View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4572_low_5 (Length: 463)

Name: NF4572_low_5
Description: NF4572
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4572_low_5
NF4572_low_5
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (7-446)||(5318727-5319166)
chr8 (17-247)||(3637476-3637706)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (36-303)||(19100555-19100822)
chr7 (25-277)||(21961060-21961312)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 5319166 - 5318727
Alignment:
Q  7 tagattatactaataaaattggtcatggaggtggagtaggtggacttgtgattgtgagagatattgacctctactcttattgtgagtcttgcttgttacc 106  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5319166 tagataataataataaaattggtcatggaggtggagtaggtggacttgtgattgtgagagatattgacctctactcttattgtgagtcttgcttgttacc 5319067  T
Q  107 atttcaagtcaagtgtcatgtaggttatatcccttctggccaaagagttgtaggcttaagcaagcttcctagggttgccgaagcatttgcaaaacgactt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5319066 atttcaagtcaagtgtcatgtaggttatatcccttctggccaaagagttgtaggcttaagcaagcttcctagggttgccgaagcatttgcaaaacgactt 5318967  T
Q  207 caagagcctcaacgtttagcagatgaaatatgttctgctttgcatcaagggatagagccagaaggtgttgctattgtactacaatgcacacatatccctt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5318966 caagagcctcaacgtttagcagatgagatatgttctgctttgcatcaagggatagagccagaaggtgttgctattgtactacaatgcacacatatccctt 5318867  T
Q  307 ttccatacaaagatatcgactcaaacgatatagggtgggttaagttacttgtttcttcaggatctggtgtttatgagaacaaaaatgctgaaatgtggag 406  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5318866 ttccatacaaagatatcgaatcaaacgatatagggtgggttaagttacttgtttcttcaggatctggtgtttatgagaacaaaaatgctgaaatgtggag 5318767  T
Q  407 tgatttctttagtcttcttaagtttagaggtattgacaat 446  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5318766 tgatttctttagtcttcttaagtttagaggtattgacaat 5318727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 3637706 - 3637476
Alignment:
Q  17 taataaaattggtcatggaggtggagtaggtggacttgtgattgtgagagatattgacctctactcttattgtgagtcttgcttgttaccatttcaagtc 116  Q
    ||||||||| |||||||  ||||| | ||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||| || || ||||| ||||| ||| |||| || ||||||    
T  3637706 taataaaatcggtcatgctggtggtgcaggcggacttgtgattgtccgagacattgacctctattcctactgtgaatcttgtttgctacctttccaagtc 3637607  T
Q  117 aagtgtcatgtaggttatatcccttctggccaaagagttgtaggcttaagcaagcttcctagggttgccgaagcatttgcaaaacgacttcaagagcctc 216  Q
    || |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| || |||||||||||  || | || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  3637606 aaatgtcatgtcggttacgtcccttctggccaaagagttgttggattaagcaagctctctcgtgtcgccgaagtatttgctaaacgacttcaagagcctc 3637507  T
Q  217 aacgtttagcagatgaaatatgttctgcttt 247  Q
    | ||| | ||||| ||| | ||||| |||||    
T  3637506 agcgtctggcagacgaagtgtgttcagcttt 3637476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 36 - 303
Target Start/End: Original strand, 19100555 - 19100822
Alignment:
Q  36 ggtggagtaggtggacttgtgattgtgagagatattgacctctactcttattgtgagtcttgcttgttaccatttcaagtcaagtgtcatgtaggttata 135  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| | |  || ||||| ||||| ||| || | ||||| || |||||||||||||| |||||      
T  19100555 ggtggagcaggtggacttgtgattgttagagatattgacttgttttcctattgcgagtcatgcatgcttccattccaggtcaagtgtcatgtcggttacg 19100654  T
Q  136 tcccttctggccaaagagttgtaggcttaagcaagcttcctagggttgccgaagcatttgcaaaacgacttcaagagcctcaacgtttagcagatgaaat 235  Q
    | || ||  |  |||||||||| || |||||||| ||  |  | ||||| || | ||||||||| || |||||||||||||| ||| | ||| ||||| |    
T  19100655 ttccctccagtgaaagagttgttggtttaagcaaactctcccgtgttgctgatgtatttgcaaagcggcttcaagagcctcagcgtcttgcaaatgaagt 19100754  T
Q  236 atgttctgctttgcatcaagggatagagccagaaggtgttgctattgtactacaatgcacacatatcc 303  Q
     ||||||||| ||||||| || ||| ||||||| |||||||| ||  |||| ||||| ||||| ||||    
T  19100755 ttgttctgctctgcatcatggaataaagccagatggtgttgccatcatacttcaatgtacacacatcc 19100822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 277
Target Start/End: Original strand, 21961060 - 21961312
Alignment:
Q  25 ttggtcatggaggtggagtaggtggacttgtgattgtgagagatattgacctctactcttattgtgagtcttgcttgttaccatttcaagtcaagtgtca 124  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||  |||||| ||||| | |  || |||||  |||||||| || | |||||||| |||||||||||    
T  21961060 ttggtcatgctggtggagcaggtggacttgttattgccagagatcttgacttgttttcctattgcaagtcttgcgtgctcccatttcaggtcaagtgtca 21961159  T
Q  125 tgtaggttatatcccttctggccaaagagttgtaggcttaagcaagcttcctagggttgccgaagcatttgcaaaacgacttcaagagcctcaacgttta 224  Q
    ||| |||||  | || |||||  |||||||| | || |||||||| ||  |  | ||||  ||   || ||||||| |||||||||||||||| ||| |     
T  21961160 tgttggttacgttccctctggtgaaagagttatcggtttaagcaaactctcccgtgttgtggatatatctgcaaaatgacttcaagagcctcagcgtctc 21961259  T
Q  225 gcagatgaaatatgttctgctttgcatcaagggatagagccagaaggtgttgc 277  Q
    ||| ||||| | |||| ||||| |||||| || ||| |||||| || ||||||    
T  21961260 gcaaatgaagtttgttatgcttcgcatcacggaataaagccagcagatgttgc 21961312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University