View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4586-Insertion-1 (Length: 991)

Name: NF4586-Insertion-1
Description: NF4586
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4586-Insertion-1
NF4586-Insertion-1
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (8-442)||(43732384-43732818)
chr3 (578-991)||(43732880-43733293)
chr3 (438-683)||(43732843-43733098)
chr3 (677-752)||(43732874-43732949)
chr3 (8-56)||(43732070-43732118)
chr3 (804-877)||(22310096-22310168)
chr3 (823-879)||(11483888-11483944)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (8-442)||(5336598-5337033)
chr8 (575-873)||(5336241-5336539)
chr8 (438-649)||(5336362-5336573)
chr8 (677-751)||(5336468-5336542)
chr8 (533-578)||(5336316-5336361)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (159-442)||(18139215-18139499)
chr2 (576-878)||(9070896-9071184)
chr2 (645-874)||(18140821-18141050)
chr2 (452-683)||(9070976-9071205)
chr2 (575-712)||(18140686-18140821)
chr2 (438-607)||(18140652-18140821)
chr2 (314-420)||(9071385-9071491)
chr2 (8-113)||(18139094-18139199)
chr2 (540-683)||(18140821-18140974)
chr2 (672-752)||(18140678-18140758)
chr2 (471-537)||(18140855-18140921)
chr2 (8-56)||(18138778-18138826)
chr2 (757-788)||(18140751-18140782)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (807-878)||(28336548-28336619)
chr4 (823-878)||(47503634-47503689)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 442
Target Start/End: Original strand, 43732384 - 43732818
Alignment:
Q  8 aattaaacttatctaaatagcggcaaaaagagcgttgtaaacaaagtgcggtataagaaaaaacattatagaaacaaacagtcatcaatatcatatgatc 107  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43732384 aattaaacttgtctaaatagcggcaaaaagagcgttgtaaacaaagtgcggtataagaaaatacattatagaaacaaatagtcatcaatatcatatgatc 43732483  T
Q  108 tgaatatgtgaataatataaagaaatttcctactttaaaaaatattgtcaacatataggctcacatttttcatatgtcataactaatgtagnnnnnnncc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||       ||    
T  43732484 tgaatatgtgaataatataaagaaatttcctagtttaaaaaatattgtcaacatataggctcacacttttcatatgccataactaatgtagaaaaaaacc 43732583  T
Q  208 aacacatacaccagaacataaaacctcgtcgtagctatgacataaatgatatgcttcaataacaacatgcttaaatgaaatggatgtcacctttcaaaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43732584 aacacatacaccagaacataaaacctcgtcgtagctatgacataaatgatatgcttcaataacaacatgcttaaatgaaatggatgtcacctttcaaaaa 43732683  T
Q  308 atgaagtgcaagtagagtttcaaactcacggtaagacatggtagtatgctgctgattttggcaagacaaaaggattgaaggagggtggcaagatttctat 407  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43732684 atgaagtgcaagtagaatttcaaactcacggtaagacatgttagtatgctgctgattttggcaagacaaaaggattgaaggagggtggcaagatttctat 43732783  T
Q  408 gtgtgtggcctctatatatagagagccagctgaag 442  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  43732784 gtgtgtggcctctatatgtagagagtcagttgaag 43732818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 578 - 991
Target Start/End: Original strand, 43732880 - 43733293
Alignment:
Q  578 actttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaaacttgaaatcaacattaaatgatggtaccaaagcttgcataatacacca 677  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43732880 actttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaa--cttgaaatcaacagtaaatgatggtaccaaagcttgcataatacacca 43732977  T
Q  678 aggagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaattgaaatcatcattaaatgcaatattaaatgatggtaccaaagc 777  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  43732978 agtagactttaatgatgacatgtccacacttgggtgggaaattcaaatttgaaaacttgaaatcatcattaaatgcaacattaaatgatggtaccaaagc 43733077  T
Q  778 ttgcataacacgcataggagatgtgtttgggagggaaaacacaaaagcaagtagggttaagcatttgcttgacctaattggcttttataataagtatgat 877  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  43733078 ttgcataacacacctaggagatgtgtttgggagggaaaacacaaaagcaagtagggttaagcatttgcttga-ctaattgacttttataataagtatgat 43733176  T
Q  878 aaattgaaccaccttcatccttttccttcaatcgattgcttgcttttcttccttcaattgatcttcagcctttcttct--cagctaatctcaaatctaca 975  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||    
T  43733177 aaattgaaccgccttcatccttttcctttaatcgattgcttacttttcttccttcaattgatcttcagcctttcttcttcaagctaatctgaaatctaca 43733276  T
Q  976 cagc-aggctaactagc 991  Q
    |||| ||||||||||||    
T  43733277 cagcaaggctaactagc 43733293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 438 - 683
Target Start/End: Original strand, 43732843 - 43733098
Alignment:
Q  438 tgaagtattaagttgagtagttggcagcacaagggagactttaatgatgacatgtccacacttnnnnnnnaaattcaaatttgaaaacttgatatcagca 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  43732843 tgaagtattaagttgagtagttggcagcacaaaggaaactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaacttgaaatcaaca 43732942  T
Q  538 gtaaatgatggcaccaaagcttgcataacacaccaatgagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaaacttgaaat 637  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  43732943 gtaaatgatggtaccaaagcttgcataatacaccaagtagactttaatgatgacatgtccacacttgggtgggaaattcaaatttg--aaaacttgaaat 43733040  T
Q  638 ------------caacattaaatgatggtaccaaagcttgcataatacaccaaggaga 683  Q
                ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  43733041 catcattaaatgcaacattaaatgatggtaccaaagcttgcataacacacctaggaga 43733098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 677 - 752
Target Start/End: Original strand, 43732874 - 43732949
Alignment:
Q  677 aaggagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaattgaaatcatcattaaatg 752  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  43732874 aaggaaactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaacttgaaatcaacagtaaatg 43732949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 56
Target Start/End: Original strand, 43732070 - 43732118
Alignment:
Q  8 aattaaacttatctaaatagcggcaaaaagagcgttgtaaacaaagtgc 56  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  43732070 aattaaacttgtctaaatagcggcaaaaagagcattgtaaacgaagtgc 43732118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 804 - 877
Target Start/End: Original strand, 22310096 - 22310168
Alignment:
Q  804 ttgggagggaaaacacaaaagcaagtagggttaagcatttgcttgacctaattggcttttataataagtatgat 877  Q
    ||||||||||||  || ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  22310096 ttgggagggaaat-accaaagctattagggttaagcatttacttgacctaataagcttttagaataagtatgat 22310168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 823 - 879
Target Start/End: Original strand, 11483888 - 11483944
Alignment:
Q  823 agcaagtagggttaagcatttgcttgacctaattggcttttataataagtatgataa 879  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  11483888 agcaattagggctaagcaattgcttgacctaattagcttttagagtaagtatgataa 11483944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 5337033 - 5336598
Alignment:
Q  8 aattaaacttatctaaatagcggcaaaaagagcgttgtaaacaaagtgcggtataagaaaaaacattatagaaacaaacagtcatcaatatcatatgatc 107  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5337033 aattaaacttgtctaaatagcggcaaaaagagtgttgtaaacaaagtgaggtataagaaaatacatcaaagaaacaaacaatcatcaatatcatatgatc 5336934  T
Q  108 tgaatatgtgaataatataaagaaatttcctactttaaaaaatattgtcaacatataggctcacatttttcatatgtcataactaatgtagnnnnnnn-c 206  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||        |    
T  5336933 taaatatgtgaataatataaagaaatttcctactttaaaaaatattgtcaacatataggctcacacttttcatatgccataacaaatgtagaaaaaaaac 5336834  T
Q  207 caacacatacaccagaacataaaacctcgtcgtagctatgacataaatgatatgcttcaataacaacatgcttaaatgaaatggatgtcacctttcaaaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5336833 caacacatacaccagaacataaaacctcgtcgtagctatgacagaaatggtatgcttcaataacaacatgcttaaatgaaatggatgtcacctttcaaac 5336734  T
Q  307 aatgaagtgcaagtagagtttcaaactcacggtaagacatggtagtatgctgctgattttggcaagacaaaaggattgaaggagggtggcaagatttcta 406  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  5336733 aatgaagtacaagtagagtttcaaactcacggtaagacatggtagtatgctgcttattctggcaagacaaaaggattgaatgagggtggcaagatttata 5336634  T
Q  407 tgtgtgtggcctctatatatagagagccagctgaag 442  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5336633 tgcatgtggcctctatatatagagagccagctgaag 5336598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 575 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 5336539 - 5336241
Alignment:
Q  575 gagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaaacttgaaatcaacattaaatgatggtaccaaagcttgcataataca 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||  |||    
T  5336539 gagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaa--cttgaaatcagcattaaattatgataccaaagcttgcatagcaca 5336442  T
Q  675 ccaaggagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaa--ttgaaatcatcattaaatgcaatattaaatgatggtacc 772  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | |||||||||||  |||||||||||||| |    
T  5336441 ccaaggagactttaatgatggcatgcccacacctgggagggaaattcaaatttgaaaaaacttgaaattagcattaaatgcagcattaaatgatggtatc 5336342  T
Q  773 aaagcttgcataacacgcataggagatgtgtttgggagggaaaacacaaaagcaagtagggttaagcatttgcttgacctaattggcttttataataagt 872  Q
    |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5336341 aaagcttgcataacacacctatgagatgtgtttgggagggaaaatacaaaagcaattagggttaagcatttgcttgacctaattgacttttataataagt 5336242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 438 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 5336573 - 5336362
Alignment:
Q  438 tgaagtattaagttgagtagttggcagcacaagggagactttaatgatgacatgtccacacttnnnnnnnaaattcaaatttgaaaacttgatatcagca 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5336573 tgaagtattaagttgagtagttggcagcacaaaggagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaacttgaaatcagca 5336474  T
Q  538 gtaaatgatggcaccaaagcttgcataacacaccaatgagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaaacttgaaat 637  Q
     ||||| |||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5336473 ttaaattatgataccaaagcttgcatagcacaccaaggagactttaatgatggcatgcccacacctgggagggaaattcaaatttgaaaaaacttgaaat 5336374  T
Q  638 caacattaaatg 649  Q
     | |||||||||    
T  5336373 tagcattaaatg 5336362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 677 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 5336542 - 5336468
Alignment:
Q  677 aaggagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaattgaaatcatcattaaat 751  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  5336542 aaggagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaacttgaaatcagcattaaat 5336468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 533 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 5336361 - 5336316
Alignment:
Q  533 cagcagtaaatgatggcaccaaagcttgcataacacaccaatgaga 578  Q
    ||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5336361 cagcattaaatgatggtatcaaagcttgcataacacacctatgaga 5336316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 232; Significance: 1e-127; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 159 - 442
Target Start/End: Original strand, 18139215 - 18139499
Alignment:
Q  159 catataggctcacatttttcatatgtcataactaatgtagnnnnnnn-ccaacacatacaccagaacataaaacctcgtcgtagctatgacataaatgat 257  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  18139215 catataggctcacatttttcatatgccataactaatgtagaaaaaaaaccaacacatacaccagaacataaaacctcgttgtagctatgacataaatggt 18139314  T
Q  258 atgcttcaataacaacatgcttaaatgaaatggatgtcacctttcaaaaaatgaagtgcaagtagagtttcaaactcacggtaagacatggtagtatgct 357  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18139315 atgcttcaataacaacatgcttaaatgaaatggatgtcacctttcaaacaatgaagtgcaagtagagtttcaaactcacggtaagaaatggtagtatgct 18139414  T
Q  358 gctgattttggcaagacaaaaggattgaaggagggtggcaagatttctatgtgtgtggcctctatatatagagagccagctgaag 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18139415 gctgattttggcaagacaaaaggattgaaggagggtggcaagatttctatgtgtgtggcctctatatatagagagccagttgaag 18139499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 576 - 878
Target Start/End: Complemental strand, 9071184 - 9070896
Alignment:
Q  576 agactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaaacttgaaatcaacattaaatgatggtaccaaagcttgcataatacac 675  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  9071184 agactttaatgatgacatgtccacacttggaagggaaattcaaatttgaaaa--cttgaaatcagcattaaatgatgataccaaagcttgcataacacac 9071087  T
Q  676 caaggagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaattgaaatcatcattaaatgcaatattaaatgatggtaccaaa 775  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |            |||||||||||||||||||    
T  9071086 caaggagactttaatgatgacatatccacacttgagagggaaattcaaatttgaaaacttgaaatcagc------------attaaatgatggtaccaaa 9070999  T
Q  776 gcttgcataacacgcataggagatgtgtttgggagggaaaacacaaaagcaagtagggttaagcatttgcttgacctaattggcttttataataagtatg 875  Q
    |||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9070998 gcttgcataagacacctaggagatatgtttgggagggaaaacacaaaagcaattagggttaagcatttgcttgacctaattggcttttataataagtatg 9070899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 645 - 874
Target Start/End: Original strand, 18140821 - 18141050
Alignment:
Q  645 aaatgatggtaccaaagcttgcataatacaccaaggagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaattgaaatcatc 744  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  18140821 aaatgacggtaccaaagcttgcataacacaccaaggagactttaatgatgacatgtccacacttgagaggaaaattcaaatttgaaaatttgaaatcagc 18140920  T
Q  745 attaaatgcaatattaaatgatggtaccaaagcttgcataacacgcataggagatgtgtttgggagggaaaacacaaaagcaagtagggttaagcatttg 844  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18140921 ataaaatgcaacattaaatgatggtaccaaagcttgcataacacacctaggagatgtgtttgggagggaaagcacaaaagcaattagggttaagcatttg 18141020  T
Q  845 cttgacctaattggcttttataataagtat 874  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18141021 cttgacctaattggcttttataataagtat 18141050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 452 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 9071205 - 9070976
Alignment:
Q  452 gagtagttggcagcacaagggagactttaatgatgacatgtccacacttnnnnnnnaaattcaaatttgaaaacttgatatcagcagtaaatgatggcac 551  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||    
T  9071205 gagtagttggcagcacaaagtagactttaatgatgacatgtccacacttggaagggaaattcaaatttgaaaacttgaaatcagcattaaatgatgatac 9071106  T
Q  552 caaagcttgcataacacaccaatgagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaaacttgaaatcaacattaaatgat 651  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  9071105 caaagcttgcataacacaccaaggagactttaatgatgacatatccacacttgagagggaaattcaaatttg--aaaacttgaaatcagcattaaatgat 9071008  T
Q  652 ggtaccaaagcttgcataatacaccaaggaga 683  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9071007 ggtaccaaagcttgcataagacacctaggaga 9070976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 575 - 712
Target Start/End: Original strand, 18140686 - 18140821
Alignment:
Q  575 gagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaaacttgaaatcaacattaaatgatggtaccaaagcttgcataataca 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18140686 gagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaa--cttgaaatcaacattaaatgatggtaccaaagcttgcataacaca 18140783  T
Q  675 ccaaggagactttaatgatgacatgtccacacttggga 712  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18140784 cgaaggagactttaatgatgacatgtccacacttggga 18140821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 438 - 607
Target Start/End: Original strand, 18140652 - 18140821
Alignment:
Q  438 tgaagtattaagttgagtagttggcagcacaagggagactttaatgatgacatgtccacacttnnnnnnnaaattcaaatttgaaaacttgatatcagca 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  18140652 tgaagtattaagttgagtagttggcaacacaaaggagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaacttgaaatcaaca 18140751  T
Q  538 gtaaatgatggcaccaaagcttgcataacacaccaatgagactttaatgatgacatgtccacacttggga 607  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18140752 ttaaatgatggtaccaaagcttgcataacacacgaaggagactttaatgatgacatgtccacacttggga 18140821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 314 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 9071491 - 9071385
Alignment:
Q  314 tgcaagtagagtttcaaactcacggtaagacatggtagtatgctgctgattttggcaagacaaaaggattgaaggagggtggcaagatttctatgtgtgt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  9071491 tgcaagtagagtttcaaactcacggtaagacatggtagtatgctgctgattttggcaagacaaaaggattgaaggagggtagcaagatttctatgcgtgt 9071392  T
Q  414 ggcctct 420  Q
    |||||||    
T  9071391 ggcctct 9071385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 8 - 113
Target Start/End: Original strand, 18139094 - 18139199
Alignment:
Q  8 aattaaacttatctaaatagcggcaaaaagagcgttgtaaacaaagtgcggtataagaaaaaacattatagaaacaaacagtcatcaatatcatatgatc 107  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  | | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18139094 aatttaacttgtctaaatagcggcaaaaagagcgttgtaaacaaagtgcagtataagaaaatacaccacataaacaaacagtcatcaatatcatatgatc 18139193  T
Q  108 tgaata 113  Q
    ||||||    
T  18139194 tgaata 18139199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 540 - 683
Target Start/End: Original strand, 18140821 - 18140974
Alignment:
Q  540 aaatgatggcaccaaagcttgcataacacaccaatgagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaa---------aac 630  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||         | |    
T  18140821 aaatgacggtaccaaagcttgcataacacaccaaggagactttaatgatgacatgtccacacttgagaggaaaattcaaatttgaaaatttgaaatcagc 18140920  T
Q  631 ttgaaat-caacattaaatgatggtaccaaagcttgcataatacaccaaggaga 683  Q
     | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  18140921 ataaaatgcaacattaaatgatggtaccaaagcttgcataacacacctaggaga 18140974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 672 - 752
Target Start/End: Original strand, 18140678 - 18140758
Alignment:
Q  672 acaccaaggagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaaattgaaatcatcattaaatg 752  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  18140678 acacaaaggagactttaatgatgacatgtccacacttgggagggaaattcaaatttgaaaacttgaaatcaacattaaatg 18140758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 471 - 537
Target Start/End: Original strand, 18140855 - 18140921
Alignment:
Q  471 ggagactttaatgatgacatgtccacacttnnnnnnnaaattcaaatttgaaaacttgatatcagca 537  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  18140855 ggagactttaatgatgacatgtccacacttgagaggaaaattcaaatttgaaaatttgaaatcagca 18140921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 56
Target Start/End: Original strand, 18138778 - 18138826
Alignment:
Q  8 aattaaacttatctaaatagcggcaaaaagagcgttgtaaacaaagtgc 56  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  18138778 aattaaacttctctaaatagcggcaaaaagagcattgtaaacgaagtgc 18138826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 757 - 788
Target Start/End: Original strand, 18140751 - 18140782
Alignment:
Q  757 attaaatgatggtaccaaagcttgcataacac 788  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18140751 attaaatgatggtaccaaagcttgcataacac 18140782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 48; Significance: 6e-18; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 807 - 878
Target Start/End: Original strand, 28336548 - 28336619
Alignment:
Q  807 ggagggaaaacacaaaagcaagtagggttaagcatttgcttgacctaattggcttttataataagtatgata 878  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  28336548 ggagggaaatcacaaaagcaattagggttaagcaattgcttgacctaattagcttttagagtaagtatgata 28336619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 823 - 878
Target Start/End: Complemental strand, 47503689 - 47503634
Alignment:
Q  823 agcaagtagggttaagcatttgcttgacctaattggcttttataataagtatgata 878  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||    
T  47503689 agcaattagggttaagcaattgcttgacttaattagcttttagagtaagtatgata 47503634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University