View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4570_low_2 (Length: 267)

Name: NF4570_low_2
Description: NF4570
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4570_low_2
NF4570_low_2
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (19-256)||(5298999-5299236)
chr3 (20-256)||(5250437-5250673)
chr3 (20-256)||(4388462-4388698)
chr3 (20-256)||(5268324-5268560)
chr3 (26-246)||(8590007-8590227)
chr3 (26-205)||(6736309-6736488)
chr3 (26-205)||(8454973-8455152)
chr3 (26-205)||(6947588-6947767)
chr3 (20-234)||(6448307-6448521)
chr3 (23-205)||(6519690-6519872)
chr3 (26-205)||(6479513-6479692)
chr3 (26-205)||(6553969-6554148)
chr3 (19-196)||(8568472-8568649)
[»] scaffold0425 (1 HSPs)
scaffold0425 (26-205)||(7008-7187)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-196)||(6572823-6572999)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 5299236 - 5298999
Alignment:
Q  19 aggtggaatgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaact 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5299236 aggtggaatgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatacagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaact 5299137  T
Q  119 ttcaatgttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaattgcagcagagac 218  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5299136 tttaatgttgttggacttaccaaagcaattttacggtcatttcactcttcggcagatggtgaagacttgaatctactccaacatcaattgcagcagagac 5299037  T
Q  219 taacaggaaagaaatatctgcttgttttggatgatgtc 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5299036 taacaggaaagaaatatctgcttgttttggatgatgtc 5298999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 20 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 5250673 - 5250437
Alignment:
Q  20 ggtggaatgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactt 119  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||| |||| ||||||  || ||| ||||||| | || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  5250673 ggtggaatgggtaagaccactcttgctcagcttgcgtacaacgaccacaggatgcaggagcattttgaacttaaagcttgggtctatgtttcagaaactt 5250574  T
Q  120 tcaatgttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaattgcagcagagact 219  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||   | |||| |||||| || |||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  5250573 ttgatgttgttggactcaccaaagcaattatgagctcatttcactcttcaacagatgctgaagagttcaatctactccaatatcaactgcggcagagact 5250474  T
Q  220 aacaggaaagaaatatctgcttgttttggatgatgtc 256  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5250473 aacaggtaagaaatatcttcttgttttggatgatgtc 5250437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 256
Target Start/End: Original strand, 4388462 - 4388698
Alignment:
Q  20 ggtggaatgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactt 119  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||| ||  || |||| |  | || |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  4388462 ggtggaatgggtaagaccactcttgctcagcttgtgtacaatgaccgcaggatgaaagagcattttgaacttaaagcttgggtctacgtttcagaaactt 4388561  T
Q  120 tcaatgttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaattgcagcagagact 219  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||   |  ||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||||| | |||    
T  4388562 ttgatgttgttggacttaccaaagcaattctgaggtcatttcactcttcaacacatgctgaagagtttaatctgctccaacatcaattgcagcacaaact 4388661  T
Q  220 aacaggaaagaaatatctgcttgttttggatgatgtc 256  Q
    ||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  4388662 aactggtaagaaatatttgcttgttttagatgatgtc 4388698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 5268560 - 5268324
Alignment:
Q  20 ggtggaatgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactt 119  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| || | | |||  || |  | ||| |||  ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5268560 ggtggaatgggtaagaccacccttgctcaactcgtgtacaatgaccaaaggatcaaggagaattttaaacataaagcctgggtctatgtttcggaaattt 5268461  T
Q  120 tcaatgttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaattgcagcagagact 219  Q
    |  ||| | | |||||||| ||||||||| || |||||||| ||| ||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  5268460 ttgatggtctcggacttactaaagcaattctgaggtcatttgacttttcagcagatggtgaagacttgaatttactccaacatcagttgcagcagggact 5268361  T
Q  220 aacaggaaagaaatatctgcttgttttggatgatgtc 256  Q
    |||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  5268360 aacaggcaagaaatacttgctttttttggatgatgtc 5268324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 26 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 8590227 - 8590007
Alignment:
Q  26 atgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactttcaatg 125  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||  |||||| |||  |  | || ||||| || ||||| |||||||||||||| ||| ||||  |||    
T  8590227 atggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaacgacaacaagatagaagagcattttgagcttaaagcatgggtctatgtttctgaatcttttgatg 8590128  T
Q  126 ttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaattgcagcagagactaacagg 225  Q
    |||||||||| |||||||||||| |    |||||| | ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  8590127 ttgttggactcaccaaagcaattatcaattcatttaattcttcagcagatggtgaagacttgaatctactccaacatcaattgcagcacatactaacagg 8590028  T
Q  226 aaagaaatatctgcttgtttt 246  Q
     ||||||||  ||||||||||    
T  8590027 caagaaatacttgcttgtttt 8590007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 26 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 6736488 - 6736309
Alignment:
Q  26 atgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactttcaatg 125  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||  |||||| |||  |||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||    
T  6736488 atggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaacgacaacaagataaagaagcattttgaacttaaagcatgggtctatgtttcagaatctttcgatg 6736389  T
Q  126 ttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaa 205  Q
    || ||||||| |||||||||||| |   ||||||| |  |||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6736388 tttttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaatccttcagcagatggtgaagacttgaatcaactccaacatcaa 6736309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 26 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 8455152 - 8454973
Alignment:
Q  26 atgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactttcaatg 125  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||  || | || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||  |||    
T  8455152 atgggtaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaatgacaacaagataaaggagcattttgaacttaaagcatgggtctatgtttcagaatcttttgatg 8455053  T
Q  126 ttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaa 205  Q
    |||||||||| |||||||||||| |   ||| ||| | ||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8455052 ttgttggactcaccaaagcaattctcaagtcgtttaattcttcagcagatggtgaagacttaaatctactccaacatcaa 8454973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 26 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 6947767 - 6947588
Alignment:
Q  26 atgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactttcaatg 125  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||| |||  || | || ||||| || ||| | |||||||| ||||| ||| ||||  |||    
T  6947767 atggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaatgacaacaagatagaggagcattttgaccttaaaacatgggtctacgtttcagaatcttttgatg 6947668  T
Q  126 ttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaa 205  Q
    |||||||||| |||||||||||| |   ||||||| | ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6947667 ttgttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagacttgaatctactccaacatcaa 6947588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 234
Target Start/End: Original strand, 6448307 - 6448521
Alignment:
Q  20 ggtggaatgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactt 119  Q
    ||||| ||||| || |||||  ||||| | |||||||||||| ||||||||||  || | || |||||||| ||| | |||||||||||||| |||  ||    
T  6448307 ggtgggatgggtaagaccacttttgctaagcttgtgtacaatcacaacatgataaaggagcattttgaacttaaatcttgggtctatgtttcagaatatt 6448406  T
Q  120 tcaatgttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaattgcagcagagact 219  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||||  |   ||||||| | ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || | |||    
T  6448407 ttgatgttgttggactcaccaaagcaatcctaaagtcatttaattcttcagcagatggtgaagacttgaatctactccaacatgaactgcaacacatact 6448506  T
Q  220 aacaggaaagaaata 234  Q
    |||| ||||||||||    
T  6448507 aacaagaaagaaata 6448521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 23 - 205
Target Start/End: Original strand, 6519690 - 6519872
Alignment:
Q  23 ggaatgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactttca 122  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||   |||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||      
T  6519690 ggaatgggtaaaaccacccttgctcaacatgtctacaatgacaacatgacaaagaagcattttgaacttaaagcatgggtctatgtttcagaatcttttg 6519789  T
Q  123 atgttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaa 205  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||| |   ||||||| |  |||  || ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  6519790 atgatgttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaatccttcagcagatggtgaatacttggatcaactccaacatcaa 6519872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 205
Target Start/End: Original strand, 6479513 - 6479692
Alignment:
Q  26 atgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactttcaatg 125  Q
    ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||  || |||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||   |||    
T  6479513 atggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaacaacaacaagatagaggaacattttgaacttaaagcatgggtctatgtttcagaatcttatgatg 6479612  T
Q  126 ttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaa 205  Q
    |||||||||| |||||||||||| |   ||||||| |  |||  || ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  6479613 ttgttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaatccttcagcagatggtgaatacttggatcaactccaacatcaa 6479692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 205
Target Start/End: Original strand, 6553969 - 6554148
Alignment:
Q  26 atgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactttcaatg 125  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||  |||||| |||  |||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||    
T  6553969 atggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaacgacaacaagataaagaagcattttgaacttaaagcatgggtctatgtttcagaatctttcgatg 6554068  T
Q  126 ttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaa 205  Q
    || ||||||| |||||||||||| |   ||||||| |  |||  || ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  6554069 tttttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaatccttcagcagatggtgaatacttggatcaactccaacatcaa 6554148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 196
Target Start/End: Original strand, 8568472 - 8568649
Alignment:
Q  19 aggtggaatgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaact 118  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||| |||||| |||||| || ||| |||  |||| || |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||| ||    
T  8568472 aggtgggatgggtaagaccacccttgctcgacttgtctacaatgaccacaagatagagaagcaatttgaacttaaagcttgggtccatgtttcagaatct 8568571  T
Q  119 ttcaatgttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactc 196  Q
    ||  ||||||||||||| |||||| ||||| |  |||||||||| || |   |||| |||||||||||| ||| ||||    
T  8568572 tttgatgttgttggactcaccaaaacaattctcaggtcatttcattcctcatctgacggtgaagacttggatccactc 8568649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 26 - 205
Target Start/End: Original strand, 7008 - 7187
Alignment:
Q  26 atgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactttcaatg 125  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||  |||||| |||  |||| || |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||| |||    
T  7008 atggggaaaaccacccttgctaagcttgtgtacaaagacaacaagataaagaagcattttgaacttaaagcatgggtctatgtttcagaatctttcgatg 7107  T
Q  126 ttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactccaacatcaa 205  Q
    || ||||||| |||||||||||| |   ||||||| |  |||  || ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7108 tttttggactcaccaaagcaattctcaagtcatttaatccttcagcagatggtgaagacttgaatcaactccaacatcaa 7187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 196
Target Start/End: Original strand, 6572823 - 6572999
Alignment:
Q  20 ggtggaatgggaaaaaccacccttgctcaacttgtgtacaataacaacatgatgcagaaacagtttgaactaaaagcctgggtctatgtttcggaaactt 119  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||| || | | |||| ||||||||||||| || ||||| |||||| |||| ||  || | |    
T  6572823 ggtgggatggggaagaccacccttgctcagcttgtctacaatgaccagaggatggagaaacagtttgaccttaaagcttgggtccatgtctcaaaatcat 6572922  T
Q  120 tcaatgttgttggacttaccaaagcaattttgcggtcatttcactctttggctgatggtgaagacttgaatctactc 196  Q
    |  ||| ||||||||| |||||| ||||| |  ||||||| || ||||| || || |||||||||||| ||| ||||    
T  6572923 ttgatgctgttggactcaccaaaacaattcttaggtcattccattcttttgcagacggtgaagacttggatccactc 6572999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University