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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4582_low_2 (Length: 751)
Name: NF4582_low_2
Description: NF4582
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4582_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 689; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 689; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 15234738 - 15234015
Alignment:
| Q |
10 |
acatcatcaccaatcaaaacaccaaattaaccctcatattttacattgaaactccttttcaaacactcttcacatcctcaattgaaatggcttccacaac |
109 |
Q |
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| T |
15234738 |
acatcatcaccaatcaaaacaccaaattaaccctcatattttacattgaaactccttt-caaacactcttcacatcctcaattgaaatggcttccacaac |
15234640 |
T |
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| Q |
110 |
acccacgacaccaaaaaccatcactaaagaaatagttaccgaaatgggaaatatccttcgtatctttagcgacggttcaatagaaagaccaaaacaatcc |
209 |
Q |
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| T |
15234639 |
acccacgacaccaaaaaccatcactaaagaaatagttaccgaaatgggaaatatccttcgtatctttagcgacggttcaatagaaagaccaaaacaatcc |
15234540 |
T |
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| Q |
210 |
ccatttgctcctccatctctcaacgaccctaacactggaatttcatccaaagatatacaaatcccacacaaccccacaatttcatctcgtatttaccttc |
309 |
Q |
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| T |
15234539 |
ccatttgctcctccatctctcaacgaccctaacactggaatttcatccaaagatatacaaatcccacacaaccccacaatttcatctcgtatttaccttc |
15234440 |
T |
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| Q |
310 |
caaaaatcacaaacccactttccaaatttccaatcttggtttattttcatggccgcgttttcatgttcgaatcaacattctcgaagaagtaccatgacca |
409 |
Q |
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| T |
15234439 |
caaaaatcacaaacccactttccaaatttccaatcttggtttattttcatggcggcgttttcatgttcgaatcaacattctcgaagaagtaccatgaaca |
15234340 |
T |
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| Q |
410 |
tttgaaaacctttgcatcacaagcaaatgtgataattgtttccattgaatatagtcttgctcctgagtatcctctccctacatgttaccatgattgttgg |
509 |
Q |
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| T |
15234339 |
tttgaaaacctttgcatcacaagcaaatgtgataattgtttccattgaatatagtcttgctcctgagtatcctctccctacatgttaccatgattgttgg |
15234240 |
T |
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| Q |
510 |
gctgcactcaaatggatatcttctcattccaataatgacatcaacaatccagaaccatggttgattgaacatggtaattttaataaactcttcatttgtg |
609 |
Q |
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| T |
15234239 |
gctgcactcaaatggatatcttctcattccaataataacatcaacaatccagaaccatggttgatcgaacatggtaattttaataaacttttcattggtg |
15234140 |
T |
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| Q |
610 |
gtgatagtgctggtgctaatattgctcataacattgcaattcaagctggacttgaaaatttaccttgtgatgttaaaatattaggagctcttataattca |
709 |
Q |
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| T |
15234139 |
gtgatagtgctggtgctaatattgctcataacattgcaattcaagctggacttgaaaatttaccttgtgatgttaaaatattaggagctattataattca |
15234040 |
T |
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| Q |
710 |
tccttatttttacagtgctaaccct |
734 |
Q |
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| T |
15234039 |
tccttatttttacagtgctaaccct |
15234015 |
T |
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Target: chr3 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 73 - 734
Target Start/End: Original strand, 17472847 - 17473517
Alignment:
| Q |
73 |
cactcttcacatcctcaattgaaatggcttccacaacacccacgacaccaaaaaccatcactaaagaaatagttaccgaaatgggaaatatccttcgtat |
172 |
Q |
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| T |
17472847 |
cactcttttcatcctcagttgaaatggcttccaaaacacaaaccacaccagaaaccgtcgctaaagaaatagttaccgaatttggaacattcattcgtat |
17472946 |
T |
|
| Q |
173 |
ctttagcgacggttcaatagaaagaccaaaacaatccccatttgctcctccatctctcaacgaccctaacactggaatttcatccaaagatatacaaatc |
272 |
Q |
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| T |
17472947 |
ctttagcgacggttcagtggaaagaccatcacaatcaccattggttcctccatctctcaatgacccaaacactggactttcatccaaagacattgaaatc |
17473046 |
T |
|
| Q |
273 |
ccacacaaccccacaatttcatctcgtatttaccttccaaaaatcacaaacccactttccaaatttccaatcttggtttattttcatggccgcgttttca |
372 |
Q |
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| T |
17473047 |
ccacacaaccccacaatttcatctcgcatataccttctaaaaatcacaaacccaccttcaaaatttccaatcctggtttattttcatggcggcgctttca |
17473146 |
T |
|
| Q |
373 |
tgttcgaatcaacattctcgaagaagtaccatgaccatttgaaaacctttgcatcacaagcaaatgtgataattgtttccattgaatatagtcttgctcc |
472 |
Q |
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| T |
17473147 |
tcttcgaatccgcattctcaaagttgtaccatgaccatttgaaaatctttgcatcacaagcaaatgtgattgttgtttcaattgaatatagacttgctcc |
17473246 |
T |
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| Q |
473 |
tgagtatcctctccctacatgttaccatgattgttgggctgcactcaaatggatatcttctcattccaat------aatga---catcaacaatccagaa |
563 |
Q |
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| T |
17473247 |
tgagtatcctctccctacatgttaccatgattgttgggctgcactcaaatgggtatcttctcattccaatcataccaatgataccatcaacaatgcagaa |
17473346 |
T |
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| Q |
564 |
ccatggttgattgaacatggtaattttaataaactcttcatttgtggtgatagtgctggtgctaatattgctcataacattgcaattcaagctggacttg |
663 |
Q |
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| T |
17473347 |
ccatggttgattgaacatggtgattttgataaggttttcattggtggtgatagtgctggtgctaatattgcacataacattgcaattcaagctggaattg |
17473446 |
T |
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| Q |
664 |
aaaatttaccttgtgatgttaaaatattaggagctcttataattcatccttatttttacagtgctaaccct |
734 |
Q |
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| T |
17473447 |
aaaaattaccttatgatgttaaaatattaggagctattttaattcatccttattttcacagttctaaccct |
17473517 |
T |
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