289951
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 177  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  24290023 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 24289951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 24299530 - 24299458
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 177  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  24299530 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 24299458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 8974155 - 8974362
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  8974155 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 8974254  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  8974255 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 8974354  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  8974355 catcatga 8974362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 6423616 - 6423823
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  6423616 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaaatgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 6423715  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  6423716 taaagctagactctttctatcgtgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 6423815  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  6423816 catcatga 6423823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 9538444 - 9538651
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  9538444 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9538543  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| | |||||||||||  ||||||||    
T  9538544 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaacaagtatgggatactctgaaaata 9538643  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  9538644 catcatga 9538651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 12387297 - 12387503
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||  |||||||    
T  12387297 tcatcacagatggagactttgttccaaaaaccaaagaaggaactgtcaaagaaaaaagtgcatggtcaacaaatgaaaaagctcaagtattaataaactc 12387396  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||    
T  12387397 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaactgaaagagtttatgaatttaagaatgc-aaagaggtatgggataccttgatagta 12387495  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  12387496 catcatga 12387503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 105 - 202
Target Start/End: Original strand, 48979673 - 48979770
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggatac 202  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||| ||||||||    
T  48979673 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgatactgcaaaaaaggtgtgggatac 48979770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 106 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 28367010 - 28366940
Alignment:
Q  106 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 176  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28367010 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 28366940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 28374831 - 28374773
Alignment:
Q  106 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 164  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28374831 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaaga 28374773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 28382653 - 28382595
Alignment:
Q  106 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaaga 164  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28382653 taaactccaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaaga 28382595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 4384529 - 4384458
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 176  Q
    ||||| ||||||||| || ||| |||||||||   | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4384529 ttaaattctaaagctcgagtctatctatcatgcagattaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 4384458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 22 - 71
Target Start/End: Original strand, 11461143 - 11461192
Alignment:
Q  22 atggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagt 71  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  11461143 atggagattttgttcaaataaccaaagaaggagttgtcaaataaaagagt 11461192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 16156192 - 16156399
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  16156192 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 16156291  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  16156292 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaagtatgggatactctgaaaata 16156391  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  16156392 catcatga 16156399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 1988219 - 1988014
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1988219 atcacagatggagactttgttccattaaccaaagaaggaatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 1988120  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1988119 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 1988020  T
Q  215 tgatga 220  Q
    | ||||    
T  1988019 tcatga 1988014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 73 - 220
Target Start/End: Original strand, 22959697 - 22959844
Alignment:
Q  73 catggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtga 172  Q
    ||||| |||| |||||||| | | ||||||||||||| ||||||| |||  | ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||    
T  22959697 catggacaactgatgaaaaagataaggtattgttaaattctaaagttagcttatttttatcatgtgcattaaccttggaagaaagtgaaagggttgatga 22959796  T
Q  173 atgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 220  Q
    |||||  ||||| ||||| || ||||| || || ||| ||||| ||||    
T  22959797 atgtacaaatgccaaagaagtgtgggacactttaaaagtacatcatga 22959844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 45015662 - 45015869
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||    
T  45015662 tcattatagatgaagattttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactatactc 45015761  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45015762 taaagctagagtctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 45015861  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  45015862 catcatga 45015869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Original strand, 18652527 - 18652734
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  18652527 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 18652626  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  18652627 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 18652726  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  18652727 catcatga 18652734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27169016 - 27168811
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27169016 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 27168917  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27168916 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 27168817  T
Q  215 tgatga 220  Q
    | ||||    
T  27168816 tcatga 27168811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 13 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 9512796 - 9512589
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  9512796 tcatcacaaatggagactttgttccaacaaacaaagaaggagctgtcaaagcaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaagctcaggtattactaaactc 9512697  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||  |||||||||||  ||||||||    
T  9512696 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgagtgtacaaatgctaaaggagtatgggatactctgaaaata 9512597  T
Q  213 catgatga 220  Q
    ||| ||||    
T  9512596 catcatga 9512589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 15 - 222
Target Start/End: Original strand, 22903455 - 22903657
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| |||| |||||||||||||||     ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  22903455 atcacagatagagactttgttccaa-----aaagaaggaaccatcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaaactcaggtattgttaaactcta 22903549  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||  |||| | ||||    
T  22903550 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtattaatgctaaagatgtatgggatattttgatattaca 22903649  T
Q  215 tgatgatg 222  Q
    | ||||||    
T  22903650 tcatgatg 22903657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 105 - 202
Target Start/End: Original strand, 1791955 - 1792052
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggatac 202  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||| ||| |||| ||||||||    
T  1791955 ttaaattctaaagctcgactctttctatcatgtgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgtgatactgcaaaaaaggtgtgggatac 1792052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 2)
Name: scaffold0313
Description:

Target: scaffold0313; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Original strand, 7080 - 7285
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7080 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 7179  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7180 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 7279  T
Q  215 tgatga 220  Q
    | ||||    
T  7280 tcatga 7285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0313; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Original strand, 10862 - 11067
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10862 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 10961  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10962 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 11061  T
Q  215 tgatga 220  Q
    | ||||    
T  11062 tcatga 11067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0254 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0254
Description:

Target: scaffold0254; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 6598 - 6393
Alignment:
Q  15 atcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactcta 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6598 atcacagatggagactttgttccactaaccaaagaagggatcatcaaagttaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgctaaactcta 6499  T
Q  115 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaataca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6498 aagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgcaaaaatgctaaagaggtatgggataccttgaaagtaca 6399  T
Q  215 tgatga 220  Q
    | ||||    
T  6398 tcatga 6393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 199
Target Start/End: Original strand, 20084 - 20270
Alignment:
Q  13 tcatcatagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactc 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||    
T  20084 tcatcacagatggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtaaaagaaaaaagtgcatggtcaacagatgaaaaatctcaggtattactaaactc 20183  T
Q  113 taaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatggga 199  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  20184 caaagctagactctttctatcatgtgcactgactagggaagaaagtgaaagagttgatgtgtgtaaaaatgccaaagatgtatggga 20270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 22 - 199
Target Start/End: Original strand, 16545 - 16722
Alignment:
Q  22 atggagactttgttccaacaaccaaagaaggagctgtcaaagaaaagagtgcatggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctag 121  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  16545 atggagactttgttccaaagactaaagaaggaaccatcaaacaaaagagtgcatggtcaatagatgacaaagctcatgtattgttaaactctaaacctag 16644  T
Q  122 actctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgtaagaatgctaaagaggtatggga 199  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  16645 actctttttatcatgtgcactaaccatggaagaaaatgaaagagttgataaatgcaagaatgctaaagaggtatggga 16722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 55; Significance: 9e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 106 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 103224 - 103154
Alignment:
Q  106 taaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgt 176  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  103224 taaactctaaagctcgactctttctatcatgcgcactaagcatggaagaaagtgaaagagttgatgaatgt 103154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 73 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 189498 - 189351
Alignment:
Q  73 catggtcaacagatgaaaaggctcaggtattgttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtga 172  Q
    ||||| |||| |||||||| | | ||||||||||||| ||||||| |||  | ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| |||    
T  189498 catggacaactgatgaaaaagataaggtattgttaaattctaaagttagcttatttttatcatgtgcactaaccttggaagaaattgaaagggttgatga 189399  T
Q  173 atgtaagaatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 220  Q
    |||||  ||||| ||||| || ||||| || || ||| ||||| ||||    
T  189398 atgtacaaatgccaaagaagtgtgggacactttaaaagtacatcatga 189351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 177
Target Start/End: Original strand, 257898 - 257970
Alignment:
Q  105 ttaaactctaaagctagactctttctatcatgtgcactaaccatggaagaaagtgaaagagttggtgaatgta 177  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  257898 ttaaactctaaagctcaactctttttacaatgttcactaaccatggaagaaagtgaaagaatttatgaatgta 257970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0529 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0529
Description:

Target: scaffold0529; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 180 - 220
Target Start/End: Original strand, 1 - 41
Alignment:
Q  180 aatgctaaagaggtatgggataccttgaaaatacatgatga 220  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  1 aatgctaaagaggtatgggatactttgaaagtacatcatga 41  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University