View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4576-Insertion-8 (Length: 703)

Name: NF4576-Insertion-8
Description: NF4576
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4576-Insertion-8
NF4576-Insertion-8
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-703)||(30318648-30319349)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 703
Target Start/End: Original strand, 30318648 - 30319349
Alignment:
Q  8 caaacttgtagaataataaaattagcttatcaatatgcttttactaagttgattttccttcacaaaagaaagcatttggtgnnnnnnngtttgctttcag 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||    
T  30318648 caaacttgtagaataataaaattagcttatcaatatgcttttactaagttgattttccttcacaaaagaaagcatttggtgtttttttgtttgctttcag 30318747  T
Q  108 atgaacgaatttaaaacctctccaggatttgcatcaggacccatgactctcacgggagatgctcaaaccaaagcacaagatagcactgtcaaatggacct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30318748 atgaacgaatttaaaacctctccaggatttgcatcaggacccatgactctcacgggagatgctcaaaccaaagcacaagatagcactgtcaaatggacct 30318847  T
Q  208 ctgaaggtaccaattatggataattttttcatttaaacattgtgtgtcaaataccggagttcaatgttaatcggaaaaatcactagttatactttatatg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30318848 ctgaaggtaccaattatggataattttttcatttaaacattgtgtgtcaaataccggagttcaatgttagtcggaaaaatcactagttatactttatatg 30318947  T
Q  308 tctcttgatcgaactccaatttactagggtttatttttctaagaaatcggacggtcaacaccctaaaaaataaataaatgtgttttggatggttaaaccc 407  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30318948 tctcttgattgaactccaatttactagggtttatttttctaagaaatcggacggtcaacaccctaaaaaataaataaatgtgttttggatggttaaaccc 30319047  T
Q  408 taaacattataattactttgaatttatgcaagggctatcaaatttgcttttgttatttctttctctctcaacacaacttcatcaagacatagtttaaatt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30319048 taaacattataattactttgaatttatgtaagggctatcaaatttgcttttgttgtgtctttctctctcaacacaacttcatcaagacatagtttaactt 30319147  T
Q  508 aa------cattttcatttggttaaatatttattaatgtgcatgggaggnnnnnnngtaacaaatgggattgattgaatgatttgcacataggtacaaag 601  Q
    ||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  30319148 aacattttcattttcatttggttaaatatttattaatgtgcatgggaggaaaaaaagtaacaaatgggattgattgaatgatttgcacatagatacaaaa 30319247  T
Q  602 agaagaagtacaaggggtgtgaattctcaaactcaagggagggatttgcctgaattgccaaaaggatctagaagacaaatgaatagtaacataacagatt 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30319248 agaagaagtacaaggggtgtgaattctcaaactcaagggagggatttgcctgaattgccaaaaggatctagaagacaaatgaatagtaacatcacagatt 30319347  T
Q  702 ct 703  Q
    ||    
T  30319348 ct 30319349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University