View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4559_low_16 (Length: 316)
Name: NF4559_low_16
Description: NF4559
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4559_low_16 |
 | |
|
| [»] scaffold0413 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold1838 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 243; Significance: 1e-135; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 22 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 32450456 - 32450174
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32450456 |
agaggtagagattcttgtctgttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgaattcatatggtaaattttaactttttataaaagttattagtttaattata |
32450357 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgtatttgaggtattgttaaagaagtgttagact |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32450356 |
ttttatatgatgtgtgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttatttttctatgcatatatgtttttgtggtattgttaaagaagtgttagact |
32450257 |
T |
|
| Q |
222 |
ttgttgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
32450256 |
ttgttgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtgcatgatgatgt |
32450174 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 22 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 23260771 - 23260490
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23260771 |
agaggtagagattcttgtctcttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttagccttttataaaagttattagtttaattata |
23260672 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgtatttgaggtattgttaaagaagtgttagact |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
23260671 |
ttttatatgatgtttgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtggtattgttaaagaagtgttaga-t |
23260573 |
T |
|
| Q |
222 |
ttgttgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23260572 |
ttgctgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcagtttggttcatgtggatgatgatgt |
23260490 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 22 - 253
Target Start/End: Original strand, 25005201 - 25005432
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25005201 |
agaggtagagattcttgtctgttgaaaagaacaaaacaactaaaataagaattcatatggtaaaatttaaccttttataaaagttattagtttaattata |
25005300 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgtatttgaggtattgttaaagaagtgttagact |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25005301 |
ttttatatgatgtctgtatgataattttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtggtattgttaaagaagtgttagact |
25005400 |
T |
|
| Q |
222 |
ttgttgataaactaaataaatgaaaatataga |
253 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25005401 |
ttgctgataaactaaataaatgaaaatataga |
25005432 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 22 - 250
Target Start/End: Original strand, 34636244 - 34636457
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34636244 |
agaggtagagattcttgtctgttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaaccttttataaaagttattagtttaattata |
34636343 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgtatttgaggtattgttaaagaagtgttagact |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||| |||| |||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
34636344 |
ttttatatgatgtctgtatgataatgttatgtggcatgacat--------tttttctattcatatatgtttttgtggtatt-------aagtgttagact |
34636428 |
T |
|
| Q |
222 |
ttgttgataaactaaataaatgaaaatat |
250 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34636429 |
ttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
34636457 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 138 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 10751637 - 10751480
Alignment:
| Q |
138 |
tatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgtatttgaggtattgttaaagaagtgttagactttgttgataaactaaa |
237 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
10751637 |
tatgataatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtggtattg-taaagaagtgttagactttgctgataaactaaa |
10751539 |
T |
|
| Q |
238 |
taaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10751538 |
taaatga--------aaatacgagttttacgaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
10751480 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 231 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 26182608 - 26182570
Alignment:
| Q |
231 |
aactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatga |
269 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
26182608 |
aactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttctatga |
26182570 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 304
Target Start/End: Original strand, 34636448 - 34636486
Alignment:
| Q |
266 |
atgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34636448 |
atgaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
34636486 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 22 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 35762245 - 35761961
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaa--gttattagtttaatta |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || |
|
|
| T |
35762245 |
agaggtagagattcttgtatgttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgaatttatatggtaaaatttaaccttttataaaaaagttattagtttaacta |
35762146 |
T |
|
| Q |
120 |
tattttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgtatttgaggtattgttaaagaagtgttaga |
219 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
35762145 |
tattttatatgatgtgtgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttatttttctatgcatatatgtttttgtggtattgttaatgaagtgttaga |
35762046 |
T |
|
| Q |
220 |
ctttgttgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35762045 |
ctttgtagataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgtgttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
35761961 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 122 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 37667271 - 37667098
Alignment:
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgtatttgaggtattgttaaagaagtgttagact |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37667271 |
ttttatatgatgtctgtatgataatgttatgtggaatgacttttattttatttttctattcatatatgtttttgtggtattg-taaagaagtgttagact |
37667173 |
T |
|
| Q |
222 |
ttgttgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37667172 |
ttgctgataaactaaataaatga--------aaatatgagttttatgaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
37667098 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 9537547 - 9537381
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| | |||||| ||||| |||| | |||||||| |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9537547 |
agaggtatagattcttgtctgttgagaagaaaaaca--agtaaaatataaatttatattgtaaaatttaaccttttataaaagttattagtttaattata |
9537450 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgt |
190 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | |||||| ||||||| |
|
|
| T |
9537449 |
ttttatatgatgtttgtatgataatgttatgtagaatgacatttatttcatgttgctatgcgtatatgt |
9537381 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 22 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 37667343 - 37667265
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttata |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
37667343 |
agaggtagagattcttgtctgttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgaattcatatgataaaatttaaccttttata |
37667265 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 57 - 304
Target Start/End: Original strand, 16074803 - 16075042
Alignment:
| Q |
57 |
acaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattag-tttaattatattttatatgatgtatgtatgataatgttatgtgg |
155 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
16074803 |
acaattaaaatatgaattcatatgttaaaatttaatcttttataaaagttattagatttaattatatttta-----------tatgataatgtaatgtag |
16074891 |
T |
|
| Q |
156 |
aatgacatttattttattgttctatgcatatatg-tatttgaggtattgttaaagaagtgttagactttgttgataaactaaataaatg-aaaatataga |
253 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||| |||| | | ||| ||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||| ||||||| | |
|
|
| T |
16074892 |
aatgacatttattttatttggctatctttataggtttttttttatattgggaaagaagtgttagattttttttataaactaaagaaatgaaaaatatgaa |
16074991 |
T |
|
| Q |
254 |
aatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
16074992 |
aatgtgagtttcatgaaaatattgacttttgattcatgtggataatgatgt |
16075042 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 178; Significance: 5e-96; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 22 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 5004913 - 5004640
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5004913 |
agaggtagagattcttgtcttttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgaatttatatggtgaaatttaaccttttataaaagttattagtttaattata |
5004814 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgtatttgaggtattgttaaagaagtgttagact |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5004813 |
ttttatatgatgtctgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtggtattg-taaagaagtgttagact |
5004715 |
T |
|
| Q |
222 |
ttgttgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5004714 |
ttgctgataaactaaataaatga--------aaatacgagttttacgaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
5004640 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 22 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 46404755 - 46404537
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46404755 |
agaggtagagattcttgtctgttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaaccttttataaaagttattagtttaattata |
46404656 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgtatttgaggtattgttaaagaagtgttagact |
221 |
Q |
| |
|
||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46404655 |
ttttatatgatatctgtatgataatgttttgtggaatggcattt---------ttctattcatatatgtttttgtggtattg-taaagaagtgttagact |
46404566 |
T |
|
| Q |
222 |
ttgttgataaactaaataaatgaaaatat |
250 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46404565 |
ttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
46404537 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 22 - 161
Target Start/End: Original strand, 16975311 - 16975450
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16975311 |
agaggtagagattcttgtttgttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaaccttttataaaagttattagtttaattata |
16975410 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgac |
161 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
16975411 |
ttttatatgatgtctgtatgataattttatgtggaatgac |
16975450 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 192 - 304
Target Start/End: Original strand, 16975457 - 16975569
Alignment:
| Q |
192 |
tttgaggtattgttaaagaagtgttagactttgttgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatg |
291 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
16975457 |
tttgtggtattgttaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcagtttggttcatg |
16975556 |
T |
|
| Q |
292 |
tggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
16975557 |
tggatgatgatgt |
16975569 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 61 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 11968044 - 11967862
Alignment:
| Q |
61 |
ctaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattatattttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatga |
160 |
Q |
| |
|
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| T |
11968044 |
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11967946 |
T |
|
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161 |
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244 |
Q |
| |
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|
|
| T |
11967945 |
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11967862 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 252 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 11937839 - 11937787
Alignment:
| Q |
252 |
gaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11937839 |
gaaatatgagttttatgaaaatattttattttggttcatgtggatgatgatgt |
11937787 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 68
Target Start/End: Original strand, 16475335 - 16475381
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaata |
68 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
16475335 |
agaggtagagattcttgtctgttgaaaagaacaaaacaactaaaata |
16475381 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 46404546 - 46404508
Alignment:
| Q |
266 |
atgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46404546 |
atgaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
46404508 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 22 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 21491691 - 21491405
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaa--caacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaatta |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
21491691 |
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21491592 |
T |
|
| Q |
120 |
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216 |
Q |
| |
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| T |
21491591 |
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21491493 |
T |
|
| Q |
217 |
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304 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21491492 |
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21491405 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 22 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 15874130 - 15873911
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15874130 |
agaggtagagattcttgtatgttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaaccttttataaaagttattagtttaattata |
15874031 |
T |
|
| Q |
122 |
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221 |
Q |
| |
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||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |
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| T |
15874030 |
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15873940 |
T |
|
| Q |
222 |
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250 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
15873939 |
ttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
15873911 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 24 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 18367517 - 18367239
Alignment:
| Q |
24 |
aggtagagattcttatatgttgaaaagaac---aacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattat |
120 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
18367517 |
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18367418 |
T |
|
| Q |
121 |
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218 |
Q |
| |
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|||||| || | ||| | ||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||| | |
|
|
| T |
18367417 |
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18367325 |
T |
|
| Q |
219 |
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304 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
18367324 |
attttgttgataaactaaagaaatgaaaatatagaaatatgagatttataaaaatatttcattttggttcatatggatgatgatgt |
18367239 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 190
Target Start/End: Original strand, 22077690 - 22077856
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | |||| | ||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
22077690 |
agaggtagagattcttgtctgttaagaagaaaaaca--actaaaatataaatttatatggtaaaatttaaccatttcaaaaagttattagtttaattata |
22077787 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgt |
190 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
22077788 |
ttttatatgatgtgtgtatgataatgttatgtagaatgacatttgctttattttcctatgcatatatgt |
22077856 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 173
Target Start/End: Original strand, 48576389 - 48576538
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagttt-aattat |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||| ||||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
48576389 |
agaggtagagattcttatccgttaaaaagaaaat---aattaaaatatgaatttatatggtaaaatttaatatcttattaaagttattagttttaattat |
48576485 |
T |
|
| Q |
121 |
attttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttatt |
173 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
48576486 |
atattatatgatgtgtgtatgataatgtgatgcagaatgacatttattctatt |
48576538 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 15873920 - 15873882
Alignment:
| Q |
266 |
atgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15873920 |
atgaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
15873882 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 161; Significance: 7e-86; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 22 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 4558166 - 4557883
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaaga-acaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattat |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | |||||| |||| | || | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
4558166 |
agaggtagagattcttgtctgttgagaagagagaaaaaaactaaaatatgaatttatatggtaaaatttaaccttttataaaagttattagtttaatcat |
4558067 |
T |
|
| Q |
121 |
attttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatg--tatttgaggtattgttaaagaagtgttag |
218 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| ||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||| | |||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||| | |
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|
| T |
4558066 |
attttatataatgtgtgtataataatgttacgtagaatgacttttattttattttgatatgcatatatgtttttttgtggtattgagaaagaagtgttgg |
4557967 |
T |
|
| Q |
219 |
actttgttgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgat |
302 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4557966 |
attttgttgataaactaaagaaatgaaaatatataaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgat |
4557883 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 46 - 250
Target Start/End: Original strand, 536895 - 537090
Alignment:
| Q |
46 |
aaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattatattttatatgatgtatgtatgataa |
145 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
536895 |
aaaagaacaaaacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaaccttttataaaagttattagtttaattatattttatatgatgtctgtatgataa |
536994 |
T |
|
| Q |
146 |
tgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgtatttgaggtattgttaaagaagtgttagactttgttgataaactaaataaatgaa |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||| || |||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
536995 |
tgttatgtggaatggcat--------tttttctattcatatatgtttttgtggtattg-taaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaa |
537085 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 22 - 126
Target Start/End: Original strand, 536787 - 536891
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
536787 |
agaggtagagattcttgtctgttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaaccttttataaaagttattagtttaattata |
536886 |
T |
|
| Q |
122 |
tttta |
126 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
536887 |
tttta |
536891 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 304
Target Start/End: Original strand, 537081 - 537119
Alignment:
| Q |
266 |
atgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
537081 |
atgaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
537119 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 22 - 304
Target Start/End: Original strand, 49499069 - 49499351
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| | |||||| ||||| || | |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |
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|
| T |
49499069 |
agaggtggagattcttgtctgttgagaagaaaaaaaaaactaaaatatgaatttatatagtaaaatttaaccttttataaaaattattagtttaattata |
49499168 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgtattt-gaggtattgttaaagaagtgttagac |
220 |
Q |
| |
|
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|
| T |
49499169 |
ttttatataatgtgtgtataaga-tgttacgtagaatgacatttattttattttgatatgcatatatgttttttgtggtattgggaaagaagtgttggat |
49499267 |
T |
|
| Q |
221 |
tttgttgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
304 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49499268 |
tttgttgataaactaaagaaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgatgatgt |
49499351 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 28969374 - 28969208
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||| | |||||| ||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28969374 |
agaggtagaaattcttgtctgttgagaagaaaaaca--actaaaatattaatttatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
28969277 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatatgt |
190 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
28969276 |
ttctatatgatgtgtgtatgataattttatgtagaatgacatttattttattttgctatgcatatatgt |
28969208 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0413 (Bit Score: 158; Significance: 4e-84; HSPs: 1)
Name: scaffold0413
Description:
Target: scaffold0413; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 22 - 250
Target Start/End: Original strand, 8897 - 9125
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
||||||| | |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8897 |
agaggtataaattcttgtctgttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgaattcacatggtaaaatttaaccttttataacagttattagtttaattata |
8996 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttatttta-ttgttctatgcatatatgtatttgaggtattgttaaagaagtgttagac |
220 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
8997 |
ttttatatgatgtctgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattttttctattcatatatgtttttgtggtattg-taaagaagtgttagac |
9095 |
T |
|
| Q |
221 |
tttgttgataaactaaataaatgaaaatat |
250 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9096 |
tttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
9125 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1838 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold1838
Description:
Target: scaffold1838; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 188
Target Start/End: Original strand, 233 - 397
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattata |
121 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| | |||| ||||||| || | | |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
233 |
agagatagagattcttgtttgttaaaaagaaaaata--attaaaatataaatctatatggtaaaatttaaccttttataaaagttattagtttaattata |
330 |
T |
|
| Q |
122 |
ttttatatgatgtatgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattgttctatgcatatat |
188 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | | |||||||||| |
|
|
| T |
331 |
ttttatatgatgtgtgtatgataatgttatgtagaatgccatttattttattttgccatgcatatat |
397 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 67; Significance: 9e-30; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 32735485 - 32735391
Alignment:
| Q |
22 |
agaggtagagattcttatatgttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaa |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
32735485 |
agaggtagagattcttgtctgttgaaaagaacaaaacaactaaaatatgcattcatatggtgaaatttaaccttttataaaagatattagtttaa |
32735391 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 81 - 124
Target Start/End: Original strand, 29270749 - 29270792
Alignment:
| Q |
81 |
gtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattatattt |
124 |
Q |
| |
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||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |
|
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| T |
29270749 |
gtaaaatttaatattttataaaaattattattttaattatattt |
29270792 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 132
Target Start/End: Original strand, 35839179 - 35839268
Alignment:
| Q |
43 |
ttgaaaagaacaacacaactaaaatatgaattcatatggtaaaatttaacattttataaaagttattagtttaattatattttatatgat |
132 |
Q |
| |
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|||||||||| || |||| |||||||| ||| | |||||||||| ||| ||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||| |
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| T |
35839179 |
ttgaaaagaagaaaacaattaaaatatttatttacatggtaaaatctaatattttataagagtgattattttaattgagttttatatgat |
35839268 |
T |
|
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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