View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4590-Insertion-1 (Length: 993)

Name: NF4590-Insertion-1
Description: NF4590
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4590-Insertion-1
NF4590-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-972)||(8793776-8794747)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 777; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 777; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 972
Target Start/End: Original strand, 8793776 - 8794747
Alignment:
Q  8 atatgtttaaaatttgcttattaatcaaaacatannnnnnnggaaaaacaatctattaagtacatagcaacatagagagtatactttgcaagagcgatat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8793776 atatgtttaaaatttgcttattaatcaaaacatatttttttggaaaaacaatctattaagtacatagcaacatagagagtatactttgcaagagccatat 8793875  T
Q  108 aatggttggttgttcaggtgtttgacctttcgttcattcactggacatttgaattgtgaagtagctacttgagtaatttcttgtcggtcggtgcaacaaa 207  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8793876 aatggttgtttgttcaggtgtttgacctttcgttcattcactggacatttgaattgtgaagtagctacttgagtaatttcttgtcggtcggtgcaacaaa 8793975  T
Q  208 cttggtttcttgtagcttgggaatgcttcatttataatttaattaaacagcttaattttttattgggtatgaacaggaattgcattatggatctctgttt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8793976 cttggtttcttgtagcttgggaatgcttcatttataatttaattaatcagcttaattttttattgggtatgaacaggaattgcattatgaatctctgttt 8794075  T
Q  308 tgtcctggcaatcttacgtgctactaatacttcctcaatttctaccatgcatgctagttcattacattcatgtatgttttttcattgcatcccttcccta 407  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8794076 tgtcctggcaatcttacgtactactagtacttcctcaatttctatcatgtatgctagttcattacattcatgtatgttttttcattgcatcccttcccta 8794175  T
Q  408 ccagctaaataattgataccgacatgattttttatttgattagtttaattcctctttaattacaaattcaggttataagattaatgatgttacttgagnn 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  8794176 ccagctaaataattgataccgacatgattttttatttgattagtttaattcctctttaattacaaattcaggttataagattaatgatgttacttgagtt 8794275  T
Q  508 nnnnnaataaattcaggtcagaatgttatggtgagtttgcaaaatgtgtttccctatgcata--------nnnnnnnnnacaattccctacgcatattgt 599  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||    
T  8794276 ttattaataaattcaggtcagaatgttatggtgagtttgcaaaatgtgtttccctatgcatatttttttttttttttttacaattccctacgcatattgt 8794375  T
Q  600 ccttgtatttgtctcttgagcaataataatgatgaggatagcttacatattttcttcaagcacccaagtagttgtaatgtgtggagattatgaaggcttt 699  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8794376 ccttgtatttgtgtcttgagcaataataatgatgaggatagcttacatattttcttcaagcacccaagtagttgtaatgtgtggagattatgaaggcttt 8794475  T
Q  700 cacaacttgtgagtgatgtggtgaacataatccaagacgcttaaagtattgtttgtcaaattttacaacaattaaaaaatatagaggctgctttatttgc 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8794476 cacaacttgtgagtgatgtggtgaacataatccaagacgcttaaagtattgtttttcaaattttacaacaattgaaaaatatagaggctgctttatttgc 8794575  T
Q  800 ttttgttttgtggagtatttgaaaatacagaaacaatcaaatttggaataatttgggttgatgatcagtttatgggttgttgaacggtctagtgtgctgc 899  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  8794576 ttatgttttgtggagtatttgaaaatacagaaacaatcaaatttggaataattt-ggttgatgatcagtttat-ggttgttgaacggtctagtgagctgc 8794673  T
Q  900 aagaatg-aaatcagttagacaaatcgtatttttatct-atccgaatcagaccaatatactactatttgaggatg 972  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8794674 aagaatgaaaatcagttaaacaaatcgta-ttttatctaatccgaatcagaccaatataatactatttgaggatg 8794747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University