View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4578-Insertion-2 (Length: 1052)

Name: NF4578-Insertion-2
Description: NF4578
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4578-Insertion-2
NF4578-Insertion-2
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (7-830)||(13408330-13409151)
chr6 (838-1034)||(13409183-13409373)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 712; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 712; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 830
Target Start/End: Original strand, 13408330 - 13409151
Alignment:
Q  7 agttctaatgcatcacagttagatttcaaccaaatgttttcagggtataatggtgatagagagttatcagaaatggtttcagctctaacacatgttgcat 106  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13408330 agttctaatgcatcacagttggatttcaaccaaatgttttcagggtataatggtgatagagagttatcagaaatggtttcagctctaacacatgttgcat 13408429  T
Q  107 catcagggtcaaatcaaatgagtagtaatgaatggattcaaaggagtgattttcctttgatatcaagttttggaagtgcttcatcttcttcttcttatgc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13408430 catcagggtcaaatcaaatgagtagtaatgaatggattcaaaggagtgattttcctttgatatcaagttttggaaatgcttcatcttcttcttcttatgc 13408529  T
Q  207 ttcaagttcatggagtggtcaaaaaagagggcgtgatgaagaaagtagtggttctaatcagtatataactcaagctgttgttcctcctagactctttaga 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13408530 ttcaagttcatggagtggtcaaaaaagagggcgtgatgaagaaagtagtggttctaatcagtatataactcaagctgttgttcctcctagactctttaga 13408629  T
Q  307 actgttatggtaccttctcaagaatcatcctcattatcatcaggtgcacttctatatcatactttttctt-actccatcgtctacgcctg------cagt 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      ||||    
T  13408630 actgttatggtaccttctcaagaatcatcctcattatcatcaggtgcacttctatatcatactttttcttaactccatcgtctacgcctgcagtatcagt 13408729  T
Q  400 atgttgtcatagttatacaaacggttggattttatcgcttaaaatctaaccgttataacagctacaacaccatactacagtcgtagatgatttaacttat 499  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  13408730 atggtgtcatagttatacaaacggttgaattttatcgcttaaaatctaaccgttataacagctacaacaccatactgcagttgtagatgatttaacttat 13408829  T
Q  500 tttttcattcatttcttgatcacaaaacattattgtttgaatcatctacaactgcagtatggtgccacagttgtaagaacagttagattttatcgcttaa 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  13408830 tttttcattcatttcttgatcacaaaacattattgtttgaatcatctacaactgcagtatggtgccacagttgtaagaacggttacattttatcgcttaa 13408929  T
Q  600 aatctaacgattattataactataacaccagattgctgcgggccagatgattcaacttatttttcattcatttcttgatcacaaaacattattgtttgca 699  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13408930 aatctaacggttattataactataacaccagacagctgcgggctagatgattcaagttatttttcattcatttcttgatcacaaaacattattatttgca 13409029  T
Q  700 catattcatcacttggtttatatgtgttgaagcttgatgtttcattgtttttatcgtttgattcttagttttatctaaagccaaaaatggtgaacaccat 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13409030 catattcatcacttggtttatatgtgttgaagcttgatgtttcatt---------gtttgattcttagttttatctaaagccaaaaatggtgaacaccat 13409120  T
Q  800 tattagcattattttaaacttatctagctaa 830  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13409121 tattagcattattttaaacttatctagctaa 13409151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 838 - 1034
Target Start/End: Original strand, 13409183 - 13409373
Alignment:
Q  838 gttaaaaaaccatgcacaatgaatctgtattaacgattcactattcacctcttatcttgtgcaggtgcatatcatttccatattatactgcatgcataaa 937  Q
    ||||||||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||    
T  13409183 gttaaaaaaccatgcacaatgaat------taaggattcactattcacctcttatcttgtgcaggtgcatatcatttcaatgttatactgcatgcat-aa 13409275  T
Q  938 aacatacttcatttttcacannnnnnnncttcaatctaaaca-tttgtcataattcaataccttatctttcaatactaactaaatcaaaacaaactaa 1034  Q
    ||||||||||||||||||||        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13409276 aacatacttcatttttcacattttttttcttcaatctaaacattttgtcataattcaataccttatctttccatactaactaaatcaaaacaaactaa 13409373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University