View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4581-Insertion-5 (Length: 625)

Name: NF4581-Insertion-5
Description: NF4581
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4581-Insertion-5
NF4581-Insertion-5
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-625)||(35049835-35050452)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (8-625)||(23557749-23558366)
chr5 (467-620)||(17831788-17831937)
chr5 (255-350)||(14663386-14663481)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (8-625)||(41699466-41700083)
chr1 (8-625)||(41705060-41705677)
chr1 (285-605)||(40249640-40249960)
chr1 (253-605)||(24343780-24344132)
chr1 (253-605)||(24356158-24356510)
chr1 (10-155)||(14123257-14123402)
chr1 (354-605)||(49245255-49245506)
chr1 (9-122)||(40250123-40250236)
chr1 (285-350)||(5404255-5404320)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-625)||(54076867-54077484)
chr4 (10-155)||(20006964-20007109)
chr4 (403-565)||(53226927-53227089)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (262-605)||(8533439-8533782)
chr6 (253-605)||(24185772-24186124)
chr6 (8-602)||(20787794-20788388)
chr6 (8-153)||(8533185-8533330)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (8-602)||(15048345-15048939)
chr2 (245-379)||(1178280-1178415)
chr2 (459-541)||(15229740-15229822)
chr2 (499-547)||(15229821-15229869)
chr2 (73-122)||(38177578-38177627)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (253-602)||(49960888-49961237)
chr3 (10-605)||(414303-414898)
chr3 (10-565)||(409044-409599)
chr3 (265-521)||(26304105-26304361)
chr3 (544-625)||(26301890-26301971)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (285-605)||(44058-44377)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (570-625)||(13388209-13388264)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 598; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 598; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 35050452 - 35049835
Alignment:
Q  8 ccttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaa 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35050452 ccttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagctgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaa 35050353  T
Q  108 ctcaaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaagattaccctgaaccttgtgtctttaaatctatcatatacctttttactttct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35050352 ctcaaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaagattaccctgaaccttgtgtctttaaatctatcatatacctttttactttct 35050253  T
Q  208 ataacgcaaaatgttgaattcaaattctccattccctctaagaaagcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35050252 ataacgcaaaatgttgaattcaaattctccattccctctaagaaagcattacagtaaatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcat 35050153  T
Q  308 tggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaat 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35050152 tggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaatcagccatgctttccttttcaat 35050053  T
Q  408 tttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35050052 tttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgt 35049953  T
Q  508 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatgcg 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35049952 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatgca 35049853  T
Q  608 gttcgtaacattcgatca 625  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  35049852 gttcgtaacattcaatca 35049835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 8 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 23558366 - 23557749
Alignment:
Q  8 ccttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaa 107  Q
    |||||||||| || | ||| ||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  23558366 ccttcctccatctcggcaatatataacaagagggcactgactctgttttagctgtgagcttaagaacacaaaggatatgtctacataaaatacccttaaa 23558267  T
Q  108 ctcaaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaagattaccctgaaccttgtgtctttaaatctatcatatacctttttactttct 207  Q
    ||||||||| ||||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||| |  |||| |||||||||||||||||    
T  23558266 ctcaaataaacagcatgtacatcgtatttcaaagtctttctcattgaagaataccttgaacattatgtctttaacttcatcaaatacctttttactttct 23558167  T
Q  208 ataacgcaaaatgttgaattcaaattctccattccctctaagaaagcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcat 307  Q
     |||| ||  ||||| | |||| |  ||| |||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | ||| | |||||| |||||||||||||| |    
T  23558166 gtaacacagtatgttaagttcatagcctctattctctcaaagaaagcatggcagtacatcatagaagccacttctacttgaaactctttgaattttgcgt 23558067  T
Q  308 tggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaat 407  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||  || |||| ||||||  ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  23558066 tggtatatgccttttgaaattgagattcaaatccaaaatgacttatacaagcaataattctattgaatgaactaaaatcagccatattttccttttcaat 23557967  T
Q  408 tttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgt 507  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  23557966 tttatctttcaatgcattatcatattgttcaacaaattgcttcaatgatgtctttgagttcacatatccatcaaaaaatgcgttcatactttcacttcgt 23557867  T
Q  508 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatgcg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||      
T  23557866 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctcacatacacaggaacccaacgatgacgctcatcaaacaaccctttcaaccattcattatcatgaa 23557767  T
Q  608 gttcgtaacattcgatca 625  Q
    |||| |||||||| ||||    
T  23557766 gttcataacattcaatca 23557749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 467 - 620
Target Start/End: Original strand, 17831788 - 17831937
Alignment:
Q  467 tcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgata 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    |  ||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |   |    
T  17831788 tcacatacccatcaaagaatgaattcat----ttgctttgctgtatagttgacattccagcccaaaatatgtctctaacatacacatgaacccatccgaa 17831883  T
Q  567 tctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatgcggttcgtaacattc 620  Q
    || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  17831884 tcgcgcattaaatagccctttcaaccattcattatcatgcagttcataaaattc 17831937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 255 - 350
Target Start/End: Original strand, 14663386 - 14663481
Alignment:
Q  255 attacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagact 350  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| | ||| |  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14663386 attacaatacatcatagaaacaatttctaattggagctctttgaactttgcattggtaaatgccttttggaattgagactcaaagccaaagagact 14663481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 8 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 41700083 - 41699466
Alignment:
Q  8 ccttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaa 107  Q
    |||||||||| || | ||| ||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  41700083 ccttcctccatctcggcaatatataacaagagggcactgactctgttttagctgtgagcttaagaacacaaaggatatgtctacataaaatacccttaaa 41699984  T
Q  108 ctcaaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaagattaccctgaaccttgtgtctttaaatctatcatatacctttttactttct 207  Q
    ||||||||| ||||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||| |  |||| |||||||||||||||||    
T  41699983 ctcaaataaacagcatgtacatcgtatttcaaagtctttctcattgaagaataccttgaacattatgtctttaacttcatcaaatacctttttactttct 41699884  T
Q  208 ataacgcaaaatgttgaattcaaattctccattccctctaagaaagcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcat 307  Q
     |||| ||  ||||| | |||| |  ||| |||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | ||| | |||||| |||||||||||||| |    
T  41699883 gtaacacagtatgttaagttcatagcctctattctctcaaagaaagcatggcagtacatcatagaagccacttctacttgaaactctttgaattttgcgt 41699784  T
Q  308 tggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaat 407  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||  || |||| ||||||  ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  41699783 tggtatatgccttttgaaattgagattcaaatccaaaatgacttatacaagcaataattctattgaatgaactaaaatcagccatattttccttttcaat 41699684  T
Q  408 tttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgt 507  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  41699683 tttatctttcaatgcattatcatattgttcaacaaattgcttcaatgatgtctttgagttcacatatccatcaaaaaatgcgttcatactttcacttcgt 41699584  T
Q  508 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatgcg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||      
T  41699583 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctcacatacacaggaacccaacgatgacgctcatcaaacaaccctttcaaccattcattatcatgaa 41699484  T
Q  608 gttcgtaacattcgatca 625  Q
    |||| |||||||| ||||    
T  41699483 gttcataacattcaatca 41699466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 8 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 41705677 - 41705060
Alignment:
Q  8 ccttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaa 107  Q
    |||||||||| || | ||| ||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  41705677 ccttcctccatctcggcaatatataacaagagggcactgactctgttttagctgtgagcttaagaacacaaaggatatgtctacataaaatacccttaaa 41705578  T
Q  108 ctcaaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaagattaccctgaaccttgtgtctttaaatctatcatatacctttttactttct 207  Q
    ||||||||| ||||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||| |  |||| |||||||||||||||||    
T  41705577 ctcaaataaacagcatgtacatcgtatttcaaagtctttctcattgaagaataccttgaacattatgtctttaacttcatcaaatacctttttactttct 41705478  T
Q  208 ataacgcaaaatgttgaattcaaattctccattccctctaagaaagcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcat 307  Q
     |||| ||  ||||| | |||| |  ||| |||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | ||| | |||||| |||||||||||||| |    
T  41705477 gtaacacagtatgttaagttcatagcctctattctctcaaagaaagcatggcagtacatcatagaagccacttctacttgaaactctttgaattttgcgt 41705378  T
Q  308 tggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaat 407  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||  || |||| ||||||  ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  41705377 tggtatatgccttttgaaattgagattcaaatccaaaatgacttatacaagcaataattctattgaatgaactaaaatcagccatattttccttttcaat 41705278  T
Q  408 tttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgt 507  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  41705277 tttatctttcaatgcattatcatattgttcaacaaattgcttcaatgatgtctttgagttcacatatccatcaaaaaatgcgttcatactttcacttcgt 41705178  T
Q  508 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatgcg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||  | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||      
T  41705177 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctcaaatatacaggaacccaacgatgacgctcatcaaacaaccctttcaaccattcattatcatgaa 41705078  T
Q  608 gttcgtaacattcgatca 625  Q
    |||| |||||||| ||||    
T  41705077 gttcataacattcaatca 41705060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 285 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 40249960 - 40249640
Alignment:
Q  285 ttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgctttttggaattgagact-caaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaa 383  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  40249960 ttgaaattctttgaatttggcaatggtaaatgctttctggaaatg-gacttcaaagccaaaatgactcacacaagcaattgttgagttaaatgaatcaaa 40249862  T
Q  384 attagccatgctttccttttcaattttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaag 483  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||     
T  40249861 atcagccatgctttccttttcgattttatcattcaatgcatcgtcatactgttcaacaaatcgcttcaatgttgtctttgagttaacatacccatcaaaa 40249762  T
Q  484 aatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagcc 583  Q
    ||||| || ||||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |  | ||||||||||| ||    
T  40249761 aatgagtttatactttcattccgttgtgcagtcgacattccagcccaaaatgtgtctttcacatacacaggaacccaacggtgccgctcatcaaataacc 40249662  T
Q  584 ctttcaaccattcattatcatg 605  Q
     ||| |||||||||||||||||    
T  40249661 attttaaccattcattatcatg 40249640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 253 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 24344132 - 24343780
Alignment:
Q  253 gcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaa 352  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |  || |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||    
T  24344132 gcatgacagtacatcatagaagctatttccaattggaattcctgaaactttgcattggtaaaggctttttggaattggaactcaaagccaaagtgactaa 24344033  T
Q  353 tacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaattttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaa 452  Q
    ||||||||||    |||||||| |||  ||| |  || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| |     
T  24344032 tacaagcaataaccgtattaaaagaacgaaagtcggcaatgttttccttttcaattttatctttcaatgcattatcatactgctcaacaaattgcttaag 24343933  T
Q  453 tgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacaca 552  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  24343932 tgttgtctttgaggtcacatatccatcaaaaaatgagttcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtcccttacatatgca 24343833  T
Q  553 ggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatg 605  Q
    |||||||||||||  |  ||| |||||| |||||||||| ||||||| |||||    
T  24343832 ggaacccaacgatgccgttcaacaaataaccctttcaactattcattgtcatg 24343780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 253 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 24356510 - 24356158
Alignment:
Q  253 gcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaa 352  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |  || |||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||  ||||||    
T  24356510 gcatgacagtacatcatagaagctatttccaattggaattcctgaaactttgcattggtaaaggctttttggaattggaattcaaagccaaagtgactaa 24356411  T
Q  353 tacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaattttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaa 452  Q
    ||||||||||    |||||||| |||  ||| |  || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| |     
T  24356410 tacaagcaataaccgtattaaaagaacgaaagtcggcaatgttttccttttcaattttatctttcaatgcattatcatactgctcaacaaattgcttaag 24356311  T
Q  453 tgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacaca 552  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  24356310 tgttgtctttgaggtcacatatccatcaaaaaatgagttcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtcccttacatatgca 24356211  T
Q  553 ggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatg 605  Q
    |||||||||||||  |  ||| |||||| |||||||||| ||||||| |||||    
T  24356210 ggaacccaacgatgccgttcaacaaataaccctttcaacaattcattgtcatg 24356158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 14123402 - 14123257
Alignment:
Q  10 ttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaact 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14123402 ttcctccaccttgacaaaatataacaagacgacactgactcagttttacctgtgagctgaagaacacaaaggatgtgtctgcataaaatgcctttaaact 14123303  T
Q  110 caaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaa 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14123302 caaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaa 14123257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 354 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 49245506 - 49245255
Alignment:
Q  354 acaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaattttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaat 453  Q
    ||||||||||  || |||||||||| |||||| | || |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49245506 acaagcaattactgaattaaatgaaccaaaatcatccctgctttccttttcaatcttatctttcaatgcactgtcatattgttcaacaaattgcttcaat 49245407  T
Q  454 gttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacag 553  Q
    | ||||||| |||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||     | || |||||||| |    
T  49245406 gatgtctttaagcatacatacccatcaaaacatgaattcatactttcacttcgtcgtgtagttgacatcccgacccaaaacacaaccctcacatacactg 49245307  T
Q  554 gaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatg 605  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49245306 gaacccaacgatgtcgctcatcaaatatccctttcaaccattcattatcatg 49245255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 9 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 40250236 - 40250123
Alignment:
Q  9 cttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaac 108  Q
    ||||||||||| || |||||||||| |||| || | ||| || ||||| ||  |||| | ||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  40250236 cttcctccaccgtggcaaaatataaaaagagggcattgaatctgttttgccaatgagcttaagcacacaaagaatgtgtctgcataaaattcctttaaac 40250137  T
Q  109 tcaaataagcagca 122  Q
    ||||||||||||||    
T  40250136 tcaaataagcagca 40250123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 285 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 5404320 - 5404255
Alignment:
Q  285 ttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagact 350  Q
    |||| |||| ||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  5404320 ttgagattcattgaattttgcgtttgtgaatgttttttggaattgagactataagccaaaatgact 5404255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 8 - 625
Target Start/End: Original strand, 54076867 - 54077484
Alignment:
Q  8 ccttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaa 107  Q
    |||||||||| || | ||| ||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  54076867 ccttcctccatctcggcaatatataacaagagggcactgactctgttttagctgtgagcttaagaacacaaaggatatgtctacataaaatacccttaaa 54076966  T
Q  108 ctcaaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaagattaccctgaaccttgtgtctttaaatctatcatatacctttttactttct 207  Q
    |||||||||  |||| | |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||| |  |||| |||||||||||||||||    
T  54076967 ctcaaataaaaagcatgtacatcgtatttcaaagtctttctcattgaagaataccttgaacattatgtctttaacttcatcaaatacctttttactttct 54077066  T
Q  208 ataacgcaaaatgttgaattcaaattctccattccctctaagaaagcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcat 307  Q
     |||| ||  ||||| | |||| |  ||| |||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | ||| | |||||| |||||||||||||| |    
T  54077067 gtaacacagtatgttaagttcatagcctctattctctcaaagaaagcatggcagtacatcatagaagccacttctacttgaaactctttgaattttgcgt 54077166  T
Q  308 tggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaat 407  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||  || |||| ||||||  ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  54077167 tggtatatgccttttgaaattgagattcaaatccaaaatgacttatacaagcaataattctattgaatgaactaaaatcagccatattttccttttcaat 54077266  T
Q  408 tttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgt 507  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  54077267 tttatctttcaatgcattatcatattgttcaacaaattgcttcaatgatgtctttgagttcacatatccatcaaaaaatgcgttcatactttcacttcgt 54077366  T
Q  508 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatgcg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||      
T  54077367 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctcacatacacaggaacccaacgatgacgctcatcaaacaaccctttcaaccattcattatcatgaa 54077466  T
Q  608 gttcgtaacattcgatca 625  Q
    |||| |||||||| ||||    
T  54077467 gttcataacattcaatca 54077484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 155
Target Start/End: Original strand, 20006964 - 20007109
Alignment:
Q  10 ttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaact 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20006964 ttcctccaccttgacaaaatataacaagacgacactgactcagttttacctgtgagctgaagaacacaaaggatgtgtctgcataaaatgcctttaaact 20007063  T
Q  110 caaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaa 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20007064 caaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaa 20007109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 403 - 565
Target Start/End: Original strand, 53226927 - 53227089
Alignment:
Q  403 tcaattttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcac 502  Q
    ||||| || ||| |||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||    
T  53226927 tcaatgttgtctctcaatgcattatcatatttctcaacaaattgcttcaatgttgtctttaagcttacatatccatcaaaaaatgagttcatactttcac 53227026  T
Q  503 ttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgat 565  Q
    ||| ||  ||  |||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||    
T  53227027 ttctttacgtgcttgacattccggctcaaaatttgtctctcacatacacatgaacccatcgat 53227089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 262 - 605
Target Start/End: Original strand, 8533439 - 8533782
Alignment:
Q  262 tacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaa 361  Q
    ||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |||| | ||||||||    
T  8533439 tacatcatagaagaaacttctacttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgatttttggaattgtgattcaaagccaaaatgacttacacaagcaa 8533538  T
Q  362 ttgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaattttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctt 461  Q
    ||  || |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8533539 ttactgaattaaatgaaccaaaatcagccttgctttccttttcaatcttatctttcaatgcactgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgatgtctt 8533638  T
Q  462 tgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaa 561  Q
    |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||   |||||| ||||||||||||||||||    
T  8533639 tgagcatacatacccatcaaaaaatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacatcccggcccaaaacacgtctctcacatacacaggaacccaa 8533738  T
Q  562 cgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatg 605  Q
    |||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8533739 cgatgtcgctcctcaaatatccctttcaaccattcattatcatg 8533782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 253 - 605
Target Start/End: Original strand, 24185772 - 24186124
Alignment:
Q  253 gcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaa 352  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |  || |||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||  ||||||    
T  24185772 gcatgacagtacatcatagaagctatttccaattggaattcctgaaactttgcattggtaaaggctttttggaattggaattcaaagccaaagtgactaa 24185871  T
Q  353 tacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaattttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaa 452  Q
    ||||||||||    |||||||| |||  ||| |  || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| |     
T  24185872 tacaagcaataaccgtattaaacgaacgaaagtcggcaatgttttccttttcaattttatctttcaatgcattatcatactgctcaacaaattgctttag 24185971  T
Q  453 tgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacaca 552  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  24185972 tgttgtctttgaggtcacatatccatcaaaaaatgagttcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtcccttacatatgca 24186071  T
Q  553 ggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatg 605  Q
    |||||||||||||  |  ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  24186072 ggaacccaacgatgccgttcaacaaatatccctttcaaccattcattgtcatg 24186124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 8 - 602
Target Start/End: Original strand, 20787794 - 20788388
Alignment:
Q  8 ccttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaa 107  Q
    |||||||||||| || ||||||||||  ||| || ||  | || ||||| ||| |||| | ||| || |||||||| || || |||||||||||||||||    
T  20787794 ccttcctccaccgtgccaaaatataattagatggcacaaaatctgttttccctatgagcttaagcacgcaaaggatgtgcctacataaaatgcctttaaa 20787893  T
Q  108 ctcaaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaagattaccctgaaccttgtgtctttaaatctatcatatacctttttactttct 207  Q
     ||||| |||||||| |  |||| ||   | |||||||| ||||||||||  ||| | |||    | ||||| |   | |||||||| || |||||||||    
T  20787894 ttcaaacaagcagcaggtgcattttaacacaaagtctttttcattgaagaacaccatcaacacaatatctttcatcgtgtcatatactttcttactttct 20787993  T
Q  208 ataacgcaaaatgttgaattcaaattctccattccctctaagaaagcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcat 307  Q
     ||||  ||||| |||||| ||||  ||||| ||  |  ||  | |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |  || |||||||    
T  20787994 gtaacagaaaatattgaatccaaaccctccaatctgttgaaacatgcatgacagtacatcatagaagctatttccaattggaattcctgaaactttgcat 20788093  T
Q  308 tggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||  |||||||||||  |||   ||||||||| |||  ||| | ||| ||  |||||||||||||    
T  20788094 tggtaaatgctttttggaattggaactcaaaaccaaagtgactaatacaaaaaataactgtattaaaagaacgaaagtcagcaattttttccttttcaat 20788193  T
Q  408 tttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgt 507  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  20788194 tttgtctttcaatgcattatcatatttctcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagcttacatatccatcaaaaaacgagttcatactttcacttcgt 20788293  T
Q  508 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatc 602  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||  |||| |||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  20788294 tgtgtagttgacattccagcctaaaatgtgtcccttacatatgcagggacccaacgatgtcgctcaacaaataaccctttcaaccattcgttatc 20788388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 153
Target Start/End: Original strand, 8533185 - 8533330
Alignment:
Q  8 ccttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaa 107  Q
    |||||||||||   || |||||||||  ||| || ||| | || |||||||| | ||||| ||| ||||| || || ||||| || ||||||||||||||    
T  8533185 ccttcctccactgagaaaaaatataatgagatggcactaaatctgttttaccagagagtttaagcacacatagtatgtgtctacacaaaatgcctttaaa 8533284  T
Q  108 ctcaaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattg 153  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||    
T  8533285 ctcaaataagcagcaagtacattgtatctcaaagtctttttcattg 8533330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 8 - 602
Target Start/End: Original strand, 15048345 - 15048939
Alignment:
Q  8 ccttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaa 107  Q
    |||||||||||| || ||||||||||  ||| || ||  | || ||||| ||| |||| | ||| || |||||||| || || |||||||||||||||||    
T  15048345 ccttcctccaccgtgccaaaatataattagatggcacgaaatctgttttccctatgagcttaagcacgcaaaggatgtgcctacataaaatgcctttaaa 15048444  T
Q  108 ctcaaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaagattaccctgaaccttgtgtctttaaatctatcatatacctttttactttct 207  Q
     ||||| |||||||| |  |||| ||   | |||||||| ||||||||||  ||| | |||    | ||||| |   | |||||||| || |||||||||    
T  15048445 ttcaaacaagcagcaggtgcattttaacacaaagtctttttcattgaagaacaccatcaacacaatatctttcatcgtgtcatatactttcttactttct 15048544  T
Q  208 ataacgcaaaatgttgaattcaaattctccattccctctaagaaagcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcat 307  Q
     ||||  ||||| |||||| ||||  ||||| ||  |  ||  | |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |  || |||||||    
T  15048545 gtaacataaaatattgaatccaaaccctccaatctgttgaaacatgcatgacagtacatcatagaagctatttccaattggaattcctgaaactttgcat 15048644  T
Q  308 tggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||| |||   ||||||||| |||  ||| | ||| ||| |||||||||||||    
T  15048645 tggtaaatgctttttggaattggaactcaaagccaaagtgactaatacaagaaataactgtattaaaagaacgaaagtcagcaatgttttccttttcaat 15048744  T
Q  408 tttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgt 507  Q
    ||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  15048745 tttgtctttcaatgcattatcatattgctcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagcttacatatccatcaaaaaacgagttcatactttcacttcgt 15048844  T
Q  508 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatc 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||| |||||||||| || |||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  15048845 tgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtcccttacatatgcagggacccaacgatgtcgctcaacaaataaccctttcaaccattcgttatc 15048939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 245 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 1178415 - 1178280
Alignment:
Q  245 ctaagaaagcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgctttttggaattgagactcaaagcc-aa 343  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||    
T  1178415 ctaacaaagcattgtagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaatcctttcaattttgcattggtaaatgccttttggaattaggactccaagccaaa 1178316  T
Q  344 aaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaa 379  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||    
T  1178315 aaagacttatacaagtaattgttgtattcaatgaaa 1178280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 459 - 541
Target Start/End: Original strand, 15229740 - 15229822
Alignment:
Q  459 ctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctc 541  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15229740 ctttgagcttacatacccatcaaaaaatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacattgcagcccaaaatgtgtctc 15229822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 499 - 547
Target Start/End: Original strand, 15229821 - 15229869
Alignment:
Q  499 tcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacat 547  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  15229821 tcacttcgttgtgtagttgacattgcagcccaaaatgtgtctcttacat 15229869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 38177627 - 38177578
Alignment:
Q  73 acacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaactcaaataagcagca 122  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  38177627 acacaaaggatgtgcctacataaaatgcctttaaattcaaacaagcagca 38177578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 174; Significance: 3e-93; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 253 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 49961237 - 49960888
Alignment:
Q  253 gcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaa 352  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||    
T  49961237 gcatgacagtacatcatagaagctatttccaattggaattcctgaaactttgcattggtaaatgctttttggaattggaactcaaagccaaagtgactaa 49961138  T
Q  353 tacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaattttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaa 452  Q
    |||||| |||   ||||||||| |||  ||| | ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||    
T  49961137 tacaagaaataactgtattaaaagaacgaaagtcagcaatgttttccttttcaatcttatctttcaatgcattatcatattgctcaacagattgcttcaa 49961038  T
Q  453 tgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacaca 552  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  49961037 tgttgtctttgagcttacatatccatcaaaaaaagagttcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtcccttacatatgca 49960938  T
Q  553 ggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatc 602  Q
    || |||||||||| || |||| |||||| |||||||| ||||||||||||    
T  49960937 gggacccaacgatgtcgctcaacaaataaccctttcagccattcattatc 49960888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 10 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 414898 - 414303
Alignment:
Q  10 ttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaact 109  Q
    |||||||||| || ||||||||||  ||| || ||  | || ||||| ||| |||| | ||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| |    
T  414898 ttcctccaccgtgccaaaatataattagatggcacgaaatctgttttccctatgagcttaagcacacaaaggatgtgcctacataaaatgcctttaaatt 414799  T
Q  110 caaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaagattaccctgaaccttgtgtctttaaatctatcatatacctttttactttctat 209  Q
    |||| |||  ||| |  |||| ||    ||||||||| ||||||||||  ||| |||||    | ||||| |   | |||||||| || ||||||||| |    
T  414798 caaacaagtggcaggtgcattttaacatgaagtctttttcattgaagagcaccatgaacacaatatctttcatcttgtcatatactttcttactttctgt 414699  T
Q  210 aacgcaaaatgttgaattcaaattctccattccctctaagaaagcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcattg 309  Q
    |||  ||||| |||||| ||||| ||||| ||  |  ||  | |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |  || |||||||||    
T  414698 aacagaaaatattgaatccaaatcctccaatctgttgaaacatgcatgacagtacatcatagaagctatttccaattggaattcctgaaactttgcattg 414599  T
Q  310 gtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaattt 409  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||  ||||||||||||||||    |||||||| |||  ||| |  || ||| |||||||||||||||    
T  414598 gtaaaggctttttggaattggaattcaaagccaaagtgactaatacaagcaataaccgtattaaaagaacgaaagtcggcaatgttttccttttcaattt 414499  T
Q  410 tatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgttg 509  Q
    |||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  414498 tatctttcaatgcattatcatactgctcaacaaattgcttcagtgttgtctttgaggtcacatatccatcaaaaaatgagttcatactttcacttcgttg 414399  T
Q  510 tgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatg 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||  |  ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  414398 tgtagttgacattccagcccaaaatgtgtcccttacatatgcaggaacccaacgatgccgttcaacaaatatccctttcaaccattcattgtcatg 414303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 10 - 565
Target Start/End: Original strand, 409044 - 409599
Alignment:
Q  10 ttcctccaccttgacaaaatataacaagacggtactgactcagttttacctgtgagttgaagaacacaaaggatatgtctgcataaaatgcctttaaact 109  Q
    |||||||||| || ||||||||||  ||| || ||  | || ||||| ||| |||| | ||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| |    
T  409044 ttcctccaccgtgccaaaatataattagatggcacgaaatctgttttccctatgagcttaagcacacaaaggatgtgcctacataaaatgcctttaaatt 409143  T
Q  110 caaataagcagcaagcacattgtatttcgaagtctttctcattgaagattaccctgaaccttgtgtctttaaatctatcatatacctttttactttctat 209  Q
    |||| |||  ||| |  |||| ||    ||||||||| ||||||||||  ||| |||||    | ||||| |   | |||||||| || ||||||||| |    
T  409144 caaacaagtggcaggtgcattttaacatgaagtctttttcattgaagagcaccatgaacacaatatctttcatcttgtcatatactttcttactttctgt 409243  T
Q  210 aacgcaaaatgttgaattcaaattctccattccctctaagaaagcattacagtacatcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcattg 309  Q
    |||  ||||| |||||| ||||| ||||| ||  |  ||  | |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| ||||| |  || |||||||||    
T  409244 aacagaaaatattgaatccaaatcctccaatctgttgaaacatgcatgacagtacatcatagaagctatttccaattggaattcctgaaactttgcattg 409343  T
Q  310 gtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaattt 409  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||  ||||||||||||||||    |||||||| |||  ||| |  || ||| |||||||||||||||    
T  409344 gtaaaggctttttggaattggaattcaaagccaaagtgactaatacaagcaataaccgtattaaaagaacgaaagtcggcaatgttttccttttcaattt 409443  T
Q  410 tatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgttg 509  Q
    |||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  409444 tatctttcaatgcattatcatactgctcaacaaattgcttcagtgttgtctttgaggtcacatatccatcaaaaaatgagttcatactttcacttcgttg 409543  T
Q  510 tgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgat 565  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||||    
T  409544 tgtagttgacattccagcccaaaatgtgtcccttacatatgcaggaacccaacgat 409599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 265 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 26304361 - 26304105
Alignment:
Q  265 atcatagaagcaatttcaatttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattg 364  Q
    |||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||     
T  26304361 atcatagaggcaacttctacttgaaattctttgaattttgcattggtaaataatttttggaattgtgactcaaagccaaaatgacttacacaagcaatta 26304262  T
Q  365 ttgtattaaatgaaacaaaattagccatgctttccttttcaattttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttga 464  Q
     |  |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  26304261 ctaaattaaatgaaccaaaatcagccatgctttccttttcaatcttatctttcaatgcactgtcatattgtttaacaaattgcttcaatgatgtctgtga 26304162  T
Q  465 gctcacatacccatcaaagaatgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacat 521  Q
    ||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  26304161 gcttacatacccataaaaaaatgagttcatacttttacttcgctgtgtagtttacat 26304105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 544 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 26301971 - 26301890
Alignment:
Q  544 acatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatgcggttcgtaacattcgatca 625  Q
    ||||||||| ||||||||| || || || ||||||||  ||||||||||||||||||||||   |||| |||||||| ||||    
T  26301971 acatacacaagaacccaacaatgtcgcttatcaaatatacctttcaaccattcattatcatatagttcataacattcaatca 26301890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 285 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 44377 - 44058
Alignment:
Q  285 ttgaaattctttgaattttgcattggtaaatgctttttggaattgagactcaaagccaaaaagactaatacaagcaattgttgtattaaatgaaacaaaa 384  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||  || |||| ||||||  ||||    
T  44377 ttgaaactctttgaattttgcattggtatatgccttttgaaattgagattcaaatccaaaatgacttatacaagcaataattatattgaatgaactaaaa 44278  T
Q  385 ttagccatgctttccttttcaattttatctttcaacgcattgtcatattgttcaacaaattgcttcaatgttgtctttgagctcacatacccatcaaaga 484  Q
    | |||| |  ||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||| |    
T  44277 tgagccctattttccttttca-ttttatctttcaatgcattaccatattgttcaacaaattgtttcattgttgtctttgagttcacatatccataaaaaa 44179  T
Q  485 atgaattcatactttcacttcgttgtgtagttgacattccagcccaaaatgtgtctctaacatacacaggaacccaacgatatctctcatcaaatagccc 584  Q
    |    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  |||| || |||| ||||||||| ||||||||| ||  | ||||||||||| |||    
T  44178 aaatgttcatactttcacttcgttgtgttgttgacattccagtctcaaatatgactctcacatacacaagaacccaactatgacgctcatcaaataaccc 44079  T
Q  585 tttcaaccattcattatcatg 605  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  44078 tttcaaccattcattatcatg 44058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 570 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 13388264 - 13388209
Alignment:
Q  570 ctcatcaaatagccctttcaaccattcattatcatgcggttcgtaacattcgatca 625  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  13388264 ctcatcaaatagtcatttcaaccattcattatcatgcagttcataacattcaatca 13388209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University