View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4585-Insertion-4 (Length: 450)

Name: NF4585-Insertion-4
Description: NF4585
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4585-Insertion-4
NF4585-Insertion-4
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (8-450)||(17282405-17282848)
chr2 (119-443)||(1552060-1552382)
chr2 (134-444)||(3920936-3921244)
chr2 (118-446)||(1894737-1895057)
chr2 (126-375)||(17374635-17374884)
chr2 (126-373)||(4868949-4869198)
chr2 (126-375)||(11163592-11163836)
chr2 (118-315)||(34659578-34659784)
chr2 (121-187)||(30799263-30799329)
chr2 (61-104)||(31415490-31415533)
chr2 (129-181)||(34661783-34661835)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (118-447)||(21600508-21600839)
chr5 (134-450)||(6989168-6989482)
chr5 (121-340)||(38959176-38959391)
chr5 (272-450)||(1157686-1157864)
chr5 (118-447)||(18696317-18696651)
chr5 (190-388)||(41356041-41356238)
chr5 (119-373)||(7269967-7270224)
chr5 (126-373)||(6030877-6031126)
chr5 (118-375)||(27170663-27170923)
chr5 (119-375)||(1377540-1377798)
chr5 (119-373)||(26656040-26656299)
chr5 (119-373)||(26927627-26927886)
chr5 (270-375)||(7767580-7767685)
chr5 (119-226)||(1157879-1157987)
chr5 (334-447)||(38958610-38958723)
chr5 (118-193)||(41356932-41357007)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (118-450)||(25790950-25791280)
chr1 (118-373)||(615052-615310)
chr1 (148-448)||(39709467-39709783)
chr1 (325-450)||(34117577-34117702)
chr1 (126-357)||(11408355-11408588)
chr1 (126-309)||(27340197-27340382)
chr1 (118-340)||(34653202-34653427)
chr1 (118-251)||(34117411-34117544)
chr1 (134-348)||(6504324-6504540)
chr1 (331-375)||(34654463-34654507)
chr1 (377-450)||(34654521-34654594)
chr1 (126-170)||(15123855-15123899)
chr1 (126-170)||(15148043-15148087)
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (126-450)||(53201586-53201910)
chr4 (126-450)||(47518917-47519237)
chr4 (119-422)||(31360557-31360858)
chr4 (235-450)||(34227459-34227674)
chr4 (118-375)||(14566532-14566798)
chr4 (154-375)||(23054824-23055046)
chr4 (126-210)||(34227681-34227765)
chr4 (127-210)||(24958272-24958355)
chr4 (225-357)||(6409420-6409554)
chr4 (127-210)||(50626521-50626603)
chr4 (126-170)||(52721866-52721910)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (126-450)||(11698809-11699131)
chr7 (120-373)||(3301738-3301996)
chr7 (126-375)||(29549916-29550166)
chr7 (120-375)||(1777892-1778150)
chr7 (179-339)||(39020786-39020947)
chr7 (122-190)||(3959112-3959180)
chr7 (342-375)||(39020737-39020770)
chr7 (126-170)||(47718833-47718877)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (145-395)||(20739948-20740196)
chr6 (119-299)||(1869249-1869427)
chr6 (148-375)||(34213937-34214166)
chr6 (262-375)||(3524107-3524222)
chr6 (126-450)||(21880758-21881074)
chr6 (122-209)||(34503405-34503491)
chr6 (126-180)||(32018598-32018652)
chr6 (126-170)||(13032350-13032394)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (118-375)||(43275262-43275520)
chr3 (126-372)||(18270266-18270512)
chr3 (119-371)||(893496-893762)
chr3 (119-358)||(3364057-3364298)
chr3 (329-373)||(3576867-3576911)
chr3 (126-170)||(20585550-20585594)
chr3 (127-214)||(27741827-27741914)
chr3 (126-189)||(50735378-50735441)
chr3 (126-189)||(50777414-50777477)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (119-375)||(20860611-20860866)
chr8 (119-375)||(10408138-10408395)
chr8 (120-329)||(5993937-5994148)
chr8 (126-357)||(6443330-6443560)
chr8 (346-375)||(5994151-5994180)
[»] scaffold0005 (1 HSPs)
scaffold0005 (118-375)||(250577-250843)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (149-336)||(53805-53993)
[»] scaffold0341 (1 HSPs)
scaffold0341 (134-348)||(6007-6223)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 8 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 17282848 - 17282405
Alignment:
Q  8 aactaatcattgattgcagttcaaatgtgacatgttagtcgtctcacacgtacatgtttgattctactttgataataattgagtttaagtgaattgannn 107  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  17282848 aactaatcattgattggagtttaaatgtgatatgttagtcgtctcacacgtacatgtttggttctactttgataataattgagtttaagtgaattgattt 17282749  T
Q  108 nnnnnnnnnn---gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaaca 204  Q
                 |||||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17282748 tttttttttttttgaaaaaagtaaaatggaatttattaagataacaattaatcttaaccagcacaaagagtgctaggctaggagtcttacggtagcaaca 17282649  T
Q  205 aacaaaagatgatgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggct 304  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17282648 aacaaaggatgatgggaagccc-ccaatgtaaaactcatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgcctcctaacaaagggct 17282550  T
Q  305 atctctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaa 404  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  17282549 atctccgaaatcaataaatagaaacaccaaaataaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaaatcctcaagcatcgtcacaactgccacaa 17282450  T
Q  405 aaacaactatctaccaccacaatctgctgctcgcacacaacccctg 450  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17282449 aaacaact-tctaccaccacaatctgctgctcacacacaacccctg 17282405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 119 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 1552382 - 1552060
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgatg 218  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  1552382 aaaaagttaaaatagaatttattaagatagcaatgaatcttaacgagcacaaggagtgctaggctaagagtcttacagtagcaacaaacaaaggatggtg 1552283  T
Q  219 ggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaa 318  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  1552282 ggaagctc-ccaatg-aaaacccatacacccatgaaaataaagaaaaattcaaaaatctataagaaacgcctcctaacaaagggctatctccgaaatcaa 1552185  T
Q  319 taaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctac 418  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  1552184 taaatagaaacaccaaaacatagctaacaccacgatcaacaaaacaacataaacaaaatcctcaagcatcgtcacaactgccacaaaaacaact-tctac 1552086  T
Q  419 cac-cacaatctgctgctcgcacaca 443  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||    
T  1552085 cacacacattctgctgctcgcacaca 1552060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 134 - 444
Target Start/End: Original strand, 3920936 - 3921244
Alignment:
Q  134 aatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgatgggaagccctccaatg 233  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||    
T  3920936 aatttattaagatagcaatgagtcataaccagcacaaggagtgctaagttaggagtcttacagtagcaacaaacaaatgatgatggaaaaccc-ccaatg 3921034  T
Q  234 gaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacacca 333  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  3921035 -aaaacccatacacctgtgaaaataaagaaaaattcaaaaatctataataaacgcctcctaacaaagggctatctccgaaatcaataaatagaaacatca 3921133  T
Q  334 aaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctacca-ccacaatctgct 432  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| || |||    
T  3921134 aaacatagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaaatcctcaagcatcgtcacaactgccacaaaaacaact-tctaccacccacattccgct 3921232  T
Q  433 gctcgcacacaa 444  Q
    ||||||||||||    
T  3921233 gctcgcacacaa 3921244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 118 - 446
Target Start/End: Original strand, 1894737 - 1895057
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgat 217  Q
    ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  1894737 gaaaaagctaaaatagaatttattaagatagcaatgaattttaaccagcacaaggagtgttaggctaggagtcttacggtagcaacaaacaaaggatgat 1894836  T
Q  218 gggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaatta 317  Q
    |||||         |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||| |    
T  1894837 gggaa---------tggagaatccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacttatagaaaacgtctcctaacaaagagctatcttcgaaatca 1894927  T
Q  318 ataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacat-aaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatct 416  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  1894928 ataaatagaaacatcaaaacaaagctaacaccacgttcaacgaaacaacataaaaaaaaatcctcaagcatcgtcacaactgccacaaaaacaact-tct 1895026  T
Q  417 acca-ccacaatctgctgctcgcacacaacc 446  Q
    |||| ||||| || | ||||| |||||||||    
T  1895027 accacccacattccgttgctcacacacaacc 1895057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 126 - 375
Target Start/End: Original strand, 17374635 - 17374884
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagc 224  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||||| || ||||| | ||||| ||| |||||| |||    
T  17374635 taaaatgaaatttattaaaatcacaatgaatcttaaccagcacaaggagtgttaagctaggagtcttaaag-agcaatatacaaaggatagatggggagc 17374733  T
Q  225 cctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaa-acctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaat 323  Q
    || | |||| ||||| ||||||||||||||   ||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||    
T  17374734 cc-ctaatgaaaaactcatacacccgtgaatcaaagaaaaaatccaaaaaacctataggaaacgcctcctaagagagggctatctccgaaatcaataaat 17374832  T
Q  324 agaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17374833 agaaaaatcaaaacaaagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 17374884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 126 - 373
Target Start/End: Original strand, 4868949 - 4869198
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagc 224  Q
    |||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| || ||| |||    
T  4868949 taaaatgaaatttattaaaatcgaaatgaatcttaatcagcacaaggagtgctaggctaggagtcttaaagtagcaacatacaaaggatagacggggagc 4869048  T
Q  225 cctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatcc---aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataa 321  Q
    || ||||| ||||| || |||||| |||||   |||||||||| |   |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||| |    
T  4869049 cc-ccaattgaaaatccttacacctgtgaatc-aaagaaaaattccaaaaaaacctataggaaacgcctcctagcaaagggccatctctgaaatcaatta 4869146  T
Q  322 atagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaaca 373  Q
    |||||||||||||||| || ||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  4869147 atagaaacaccaaaaccaagctaacagggcgatcaacgaaacaacataaaca 4869198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 126 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 11163836 - 11163592
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagc 224  Q
    ||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||| |||   ||||||||| ||||||||||| ||||| |||| | ||| ||| |||| ||||     
T  11163836 taaaatggaatttattaacatcgcgatgaatcttaaccagtacagggagtgctaggttaggagtcttaaagtagtaacatataaaggatagatgagaaga 11163737  T
Q  225 cctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaata 324  Q
      ||||||| ||||| |||||||||||||| | ||| |||||   |||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||    
T  11163736 --tccaatgaaaaactcatacacccgtgaataaaaaaaaaaaaa-aaaaacttatagaaaacacctcctaacaaagggctatatccaaaatcaataaata 11163640  T
Q  325 gaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||    
T  11163639 gaaataccaaaacaaagctaacacc---atcaacgacacaacataaacaaa 11163592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 118 - 315
Target Start/End: Original strand, 34659578 - 34659784
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaag---tgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat 214  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |  ||   ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  34659578 gaaaaagctaaaatgaaatttattaaaatcgcaatgaatcttaaccagcacgaggagtgctgctaggttaggagtcttaaagtagcaacatacaaaggat 34659677  T
Q  215 -gatgggaagccctccaatggaaaacc----catacacccgtgaaaataa-agaaaaatcc-aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatc 307  Q
     |||| | ||| | ||||| |||||||    ||||||||||||||   || | |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |    
T  34659678 agatgaggagctc-ccaatagaaaacccatacatacacccgtgaatcgaagaaaaaaatccaaaaaacatataggaaacgcctcctaacaaaggactaac 34659776  T
Q  308 tctgaaat 315  Q
    ||||||||    
T  34659777 tctgaaat 34659784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 121 - 187
Target Start/End: Original strand, 30799263 - 30799329
Alignment:
Q  121 aaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctagga 187  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  30799263 aaagttaaaatgaaatttattaaaatcgcaatgaatcttaaccagcacaagaagtgttaggctagga 30799329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 31415533 - 31415490
Alignment:
Q  61 atgtttgattctactttgataataattgagtttaagtgaattga 104  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  31415533 atgtttggttctactttgacaataattgattttaagtgaattga 31415490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 129 - 181
Target Start/End: Original strand, 34661783 - 34661835
Alignment:
Q  129 aatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctagg 181  Q
    ||||||||||||||| ||  |||||| |||| |||||||||||| ||||||||    
T  34661783 aatgaaatttattaaaatcacaatgagtcttgaccagcacaaaaggtgctagg 34661835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 118 - 447
Target Start/End: Original strand, 21600508 - 21600839
Alignment:
Q  118 gaaaaagg-taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggag--tcttacagtagcaacaaacaaaagat 214  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||| |||  |||||| ||||||||||||||| |||    
T  21600508 gaaaaaggctaaaatggaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagtacaaggagtgttaggctatgagagtcttaccgtagcaacaaacaaatgat 21600607  T
Q  215 gatgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaa 314  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||    
T  21600608 gatgggaagccc-ccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaaggactatatctggaa 21600706  T
Q  315 ttaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactat 414  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  21600707 tcaataaatagaaacaccaaaacaaagctaacatcacgaacaacgaaacaacataaacaaaatcctcaaacatcgtcacaactgccacaaaaacaact-t 21600805  T
Q  415 ctacca-ccacaatctgctgctcgcacacaaccc 447  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  21600806 ctaccacccacattccgctgctcgcacacaaccc 21600839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 134 - 450
Target Start/End: Original strand, 6989168 - 6989482
Alignment:
Q  134 aatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgatgggaagccctccaatg 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  6989168 aatttattaagatagcaatgaatcttaaccaacataaggagtgctaggttagaggtcttacagtagcaacaaacaaaggatgatgggaagtcc-ccaatg 6989266  T
Q  234 gaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacacca 333  Q
     ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |    
T  6989267 aaaaactcatacacctgtgaaaataaagaaaa-tccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctccgaaatcaataaatagaaacacaa 6989365  T
Q  334 aaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctacca-ccacaatctgct 432  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| || |||    
T  6989366 aaacaaagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaaatcctcaagcatcgtcacaactgccacaaaaacaact-tctaccacccacattccgct 6989464  T
Q  433 gctcgcacacaacccctg 450  Q
    ||||||||||||||||||    
T  6989465 gctcgcacacaacccctg 6989482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 121 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 38959391 - 38959176
Alignment:
Q  121 aaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgatggg 220  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||      
T  38959391 aaagctaaaatggaatttattaagatagcaatgaatcttaactagcacaaggagtgctaggctaagagtcttacagtagcaacaaacaaagtatgatgaa 38959292  T
Q  221 aagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaata 320  Q
    || ||  ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| ||||    
T  38959291 aaacc--ccattggaaaacccatgcacccgtg-aaataaagaaaaatcgaaaaacctataggaaacgcctcctaacaaagggctatctccg-aatcaata 38959196  T
Q  321 aatagaaacaccaaaacaaa 340  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  38959195 aatagaaacaccaaaacaaa 38959176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 272 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 1157864 - 1157686
Alignment:
Q  272 aaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaa 371  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1157864 aaacctataagaaacgcctcctaacaaatggctatctccgaaatcaataaatagaaacaccaaaacaaagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaa 1157765  T
Q  372 caaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctacca-ccacaatctgctgctcgcacacaacccctg 450  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  1157764 caaaatcctcaagcatcgtcacaactgccacaaaaacaact-tctaccacccacattccgctgctcgcacataacccctg 1157686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 118 - 447
Target Start/End: Original strand, 18696317 - 18696651
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-ga 216  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||  || | |||||||||||| ||||| ||||||||  |||| ||| ||    
T  18696317 gaaaaagctaaaatgaaatttattaaaatggcaatgaatcttaaccggcacaacgagagttaggctaggagttttacaatagcaacatgcaaacgataga 18696416  T
Q  217 tgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaa--aataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaa---gggctatctctg 311  Q
    |||||| || || |||||||||| |||| | || | ||  ||  || |||||| |||||| ||||| |||||| ||||||| |||   |||||||||| |    
T  18696417 tgggaaacc-tctaatggaaaactcatataaccataaatcaaagaaaaaaaattcaaaaaactataagaaacgcctcctaataaatgagggctatctccg 18696515  T
Q  312 aaattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaac 411  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  18696516 aaatcaataaatagaaacaccaaaacaaagctaacaccatgatcaaagaaacaacataaacaaaatcctcaagcatcgtcgcaactgccacaataacaac 18696615  T
Q  412 tatctacca-ccacaatctgctgctcgcacacaaccc 447  Q
    | || |||| ||||| ||  |||||||||||||||||    
T  18696616 tttc-accacccacattccactgctcgcacacaaccc 18696651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 190 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 41356238 - 41356041
Alignment:
Q  190 cttacagtagcaacaaacaaaagatgatgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtc 289  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  | || ||| |||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |    
T  41356238 cttacagtagcaacaaacaaaggatgagagaaaaccc-ccaatggaaaacacataaacccatgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggtaacacc 41356140  T
Q  290 tcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatc 388  Q
    |||||||||||| |||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  41356139 tcctaacaaaggactatctccaaaatcaataaatagaaacactaaaacaaagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaaatccccaagcatc 41356041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 119 - 373
Target Start/End: Original strand, 7269967 - 7270224
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gat 217  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||    
T  7269967 aaaaagctaaaataaaatttattaaaatcgcaatgaatcttaaccagcacaaggaatgctaggctaggagtcttaaagtagcaacatacaaaggatagat 7270066  T
Q  218 gggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataa-agaaaaatccaaaa--acctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaa 314  Q
     || || || |||||||||||  ||||||||||||||   || | ||||||||||||  ||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||    
T  7270067 agggagtcc-ccaatggaaaattcatacacccgtgaatcgaagaaaaaaatccaaaaaaacctataggaaacgcaacctaacaaagggctaactctgaaa 7270165  T
Q  315 ttaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaaca 373  Q
    | ||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7270166 tcaattaatagaaacaccaaaaccaagctaacagcacgatcaacgaaacaacataaaca 7270224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 126 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 6031126 - 6030877
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttaca-gtagcaacaaacaaaagat-gatgggaag 223  Q
    |||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||| | |||| |||| ||||| ||| || ||| ||    
T  6031126 taaaatgaaatttattaaaatcgaaatgaatcttaaccagcacaaagagtgttaggctataagtcttaaaagtagtaacatacaaaggatagacggggag 6031027  T
Q  224 ccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacct-ataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaa 322  Q
    | | |||||||||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||| ||    
T  6031026 ctc-ccaatggaaaacccatacacccgtgaatcaaataaaaaatccaaaaaacttataggaaacgcctcctagcaaagggccatctctgaaatcaattaa 6030928  T
Q  323 tagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaaca 373  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6030927 tagaaacaccaaaaccaatctaacagcacgatcaacgaaacaacataaaca 6030877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 118 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 27170923 - 27170663
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-ga 216  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| ||    
T  27170923 gaaaaagttaaaatgaa-tttattaaaatcgcaatgaatcttaaccagcacaaggagtgataggctaggagtcttaaa-tagcaacatacaaaggataga 27170826  T
Q  217 tgggaagccctccaatggaaaacccataca----cccgtgaaaataaagaaaaatcc-aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctg 311  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||    |||  |||   ||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |    
T  27170825 tggggagccctc-aatggaaaacccatacatacacccaagaatcaaagaaaaaatccgaaaaacctataggaaacgcctcctaacaaatggctatctccg 27170727  T
Q  312 aaattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27170726 aaaccaataaatagaaacaccaaaacaaagctaacaccacgatcaatgaaacaacataaacaaa 27170663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 119 - 375
Target Start/End: Original strand, 1377540 - 1377798
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gat 217  Q
    |||||| |||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||  | || |||| ||||||||||| |||| ||||| ||||| ||| |||    
T  1377540 aaaaagttaaaatgaaatttattcaaatcgcaattaatcttaaccagcacaaggaatgttaggttaggagtcttaaagtaacaacatacaaatgatagat 1377639  T
Q  218 gggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaa-aataaagaaaaatccaaaaacctatagg--aaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaa 314  Q
    ||| || |||  ||||||| |||||||||||| ||||  | | | ||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||  |||||| ||||    
T  1377640 ggggagtcct--aatggaagacccatacacccatgaatcaaagaaaaaaatccaaaaaactataggaaaaacgcctcctaacaaaggattatctccgaaa 1377737  T
Q  315 ttaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1377738 ttaataaatagaaacaccaaaacaaaactaacaccacgatcaacgaaacaacataatcaaa 1377798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 119 - 373
Target Start/End: Original strand, 26656040 - 26656299
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gat 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||| ||| |||    
T  26656040 aaaaaggtaaaatggaatttattaaaatcgcaatgaatcttaaccagcacaagcaatgctaggctaggagtcttaaagtatcaatatacaaaggatagat 26656139  T
Q  218 gggaagccctccaat---ggaaaacccatacacccgtgaaaataa-agaaaaatcca-aaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctga 312  Q
    ||| ||||| | |||   ||||||| ||||||||||||||   || | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||    
T  26656140 ggggagccc-ctaatattggaaaactcatacacccgtgaatcgaagaaaaaaatccataaaacctataggaaacgcctcctaacaaaggactaactccga 26656238  T
Q  313 aattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaaca 373  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26656239 aatcaattaatagaaacaccaaaaccaaactaacaacacgatcaacgaaacaacataaaca 26656299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 119 - 373
Target Start/End: Original strand, 26927627 - 26927886
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gat 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||| ||| |||    
T  26927627 aaaaaggtaaaatggaatttattaaaatcgcaatgaatcttaaccagcacaagcaatgctaggctaggagtcttaaagtatcaatatacaaaggatagat 26927726  T
Q  218 gggaagccctccaat---ggaaaacccatacacccgtgaaaataa-agaaaaatcca-aaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctga 312  Q
    ||| ||||| | |||   ||||||| ||||||||||||||   || | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||    
T  26927727 ggggagccc-ctaatattggaaaactcatacacccgtgaatcgaagaaaaaaatccataaaacctataggaaacgcctcctaacaaaggactaactccga 26927825  T
Q  313 aattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaaca 373  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26927826 aatcaattaatagaaacaccaaaaccaaactaacaacacgatcaacgaaacaacataaaca 26927886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 270 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 7767685 - 7767580
Alignment:
Q  270 aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacata 369  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  7767685 aaaaacctataggaaacgcctcctaacaaagggttatctccaaaatcaataaatataaacaccaaaacaaagctaacaccacgatcaacggaacaacata 7767586  T
Q  370 aacaaa 375  Q
    ||||||    
T  7767585 aacaaa 7767580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 119 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 1157987 - 1157879
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtg-ctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgat 217  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1157987 aaaaagttaaaatggaatttattaagatagcaataaatcttaaccagcacaagcagtgtctaggctaggagtcttacagtagcaacaaataaaggatgat 1157888  T
Q  218 gggaagccc 226  Q
    |||||||||    
T  1157887 gggaagccc 1157879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 334 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 38958723 - 38958610
Alignment:
Q  334 aaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctacca-ccacaatctgct 432  Q
    ||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||| ||||| ||  ||    
T  38958723 aaacaaagctaacaacatgatcaacgaaacaacataaacaaaatcctcaagcatcgtcactactgacacaaaaacaact-tctaccacccacattccact 38958625  T
Q  433 gctcgcacacaaccc 447  Q
    || ||||||||||||    
T  38958624 gcccgcacacaaccc 38958610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 118 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 41357007 - 41356932
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtctta 193  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  41357007 gaaaaagctaaaatgaaatttattaagataacaatgaatcttaatcagcacgaggagtgctaggctaggagtctta 41356932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 118 - 450
Target Start/End: Original strand, 25790950 - 25791280
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgat 217  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||    
T  25790950 gaaaaagctaaaatgaaatttattaagataacaataattcttaaccagcacaaggagtgccaggttaggagtctta-agttgcaacaaacaaatgatgat 25791048  T
Q  218 gggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaatta 317  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  25791049 ggaaaaccctc-aatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggatatgtctcctaacatagggctatctccgaaatca 25791147  T
Q  318 ataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatcta 417  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||    
T  25791148 ataaatagaaacatcaaaacaaagctaacaccacgatcaatgaaacaacataaacaaaatcctcaagcatcgtcacaactgtcacaaaaacaact-tcta 25791246  T
Q  418 cca-ccacaatctgctgctcgcacacaacccctg 450  Q
    ||| ||||| || |||||| ||||||||||||||    
T  25791247 ccacccacattccgctgcttgcacacaacccctg 25791280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 118 - 373
Target Start/End: Original strand, 615052 - 615310
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-ga 216  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| || | ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||    
T  615052 gaaaaagttaaaatggaatttattaaaatcgaaatgaatcttaactagcacaagaagtgctatgctaggagtcttaaagtagcaacatacaaaggataga 615151  T
Q  217 tgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatcc---aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaa 313  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||   ||  ||||||||   ||||| |||||||||| | |||||| ||||||| ||| ||||||    
T  615152 tggggagccc-ccaatggaaaatccatacacccgtgaatcaaagaaaaaatccaaaaaaaaactataggaaatgcctcctagcaaagggttatatctgaa 615250  T
Q  314 attaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaaca 373  Q
    || ||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  615251 atcaattaatagaaacaccaaaaccaagctaacagcacgatcaacaaaacaacataaaca 615310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 148 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 39709783 - 39709467
Alignment:
Q  148 gcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgg-gaagccctccaatggaaaacccatac 245  Q
    |||||||||||||||   | |||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| | ||||| | |||||||||| ||||     
T  39709783 gcaatgaatcttaactgacgcaaggagtgctaggcttggagtcttaaagtagcaacatacaaaagatagatggaggagccc-caaatggaaaactcatat 39709685  T
Q  246 acccgtgaa--aataaagaaaaatccaaaaa-cctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaaatc 342  Q
    |||||||||  ||  || ||||||||||||| |||| | ||||||  ||||||||||||| | || ||||||  |||||||||||||||||||||||| |    
T  39709684 acccgtgaatcaaagaaaaaaaatccaaaaaacctaaaagaaacgcttcctaacaaagggttgtccctgaaaccaataaatagaaacaccaaaacaaagc 39709585  T
Q  343 taacaccacgatcaacgaaacaacataaa------------caaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctacca-ccacaatct 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||            |||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| || |||| ||||| |||    
T  39709584 taacaccacgatcaacgaaacaacaaaaacaaaagttgtaccaaaatcctcaaacatcgccacaactgccacaaaaacaactttc-accacccacattct 39709486  T
Q  430 gctgctcgcacacaacccc 448  Q
    |||||||||||||||||||    
T  39709485 gctgctcgcacacaacccc 39709467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 325 - 450
Target Start/End: Original strand, 34117577 - 34117702
Alignment:
Q  325 gaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctacca-cca 423  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| || |||| |||    
T  34117577 gaaacaccaaaacaaagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaaatcctcaagcatcgttgcaactgccacaaaaacaact-tccaccaccca 34117675  T
Q  424 caatctgctgctcgcacacaacccctg 450  Q
    || || |||||||||||||||||||||    
T  34117676 cattccgctgctcgcacacaacccctg 34117702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 126 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 11408588 - 11408355
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagc 224  Q
    ||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||  ||||||||| || |||||||| ||||| |||| ||||| ||| || ||| |||    
T  11408588 taaaatggaatttattaaaattgcaatgaatcataaccagcacaaggagtgctaggttatgagtcttaaagtagtaacatacaaaggatagacggggagc 11408489  T
Q  225 cctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaaga-aaaatcc-aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaa 322  Q
    || |||||| ||||| ||||||||||||  |  ||||| ||||||| |||||  ||||| ||||  | |||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  11408488 cc-ccaatgaaaaactcatacacccgtg-catcaaagacaaaatccaaaaaatttatagaaaacaccacctaacaaagagctatctccgaaatcaataaa 11408391  T
Q  323 tagaaacacc-aaaacaaatctaacaccacgatcaa 357  Q
      |||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  11408390 aggaaacaccaaaaacaaagctaacaccacaatcaa 11408355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 126 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 27340382 - 27340197
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagc 224  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||| | ||| ||| |||||||||     
T  27340382 taaaatgaaatttattaaaatggcaatgaatcctaaccggcacaaagagtgctagactacgagtcttaaagtagcaacataaaaaggatagatgggaag- 27340284  T
Q  225 cctccaatggaaaacccatacacccgtgaa--aataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctc 309  Q
    ||| ||||||||||| ||||||| |||| |  ||  |||||||  | |||||||||||  |||||||| |||| |||| ||||||||    
T  27340283 ccttcaatggaaaactcatacactcgtgcatcaaataagaaaatccaaaaaacctataaaaaacgtcttctaaaaaagagctatctc 27340197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 118 - 340
Target Start/End: Original strand, 34653202 - 34653427
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-ga 216  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| || ||||  ||||||| ||| | ||||||| | ||| |||||||||| ||| ||    
T  34653202 gaaaaagttaaaatggaatttattaaaatcgcaatgaatcttaacgagtacaaggagtgctacgcttgaagtcttaaaatagtaacaaacaaaggataga 34653301  T
Q  217 tgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaa--aataaagaaaaatcc-aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaa 313  Q
    || | || ||| ||||| ||||| ||||||||||||||  ||  || |||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||| || |||    
T  34653302 tgaggagtcct-caatgaaaaactcatacacccgtgaatcaaagaaaaaaaatccaaaaaaactataggaaacacctcctaacaaagggttatatccgaa 34653400  T
Q  314 attaataaatagaaacaccaaaacaaa 340  Q
    || ||| | | ||||||||||||||||    
T  34653401 atcaatgagtggaaacaccaaaacaaa 34653427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 118 - 251
Target Start/End: Original strand, 34117411 - 34117544
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-ga 216  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||| ||| ||    
T  34117411 gaaaaagctaaaatgaaatttattaaaaccacaattaatcttaaccagcacaaggagtgctaagctaagagtcttacaatagcaacatacaaaggataga 34117510  T
Q  217 tgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgt 251  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  34117511 tgggaagccct-caatggaagacccatacaaccgt 34117544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 134 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 6504540 - 6504324
Alignment:
Q  134 aatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagccctccaat 232  Q
    |||||||||| ||  ||||||||  |||| |||||||  |||| ||||||| ||||||||  ||||||||| | ||| ||| |||||| ||||| |||||    
T  6504540 aatttattaaaatcacaatgaattctaactagcacaaggagtgttaggctatgagtcttaatgtagcaacatataaaggatagatggggagccc-ccaat 6504442  T
Q  233 ggaaaacccatacacccgtgaaaataaaga-aaaatcc-aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaaca 330  Q
    |||||||||||||| |||||  |  ||||| ||||||| |||||| |||| |||||   ||||||||||||| |||||  ||||| ||||||   |||||    
T  6504441 ggaaaacccatacatccgtg-catcaaagacaaaatccaaaaaacttataagaaacacatcctaacaaagggttatcttcgaaatcaataaaagaaaaca 6504343  T
Q  331 cc-aaaacaaatctaacac 348  Q
    || |||||||| |||||||    
T  6504342 ccaaaaacaaagctaacac 6504324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 331 - 375
Target Start/End: Original strand, 34654463 - 34654507
Alignment:
Q  331 ccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34654463 ccaaaacaaagctaacatcacgatcaacgaaacaacataaacaaa 34654507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 377 - 450
Target Start/End: Original strand, 34654521 - 34654594
Alignment:
Q  377 tcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctaccacc-acaatctgctgctcgcacacaacccctg 450  Q
    ||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||| || |||||| ||| || |||||||||||||||||||||    
T  34654521 tcctcaaacatcgtcgcaactgtcacaaaaacaact-tccaccacccacattccgctgctcgcacacaacccctg 34654594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 15123899 - 15123855
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaa 170  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||    
T  15123899 taaaatgaaatttattaaaatcccaatgaatcctaaccagcacaa 15123855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 15148087 - 15148043
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaa 170  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||    
T  15148087 taaaatgaaatttattaaaatcccaatgaatcctaaccagcacaa 15148043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 126 - 450
Target Start/End: Original strand, 53201586 - 53201910
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgatgggaagcc 225  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||| ||||||  | || ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| || ||    
T  53201586 taaaatggaatttgttaatatagcaattaatcttaaccggcacaaggaatgttaggctaggagtcttacagtaacaataaacaaaggatgatggaaaccc 53201685  T
Q  226 ctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatag 325  Q
    |  |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  53201686 c--caatggaaaatccatacacccgtgaaaataaataaaaatccaaaaacctataggaaacacctcctaacaaagggctatctccgaaatcaataaatag 53201783  T
Q  326 aaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctacca---cc 422  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   ||    
T  53201784 aaacaccaaaacaaagctaacatcacgatcaacaaaacaacataaacaaaatcctcaagcatcgtcacaactgccacaaaaacaact-tctaccacaccc 53201882  T
Q  423 acaatctgctgctcgcacacaacccctg 450  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||    
T  53201883 acattccgctgctcgcacacaacccctg 53201910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 126 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 47519237 - 47518917
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgatgggaagcc 225  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||  |||| |||| || |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47519237 taaaatggaatttattaagataacaataaatcttaaccagcacaaggagtgttaggttaagagtcttacactagcaacaaacaaaggatgatgggaagcc 47519138  T
Q  226 ctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatag 325  Q
    | ||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  47519137 c-ccaatggaaaacccatacacccacgagaataaagaaaaatccaaaaacctattggaaatgcctcctaacaaagggctatctccgaaatcaataaatcg 47519039  T
Q  326 aaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctacca-ccac 424  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||   |||||| |||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  47519038 aaacaccaaaacaaagctaacaccaggatcaacga---aacatatacaaaaacctcaagcatcgccacaactgccacaaaaacaact-tctaccacccac 47518943  T
Q  425 aatctgctgctcgcacacaacccctg 450  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||    
T  47518942 attctgctgctcgcacacaactcctg 47518917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 31360858 - 31360557
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgatg 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||  |||| ||||| || ||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  31360858 aaaaagctaaaatgaaatttattaagataacactgaatcttagccagcacaaggagtgttaggccagaagtcttatagtagcaacacacaaatgatgatg 31360759  T
Q  219 ggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaa 318  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||| ||  |||| ||    
T  31360758 ggaagccc-ccaatgaaaaacccatacacccgtgaaaatatagaaaaatccaaaaacctataaaaaacgtctcctaacaaaatgctatttccaaaatcaa 31360660  T
Q  319 taaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctac 418  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||| | || ||||||||||| |||||    
T  31360659 taaatagaaacactaaaacaaaactaacatcacgatcaacgacacaacataaacaaaatcttcaaacatcgtcacaattaccacaaaaacaact-tctac 31360561  T
Q  419 cacc 422  Q
    ||||    
T  31360560 cacc 31360557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 235 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 34227674 - 34227459
Alignment:
Q  235 aaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacaccaa 334  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  34227674 aaaatccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaatcacctcttaacaaagggctatctccgaaatcaataaatagaaacaccaa 34227575  T
Q  335 aacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctacca-ccacaatctgctg 433  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| | ||||     
T  34227574 aacaaagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaaatcctcaagcatcgtcacaactgccacaaaaacaact-tctaccacccacattttgcta 34227476  T
Q  434 ctcgcacacaacccctg 450  Q
    |||||||||||||||||    
T  34227475 ctcgcacacaacccctg 34227459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 118 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 14566798 - 14566532
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaa----aa--agtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaa 211  Q
    ||||||| ||||||  ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||    ||  ||||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||     
T  14566798 gaaaaagctaaaatagaatgtattaaaatcgcaatgaatcttaaccagcacaagcacaaggagtgctaggttaggagtcttaaaatagcaacatacaaat 14566699  T
Q  212 gat-gatgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaa--aataaagaaaaatccaaaaacc-tataggaaacgtctcctaacaaagggctatc 307  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||||  ||  || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14566698 gatagatggggagccc-ccaatggaaacctcatacacccgtgaatcaaagaaaaaaaatccaaaaaccctataggaaacgcctcctaacaaagggctatc 14566600  T
Q  308 tctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    || ||||| | ||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14566599 tccgaaatcagtaaatagaaacacaagaccaaagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 14566532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 154 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 23055046 - 23054824
Alignment:
Q  154 aatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtg 252  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||| | ||| |||| ||||| ||| |||| ||||||  | |||| |||| |||||||||||||    
T  23055046 aatcttaaccagcacaaggagtgttaggctaagagtcttaaaatagtaacatacaaaggatagatgagaagccg-ctaatgaaaaatccatacacccgtg 23054948  T
Q  253 aaaataaagaaaaatcca-aaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccac 351  Q
    |    ||  ||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||  ||||||  |||   |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  23054947 attcaaagaaaaaatccataaaacctatagaaaacacctcctaacaaaggattatctccaaaaactataaatagaaacactaaaacaaagctaacaccac 23054848  T
Q  352 gatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  23054847 gatcaacgaaacaacataaacaaa 23054824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 126 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 34227765 - 34227681
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaa 210  Q
    ||||||| || |||||||  | ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  34227765 taaaatggaacttattaatctcgcaatgaatcttaaccagcacaaagcgtgttaggctaagagtcttaaagtagcaacaaacaaa 34227681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 127 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 24958355 - 24958272
Alignment:
Q  127 aaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaa 210  Q
    |||||| |||||||||| || |||||||||| | ||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  24958355 aaaatggaatttattaaaattgcaatgaatcctgaccagcacaaggaatgctaggctaggagtcttaaagtagcaacatacaaa 24958272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 225 - 357
Target Start/End: Original strand, 6409420 - 6409554
Alignment:
Q  225 cctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataa-agaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaat 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |   || | || | || |||||||||||| |||  ||  |||||||||||||||||  ||||| ||||||     
T  6409420 cctccaatggaaaacccatacacccgtgcatcaaagataatattcaaaaaacctatagaaaatatcatctaacaaagggctatcttcgaaataaataaaa 6409519  T
Q  324 agaaacacc-aaaacaaatctaacaccacgatcaa 357  Q
      ||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  6409520 gaaaacaccaaaaacaaagctaacaccacaatcaa 6409554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 210
Target Start/End: Original strand, 50626521 - 50626603
Alignment:
Q  127 aaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaa 210  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||| || | |||| ||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||| |||||    
T  50626521 aaaatgaaatttattaaaatcacaatgagtcatgaccaacacaaaaagt-ttaggctaggagtcgtaaagtagcaacatacaaa 50626603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 52721910 - 52721866
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaa 170  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||    
T  52721910 taaaatgaaatttattaaaatcacaatgaatcctaaccagcacaa 52721866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 126 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 11699131 - 11698809
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgatgggaagcc 225  Q
    ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||  ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||    
T  11699131 taaaatggaatttatgaagataacaatgaatcttaaccgccacaaggagtgctaggttaagagtcttatagtagcaacaaacaaaggatgatag-aagcc 11699033  T
Q  226 ctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatag 325  Q
    | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  11699032 c-caaatagaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaaccgataggaaatacctcctaacaaagggccatctccgaaatcaataaatag 11698934  T
Q  326 aaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaacaactatctacca-ccac 424  Q
    ||||||||||||||  | |||||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  11698933 aaacaccaaaacaatgcgaacacctcgagcaacgaaacaacataaacaaaatcatcaagcatcgtcacaactgccacaaaaacaact-tctaccacccac 11698835  T
Q  425 aatctgctgctcgcacacaacccctg 450  Q
    | ||||||||||||||||||||||||    
T  11698834 attctgctgctcgcacacaacccctg 11698809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 120 - 373
Target Start/End: Original strand, 3301738 - 3301996
Alignment:
Q  120 aaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatctt-aaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gat 217  Q
    ||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||  |||  || | ||| ||||||| |||||||||| | ||| ||| |||    
T  3301738 aaaagttaaaatgaaatttattaaaatcgcaatgaatctttaaccagcacaaggagtattaaggtagaagtcttaaagtagcaacatataaatgatagat 3301837  T
Q  218 gggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaa--aataaagaaaaatcc-aaaaacctataggaaacgtctcctaa-caaagggctatctctgaa 313  Q
    ||| ||| | | ||||||||||||||||||| |||||  ||  || |||||||| |||||| || |||||||| ||||||| |||| |||||||||| ||    
T  3301838 ggggagctc-ctaatggaaaacccatacacctgtgaatcaaagaaaaaaaatcctaaaaacttagaggaaacgcctcctaaacaaatggctatctctaaa 3301936  T
Q  314 attaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaaca 373  Q
    || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3301937 atcaataaatagaaacaccaaaacaaagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaaca 3301996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 126 - 375
Target Start/End: Original strand, 29549916 - 29550166
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagc 224  Q
    |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| | | ||| |||| |  ||||||||||||| |||||||||| | ||| ||| |||||  |||    
T  29549916 taaaataaaatttattaaaatcgcaatgaatcttaaccggtataaagagtgtttcgctaggagtcttaaagtagcaacatataaaggatagatggagagc 29550015  T
Q  225 cctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctata--ggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaa 322  Q
    ||  ||||| |||  |||||||| | ||||   ||  |||||| ||||||  ||||  | ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  29550016 cc--caatgaaaagtccatacacgcatgaatcaaagaaaaaattcaaaaaaatatatagaaaacgcctcataacaaagggctatctccgaaatcaataaa 29550113  T
Q  323 tagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29550114 tagaaacaccaaaataaagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 29550166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 120 - 375
Target Start/End: Original strand, 1777892 - 1778150
Alignment:
Q  120 aaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatg 218  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||| ||   |||||||||||||||||| ||  ||||||| |||| ||||     |||||||||| |||||  || ||||    
T  1777892 aaaagctaaaatggaatttcttaaaattcaaatgaatcttaaccagcataaggagtgctaagctaagagta----agtagcaacatacaaagaatagatg 1777987  T
Q  219 ggaagccctccaatggaaaacccata--cacccgtgaa--aataaagaaaaatccaaaaa--cctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctga 312  Q
    || ||||| |||||||||||||||||  ||| |||| |  ||  || ||||||||||| |  ||||||||||| | ||| || ||||| | |||||||||    
T  1777988 gggagccc-ccaatggaaaacccatatacactcgtgcatcaaagaaaaaaaatccaaacaaccctataggaaatgcctcgtatcaaagagttatctctga 1778086  T
Q  313 aattaataaatagaaacacc-aaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1778087 aatcaataaatagaaacaccaaaaacaaagttatcaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 1778150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 179 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 39020947 - 39020786
Alignment:
Q  179 aggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaa-cc 276  Q
    |||||||||||| || |||||||||  ||||| ||| |||| | ||||| ||||||||||||  ||||||  |||||   || |||||||||||||| ||    
T  39020947 aggctaggagtcgtaaagtagcaacgtacaaaggatagatgtggagccc-ccaatggaaaactgatacacatgtgaatcaaaggaaaaatccaaaaaacc 39020849  T
Q  277 tataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaa 339  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| | |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39020848 tatgggaaacgcctcctaacaaatgactatatccgaaatcaataaatagaaacaccaaaacaa 39020786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 3959180 - 3959112
Alignment:
Q  122 aaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtc 190  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||| | |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  3959180 aaggaaaaatgaaatttattaaaatcacaatgaatcctgaccagcacaagaagtgctagggtaggagtc 3959112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 342 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 39020770 - 39020737
Alignment:
Q  342 ctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39020770 ctaacaccacaatcaacgaaacaacataaacaaa 39020737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 170
Target Start/End: Original strand, 47718833 - 47718877
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaa 170  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||    
T  47718833 taaaatgaaatttattaaaatcacaatgaatcctaaccagcacaa 47718877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 145 - 395
Target Start/End: Original strand, 20739948 - 20740196
Alignment:
Q  145 atagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgatgggaagccctccaatggaaaacccata 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| |||||| ||||||| ||    
T  20739948 atagcaatgaatcttaaccagcacaaggagtgttaagctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaggatggttggaagccc-ccaatg-aaaaccccta 20740045  T
Q  245 cacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaaatcta 344  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | | |||    
T  20740046 cacccatgaaaataaagaaaaattcaaaaatctataagaaacgcctcctaacaaagggctatctccgaaatcaataaatagaaacaccaaaatatagcta 20740145  T
Q  345 acaccacgatcaacgaaacaacataaacaaagtcctcaagcatcgtcacaa 395  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20740146 acaccacgatcaacaaaacaacataaacaaaatcctcaagcatcgtcacaa 20740196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 119 - 299
Target Start/End: Original strand, 1869249 - 1869427
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagatgatg 218  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  1869249 aaaaagctaaaatggaatttattaagataacaatgaatcttaaccagcacaaggaatactaggctcggagtcttacattagcaacaaacaaaggatgatg 1869348  T
Q  219 ggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaa 299  Q
    |||||||  |||||| ||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  1869349 ggaagcc--ccaatgtaaaactcatacatccctgaaaataaagaaaaatccaaaaacctattggaaacgcctcctaacaaa 1869427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 148 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 34214166 - 34213937
Alignment:
Q  148 gcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtag-caacaaacaaaagatgatgggaagc-cctccaatggaaaacccatac 245  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||| | | |||||||| ||||  ||||| ||||| ||| ||| || |  ||||||||||||||| |||||    
T  34214166 gcaatgaatcttagccagcacaaagagtgctagaccatgagtcttaaagtaaacaacatacaaaggat-atgtgaggagcctccaatggaaaactcatac 34214068  T
Q  246 acccgtgaaaataaagaaaaatc-caaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaaatcta 344  Q
    ||| |||||   ||  |||||||  |||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||| | ||||||||||||  ||    
T  34214067 acctgtgaatcaaagaaaaaatcaaaaaaacctatagaaaatgcctcctaacaaaggactatctccgaaaacaataaatagtagcaccaaaacaaagtta 34213968  T
Q  345 acaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34213967 acaccacgatcaacaaaacaacataaacaaa 34213937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 262 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 3524222 - 3524107
Alignment:
Q  262 aaaaatccaaaaac-ctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacaccaa-aacaaatctaacaccacgatcaacg 359  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||    
T  3524222 aaaaatccaaaaaatctataggaaacgcctcttaacaaagggctatctccaaaatcaataaatagaaacaccaacaacaaagctatcaccatgatcaacg 3524123  T
Q  360 aaacaacataaacaaa 375  Q
    ||||||||||||||||    
T  3524122 aaacaacataaacaaa 3524107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 126 - 450
Target Start/End: Original strand, 21880758 - 21881074
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagc 224  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| || | ||||| ||||| ||| ||||||  ||    
T  21880758 taaaatgaaatttattaaaatcgcaatgaatcttaaccagcacaaggagtgctaggctaggaatcttaaag-aacaacatacaaaggatggatggg--gc 21880854  T
Q  225 cctccaatggaaaacccatacacccgtgaa--aataaagaaaaatcc-aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataa 321  Q
                  ||||||||||||||||  ||  || |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||  |        
T  21880855 -------------tcccatacacccgtgaatcaaagaaaaaaaatccaaaaaacctataggaaacgcctcccaacaaagggctatctccaaaaaca---- 21880937  T
Q  322 atagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaa------------caaagtcctcaagcatcgtcacaactgccgcaaaaaca 409  Q
        || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||            |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| |    
T  21880938 ----aagcaccaaaacaaagctaacaccacgatcaacgaagcaacataaacaaaagttgtaccaaaatcctcaaacatcgtcacaactgccacaaaaata 21881033  T
Q  410 actatctacca-ccacaatctgctgctcgcacacaacccctg 450  Q
    ||| || |||| ||||| || |||||||||||||||||||||    
T  21881034 act-tccaccacccacattccgctgctcgcacacaacccctg 21881074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 34503491 - 34503405
Alignment:
Q  122 aaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaa 209  Q
    |||| |||||||||||||| || ||  ||||||||| ||||||||| ||  | |||||||||||||||| || |||||||||| ||||    
T  34503491 aaggcaaaatgaaatttataaa-atcacaatgaatcctaaccagcagaaggaatgctaggctaggagtcgtaaagtagcaacatacaa 34503405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 126 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 32018652 - 32018598
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctag 180  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  32018652 taaaatgaaatttattaaaatcacaatgaatcctaaccagcacaagaaatgctag 32018598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 126 - 170
Target Start/End: Original strand, 13032350 - 13032394
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaa 170  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||    
T  13032350 taaaatgaaatttattaaaatcacaatgaatcctaaccagcacaa 13032394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 118 - 375
Target Start/End: Original strand, 43275262 - 43275520
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-ga 216  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||  |||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||| ||| ||    
T  43275262 gaaaaagctagaatgaaatttattaaaatcgcaatgaatcttaatcagcataaggagtgctagcctaggagtcataaagtagcaacatacaaaggataga 43275361  T
Q  217 tgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaa-acctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaat 315  Q
     ||| ||||| | ||||||||| ||||||||  ||||| | ||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  43275362 aggggagccc-caaatggaaaatccatacacttgtgaataaaaaaaaaaatccaaaaaacctatagaaaacgtgtcctaacaaagggctatctccgaaat 43275460  T
Q  316 taataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
     |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43275461 caataaatagaaacatcaaaacaaagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 43275520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 126 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 18270512 - 18270266
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagc 224  Q
    ||||||| |||||||||| || | |||||||||||||| | |||| || |||||||||  |||| ||| | ||| |||| ||||| ||| ||||||  ||    
T  18270512 taaaatggaatttattaaaattgaaatgaatcttaaccggtacaagaaatgctaggctgtgagttttaaa-tagtaacatacaaaggatagatggggtgc 18270414  T
Q  225 cctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaa-cctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaat 323  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||    
T  18270413 c-tccaatgaaaaacccatacacccgtgaatcaaagaaaaaatccaaaaaacctataggaaacgcctcctagcaaagagctatctctgaaatcaattaat 18270315  T
Q  324 agaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaac 372  Q
    |||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18270314 agaaacaccaaaaccaagctaacagcacgatcaacgaaacaacataaac 18270266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 119 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 893762 - 893496
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat---- 214  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||        
T  893762 aaaaagctaaaatggaatttattaaaatcgcaataaatcttaaccagcacaaggagtgctaggctaggagtcttaaagtagaaacatacaaatgatagat 893663  T
Q  215 ----gatgggaagccctcca---atggaaaaccc--atacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacc--tataggaaacgtctcctaacaaagggc 303  Q
        ||||||| |||| | |   ||||||| |||  |||||||||||||   ||  |||||| ||||||    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  893662 catagatggga-gcccccaattaatggaaaccccccatacacccgtgaatcaaagaaaaaattcaaaaaaaattataggaaacgcctcctaacaaagggc 893564  T
Q  304 tatctctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaa 371  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  893563 tatctctgaaatcaataaatagaaacaccaaaacaaagctaacaccacgatcaatgaaaaaacataaa 893496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 119 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 3364298 - 3364057
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gat 217  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||| |||| || |||||||| |||| || || ||||| ||| |||    
T  3364298 aaaaagataaaatggaatttattaaaattgcaatgaatcttaaccagcacaaggagtgttaggttatgagtcttaaagtaacagcatacaaaggatagat 3364199  T
Q  218 gggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaa-aaatcc-aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaat 315  Q
    | | ||||| |||||| ||||| |||||| |||||     |||||| |||||| |||||| |||| |||||| ||| | |||||| ||||||||  ||||    
T  3364198 gaggagccc-ccaatgaaaaactcatacatccgtg-cttcaaagaataaatccaaaaaacttataagaaacgcctcattacaaagagctatctccaaaat 3364101  T
Q  316 taataaatagaaacac-caaaacaaatctaacaccacgatcaac 358  Q
     |||||||| ||||||  |||||||| ||| |||||| ||||||    
T  3364100 caataaataaaaacactaaaaacaaaactatcaccaccatcaac 3364057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 329 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 3576911 - 3576867
Alignment:
Q  329 caccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaaca 373  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3576911 caccaaaaccaagctaacagcacgatcaacgaaacaacataaaca 3576867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 20585594 - 20585550
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaa 170  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||    
T  20585594 taaaatgaaatttattaaaatcacaatgaatcttaaccagcacaa 20585550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 27741914 - 27741827
Alignment:
Q  127 aaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat 214  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||| || | || | |||||  ||||||||| |||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  27741914 aaaatgaaatttattaaaatcacaatgagtcatgactatcacaaggagtgctaggttaggagtcgtaaagtagcaacatacaaaagat 27741827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 50735441 - 50735378
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagt 189  Q
    ||||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||    
T  50735441 taaaatggagtttattaaaattgcaatgaatcttaaccagcaaaatgagtgctaggctaagagt 50735378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 126 - 189
Target Start/End: Original strand, 50777414 - 50777477
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagt 189  Q
    ||||||| | |||||||| || |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||    
T  50777414 taaaatggagtttattaaaattgcaatgaatcttaaccagcaaaatgagtgctaggctaagagt 50777477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 119 - 375
Target Start/End: Original strand, 20860611 - 20860866
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gat 217  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||    
T  20860611 aaaaagttaaaatggaatttattaaaatcgcaatgaatcttaaccagcacaaggagtgttaggcgaggagtcttaaagtagcaacatacaaaggatagat 20860710  T
Q  218 gggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaatta 317  Q
    ||| ||| | |||||||||||| |||||||  |||||   ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||  |    
T  20860711 ggggagctc-ccaatggaaaactcatacacaagtgaatc-aaagaaaaatccaaaacactataggaaacgcctcctaaaaaagggctatctccgaaacca 20860808  T
Q  318 ataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  20860809 ataaatagaaacaccaaaacaaagctaacaccgcaatcaacgaaacaacataaacaaa 20860866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 119 - 375
Target Start/End: Original strand, 10408138 - 10408395
Alignment:
Q  119 aaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gat 217  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| ||  |||| |||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||||||| ||| |||||| |||||  || |||    
T  10408138 aaaaagataaaatggaatttattaaaatcacaataaatcttaaccagcaaaaggagtgttaggctagaagtcttagagttgcaacatacaaagcatagat 10408237  T
Q  218 gggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaaga-aaaatccaaaa-acctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaat 315  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||   ||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||||    
T  10408238 ggggagccc-ccaatggaaaacccatacacccatgaatc-aaagataaaatccaaaaaacctataggaaacacctcctaacaaagggttatctccgaaat 10408335  T
Q  316 taataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
     |||||||||||||||||||| |||  ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||    
T  10408336 caataaatagaaacaccaaaataaagttaacatcacaatcaactaaacaacataaacaaa 10408395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 120 - 329
Target Start/End: Original strand, 5993937 - 5994148
Alignment:
Q  120 aaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatg 218  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||    
T  5993937 aaaagctaaaatggaatttattaaaatcgcaatgaatcttaatcagcacaaggagtgctaggctaggagtcttaaagtagcaacatacaaaggatagatg 5994036  T
Q  219 ggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaa--tcc-aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaat 315  Q
    || |  ||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |  |||||    
T  5994037 ggga-acctccaatggaaaacccatacacccgtg-catcaaagaaaaaattccaaaaaacctataggaaacgcctcctaacaaagagctatattcgaaat 5994134  T
Q  316 taataaatagaaac 329  Q
     |||| ||||||||    
T  5994135 caatagatagaaac 5994148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 126 - 357
Target Start/End: Original strand, 6443330 - 6443560
Alignment:
Q  126 taaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagc 224  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||| |||    
T  6443330 taaaatgaaatttattaaaatcacaatgaatcctaaccagcacaaggagtgctaggctaggagtcttatcgtagcaacatacaaatgatagatggggagc 6443429  T
Q  225 cctccaatggaaaacccatacacccgtgaaaataaagaaaaatccaaaaaccta--taggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaa 322  Q
    |     ||| ||||| ||||||| |||| |  |||   |||||||||||   ||  ||| ||||  | | || ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  6443430 c-----atgaaaaactcatacactcgtgcatctaatataaaatccaaaataatagatagaaaacaccacttaccaaagggctatctctaaaatcaataaa 6443524  T
Q  323 tagaaacacc-aaaacaaatctaacaccacgatcaa 357  Q
      |||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  6443525 aggaaacaccaaaaacaaagctaacaccacaatcaa 6443560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 375
Target Start/End: Original strand, 5994151 - 5994180
Alignment:
Q  346 caccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5994151 caccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 5994180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 118 - 375
Target Start/End: Original strand, 250577 - 250843
Alignment:
Q  118 gaaaaaggtaaaatgaaatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaa----aa--agtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaa 211  Q
    ||||||| ||||||  ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||    ||  ||||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||     
T  250577 gaaaaagctaaaatagaatgtattaaaatcgcaatgaatcttaaccagcacaagcacaaggagtgctaggttaggagtcttaaaatagcaacatacaaat 250676  T
Q  212 gat-gatgggaagccctccaatggaaaacccatacacccgtgaa--aataaagaaaaatccaaaaacc-tataggaaacgtctcctaacaaagggctatc 307  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||||  ||  || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  250677 gatagatggggagccc-ccaatggaaacctcatacacccgtgaatcaaagaaaaaaaatccaaaaaccctataggaaacgcctcctaacaaagggctatc 250775  T
Q  308 tctgaaattaataaatagaaacaccaaaacaaatctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 375  Q
    || ||||| | ||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  250776 tccgaaatcagtaaatagaaacacaagaccaaagctaacaccacgatcaacgaaacaacataaacaaa 250843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 46; Significance: 4e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 149 - 336
Target Start/End: Original strand, 53805 - 53993
Alignment:
Q  149 caatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagccctccaatggaaaacccatacac 247  Q
    ||||||||| ||||||||||||   ||| ||||||||||||| || |||||||||| ||||  ||| |||||| ||| | ||||| | |||| |||||||    
T  53805 caatgaatcataaccagcacaatgcgtgttaggctaggagtcgtaaagtagcaacatacaatggatagatggggagcac-ccaattgtaaactcatacac 53903  T
Q  248 ccgtgaaaataa-agaaaaatccaaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaacaccaaaa 336  Q
    ||||| |   || | |||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||  ||||||||||||    
T  53904 ccgtgcatcaaagacaaaattcaaaaaacctacaggaaacatctcctaacaaagggatatctccaaaatcaataaaaggaaacaccaaaa 53993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0341
Description:

Target: scaffold0341; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 134 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 6223 - 6007
Alignment:
Q  134 aatttattaagatagcaatgaatcttaaccagcacaaaaagtgctaggctaggagtcttacagtagcaacaaacaaaagat-gatgggaagccctccaat 232  Q
    |||||||||| ||  ||||||||  |||| |||||||  |||| ||||||| ||||||||  ||||||||| | ||| ||| |||||| ||||| |||||    
T  6223 aatttattaaaatcacaatgaattctaactagcacaaggagtgttaggctatgagtcttaatgtagcaacatataaaggatagatggggagccc-ccaat 6125  T
Q  233 ggaaaacccatacacccgtgaaaataaaga-aaaatcc-aaaaacctataggaaacgtctcctaacaaagggctatctctgaaattaataaatagaaaca 330  Q
    |||||||||||||| |||||  |  ||||| ||||||| |||||| |||| |||||   ||||||||||||| |||||  ||||| ||||||   |||||    
T  6124 ggaaaacccatacatccgtg-catcaaagacaaaatccaaaaaacttataagaaacacatcctaacaaagggttatcttcgaaatcaataaaagaaaaca 6026  T
Q  331 cc-aaaacaaatctaacac 348  Q
    || |||||||| |||||||    
T  6025 ccaaaaacaaagctaacac 6007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University