View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4582_low_1 (Length: 1224)
Name: NF4582_low_1
Description: NF4582
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4582_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 989; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 989; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1183
Target Start/End: Original strand, 5236772 - 5237945
Alignment:
| Q |
20 |
taggtaagtatgtatctattcttttttcaaacataatatgtcatagtattgattttactatcataaccttagtcattttatcttgcatgttatgagtata |
119 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5236772 |
taggtaagtatgtatctattcttttttcaaacataatatgtcatagtattgattttactatcagaaccttagttattttatcttgcatgttatgagtata |
5236871 |
T |
|
| Q |
120 |
tatttatttgtgttggtttgtttaacagggtttatggatatatgttgtttgaagtttataaccgaaaccaaactagtgaacagtatactgtgaatttggt |
219 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
5236872 |
tatttatttgtgttggtttgtttaacagggtttctggatatatgttgtttgaagtttataaccgaaaccaaactagtgaacagtattctgtgaatttgga |
5236971 |
T |
|
| Q |
220 |
tgcacaaacttgttcatgcagaaggtggatgttatcaggcatcccttgttgccatgctattacttgttatatggataggaaattggatccaaatgactac |
319 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
5236972 |
tgcacaaacttgttcatgcagtagttggatgttatcaggcatcccttgttgccatgctattacttgttatatggataggaaattggatccagatgactac |
5237071 |
T |
|
| Q |
320 |
attccacatttttacagaaaagaggcatatgtttcttgttatgagccacttatccacccaacaaatggccaaaacctatgggaaactacaccatacccag |
419 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5237072 |
attccacatttttacagaaaagaggcatatgtttcttgttatgagccacttatccatccaacaaatggccaaaacctatgggaaactacaccatacccag |
5237171 |
T |
|
| Q |
420 |
acatactaccaccaccgatgagaaaaatgacagggagaccnnnnnnntcaagaaataaaggcacagatgagaaggctaaaggcgcaaatgagaaggccaa |
519 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5237172 |
acatattaccaccaccgatgcgaaaaatgccagggagaccaaaaaaatcaagaaataaaggcacatatgagaaggctaaaggcgcaaatgagaaggccaa |
5237271 |
T |
|
| Q |
520 |
ggatccatcattagtgactaggaaaggtaaagccaataactgcagcatttgcaaacaagttgggcacaacaaaagatcatgcaaatccaatgcaaataca |
619 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5237272 |
ggatccatcattagtgactaggaaaggtaaagccaataactgcatcatttgcaaacaagttgggcacaacaaaagatcatgcaaatccaatgcaaataca |
5237371 |
T |
|
| Q |
620 |
tctcagggagagacttcatcacaagctgctactcaaagtggacctcaatctaccccacataatgctacttctcagaatgctactcaaactgctactcaag |
719 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
5237372 |
tctcagggtgagacttcatcacaagctgctactcaaagtggaccttaatctacaccacataatgctacttctcagaatgctactcaagttgctactcaag |
5237471 |
T |
|
| Q |
720 |
ctgctacttcttggaatgttactcaaactgctaatcaacctgcatctcagtcaaacaatgttaaaaagcctgctaagtcttctagtactaacaagtccaa |
819 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5237472 |
ctgctacttcttggaatgttactcaaactgctaatcaacctgcatctcagtcaaacaatgttaaaaagcctgctaagtcttctagtactaacaagtccaa |
5237571 |
T |
|
| Q |
820 |
gtcaaatgcacgtgtatctcaaaaatttccaaccggtaagtcagctacgggtacttcatcaactcagcccactccaaatgcaacaaaaaggacttcaaca |
919 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
5237572 |
gtcaaatgcacgtgtatctcaaaaatttccaaccggtaagtctactacgggtacttcatcaactcagcccactccaaatgcaacaaaaaggacttcagca |
5237671 |
T |
|
| Q |
920 |
cttttcaaggacatgttggctaccaaaacaactgtcaggccaaagatgcaaccaaggaagccatcatcttagttttagcttatcctaggcatctttttag |
1019 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5237672 |
cttttcaaggacatgttggctaccaaaacaactgtcaggccaaagatgcaaccaaggaagccatcgtcttagttttagcttatcctaggcatctttttag |
5237771 |
T |
|
| Q |
1020 |
cttcttcnnnnnnnggtctggtcaatctatgtatgattagactatggcaaatatg----------gttttggtaggattgaattgtaatccattaatttt |
1109 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
5237772 |
cttcttttttttttggtctggtcaatctatgtatgattagactatgacaaatatgaattatggctgttttggtaggattgaattgtaagccattaatttt |
5237871 |
T |
|
| Q |
1110 |
ggatgaattaatatgtaagacatcgaatgctattttggttattttggctgtatgacatgttattaattggaaaa |
1183 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5237872 |
ggatgaattaatatgtaagacatcgaatgctattttggttattttggctgtaagacatgttattaattggaaaa |
5237945 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 845; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 845; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1183
Target Start/End: Original strand, 22967919 - 22969084
Alignment:
| Q |
20 |
taggtaagtatgtatctattcttttttcaaacataatatgtcatagtattgattttactatcataaccttagtcattttatcttgcatgttatgagtata |
119 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22967919 |
taggtaagtatgtatctattcttttttaaaacacaatatgtcatggtattgattttactatcagaaccttagtcattttatcttgcatgttatgagtata |
22968018 |
T |
|
| Q |
120 |
tatttatttgtgttggtttgtttaacagggtttatggatatatgttgtttgaagtttataaccgaaaccaaactagtgaacagtatactgtgaatttggt |
219 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
22968019 |
tatttatttgtgttggtttgtttaacagggtttctggagatatgttgtttgaagtttataaccgaaaccaaactagtgaacagtacgctgtgaatttgga |
22968118 |
T |
|
| Q |
220 |
tgcacaaacttgttcatgcagaaggtggatgttatcaggcatcccttgttgccatgctattacttgttatatggataggaaattggatccaaatgactac |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
22968119 |
tgcacaaacttgttcatgcagaagctggatgttaacaggcatccctggttgccatgctattacttgttatatggataggaaattggatccagatgactac |
22968218 |
T |
|
| Q |
320 |
attccacatttttacagaaaagaggcatatgtttcttgttatgagccacttatccacccaacaaatggccaaaacctatgggaaactacaccatacccag |
419 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22968219 |
-ttccacatttttacagaaaagaggcatatgtttcttgttatgagccacttatccagccaacaaatggccaaaacctatgggaaactacaccatacccag |
22968317 |
T |
|
| Q |
420 |
acatactaccaccaccgatgagaaaaatgacagggagaccnnnnnnntcaagaaataaaggcacagatgagaaggctaaaggcgcaaatgagaaggccaa |
519 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
22968318 |
acatattaccaccaccgatgtgaaaaatggcagggagaccaaaaaaatcaagaaataagggtacagatgagaaggctaaaggcgcacatgagaaggccag |
22968417 |
T |
|
| Q |
520 |
ggatccatcattagtgactaggaaaggtaaagccaataactgcagcatttgcaaacaagttgggcacaacaaaagatcatgcaaatccaatgcaaataca |
619 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22968418 |
ggatccatcattagtgactagga-----------aataactgcagcatttgcaaacaagttgggcacaacaaaagatcatgcaaatccaatgcaaataca |
22968506 |
T |
|
| Q |
620 |
tctcagggagagacttcatcacaagctgctactcaaagtggacctcaatctaccccacataatgctacttctcagaatgctactcaaactgctactcaag |
719 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22968507 |
tctcagggtgagacttcatcacaagctgctactcaaagtggacctcaatctacaccacataatgctacttctcagaatgctactcaaactgctactcaag |
22968606 |
T |
|
| Q |
720 |
ctgctacttcttggaatgttactcaaactgctaatcaacctgcatctcagtcaaacaatgttaaaaagcctgctaagtcttctagtactaacaagtccaa |
819 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
22968607 |
ttgctacttcttggaatgttactcaaacttctaatcaaccagcatctcagtcaaacaatgttaaaaagcatgctaagtcttctagaactaacaagtccaa |
22968706 |
T |
|
| Q |
820 |
gtcaaatgcacgtgtatctcaaaaatttccaa-ccggtaagtcagctacgggtacttcatcaactcagcccactccaaatgcaacaaaaaggacttcaac |
918 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
22968707 |
gtcaaatgcaagtgtatctcaaaaattttcaacccgataagtctgctacgggtacttcatcaactcagcccactccaaatgcaacaaaaaggacttcagc |
22968806 |
T |
|
| Q |
919 |
acttttcaaggacatgttggctaccaaaacaactgtcaggccaaagatgcaaccaaggaagccatcatcttagttttagcttatcctaggcatcttttta |
1018 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22968807 |
acttttcaaggatatgttggctaccaaaacaactgtcaggccaaagatgcaaccaaggaagccatcgtcttagttttagcgtatcctaggcatcttttta |
22968906 |
T |
|
| Q |
1019 |
gc---ttcttcnnnnnnnggtctggtcaatctatgtatgattagactatggcaaatatg----------gttttggtaggattgaattgtaatccattaa |
1105 |
Q |
| |
|
|| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
22968907 |
gcttttttttttttttttggtttggtcaatctatgtatgattagactatggcaaatatgaattatggctgttttggaaggattgaattgtaagccaataa |
22969006 |
T |
|
| Q |
1106 |
ttttggatgaattaatatgtaagacatcgaatgctattttggttattttggctgtatgacatgttattaattggaaaa |
1183 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22969007 |
ttttggatgaattaatatgtaagacatggaatgttattatggttattttggatgtaagacatgttattaattggaaaa |
22969084 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 761
Target Start/End: Original strand, 3380314 - 3381056
Alignment:
| Q |
20 |
taggtaagtatgtatctattcttttttcaaacataatatgtcatagtattgattttactatcataaccttagtcattttatcttgcatgttatgagtata |
119 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
3380314 |
taggtaagtatgtatctattcttttttcaaacataatatgtcatagtattgattttactatcagaaccttagtcattttatcttgcatgttttgagtata |
3380413 |
T |
|
| Q |
120 |
tatttatttgtgttggtttgtttaacagggtttatggatatatgttgtttgaagtttataaccgaaaccaaactagtgaacagtatactgtgaatttggt |
219 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
3380414 |
tatttatttgtgttggtttgtttaacagggtttccggatatatgttgtttgaagtttataaccgaaaccaaactagtgaacaatatactgtgaatttgga |
3380513 |
T |
|
| Q |
220 |
tgcacaaacttgttcatgcagaaggtggatgttatcaggcatcccttgttgccatgctattacttgttatatggataggaaattggatccaaatgactac |
319 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |
|
|
| T |
3380514 |
tgcacaaacttgttcatgcaggaggtggatgtcatcaggcatcccttgttgccatgctattacttgttatatggataggaaattggatccagataacaac |
3380613 |
T |
|
| Q |
320 |
attccacatttttacagaaaagaggcatatgtttcttgttatgagccacttatccacccaacaaatggccaaaacctatgggaaactacaccatacccag |
419 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
3380614 |
attccacatttttacagaaaagaggcatgtgtttcttgttatgagccacttatccacccaacaaatggccaaaacctatgggaaactacaccatactcag |
3380713 |
T |
|
| Q |
420 |
acatactaccaccaccgatgagaaaaatgacagggagacc-nnnnnnntcaagaaataaaggcacagatgagaaggctaaaggcgcaaatgagaaggcca |
518 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3380714 |
acatattaccaccaccgatgagaaaaatgccagggagaccaaaaaaaatcaagaaataaaggcacagatgagaaggctaaaggcgcaaatgagaaggcca |
3380813 |
T |
|
| Q |
519 |
aggatccatcattagtgactaggaaaggtaaagccaataactgcagcatttgcaaacaagttgggcacaacaaaagatcatgcaaatccaatgcaaatac |
618 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3380814 |
aggatccatcattagtgactaggaaaggtaaagccaataactgcagcatttgcaaacaagtttggcacaacaaaagatcatgcaaatccaatgcaaatac |
3380913 |
T |
|
| Q |
619 |
atctcagggagagacttcatcacaagctgctactcaaagtggacctcaatctaccccacataatgctacttctcagaatgctactcaaactgctactcaa |
718 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
3380914 |
atctcagggtgagacttcatcacaagctgctactcaaagtggacctcaatctacaccacataatgctacttctcagaatgctactcaagttgctactcaa |
3381013 |
T |
|
| Q |
719 |
gctgctacttcttggaatgttactcaaactgctaatcaacctg |
761 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3381014 |
gctgctacttcttggaatgttactcaaactgctaatcaacctg |
3381056 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 731 - 1183
Target Start/End: Original strand, 3381055 - 3381520
Alignment:
| Q |
731 |
tggaatgttactcaaactgctaatcaacctgcatctcagtcaaacaatgttaaaaagcctgctaagtcttctagtactaacaagtccaagtcaaatgcac |
830 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3381055 |
tggaatgttactcaaactgctaatcaacctgcatctcagtcaaacaatgttaaaaaacctgctaagtcttctagtactaacaagtccaagtcaaatgcat |
3381154 |
T |
|
| Q |
831 |
gtgtatctcaaaaatttccaaccggtaagtcagctacgggtacttcatcaactcagcccactccaaatgcaacaaaaaggacttcaacacttttcaagga |
930 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
3381155 |
gtgtatctcaaaaatttccaaccggtaagtctgctacgggtacttcatcaactcagcccactccaaatgcaacaaaaaggacttcagcacttttcaagga |
3381254 |
T |
|
| Q |
931 |
catgttggctaccaaaacaactgtcaggccaaagatgcaaccaaggaagccatcatcttagttttagcttatcctaggcatctttttagc----ttcttc |
1026 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || || |
|
|
| T |
3381255 |
catgttggctaccaaaacaactgttaggccaaagatgcaaccaaggaagccatcgtcttagttttagcttatcctaggcat-ttttaagctttttttttt |
3381353 |
T |
|
| Q |
1027 |
nnnnnnnggtctggtcaatctatgtatgattagactatggcaaatatg----------gttttggtaggattgaattgtaatccattaattttggatgaa |
1116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3381354 |
tttttttggtctggtcaatctatgtatgattagactatggcaaatatgaattatggctgttttggtaggattgaattgtaagccattaattttggatgaa |
3381453 |
T |
|
| Q |
1117 |
ttaatatgtaagacatcgaatgctattttggttattttggctgtatgacatgttattaattggaaaa |
1183 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3381454 |
ttaatatgtaagacatcgaatgctattttggttattttggctgtaagacatgttattaattggaaaa |
3381520 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University