View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4592-Insertion-1 (Length: 948)

Name: NF4592-Insertion-1
Description: NF4592
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4592-Insertion-1
NF4592-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-947)||(44560292-44561233)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 836; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 836; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 947
Target Start/End: Original strand, 44560292 - 44561233
Alignment:
Q  7 agtatttctatccccatcatatacaaccagttagcccgagacctctgatgccacatcattcctcctaatacaacactttagttaattccttatgcaaaga 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44560292 agtatttctatccccatcatatacaaccagttagcccgagacctctgatgccacatcattcctcctaatacaacacttcagttaattccttatgcaaaga 44560391  T
Q  107 atgttcaagtcgagaaagataacgagactcatgtcatgaggttgacg-cnnnnnnnnattgtctcctaaacaagccaacaattccttcttctttattaca 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560392 atgttcaagtcgagaaagataacgagactcatgtcatgaggttgacgtcttttttttattgtctcctaaacaagccaacaattccttcttctttattaca 44560491  T
Q  206 ctaccaaagtaaattgtcctccacatcttcaattcaacctctaccttgctcaacttctcaatcaaatcatgaccaagattccaccatctgatcaaatcca 305  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44560492 ctaccaaagttaattgtcctccacatcttcaattcaacctctaccttgctcaacttctcaatcaaatcatgaccatgattccaccatctgatcaaatcca 44560591  T
Q  306 ttttaaaatagtcataagtttgccatatgctctcaaactgaaaaggactgtcaacaacaaaaccctgcatgccacggtgatcataaaaggccacctgcag 405  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  44560592 ttttaaaatagtcatgagtttgccatatgctctcaaactgaaaaggactgtcaacaaccaaaccctgcatgccatggtgatcataaaaggccacctgcag 44560691  T
Q  406 aagagttttgactaaaccattagggaaatcaattctccaaagatcataactcaaatctctatccaacctctcataaactctaggtccattattataaatt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560692 aagagttttgactaaaccattagggaaatcaattctccaaagatcataactcaaatctctatccaacctctcataaactctaggtccattattataaatt 44560791  T
Q  506 agagatcaaaaaggttgcgagcatcacttgtatccgtgaacagcctacatcttcaaacgctctctagagcaccgcttttcttctcatcttgagacaacat 605  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44560792 agagatcaaaaaggttgcaagcatcacttgta-ccgtgaacagcctacatcttcaaacgctctctagagcaccgcctttcttctcatcttgagacaacat 44560890  T
Q  606 tgaaatcgccaacaagcatccactggtcttgcatacttccaacaatgtttctgaggtctcccctccactggactaccataaattgccgtaagaaacaaaa 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560891 tgaaatcgccaacaagcatccactggtcttgcatacttccaacaatgtttctgaggtcccccctccactggactaccataaattgccgtaagaaacaaaa 44560990  T
Q  706 ctcgtcttccatgaaaaactacagaaaatcttttataaagcaagaattatccaaaccccctgcttccacgctatcataatcccaccagagtaatctgtat 805  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44560991 ctcgtcttccatgaaaaactacggaaaatcttctataaagcaagaattatccaaaccccctgcttccacgctatcataatcccaccagagtaatctgtat 44561090  T
Q  806 tctcggaaataacaaaaccatcaaaatccaacatcgtaatagatcttttaatctttagaggatggggtacgcaactccataagaatcataacttcagggt 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44561091 tctcggaaataacaaaaccatcaaaatccaacatcgtaatagatcttttaatctttagaggat-gggtacgcaactccataagaatcataacttcagggt 44561189  T
Q  906 agtaagaattcacaagtattcattg-agttttgt-atttgagtc 947  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  44561190 agtaagaattcacaagtattcattgaagttttgtaatttgagtc 44561233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University