View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4589_low_2 (Length: 592)

Name: NF4589_low_2
Description: NF4589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4589_low_2
NF4589_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-568)||(8524462-8525026)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (67-568)||(42125067-42125571)
chr5 (66-568)||(42130300-42130796)
chr5 (120-496)||(34230918-34231288)
chr5 (126-557)||(41711829-41712256)
chr5 (247-568)||(34238889-34239204)
chr5 (56-353)||(42118489-42118780)
chr5 (386-568)||(42118787-42118970)
chr5 (64-557)||(41570059-41570546)
chr5 (506-568)||(34230834-34230896)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (7-568)||(25521054-25521615)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (126-568)||(12249956-12250392)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (56-563)||(11119842-11120340)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 568
Target Start/End: Original strand, 8524462 - 8525026
Alignment:
Q  1 tgtgttaggttagaaaaagacatagtatgaattgcccctttcaatgaacaataaaacagatttaagattctaagagaagtgctgcaacttaattctgaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||| |  |||  |||||   ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  8524462 tgtgttaggttagaaaaagacattg---gaatttccccatggaattgacaatttgacagatccaagattctaagagaagtgttgcaacttaattctggaa 8524558  T
Q  101 gttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatcc 200  Q
    |||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   | |    
T  8524559 gttggccttgaagttcatcattaaatgacatatctagttcttgaatacctggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttccgcttaatcttgtctctgc 8524658  T
Q  201 aaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctc 300  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8524659 aagattaagagtgaccaaagaggaagattggttgaatagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtatcatccaaaaacaactccctc 8524758  T
Q  301 aagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaa 400  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8524759 aagtttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtgctctctttccaaactaaattgtattgataagacccagagagatgaagtgattgtaatttgcaaa 8524858  T
Q  401 ggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataaga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524859 ggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaggtaactatgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataaga 8524958  T
Q  501 gtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgttag 568  Q
    | || |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524959 gccagagaaatcattgttagcaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgttag 8525026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 67 - 568
Target Start/End: Original strand, 42125067 - 42125571
Alignment:
Q  67 attctaagagaagtgctgcaacttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggc 166  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||||  ||||| |||| |||     ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42125067 attctaagagaagtactacaactcaattctggtagttgtccttcaaggttgtgattatatgacatatctaactcttgaatacttggtaaacaaagtaggc 42125166  T
Q  167 ttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatga 266  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||  ||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42125167 ttcttttcagttttccagttaatcctgttgatttaagattaagagtaaccaaagaggaagattggttgaagagcaaagcaatggagtttggtcttattga 42125266  T
Q  267 agacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataa--- 363  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||       
T  42125267 agacatatttgtattatccaaaaacagctccctcaaatttgttgcattttgaacaaatctcttcaaggtcgtctctttccaaactaactgatcataaccg 42125366  T
Q  364 taatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtga 463  Q
      ||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  42125367 gtatatccagagagatgaagtgattgtaatttggaaaggtgtgagatttgaattggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgcaa 42125466  T
Q  464 gactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtact 563  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||| || | |||||| ||||||||||||    
T  42125467 gactcataaacccaccaaacttagaatgaaaatgagagtaagagaaatcattgttagaaaggttgagtgtttgaagatgaacaagattgaaaagggtact 42125566  T
Q  564 gttag 568  Q
    |||||    
T  42125567 gttag 42125571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 66 - 568
Target Start/End: Original strand, 42130300 - 42130796
Alignment:
Q  66 gattctaagagaagtgctgcaacttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaagg 165  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  42130300 gattctaagagaagtgctacaactcaattctggaagttggccttgaagttcatcattatatgacatatctagctcttgaatacttgctaaacaaataagg 42130399  T
Q  166 cttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatg 265  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||  |   ||| |||||||| || |||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42130400 cttcttttcagttttccgcttaatcttgtgtaatgaagattaagagtgactaaagataaagattggttgaggagcaaagcaatggagtttggtcttattg 42130499  T
Q  266 aagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataata 365  Q
    |||||| ||||||    |||||||||| ||| |  || | |||||  |||||||  || ||||||||||| ||||||||||||| |||   || |||||     
T  42130500 aagacatatctgtggagtccaaaaacagctctcgtaaatctgttgcattttgcaacagcctcttcaaggtagtctctttccaaattaa---gtcataatt 42130596  T
Q  366 atgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgaga 465  Q
     |   |||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||  ||||  |||||||||||||||||| |||    
T  42130597 tt---cagagagatgaagtgattgtaatttggataggtgagagatttgagttggaatttcaccttctaagttactatcagacaagtcaagatgtgtaaga 42130693  T
Q  466 ctcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgt 565  Q
    |||  ||| |||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| | || | ||||||| ||||||||||| |    
T  42130694 ctctgaaatccacaaaacttataatgaaaatgagagtcaaagaaatcattgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaacaagatgaaaaagggtactat 42130793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 120 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 34231288 - 34230918
Alignment:
Q  120 attatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaa 219  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||| |||||   |||   || ||| ||||||||||||| |    
T  34231288 attatatgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaagattgtctctctaagattaagagtaaccaga 34231189  T
Q  220 gaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgca 319  Q
    ||| ||||| | ||||| |||||    ||||||||||||||||   ||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| ||  |||||| ||||||||    
T  34231188 gagaaagatcgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagacatgtctgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgca 34231089  T
Q  320 caagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttgg 419  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||      || || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||  ||    
T  34231088 caagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaactt------atcattcccagaaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgagaagg 34230995  T
Q  420 aatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaat 496  Q
    ||||||| ||| |||||||| |  ||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||    
T  34230994 aatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactcataaacccgccaaacttagaatgaaaat 34230918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 126 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 41712256 - 41711829
Alignment:
Q  126 tgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaa 225  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| || |||| | |  |||| || ||||| ||||||||||||  | |||| |||||||| ||||||| ||||    
T  41712256 tgacatatctagttcttgaatgcctggtaagcagagaatgttatttttaaggtttccgcttaatcctgtatctgcaagattaagagtcaccaaagtggaa 41712157  T
Q  226 gattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagttt--gttgtgttttgcacaag 323  Q
    || || ||||| |||||| | |||||||||||| ||| |||||||| |||||| | ||||||||| |  |  || || | |  |||| |||||||| |||    
T  41712156 gaatgattgaagagcaaatccatggagtttggttttattgaagacatatctgtgtcatccaaaaatagtttgcttaaatattagttgcgttttgcataag 41712057  T
Q  324 tctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatt 423  Q
     || || |||||||| |||||||||||||| |       ||||| |  ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  41712056 cctatttaaggtggtttctttccaaactaattc------ataattctgagagagatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatt 41711963  T
Q  424 tcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaa 523  Q
    ||||||| |||| |||||  ||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||| | |||||| ||||| |||||    
T  41711962 tcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaaccgaccaaacttagaatgaaaatgggagtaagagaaatcattgtaagaaa 41711863  T
Q  524 ggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaag 557  Q
    |||||||| |||| | || | |||||||||||||    
T  41711862 ggttgagtgtttggagatgaacaagatggaaaag 41711829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 247 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 34239204 - 34238889
Alignment:
Q  247 atggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttcc 346  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| ||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34239204 atggagttatgtcttaaagaagacatatctgaataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctctttaaggtggtctctttcc 34239105  T
Q  347 aaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgaga 446  Q
    ||||||      | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||   ||    | ||  |||    
T  34239104 aaacta------actcataatgcccagaaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtatgagatttgagaaggaatttcaccgccaacatgagtattaga 34239011  T
Q  447 caagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagca 546  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||  |||||||| |||| |||||| ||  || |||||  ||||||||||||||||||| |||| | || | ||    
T  34239010 caagtcaagatgtgtaagactcgtaaacctgccaaacttagaatcaaaataggaaccatagaaaccattgttagaaaggttgagtgtttggagatgaaca 34238911  T
Q  547 agatggaaaagggtactgttag 568  Q
    | || |||||||||||| ||||    
T  34238910 atattgaaaagggtactattag 34238889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 56 - 353
Target Start/End: Original strand, 42118489 - 42118780
Alignment:
Q  56 acagatttaagattctaagagaagt------gctgcaacttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatact 149  Q
    |||||| ||||||||||||||||||      ||||||||| ||||||| | |||| |||| || | ||   ||| ||||||||||||| ||||  || ||    
T  42118489 acagatctaagattctaagagaagtagtattgctgcaactcaattctggatgttggccttcaaattca---ttaaatgacatatctagctcttccatgct 42118585  T
Q  150 tggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatg 249  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  42118586 tggtaaacaaagtaggcttcttttcagttttccacttaatcctgtctctgcaagattaagagtaaccaaagaggaagattggttgaa------------- 42118672  T
Q  250 gagtttggtcttaatgaagac----aaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttc 345  Q
    ||||||||||||| |||||||    | || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||| |||||||||    
T  42118673 gagtttggtcttattgaagacatatatatttgtattatccaaaaacatctccctcaaatttgttgcattttgaacaaatctcttcaaggtcgtctctttc 42118772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 386 - 568
Target Start/End: Original strand, 42118787 - 42118970
Alignment:
Q  386 attgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaa-ctacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaact 484  Q
    ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  42118787 attgtaatttggataagtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaaactatgagacaagtcaagatgtgtaagactcaaaaaaccaccaaact 42118886  T
Q  485 ttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgttag 568  Q
    | |||||||||  |||  |  |||||| ||||   | |||||| ||| |||| | || | ||||||||||||||||| ||||||    
T  42118887 tagaatgaaaacgagaagcggagaaattattggatgcaaggtttagtgtttggagatgaacaagatggaaaagggtattgttag 42118970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 64 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 41570546 - 41570059
Alignment:
Q  64 aagattctaagagaagtgctgcaacttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaa 163  Q
    |||||||||||||||||||| || || || |||| |||||| |||| |||   |  ||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  41570546 aagattctaagagaagtgctacagctcaaatctggaagttgaccttcaaggttatcattctttgacatatctagctcttgaatatttggtaaacaaagaa 41570447  T
Q  164 ggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaa 263  Q
     | |  |||||   ||||| |||||||||||   |  |||  ||||| ||| ||||||||||||||  ||||| | | ||   |   |||||||  | |     
T  41570446 tgttatttttccaatttccacttaatcctgttctttgaagactaagactaatcaaagaggaagatttattgaagatcgaattcaacaagtttgggttgat 41570347  T
Q  264 tgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataa 363  Q
    ||||| || |||||| | ||||||| | |||||   |||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||| | || ||      
T  41570346 tgaagtcatatctgtttcatccaaatataactcttgcaaaattgttgcgttttgcacaagtctcttcaaagtggtttctttccaacttaactcgtcattt 41570247  T
Q  364 taatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacga-gacaagtcaagatgtgtg 462  Q
    | |      || ||| ||||||||  |||||   |||||| |||||||||||  |||| ||| |||| ||||  || |||| |||||||||||||||||     
T  41570246 tta------gaaagacgaagtgatgttaattgcaaaaggtatgagatttgaggaggaacttcgccttgaaagttac-acgaagacaagtcaagatgtgta 41570154  T
Q  463 agactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaag 557  Q
    ||||||  ||| ||||||||||  ||||| ||||  ||||  ||||||| ||||| |||||||||||||  ||| | || ||||||||| |||||    
T  41570153 agactcttaaatccaccaaactgagaatgcaaattggagttgaagaaatcattgtgagaaaggttgagtgattggagatgagcaagatgaaaaag 41570059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 506 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 34230896 - 34230834
Alignment:
Q  506 agaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgttag 568  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  ||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||    
T  34230896 agaaataattgttcgaaaggttgagcatttgaaggtgagcaagatggaaaagggtactattag 34230834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 250; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 7 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 25521615 - 25521054
Alignment:
Q  7 aggttagaaaaagacatagtatgaattgcccctttcaatgaacaataaaacagatttaagattctaagagaagtgctgcaacttaattctgaaagttgcc 106  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||  ||||    ||| ||  || ||||||||||||||||| || || ||||| | |||||| |    
T  25521615 aggttagaaaaagacatagtaggaatttccccttcgaatccacaagctgacaaatccaatattctaagagaagtgctacagctcaattccggaagttggc 25521516  T
Q  107 cttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggtt 206  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||  ||  ||| ||    
T  25521515 cttgaagttcatcattaaatgacatatctatttcttgaatacttggtaaacaaagaatgctccttttgaattttcctcttaatcctgttgatttaagatt 25521416  T
Q  207 aagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagttt 306  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||| ||||||||||||||||   || |||    
T  25521415 tagagtaaccaaagaggaagattggttgaaaagcaaagcaatggagtttggtcttatagaagacatatttgtataatccaaaaacaactcctgtaaattt 25521316  T
Q  307 gttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtg 406  Q
    ||||  ||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||   |||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25521315 gttgcattttgcaaaagcctctttaagatggtctctttccaaactaaaacataaccaaaatacccagaaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtgtg 25521216  T
Q  407 agatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaa 506  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| | ||||||||  ||| ||      
T  25521215 agatttgagttggaattttacctttaaagaaactaccagacaagtaaagatgtgtaagactctgaaacccaccaaacttagcatgaaaatgggagccagt 25521116  T
Q  507 gaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgttag 568  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  25521115 gaaatcattgtaagaaaggttgagtttttgaatatgagcaagatggaaaagagtactattag 25521054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 105; Significance: 4e-52; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 126 - 568
Target Start/End: Original strand, 12249956 - 12250392
Alignment:
Q  126 tgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttc-agttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagagga 224  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |  |||||||  | |||||| |||||| ||||  ||  ||| ||||||||||||||| ||||    
T  12249956 tgacatgtctagctcttgaatacttggcaaacaaaga-gcattcttttttaattttccacttaattctgttgatttaagattaagagtaaccaaatagga 12250054  T
Q  225 agattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagt 324  Q
    |||||  ||||| || |||   ||||||||| |||||| ||||||||  | ||| | ||  ||||| | ||||||||| |||||||  ||||||||||      
T  12250055 agatttattgaagagaaaatttatggagtttagtcttattgaagacatgtttgtttgatttaaaaatagctccctcaaatttgttgcattttgcacaaac 12250154  T
Q  325 ctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaattt 424  Q
    |||||||| ||||| ||   ||||| |||||       | ||| | | || ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  12250155 ctcttcaacgtggtttccccccaaattaaatc------aaaattctcggagagatgaagtgattctaatttggaaaggtgtgagatttgagttggaactt 12250248  T
Q  425 cacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaag 524  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||| ||||||||||  ||||   |||||| ||||  ||||||    
T  12250249 cacctttaaagaaactattagacaagtcaagatgtgtaagattaaagaatccaccaaacttagaatgaaaatgggagtttgagaaatcattggaagaaag 12250348  T
Q  525 gttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgttag 568  Q
    ||||||| |||| | || |||||||| |||||||||||| ||||    
T  12250349 gttgagtgtttggagatgagcaagatcgaaaagggtactattag 12250392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 9e-47; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 56 - 563
Target Start/End: Original strand, 11119842 - 11120340
Alignment:
Q  56 acagatttaagattctaagagaagtgctgcaacttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaa 155  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||| ||      ||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  11119842 acagatctaagattctaagagaaatgctgcaactcaattctggaagttggccttcaaagttgggattatccgacatatatagctcttgaatacttggtaa 11119941  T
Q  156 acaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagttt 255  Q
    |||||||| | |  ||||||  || || |||||| | ||   |  |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  11119942 acaaagaaagttatttttcaagttcccacttaattcagttgctttaagactaagtataaccaaagaggaagattggttgaagagcaaaggaaaggagttt 11120041  T
Q  256 ggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaat 355  Q
    ||||||| |||||||| ||  ||  ||| |||||||| |||    || | |||||  |||||||  ||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |    
T  11120042 ggtcttattgaagacatattagttctatacaaaaacagctcttgtaaatctgttgcattttgcagcagtctgttcaaggtgatctctttcaaaactaact 11120141  T
Q  356 tgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaag 455  Q
              || |||||| |||| ||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| | || |  ||||  |||||||| |||    
T  11120142 c---------attcccagagagataaagggattgtaatttggaaagatatgagatttgagttggaatttcaccataaatgttactataagacaagtaaag 11120232  T
Q  456 atgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaa 555  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||  |||| |  |||||| |||||    |||||||||| |||| | || | |||||||||||    
T  11120233 atgtgtaagactctgaaacccaccaaacttagaatgaaaacgagagccggagaaattattgtatacaaggttgagtgtttggagatgaacaagatggaaa 11120332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University