View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4581_low_5 (Length: 329)

Name: NF4581_low_5
Description: NF4581
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4581_low_5
NF4581_low_5
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-315)||(48965161-48965475)
chr4 (1-317)||(48957974-48958290)
chr4 (3-329)||(48912380-48912706)
chr4 (1-234)||(48961204-48961439)
chr4 (66-203)||(48974062-48974199)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-318)||(13448192-13448509)
chr2 (1-305)||(13440042-13440346)
chr2 (137-305)||(13454676-13454844)
[»] scaffold0536 (2 HSPs)
scaffold0536 (1-317)||(6544-6860)
scaffold0536 (1-329)||(10526-10854)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-305)||(12540527-12540831)
chr5 (11-329)||(28385152-28385470)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-303)||(3417568-3417862)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (41-329)||(12641554-12641842)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (11-220)||(12483510-12483719)
chr6 (1-215)||(12590205-12590419)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 307; Significance: 1e-173; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 48965475 - 48965161
Alignment:
Q  1 tttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48965475 tttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggct 48965376  T
Q  101 gttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48965375 gttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttg 48965276  T
Q  201 gtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48965275 gtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaggagattgatggacagtggtga 48965176  T
Q  301 tgaagatgagaaaat 315  Q
    ||||| |||||||||    
T  48965175 tgaagctgagaaaat 48965161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 48958290 - 48957974
Alignment:
Q  1 tttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggct 100  Q
    |||||| |||||||| ||||| || || ||| ||||||||||||||   || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  48958290 tttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccactgtggaggct 48958191  T
Q  101 gttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttg 200  Q
    ||| | ||||||||||| ||||| || |||||    |||||||||||||||||||| || ||  |||||||  | |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  48958190 gttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactaatgtgcgaggaattggggtggaggttg 48958091  T
Q  201 gtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtga 300  Q
    |||||||||| |||||| | |  |||||||| || | | ||||| | |||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48958090 gtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggtga 48957991  T
Q  301 tgaagatgagaaaatca 317  Q
    ||||| |||| ||||||    
T  48957990 tgaagctgaggaaatca 48957974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 3 - 329
Target Start/End: Original strand, 48912380 - 48912706
Alignment:
Q  3 tgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggctgt 102  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| | || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||    
T  48912380 tgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagt 48912479  T
Q  103 tggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggt 202  Q
    | |||| |||||||| ||||| || |||||    ||||||||||| || ||||| || ||  |||||||| | ||||  |||||||| ||||| || |||    
T  48912480 tagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacagttttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggt 48912579  T
Q  203 gcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtgatg 302  Q
    ||||| |||||| |    |||||| |||  |||||||||||| ||||  | || ||||  || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48912580 gcaacggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatg 48912679  T
Q  303 aagatgagaaaatcagacaacatgctc 329  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||    
T  48912680 aagctgagaaaatcagacaacatgctc 48912706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 48961439 - 48961204
Alignment:
Q  1 tttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactc--cacagtggagg 98  Q
    |||||| |||| ||| ||||| || || ||| |||| ||| ||||| | || |||||||  |||||||| ||||| || ||||||||  |||  | ||||    
T  48961439 tttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactctccaccattgagg 48961340  T
Q  99 ctgttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagt 198  Q
    ||| | |||| ||| | || ||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || ||||| || |||||| | |||||    
T  48961339 ctggtagtgcagggatcccaatgataacatggcccgtacatggagaacaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcggggtattggaattgaagt 48961240  T
Q  199 tggtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaaga 234  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||    
T  48961239 tggtgcaacagaatggtgtgtggatggtattgaaga 48961204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 48974199 - 48974062
Alignment:
Q  66 tgactcattgtggttggaactccacagtggaggctgttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaact 165  Q
    |||| ||||| || ||||||||||| ||||| || ||| |||| |||||||| ||||| || |||||    ||||  ||||||||||||||||| ||  |    
T  48974199 tgacacattgcgggtggaactccaccgtggaagccgttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccagtgcatgacgaacaattctacaacgagaagtt 48974100  T
Q  166 gataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggtg 203  Q
    ||||||  | ||||| || ||||| ||||| |||||||    
T  48974099 gataactcaggtgcggggtattggtgtggaggttggtg 48974062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 94; Significance: 7e-46; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 13448509 - 13448192
Alignment:
Q  1 tttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggct 100  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||  |||  |||||||||| || ||||| |  |||||||| ||||| ||  ||||||| || || ||||||    
T  13448509 tttgatcattaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaaccgtagaggct 13448410  T
Q  101 gttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttg 200  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||| || |||||    |||||||| ||||||||||| || |||||||||||| || | ||||| |||||||| ||||| |    
T  13448409 gttagtgcgggagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattctacaatgagaaactgataacacaattccgaggaattggagttgaagtcg 13448310  T
Q  201 gtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtga 300  Q
    |||||||||||||||||  || |||| | |  || ||| ||||| | ||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  13448309 gtgcaacagaatggtgtacgagtggtgtcgcggagagaaagaagttagtgagcagagatagcatagagaaggctgtaaggagattgatggacggtggtga 13448210  T
Q  301 tgaagatgagaaaatcag 318  Q
    ||||| ||| || |||||    
T  13448209 tgaagctgaaaatatcag 13448192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 13440346 - 13440042
Alignment:
Q  1 tttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggct 100  Q
    |||||| |||| ||||||||| || || |||  |||  |||||||||| || ||||| |  |||||||| ||||| ||  ||||||| |  || ||| ||    
T  13440346 tttgatcattaagggttgggccccacaagttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaattgtagagtct 13440247  T
Q  101 gttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttg 200  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||| || |||||    |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| || | ||||| |||||||||||||| |    
T  13440246 gttagtgcgggagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattctacaacgagaaactggtaacacaatttcgaggaattggagtggaagtcg 13440147  T
Q  201 gtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtga 300  Q
    ||||||| |||||||||  || |||| |||  || ||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  13440146 gtgcaacggaatggtgtaagaatggtgttgcggagagagagaagttggtgagcagggataacatagagaaggctgtgaggagattgatggagaatggtga 13440047  T
Q  301 tgaag 305  Q
    |||||    
T  13440046 tgaag 13440042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 137 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 13454844 - 13454676
Alignment:
Q  137 catggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaa 236  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||   | |||| |||  || |    
T  13454844 catggagatcaattctacaacgagaaactaataacacaagttcgaggaattggaattgaagtcggtgcaacagaatggtgtacaagtggtgttgcggaga 13454745  T
Q  237 gagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtgatgaag 305  Q
    |||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  13454744 gagagaagttggtgagcaaagatagcatagagaaggctgtgaggagattgatgggcggtggtgatgaag 13454676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 2)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 6544 - 6860
Alignment:
Q  1 tttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||   ||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  6544 tttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctctgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggct 6643  T
Q  101 gttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttg 200  Q
    ||| |||| |||||||||||||| || |||||    |||||||||||||| ||||| |||||  |||||||| | |||||| | ||||| ||||  || |    
T  6644 gttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattttacaatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgg 6743  T
Q  201 gtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtga 300  Q
    | ||| | || ||| |||  |||||| |||  || ||||||||| ||||| | || ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  6744 gggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtga 6843  T
Q  301 tgaagatgagaaaatca 317  Q
     |||| |||||||||||    
T  6844 cgaagctgagaaaatca 6860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 10526 - 10854
Alignment:
Q  1 tttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggct 100  Q
    ||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||| |||||| | | ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||     
T  10526 tttgattattaagggttgggcccctcaggttatgattctaagccacactgttgtgggtgcgtttatgacacattgtgggtggaattccaccgtggaggcg 10625  T
Q  101 gttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttg 200  Q
    ||| |||| |||||||| ||||| || |||||    |||||||||||||| ||||| || ||  |||||||  ||||||| |||||||| | |||||| |    
T  10626 gttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccaatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacgcaagtgcgggggattgggggggaagtgg 10725  T
Q  201 gtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtga 300  Q
    |||||  ||| ||||| ||   |||| |||  || | ||||||| ||||  | || ||| | || ||||||| |||||||||||||||||||| | || |    
T  10726 gtgcagtagagtggtgcttagttggtattggggagaaagagaagttggtcgggagggatggtattgagaaggttgtgaagagattgatggacaatagtta 10825  T
Q  301 tgaagatgagaaaatcagacaacatgctc 329  Q
    || || ||||| |||||||| ||||||||    
T  10826 tgtagctgagataatcagacgacatgctc 10854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 12540831 - 12540527
Alignment:
Q  1 tttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggct 100  Q
    |||||| |||||||||||||| || ||||||  |||  |||||||||| || ||||| |  |||||||| ||||||||  | ||||| |  || ||||||    
T  12540831 tttgatcattaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacacattgtgggggaaactcaattgtagaggct 12540732  T
Q  101 gttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttg 200  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |  |||||||| || || | |||||| ||||| |||||| | || ||||| |||||||| ||||| |    
T  12540731 gttggtgcgggagttccaatgataacgtggccgtgtcatggagatcacttattcaacgagaaactaataacacaggtccgaggaattggagtagaagtag 12540632  T
Q  201 gtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtga 300  Q
    |||||||||||||||||   | ||||  ||  || ||| ||||| ||||  | || ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||  ||||| |    
T  12540631 gtgcaacagaatggtgtacaaatggtaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggtta 12540532  T
Q  301 tgaag 305  Q
    |||||    
T  12540531 tgaag 12540527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 11 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 28385470 - 28385152
Alignment:
Q  11 aggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggctgttggtgcgg 110  Q
    ||||||||||| || || ||||||||  ||||| |||| || ||||| |  ||| |||| ||||| ||  ||||||| |  || ||||||||||| ||||    
T  28385470 aggggttgggccccacaagttctgatattgagcaaccctgcggtggggggatttctgacacattgcggagggaactcaattgtagaggctgttggcgcgg 28385371  T
Q  111 gggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggtgcaacaga 210  Q
    | ||||| ||||| || |||||||  |||| ||| || |||  ||| || ||| ||||||||  ||| ||| | |||||||||||||| |||| ||| ||    
T  28385370 gagttccaatgataacgtggccttgtcatgcagatcacttcagcaatgagaaattgataacaacagtccgaagaattggagtggaagtaggtgtaacgga 28385271  T
Q  211 atggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtgatgaagatgag 310  Q
    |||||||   | ||||  ||  || ||| ||||| ||||||| || |||| ||||||||||||| ||| || |||||||||| |||| ||||||| |||     
T  28385270 atggtgtacaaatggtaatggggagagaaagaagttggtgagcagagataacatagagaaggctatgaggaaattgatggacggtggcgatgaagctgaa 28385171  T
Q  311 aaaatcagacaacatgctc 329  Q
    || || ||||||| |||||    
T  28385170 aatatgagacaacgtgctc 28385152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 9 - 303
Target Start/End: Original strand, 3417568 - 3417862
Alignment:
Q  9 ttaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggctgttggtgc 108  Q
    ||||||||||||| || ||||||| |||  |||||||||| || || || |  |||||||| ||||||||  |||||||    || ||||||||||||||    
T  3417568 ttaggggttgggccccacaggttcagatattgagccaccctgcggtagggggatttatgacacattgtggggggaactcatttgttgaggctgttggtgc 3417667  T
Q  109 gggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggtgcaaca 208  Q
     || ||||| ||||| || |||||    |||||||| ||||| | ||| || ||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  3417668 aggagttccaatgataacgtggccgggtcatggagatcaattgttcaatgagaaactaataacacaagtccgaggaattggagtggaagtaggtgcaaca 3417767  T
Q  209 gaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtgatga 303  Q
    |||||| ||     |||| |||  || ||| ||||| ||||||| || |||  ||||||||||||  ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  3417768 gaatggcgtgcacatggtattggggagagaaagaagttggtgagcagagatgacatagagaaggcaatgaggagattgatggacagtagtgatga 3417862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 57; Significance: 9e-24; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 41 - 329
Target Start/End: Original strand, 12641554 - 12641842
Alignment:
Q  41 agccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggctgttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatg 140  Q
    |||||| | ||||||||||| || ||||| ||||| || | |||||||   || ||||||||| |||| ||| |||| ||||| || |||||    || |    
T  12641554 agccacgctgctgtgggtgcattcatgacgcattgcgggtcgaactccttggtagaggctgttagtgcagggattccaatgatcacgtggccagtgcaag 12641653  T
Q  141 gagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagaga 240  Q
    ||||||| ||||| || || || |||||||| |  |||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| |||| | |   ||||| | ||| || |||    
T  12641654 gagaacagttctataatgagaagctgataactgttgtgcgaaggattggggtggaggtgggtgcaacagagtggtctgtacatggttataaaggaaaaga 12641753  T
Q  241 gaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaagagattgatggacagtggtgatgaagatgagaaaatcagacaacatgctc 329  Q
    |||  ||||||||||  |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||| | || |||||||||||| |||||    
T  12641754 gaaagtggtgagtagacatagtatagagaaagctgtgaggagattgatggacgatggtgatgaagctaaggaaatcagacaacgtgctc 12641842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 11 - 220
Target Start/End: Original strand, 12483510 - 12483719
Alignment:
Q  11 aggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggctgttggtgcgg 110  Q
    ||||| ||||| || ||||| |||||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||    ||||| || ||| |||| |    
T  12483510 agggggtgggcaccacaggtactgattttgagccaccctgcagtgggtgcatttatgactcactgtggatggaattctgttgtggaagcggttagtgcag 12483609  T
Q  111 gggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggtgcaacaga 210  Q
    || |||| ||||| || |||||    || || ||||| || ||||| || ||||| |||||  | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  12483610 ggattccaatgatcacgtggccggttcacggtgaacatttttacaatgagaaactcataactaatgtgcgagggattggtgtggaagtcggtgcaacaga 12483709  T
Q  211 atggtgtttg 220  Q
     |||||||||    
T  12483710 gtggtgtttg 12483719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 12590205 - 12590419
Alignment:
Q  1 tttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggct 100  Q
    |||||| |||||||||||||| || || ||  ||||| ||||||||   || ||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||   ||||||||     
T  12590205 tttgatcattaggggttgggccccacaagtaatgattatgagccacaatgcagtgggcgcgtttatgacacattgtggatggaattccgtcgtggaggcg 12590304  T
Q  101 gttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttg 200  Q
    ||| |||| ||  |||||||||| |||||||| |   |||| ||||| || ||||| || ||  ||||||| || ||||  || ||||||||||||||||    
T  12590305 gttagtgctggaattccgatgatcacatggccattgaatggtgaacatttttacaatgagaagttgataactgatgtgcatggaattggagtggaagttg 12590404  T
Q  201 gtgcaacagaatggt 215  Q
    |||||||||| ||||    
T  12590405 gtgcaacagattggt 12590419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University