View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4569-Insertion-2 (Length: 799)

Name: NF4569-Insertion-2
Description: NF4569
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4569-Insertion-2
NF4569-Insertion-2
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (7-799)||(27926359-27927152)
chr6 (9-576)||(28056045-28056611)
chr6 (7-549)||(28026264-28026804)
chr6 (7-609)||(28086682-28087286)
chr6 (609-799)||(28087332-28087522)
chr6 (609-799)||(28027421-28027611)
chr6 (13-258)||(27906676-27906921)
chr6 (7-264)||(28012008-28012269)
chr6 (30-265)||(27995755-27995995)
chr6 (15-252)||(28529297-28529534)
chr6 (675-799)||(27907204-27907328)
chr6 (684-794)||(28056767-28056877)
chr6 (636-720)||(27893746-27893830)
chr6 (680-799)||(27996413-27996532)
chr6 (678-797)||(28012767-28012886)
chr6 (635-716)||(28530188-28530269)
chr6 (609-660)||(28056689-28056740)
chr6 (380-451)||(28529666-28529737)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (7-566)||(1435350-1435908)
chr5 (633-799)||(1436000-1436166)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 613; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 613; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 27927152 - 27926359
Alignment:
Q  7 acatttttcatgttttgaatgtttacagttccacaattctctttatggcgtcgccaaaggttatggaagaaaacttttttctttctgctcttcatggatt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27927152 acatttttcatgttttgaatgtttacagttccacaattctctttatggcgtcgccaaaggttatggaagaaaacttttttctttctgctcttcatggatt 27927053  T
Q  107 cctgaagttatg-aatcctcaagcgagagttgtacaacaatggaacaaggttttggccatattttgcttggtcgcaatttttattgatccattattttcc 205  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27927052 cctgaagttatggaatcctcaagcgaaagttgtacaacaatggaacaaggttttggccatattttgcttggtcgcaatttttattgatccattatttttc 27926953  T
Q  206 ttcttactctatgtgaacaaggtataattcttttcattttatttaattgtaaaatcttccaacatcatttactgtacctttttccttgcttnnnnnnnnn 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  27926952 ttcttactctatgtgaacaaggtataattcttttcattttatttaattgtaaaatcttccaacatcatttactgtacctttttccttgcttaaaaataaa 27926853  T
Q  306 nnnnnnncttcactttttctcatttgttttctgcaggaaaataaatgtattcgaatcaacatggcaatgttaagaacatttgttgtacttagaagcataa 405  Q
           ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27926852 attaaaacttaactttttctcattcgttttctgcaggaaaataaatgtatccgaatcaacatggcaatgtcaagaacacttgttgtacttagaagcataa 27926753  T
Q  406 ctgatgttgtgtatctcttaaacattcttttgcaggtaatttctcagtactgtcattttcggatgtaattttgctaacccatctattgatagaatgatag 505  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27926752 ctgatattgtgtatctcttgaacattcttctccaggtaatttctcagtactcacattttcggatgtaattttgctaacccatctattgatagaatgatag 27926653  T
Q  506 accatttaaatataaatatttataatggttggtcttataatttttcttggtccctctttacctataggaagnnnnnnntgcatgtgtcctgaatcttaaa 605  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  27926652 accatttaaatacaaatatttataatggttggtcttataatttttcttggtccctctttacctataggaagaaaaaagtgcatgtgtcctgaatcttaaa 27926553  T
Q  606 catgattaaataactctaccaagtttcttttttgcagtttaggttagcttatgttgttcctgattcaagtgtggttggtgctggagatttggttgaccat 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  27926552 catgattaaataactctaccaagtttcttttttgcagtttaggttagcttatgttgctcttgattcaagagttgttggtgctggagatttggttgaccat 27926453  T
Q  706 cccaagaaaatagctgttaattactttaagagctactttctctttgacttatttgttgtatcacctgttcctcaggtatatttcttcctatctc 799  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  27926452 cccaagaaaataactgctaattactttaagagctattttttcttcgacgtatctgttgtatcacctcttcctcaggtatatttcttcctatctc 27926359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 9 - 576
Target Start/End: Original strand, 28056045 - 28056611
Alignment:
Q  9 atttttcatgttttgaatgtttacagttccacaattctctttatggcgtcgccaaaggttatggaagaaaacttttttctttctgctcttcatggattcc 108  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28056045 atttttcatgttttaaatgtttacagttccacaattctcttcatggcgacaccaaaggttttggaagaaaacttttttctttctgctcttcatgtattcc 28056144  T
Q  109 tgaagttatgaatcctcaagcgagagttgtacaacaatggaacaaggttttggccatattttgcttggtcgcaatttttattgatccattattttccttc 208  Q
    || ||||||||| |||||  ||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  28056145 tggagttatgaaccctcacacgaaagtcgtactacaatggaacaaggttttggccatattttgcatggtcacaatttttgttgatccgttatttttcttc 28056244  T
Q  209 ttactctatgtgaacaaggtataattcttttcattttatttaattgtaaaatcttccaacatcatttactgtacctttttccttgcttnnnnnnnnnnnn 308  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||                
T  28056245 tcactctatgtgaacaaggtttaattcttttcattttatttaagtgtaaaattttccaacatcatttactttacttttttccttactt-aaaaataaata 28056343  T
Q  309 nnnncttcactttttctcatttgttttctgcaggaaaataaatgtattcgaatcaacatggcaatgttaagaacatttgttgtacttagaagcataactg 408  Q
        |||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || |||||  ||||||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  28056344 caatcttcactttttctcattcattttctgcaggataataaatgtattcaaatcaacttgacaatggcaagaacactagttatacttagaagcataactg 28056443  T
Q  409 atgttgtgtatctcttaaacattcttttgcaggtaatttctcagtactgtcattttcggatgtaattttgctaacccatctattgatagaatgatagacc 508  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||   ||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28056444 atgttgtgtatctcttgaacattcttctccaggtaatttctcagtactcatatttttggatttaattttactaatccatctattgatagaatgatagacc 28056543  T
Q  509 atttaaatataaatatttataatggttggtcttataatttttcttggtccctctttacctataggaag 576  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||    
T  28056544 atttaaatacaaatgtttctaatgattggtcttataattttccttagtccctctttacttatgggaag 28056611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 7 - 549
Target Start/End: Original strand, 28026264 - 28026804
Alignment:
Q  7 acatttttcatgttttgaatg-tttacagttccacaattctctttatggcgtcgccaaaggttatggaagaaaacttttttctttctgctcttcatggat 105  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  28026264 acatttttcatgttttgaatgatttacagttccacaattctctttatggtgacaccaaaggttatggaagaaaacttttttctttctgttcttcgtgtat 28026363  T
Q  106 tcctgaagttatgaatcctcaagcgagagttgtacaacaatggaacaaggttttggccatattttgcttggtcgcaatttttattgatccattattttcc 205  Q
    |||||  |||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | ||||||| ||||||| |    
T  28026364 tcctggtgttatgaacccccatgcgaaagttgtacaacaatggaacaagtttttggccatattttgcatagtcgcaatttatgttgatccgttatttttc 28026463  T
Q  206 ttcttactctatgtgaacaaggtataattcttttcattttatttaattgtaaaatcttccaacatcatttactgtacctttttccttgcttnnnnnnnnn 305  Q
    |||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||             
T  28026464 ttcttattctatgtgaacaaggtata---cttttcattttatttaattgtaaaatcttccaacatcatttactttacctttttccttgcttaaaaataaa 28026560  T
Q  306 nnnnnnncttcactttttctcatttgttttctgcaggaaaataaatgtattcgaatcaacatggcaatgttaagaacatttgttgtacttagaagcataa 405  Q
           |||||   ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||| |||||||||||||||| ||||    
T  28026561 ataaaaacttcatcatttctcattcgttttctgcaggataataaatgtattcgaatcgacatgccaatggcaacaacacttgttgtacttagaagtataa 28026660  T
Q  406 ctgatgttgtgtatctcttaaacattcttttgcaggtaatttctcagtactgtcattttcggatgtaattttgctaacccatctattgatagaatgatag 505  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  28026661 ctgatgttgtttatctcttgaacattctttttcaggtaatttgtcagtactcacattttcggatttaattttgctaatccatctattgataaaatgatag 28026760  T
Q  506 accatttaaatataaatatttataatggttggtcttataatttt 549  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||    
T  28026761 accatttaaatataaatgtgtctaatggttggtcttatagtttt 28026804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 7 - 609
Target Start/End: Original strand, 28086682 - 28087286
Alignment:
Q  7 acatttttcatgttttgaatgttt-acagttccacaattctctttatggcgtcgccaaaggttatggaagaaaacttttttctttctgctcttcatggat 105  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||| ||    
T  28086682 acatttttcctgttttgaatgttttacagttccacaattctctatatggcgacgccaaaggttatggaaggaaatttttttctttctgcaattcatgtat 28086781  T
Q  106 tcctgaagttatgaatcctcaagcgagagttgtacaacaatggaacaaggttttggccatattttgcttggtcgcaatttttattgatccattattttcc 205  Q
    ||||| ||||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||      
T  28086782 tcctggagttatgaaccctcatgcaaaagttgtacaacaatggaacaaggttttggccatattttgcttggtcgcaatttttgttgatccgttatttttt 28086881  T
Q  206 ttcttactctatgtgaacaaggtataattcttttcattttatttaattgtaaaatcttccaacatca-tttactgtacctttttccttgcttnnnnnnnn 304  Q
    ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||| |||||  ||| |||||| || |||            
T  28086882 ttcttactctatgtggaggaggtatgattcttttcattttaattaagtttaaaaccttccaacatcattttacattacttttttctttactt-acaaata 28086980  T
Q  305 nnnnnnnncttcactttttctcatttgttttctgcaggaaaataaatgtattcgaatcaacatggcaatgttaagaacatttgttgtacttagaagcata 404  Q
            |||| | ||||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||  || |||| ||||||||||||||||||||    
T  28086981 aaataaaacttcgccttttctttttcgttttctgcagaaaaataaatgtattcgaatcaaccacgcaatggcaacaacacttgttgtacttagaagcata 28087080  T
Q  405 actgatgttgtgtatctcttaaacattcttttgcaggtaatttctcagtactgtcattttcggatgtaat-tttgctaacccatctattgatagaatgat 503  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| ||||| ||  |||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28087081 accgatgttgtgtatctcttgaacattcttctccaggtaatttgtcagttctcacatttttggatttaatatttgctaatccatctattgatagaatgat 28087180  T
Q  504 agaccatttaaatataaatatttataatggttggtcttataatttttcttggtccctctttacctataggaagnnnnnnntgcatgtgtcctgaatctta 603  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||  || |||||||||| | | |||||||       ||||| |||| |||||||||    
T  28087181 agaccatttgaatgtaaatgtttctaatggttgatcttataattttcattagtccctctttgcttgtaggaagaaaaaagtgcatatgtcttgaatctta 28087280  T
Q  604 aacatg 609  Q
    ||||||    
T  28087281 aacatg 28087286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 609 - 799
Target Start/End: Original strand, 28087332 - 28087522
Alignment:
Q  609 gattaaataactctaccaagtttcttttttgcagtttaggttagcttatgttgttcctgattcaagtgtggttggtgctggagatttggttgaccatccc 708  Q
    ||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  28087332 gattatataactctaccagtttccttttttgcagtttaggttggcttatgtttctcctgagtcaagggttgttggtgctggggatttagttgaccatccc 28087431  T
Q  709 aagaaaatagctgttaattactttaagagctactttctctttgacttatttgttgtatcacctgttcctcaggtatatttcttcctatctc 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  28087432 aagaaaatagctgttaattactttaagagctactttctcttcgacttatttgttgtatcacctcttcctcaggtatatatcttcctatctc 28087522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 609 - 799
Target Start/End: Original strand, 28027421 - 28027611
Alignment:
Q  609 gattaaataactctaccaagtttcttttttgcagtttaggttagcttatgttgttcctgattcaagtgtggttggtgctggagatttggttgaccatccc 708  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| || || |  | ||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  28027421 gattaaataacgctaccaagttgcttttttgcagtttaggttggcttatgtttctcctgagtctaggggtgctggtgctggtgatttagtttaccatccc 28027520  T
Q  709 aagaaaatagctgttaattactttaagagctactttctctttgacttatttgttgtatcacctgttcctcaggtatatttcttcctatctc 799  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  28027521 aagaaaatagctgctaattactttaagagctacttattctttgacgtatttgttgtattacctcttcctcaggtatatgtcttcctatctc 28027611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 258
Target Start/End: Original strand, 27906676 - 27906921
Alignment:
Q  13 ttcatgttttgaatgtttacagttccacaattctctttatggcgtcgccaaaggttatggaagaaaacttttttctttctgctcttcatggattcctgaa 112  Q
    ||||||||||||||||||  |||   | ||||||||| |||| |  |||||||||| ||||| ||| || | |||||||||||||||||| ||||| | |    
T  27906676 ttcatgttttgaatgtttgtagtctgagaattctcttcatggtgatgccaaaggttttggaaaaaatctgtattctttctgctcttcatgtattccagga 27906775  T
Q  113 gttatgaatcctcaagcgagagttgtacaacaatggaacaaggttttggccatattttgcttggtcgcaatttttattgatccattattttccttcttac 212  Q
    |||||||| || || |||||| || ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||  ||||||     
T  27906776 gttatgaacccacacgcgagaattatacaacaatggaacaagttgttggacatattttgcttggtcgcaattcttgttgatcctttatttttgttcttat 27906875  T
Q  213 tctatgtgaacaaggtataattcttttcattttatttaattgtaaa 258  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  27906876 tctatgtgaacaaagtatgattcttttccttttatttaattgtaaa 27906921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 7 - 264
Target Start/End: Original strand, 28012008 - 28012269
Alignment:
Q  7 acatttttcatgttttgaatgttta---cagttccacaattctctttatggcgtcgccaaaggttatggaagaaaacttttttctttctgctcttcatgg 103  Q
    ||||||||||||||||||||| |||   |||||||  |||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  28012008 acatttttcatgttttgaatgattataacagttccgaaattctctgtatggagacgccaaaggttttggaagaaaacttttttcttcctgctcttcatgt 28012107  T
Q  104 attcctgaagttatgaatcctcaagcgagagttgtacaacaatggaacaaggttttggccatattttgcttggtcgcaatttttattgatccattatttt 203  Q
    |||||| |||||||||| ||  |    | |||||||||   |||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||| | ||||| |||||||    
T  28012108 attcctaaagttatgaaccccgactgtaaagttgtacacttatggaacaagtttttggccataatttgctttgttgcaatttttgtggatcccttatttt 28012207  T
Q  204 ccttcttactctatgtgaacaaggtataattcttttcattttattta-attgtaaaatcttc 264  Q
      |||| | ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  28012208 tattctcattctatgtgaacaaggtatgcttcttttccttttatttactttgtaaaatcttc 28012269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 30 - 265
Target Start/End: Original strand, 27995755 - 27995995
Alignment:
Q  30 tacagttccacaattctctttatggcgtcgccaaaggttatggaagaaaacttttttctttctgctcttcatggattcctgaagttatgaatcctcaagc 129  Q
    ||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||  |||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||       
T  27995755 tacagtttcacaattttctctatggcgacgccaattgtttcggaagaaaacttttatctttttgctcttcatgtattcctagagttatgaaccctcactg 27995854  T
Q  130 gagagttgtacaacaatggaacaaggttttggccatattttgcttggtcgcaatttttattgatccattattttccttcttactctatgtgaacaaggta 229  Q
     | ||| ||||||||||||||||   |||| || |||| |||||  |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  27995855 taaagtcgtacaacaatggaacacaatttttgctatatcttgctcagtcgcaattttttttgatccgttatttttcttcttatactatgtgaacaaggta 27995954  T
Q  230 taa-----ttcttttcattttatttaattgtaaaatcttcc 265  Q
    | |     ||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  27995955 tgattcttttcttttcattttatttaattgctaaatcttcc 27995995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 252
Target Start/End: Original strand, 28529297 - 28529534
Alignment:
Q  15 catgttttgaatgtttacagttccacaattctctttatggcgtcgccaaaggttatggaagaaaacttttttctttctgctcttcatggattcctgaagt 114  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |  ||||| |||| ||| ||| |  |||| |||||||||||||||||  |||||| |||    
T  28529297 catgtcttgaatgtttacagttccaaaatgcactttatggagatgccaagggttttgggagagattttttctctttctgctcttcatgtgttcctggagt 28529396  T
Q  115 tatgaatcctcaagcgagagttgtacaacaatggaacaaggttttggccatattttgcttggtcgcaatttttattgatccattattttccttcttactc 214  Q
    ||| || |||||  | | | |||| ||||||||||||||  || ||||||| |||||| || | ||||||||| | |||||||||||||  |||||| |     
T  28529397 tataaaccctcacactaaacttgttcaacaatggaacaaatttctggccattttttgcatgctggcaatttttgtggatccattatttttattcttaata 28529496  T
Q  215 tatgtgaacaaggtataattcttttcattttatttaat 252  Q
    |||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  28529497 tatgtgcagaaggtatgattcttttccttttatttaat 28529534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 675 - 799
Target Start/End: Original strand, 27907204 - 27907328
Alignment:
Q  675 tgtggttggtgctggagatttggttgaccatcccaagaaaatagctgttaattactttaagagctactttctctttgacttatttgttgtatcacctgtt 774  Q
    |||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||| ||| |||||||| ||||||  |||||| |||| |||||| ||| || ||||||| ||    
T  27907204 tgtggttggtgctggagagttagttgacaatcctaagaaaattgctcttaattaccttaagaattactttttcttcgacttacttgctgcatcacctctt 27907303  T
Q  775 cctcaggtatatttcttcctatctc 799  Q
    |||||||||||||||||| ||||||    
T  27907304 cctcaggtatatttcttcttatctc 27907328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 684 - 794
Target Start/End: Original strand, 28056767 - 28056877
Alignment:
Q  684 tgctggagatttggttgaccatcccaagaaaatagctgttaattactttaagagctactttctctttgacttatttgttgtatcacctgttcctcaggta 783  Q
    |||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||  || ||| |||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  28056767 tgctggggaattagttgaccatccaaggaaaatagctgttaaataccttaagacttattttttcttcgacgtatttgttggatcacctcttcctcaggta 28056866  T
Q  784 tatttcttcct 794  Q
    |||||||||||    
T  28056867 tatttcttcct 28056877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 636 - 720
Target Start/End: Original strand, 27893746 - 27893830
Alignment:
Q  636 tttgcagtttaggttagcttatgttgttcctgattcaagtgtggttggtgctggagatttggttgaccatcccaagaaaatagct 720  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |  ||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  27893746 tttgcagtttaggttggcttatgtggcccctgagtctagagtggttggtgctggagaattagttgaccatcctaagaaaatagct 27893830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 680 - 799
Target Start/End: Original strand, 27996413 - 27996532
Alignment:
Q  680 ttggtgctggagatttggttgaccatcccaagaaaatagctgttaattactttaagagctactttctctttgacttatttgttgtatcacctgttcctca 779  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||| |||  ||| ||||| ||| | |||||| |  | ||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  27996413 ttggtgctgcagatttagttgaccatcccacgagaattgctcataactacttgaagggttacttttttatcgacttatttgttgcatcacctcttcctca 27996512  T
Q  780 ggtatatttcttcctatctc 799  Q
    ||||||||| |||| |||||    
T  27996513 ggtatatttattcccatctc 27996532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 678 - 797
Target Start/End: Original strand, 28012767 - 28012886
Alignment:
Q  678 ggttggtgctggagatttggttgaccatcccaagaaaatagctgttaattactttaagagctactttctctttgacttatttgttgtatcacctgttcct 777  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||| |  || ||| |||| ||| | ||||   |||||||| ||||||| ||| ||| || |||| |||||    
T  28012767 ggttggtgctggagatttaattgaccatcccaaaatgattgctcttaactacctcaagaatgactttctcattgacttctttattgcattacctcttcct 28012866  T
Q  778 caggtatatttcttcctatc 797  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  28012867 caggtacatttcttcctatc 28012886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 635 - 716
Target Start/End: Original strand, 28530188 - 28530269
Alignment:
Q  635 ttttgcagtttaggttagcttatgttgttcctgattcaagtgtggttggtgctggagatttggttgaccatcccaagaaaat 716  Q
    |||||||||||||||| || ||||||  ||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||    
T  28530188 ttttgcagtttaggttggcctatgtttctccagagtcaagggtggttggtgccggagatttagttgatgatcccaagaaaat 28530269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 609 - 660
Target Start/End: Original strand, 28056689 - 28056740
Alignment:
Q  609 gattaaataactctaccaagtttcttttttgcagtttaggttagcttatgtt 660  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||    
T  28056689 gattaaataactctaccaagatgcttttttgcagtttaggttggcctatgtt 28056740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 380 - 451
Target Start/End: Original strand, 28529666 - 28529737
Alignment:
Q  380 aacatttgttgtacttagaagcataactgatgttgtgtatctcttaaacattcttttgcaggtaatttctca 451  Q
    |||| ||||| | ||||||||||| | |||| |||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  28529666 aacacttgttttgcttagaagcatgaatgattttgtatatttcttaaacattcttctccaggtaatttctca 28529737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 7 - 566
Target Start/End: Original strand, 1435350 - 1435908
Alignment:
Q  7 acatttttcatgttttgaatgtttacagttccacaattctctttatggcgtcgccaaaggttatggaagaaaacttttttctttctgctcttcatggatt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| |||    
T  1435350 acatttttcatgttttgaatgtttacagttccacaattctctttatggcgacgccaaaggttatggacgaaaagtttattctttctgctcttcatgtatt 1435449  T
Q  107 cctgaagttatgaatcctcaagcgagagttgtacaacaatggaacaaggttttggccatattttgcttggtcgcaatttttattgatccattattttcct 206  Q
    |||| ||| ||||| |||||  | | | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||| ||    
T  1435450 cctggagtgatgaaccctcacacaaaaattgtacagcaatggaacaagtttttggccatattttgcctgctcgcaatttttgttgatcccttatttttct 1435549  T
Q  207 tcttactctatgtgaacaaggtataattcttttcattttatttaattgtaaaatcttccaacatcatttactgtacctttttccttgcttnnnnnnnnnn 306  Q
    ||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    |||              
T  1435550 tcttactttatgtgcacaagttttgattcttttcattttatttaagtataaaatcttccaacataatttactttacttttttc----cttaaaagtaaaa 1435645  T
Q  307 nnnnnncttcactttttctcatttgttttctgcaggaaaataaatgtattcgaatcaacatggcaatgttaagaacatttgttgtacttagaagcataac 406  Q
          ||||||||||||||||   ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||  | |||||  || |||| ||||| ||||||||||||||      
T  1435646 taaaaacttcactttttctcatccattttctgtaggataataaatgtattcaaatcaactggacaatggcaacaacacttgttttacttagaagcatatt 1435745  T
Q  407 tgatgttgtgtatctcttaaacattcttttgcaggtaatttctcagtactgtcattttcggatgtaa-ttttgctaacccatctattgatagaatgatag 505  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  1435746 tgatgttgtgtatctcctgaacattcttcttcaggtaatttctcagtactcacattttcggatttaatttttgctaatccatcttttgatagaatgatag 1435845  T
Q  506 accatttaa--atataaatatttataatggttggtcttataatttttcttggtccctctttac 566  Q
    |||||||||  |||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||  || ||| ||||||||    
T  1435846 accatttaaatatataaatgtttctaatggctggtcttgtaattttcgttagtctctctttac 1435908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 633 - 799
Target Start/End: Original strand, 1436000 - 1436166
Alignment:
Q  633 ttttttgcagtttaggttagcttatgttgttcctgattcaagtgtggttggtgctggagatttggttgaccatcccaagaaaatagctgttaattacttt 732  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1436000 ttttttgcagtttaggttggcttatgtttctcctgagtcaagggttgttggtgctggggatttagtcgaccatcccaagaaaatagctgttaattacttt 1436099  T
Q  733 aagagctactttctctttgacttatttgttgtatcacctgttcctcaggtatatttcttcctatctc 799  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  1436100 aagagctactttttcttggacttatttgttgtatcacctattcctcaggtatatatcttcctatctc 1436166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University