View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4592-Insertion-3 (Length: 783)

Name: NF4592-Insertion-3
Description: NF4592
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4592-Insertion-3
NF4592-Insertion-3
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (447-662)||(46700080-46700295)
chr1 (161-386)||(46700440-46700666)
chr1 (672-783)||(17127411-17127522)
chr1 (672-777)||(21973886-21973991)
chr1 (691-781)||(26273023-26273113)
chr1 (700-783)||(48606704-48606787)
chr1 (700-783)||(52753909-52753992)
chr1 (700-783)||(9637121-9637204)
chr1 (700-783)||(25017386-25017469)
chr1 (700-779)||(30559101-30559180)
chr1 (725-783)||(35949070-35949128)
chr1 (700-783)||(14498898-14498980)
chr1 (700-783)||(40864811-40864894)
chr1 (87-149)||(46700724-46700786)
chr1 (700-783)||(32379947-32380027)
chr1 (726-775)||(30054847-30054896)
chr1 (188-254)||(46678094-46678160)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (672-783)||(134946-135057)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (668-783)||(214253-214368)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (668-783)||(21958480-21958595)
chr8 (672-777)||(30791556-30791661)
chr8 (672-783)||(16532723-16532834)
chr8 (714-783)||(9256403-9256472)
chr8 (700-782)||(13152487-13152569)
chr8 (701-783)||(27190772-27190854)
chr8 (700-783)||(28846621-28846701)
chr8 (702-783)||(14446834-14446915)
chr8 (700-781)||(24333714-24333795)
chr8 (725-783)||(10467789-10467847)
chr8 (717-777)||(42446935-42446995)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (672-783)||(19399950-19400061)
chr7 (672-783)||(27387398-27387509)
chr7 (672-783)||(26493806-26493917)
chr7 (672-783)||(38575381-38575492)
chr7 (679-783)||(45197623-45197726)
chr7 (700-783)||(43727996-43728079)
chr7 (708-783)||(9230409-9230484)
chr7 (700-783)||(23179977-23180060)
chr7 (700-778)||(8638614-8638692)
chr7 (714-783)||(18375420-18375489)
chr7 (700-746)||(23804627-23804673)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (672-783)||(31989001-31989112)
chr3 (672-783)||(24908485-24908596)
chr3 (672-783)||(53710370-53710481)
chr3 (672-783)||(43137099-43137210)
chr3 (672-781)||(37381963-37382072)
chr3 (700-783)||(15667973-15668056)
chr3 (695-781)||(43585815-43585898)
chr3 (703-783)||(3856968-3857048)
chr3 (700-783)||(51261979-51262062)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (672-783)||(27364855-27364966)
chr4 (672-783)||(55464752-55464863)
chr4 (695-783)||(12211318-12211406)
chr4 (679-783)||(42843686-42843790)
chr4 (700-783)||(31944616-31944699)
chr4 (700-783)||(53693126-53693209)
chr4 (700-783)||(4325412-4325495)
chr4 (745-783)||(3074414-3074452)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (663-777)||(259881-259995)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (672-783)||(1280350-1280461)
chr5 (672-783)||(203823-203933)
chr5 (672-777)||(26540753-26540858)
chr5 (700-783)||(3055482-3055565)
chr5 (700-783)||(8785782-8785865)
chr5 (700-783)||(11852715-11852798)
chr5 (700-783)||(23244662-23244745)
chr5 (719-781)||(22541905-22541967)
chr5 (737-783)||(27168895-27168941)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (672-783)||(24074384-24074495)
chr6 (704-783)||(11970964-11971043)
chr6 (700-783)||(12180617-12180700)
chr6 (707-783)||(25599159-25599235)
chr6 (739-783)||(3050902-3050946)
chr6 (700-783)||(25340445-25340528)
chr6 (700-783)||(32442066-32442146)
[»] scaffold0168 (1 HSPs)
scaffold0168 (672-777)||(15786-15891)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (672-777)||(197077-197182)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (672-777)||(22464642-22464747)
chr2 (672-777)||(22483521-22483626)
chr2 (672-777)||(34526324-34526429)
chr2 (672-783)||(35649752-35649861)
chr2 (700-783)||(12539574-12539656)
chr2 (700-783)||(34317559-34317642)
chr2 (672-783)||(33453280-33453391)
chr2 (691-783)||(19951923-19952015)
chr2 (729-783)||(13308745-13308799)
[»] scaffold0178 (1 HSPs)
scaffold0178 (700-783)||(17740-17823)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (700-783)||(435442-435530)
[»] scaffold0198 (1 HSPs)
scaffold0198 (734-783)||(1430-1479)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 164; Significance: 3e-87; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 447 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 46700295 - 46700080
Alignment:
Q  447 ttcatatttttatgcttgaaaatatgcaggatgattacttgtttcacatctacctctttagtctactctcagttgaggaggctgtctctattgaagaatt 546  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||    
T  46700295 ttcatatctttatgcttgaaaatatgcaggatgattacttgtttcacatctacctctttagtctactctcagttgaggaagcagtctctattaaagaatt 46700196  T
Q  547 gcttggctatacacaagatgactctatgaaggattcgtctaaggttgatcctctaatctcaattattgaagggccataaccaaatgagggtggaacaatt 646  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  46700195 gcttggctatacagaagatgactctatggaggattcatctcaggatgatcctctaatctcaattattgaagggccagaaccaattgagggtggaacaaat 46700096  T
Q  647 atttgggaagatgatc 662  Q
    ||||||||||| ||||    
T  46700095 atttgggaagacgatc 46700080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 161 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 46700666 - 46700440
Alignment:
Q  161 tttttcccatcgatactacccttttcttatattgtacgcaatgtttctttcaaaattctctgtcttctctaacgaattgggaagtttcttgaagttt-ct 259  Q
    ||||||||||| || |||| |||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||    
T  46700666 tttttcccatcaatgctactcttttcatatattttatacaatgtttctttcaaaattctttgtcttctctatcaaatcgggaagtttcttgaagttttct 46700567  T
Q  260 ctttgccccattttcttagtttctatgtttcttgcttttgagaagcaagttgatcttgttttaatccaaatttagatgggttttcatgttttcttttcat 359  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| |    
T  46700566 ctttgccccattttcttagtttctgtgtttcttgcttctgagaagcaagttgattttgttttaatccagatttagatggggtttgatgttttcttttcct 46700467  T
Q  360 caaaattattaaaatgccactcacttc 386  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||    
T  46700466 caaaattattaaaatgtaactcacttc 46700440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Original strand, 17127411 - 17127522
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||    
T  17127411 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcgct 17127510  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  17127511 tgatgatgttga 17127522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 672 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 21973991 - 21973886
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||    
T  21973991 caatgaagattatcaagactaaattgtgcaacaagattaacaatgagtggttaaatgatttgatgatatgttacactgagcgggagatattcaaatcact 21973892  T
Q  772 tgatga 777  Q
    ||||||    
T  21973891 tgatga 21973886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 691 - 781
Target Start/End: Complemental strand, 26273113 - 26273023
Alignment:
Q  691 taaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgtt 781  Q
    ||||||| ||||||| |||||| |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26273113 taaattgcgcaacaaaatcaacgatgtgttgttcaatgatttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacgtgatgatgtt 26273023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 48606787 - 48606704
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  48606787 caacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtaacttgataatgttga 48606704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 52753992 - 52753909
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  52753992 caacatgatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacatcgaacgggagatattcaagtcatttgatgatgttga 52753909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 9637121 - 9637204
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  9637121 caacaagatcaatgatgcgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggtgatattcaagtcacttgatgatgttga 9637204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 25017386 - 25017469
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25017386 caacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatcttacaccgagcgagagatattcaaatcacttgatgatgttga 25017469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 700 - 779
Target Start/End: Complemental strand, 30559180 - 30559101
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatg 779  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  30559180 caacaagatcaacgatgtgtggttctatgacttgatgatatgttacaccgagcgagagatattcaagtcacttgatgatg 30559101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 725 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 35949128 - 35949070
Alignment:
Q  725 aatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35949128 aatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttga 35949070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 14498898 - 14498980
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||| ||||||| || ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14498898 caacatgatcaacgatttgtggtc-aatgacttgatgatatcttacatcgagcgggagatattcaagtcatttgatgatgttga 14498980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 40864894 - 40864811
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |  | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  40864894 caacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatcttacaccgaacgagggatattcaagtcacttgataatgttga 40864811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 87 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 46700786 - 46700724
Alignment:
Q  87 gcatgtggggtttttaatttaagggaagtggttaaaacttgaactattcaacttgtgttttta 149  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||    
T  46700786 gcatgtggggtttttaatttaagtgaagtggttgaaacttgaacaattcaatttgtgttttta 46700724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 32380027 - 32379947
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||   |||||||| | | | |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32380027 caacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgat---atgttacaccaaacgggagatattcaattcacttgatgatgttga 32379947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 726 - 775
Target Start/End: Original strand, 30054847 - 30054896
Alignment:
Q  726 atgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgat 775  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30054847 atgacttaatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgat 30054896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 188 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 46678160 - 46678094
Alignment:
Q  188 tatattgtacgcaatgtttctttcaaaattctctgtcttctctaacgaattgggaagtttcttgaag 254  Q
    |||| |||| || |||||||||||||| |||| ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||    
T  46678160 tataatgtatgccatgtttctttcaaagttctttgtcttcgctatcaaattgggaaatttcttgaag 46678094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 135057 - 134946
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  135057 caatgaagattatcaagactaaattgtgcaacaagatgaacaatgtgtggttaaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcact 134958  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  134957 tgatgatgttga 134946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 668 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 214368 - 214253
Alignment:
Q  668 tcaccaatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagt 767  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  214368 tcaccaatgaagattatcaagactaaattacgcaacaagatcaacaatatgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcaggagatattcgagt 214269  T
Q  768 cacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||||||    
T  214268 cacttgatgatgttga 214253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 668 - 783
Target Start/End: Original strand, 21958480 - 21958595
Alignment:
Q  668 tcaccaatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagt 767  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  21958480 tcaccaatgaagattatcaagactaaattacgcaacaagatcaacaatatgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcaggagatattcgagt 21958579  T
Q  768 cacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||||||    
T  21958580 cacttgatgatgttga 21958595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 672 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 30791661 - 30791556
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  30791661 caatgaagattatcaagattaaattgcgcaacaagatcaagaatgagtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcact 30791562  T
Q  772 tgatga 777  Q
    ||||||    
T  30791561 tgatga 30791556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 16532834 - 16532723
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||   |||||||||||||||||    
T  16532834 caatgaagattatcaagactaaattacacaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttataccaagtgagagatattcaagtcact 16532735  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  16532734 tgatgatgttga 16532723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 714 - 783
Target Start/End: Original strand, 9256403 - 9256472
Alignment:
Q  714 atgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9256403 atgtgtggtttaatgacttgatgatatgttacatcgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttga 9256472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 700 - 782
Target Start/End: Complemental strand, 13152569 - 13152487
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttg 782  Q
    ||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13152569 caacatgatcaacgctgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacatcgagcgggagatattcaagtcatttgatgatgttg 13152487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 701 - 783
Target Start/End: Original strand, 27190772 - 27190854
Alignment:
Q  701 aacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27190772 aacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttgcacctagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttga 27190854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 28846621 - 28846701
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28846621 caacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatgt---acatcgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttga 28846701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 702 - 783
Target Start/End: Original strand, 14446834 - 14446915
Alignment:
Q  702 acaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14446834 acaagatcaacgatttgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccaagagagagatattcaagtcacttgatgatgttga 14446915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 700 - 781
Target Start/End: Original strand, 24333714 - 24333795
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgtt 781  Q
    ||||||||||||| |||| || || |||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24333714 caacaagatcaacgatgtatgattcaatgactttatgatatgttacactgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgtt 24333795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 725 - 783
Target Start/End: Original strand, 10467789 - 10467847
Alignment:
Q  725 aatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  10467789 aatgacttgatgatatgttacatcgagcgggagataatcaagtcatttgatgatgttga 10467847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 717 - 777
Target Start/End: Original strand, 42446935 - 42446995
Alignment:
Q  717 tgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatga 777  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  42446935 tgtggttgaatgacgtgattatatgttacatcgagcggaagatattcaagtcacttgatga 42446995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Original strand, 19399950 - 19400061
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||    
T  19399950 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcgct 19400049  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  19400050 tgatgatgttga 19400061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 27387509 - 27387398
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  27387509 caatgaagattattaagactaaattgcgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcact 27387410  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  27387409 tgatgatgttga 27387398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 26493917 - 26493806
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  26493917 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagatgaacaatgtgtggttaaatgacttgatgatacgttacaccgagcgggagatattcaagtcact 26493818  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  26493817 tgatgatgttga 26493806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 38575492 - 38575381
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||    
T  38575492 caatgaagattattaagactaaattgcgcaacaatatcaacaatgggtggttgaacgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattaaagtcact 38575393  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  38575392 tgatgatgttga 38575381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 679 - 783
Target Start/End: Original strand, 45197623 - 45197726
Alignment:
Q  679 gattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgat 778  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  45197623 gattatcaagattaaattgcgcaacaagatcaacaatgtgtggttcaatgacttgatgatatatt-catcgagcaggagatattcaagtcacttgacgat 45197721  T
Q  779 gttga 783  Q
    |||||    
T  45197722 gttga 45197726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 43727996 - 43728079
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  43727996 caacatgatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttatatcgaacgggagatattcaagtcagttgatgatgttga 43728079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 708 - 783
Target Start/End: Original strand, 9230409 - 9230484
Alignment:
Q  708 tcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9230409 tcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacatagagcgggagatactcaagtcatttgatgatgttga 9230484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 23180060 - 23179977
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  23180060 caacaagatcaacgatgtgtgtttcaataacttgatgatatgttacaccgagcgagagatattcaaggcacttgataatgttga 23179977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 700 - 778
Target Start/End: Original strand, 8638614 - 8638692
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgat 778  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||| ||||||||    
T  8638614 caacaagatcaacgacgtgtggtttaattacttgatgatatgttataccgaacaagagatattcaagtcatttgatgat 8638692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 714 - 783
Target Start/End: Original strand, 18375420 - 18375489
Alignment:
Q  714 atgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  18375420 atgtgtggttcaatgacttgatgatatattacatggagcgggagatattcaaatcactagataatgttga 18375489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 700 - 746
Target Start/End: Complemental strand, 23804673 - 23804627
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttaca 746  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||    
T  23804673 caacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgttgatatattaca 23804627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Original strand, 31989001 - 31989112
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  31989001 caatgaagattattaagactaaattgcgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcact 31989100  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  31989101 tgatgatgttga 31989112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 24908596 - 24908485
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||    
T  24908596 caatgaagattatcaagagtaaattgcgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccaagcaggagatattcaagtcgct 24908497  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||| ||||||||    
T  24908496 tgaagatgttga 24908485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Original strand, 53710370 - 53710481
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  53710370 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagatcaacaatggatggttgaatgacttgatgatctgttacaccgagcgggagatattcaagtcact 53710469  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  53710470 tgatgatgttga 53710481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Original strand, 43137099 - 43137210
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  43137099 caatgaagattatcaactctaaattgcgcaacaagatcaacgatgtatggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcact 43137198  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  43137199 tgatgatgttga 43137210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 672 - 781
Target Start/End: Complemental strand, 37382072 - 37381963
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    ||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||| |    
T  37382072 caatgaagattatcaagtctaaatttcgcaacaagatcaacgatgtgtggttaaatgactcgatgatatattacactgagcatgagatattcaagtcatt 37381973  T
Q  772 tgatgatgtt 781  Q
    ||||||||||    
T  37381972 tgatgatgtt 37381963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 15667973 - 15668056
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15667973 caacaagatcaaggatgtgtggttcaataacttgatgatatgttataccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttga 15668056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 695 - 781
Target Start/End: Original strand, 43585815 - 43585898
Alignment:
Q  695 ttgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgtt 781  Q
    ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  43585815 ttgtgcaacaagatcaacaac---tggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatatccaagttacttgacgatgtt 43585898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 703 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 3857048 - 3856968
Alignment:
Q  703 caagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||   |||  |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3857048 caagatcaacgatgtgtggttaaatgacttgatgacatgttactcagagtgggagatattcaagtcatttgatgatgttga 3856968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 51261979 - 51262062
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| | |||||||  ||||| ||||||||||||||||   ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  51261979 caacaagatcaacgaagtgtggtacaatgaattgatgatatgttacactaagcggaagatattcaagtcacttgatgatgttga 51262062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 88; Significance: 7e-42; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Original strand, 27364855 - 27364966
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  27364855 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagatcaacagtgtgtggttaaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcact 27364954  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  27364955 tgatgatgttga 27364966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 55464863 - 55464752
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||    
T  55464863 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagaaaatcaagtcact 55464764  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  55464763 tgatgatgttga 55464752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 695 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 12211406 - 12211318
Alignment:
Q  695 ttgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  12211406 ttgtgcaacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgaacaggagatattcaagtcatttgatgatgttga 12211318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 679 - 783
Target Start/End: Original strand, 42843686 - 42843790
Alignment:
Q  679 gattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgat 778  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||   ||||||||||||||||||||||||    
T  42843686 gattattaagactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggtttaatgagttgatgatatgttatattgagtgagagatattcaagtcacttgatgat 42843785  T
Q  779 gttga 783  Q
    |||||    
T  42843786 gttga 42843790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 31944616 - 31944699
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31944616 caacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagtgtgagatattcaagtcacttgatgatgttga 31944699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 53693209 - 53693126
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  53693209 caacatgatcaacggtgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacatcgagcgggagataatcaaggcacttgatgatgttga 53693126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 4325412 - 4325495
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  4325412 caacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagtgggagataatcaacccacttgatgatgttga 4325495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 745 - 783
Target Start/End: Original strand, 3074414 - 3074452
Alignment:
Q  745 catcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3074414 catcgagcgggagataatcaagtcacttgatgatgttga 3074452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 83; Significance: 7e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 663 - 777
Target Start/End: Original strand, 259881 - 259995
Alignment:
Q  663 ttttgtcaccaatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatatt 762  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  259881 ttttttcagcaatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagatcaacaatgagtggttcaatgacttgatgatatgttacatcgagcgggatatatt 259980  T
Q  763 caagtcacttgatga 777  Q
    |||||||||||||||    
T  259981 caagtcacttgatga 259995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 80; Significance: 4e-37; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Original strand, 1280350 - 1280461
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  1280350 caatgaagattatcaagtctaaattgcgcaataagatcaacaatgtgtggttcaatgatttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcact 1280449  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  1280450 tgatgatgttga 1280461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Original strand, 203823 - 203933
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  203823 caatgaaaattatcaagactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgta-taaaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcact 203921  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  203922 tgatgatgttga 203933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 672 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 26540858 - 26540753
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  26540858 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagattaacaatgagtggttaaatgatttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcact 26540759  T
Q  772 tgatga 777  Q
    ||||||    
T  26540758 tgatga 26540753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 3055482 - 3055565
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3055482 caacatgatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacatcgagcgggagatattcaagtcatttgatgatgttga 3055565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 8785782 - 8785865
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||    
T  8785782 caacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgataatatattacatcaagcgggagatattcaattcagttgatgatattga 8785865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 11852715 - 11852798
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  11852715 caacaagatgaaagatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgaacgggagatatttaactcacttgatgatgttga 11852798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 23244745 - 23244662
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||| | || ||||| |||||||||||||||||||    
T  23244745 caacaagatcaacgatgtgtcgttcaatgacttgatgatatgttatgtcgagcggaagttattctagtcacttgatgatgttga 23244662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 719 - 781
Target Start/End: Original strand, 22541905 - 22541967
Alignment:
Q  719 tggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgtt 781  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||    
T  22541905 tggttgaatgacttgatgatatgttacatcgaacggaagatattcaagtcactcgatgatgtt 22541967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 737 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 27168941 - 27168895
Alignment:
Q  737 atatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27168941 atatgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgataatgttga 27168895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Original strand, 24074384 - 24074495
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    ||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||    
T  24074384 caatgaagattgtgaagactaaattgcgcaacaagatcaacaatgtgtggtaaaatgacttgatgatatgttacaccgagggggagatattcaagttact 24074483  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  24074484 tgatgatgttga 24074495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 704 - 783
Target Start/End: Original strand, 11970964 - 11971043
Alignment:
Q  704 aagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11970964 aagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatcatatgttacaccgagcggaagatattcaagtcacttgatgatgttga 11971043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 12180700 - 12180617
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  12180700 caacaagatcaacattgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagtgggagaaattcaagtcacttgatgttgttga 12180617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 707 - 783
Target Start/End: Original strand, 25599159 - 25599235
Alignment:
Q  707 atcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||| | ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25599159 atcaacgacgtgcggttcaatgacttgatggtatgttacatcgagtgggagataatcaagtcacttgatgatgttga 25599235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 739 - 783
Target Start/End: Original strand, 3050902 - 3050946
Alignment:
Q  739 atgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3050902 atgttacaccgagcgggagatattcaagtcacttgatgatgttga 3050946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 25340445 - 25340528
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||  ||||||| || | ||| |||||||||||||||| | ||  | ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25340445 caacaagatcaatgatgtgtgattaagtgatttgatgatatgttacacccagtggaagatatttaagtcacttgatgatgttga 25340528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 32442146 - 32442066
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||| ||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |  | |||||||||||||||||    
T  32442146 caacatgattaacgatgtgtggttcaatgactt-atgatatgttacatcgagcggaagataat--aatcacttgatgatgttga 32442066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168 (Bit Score: 70; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0168
Description:

Target: scaffold0168; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 672 - 777
Target Start/End: Original strand, 15786 - 15891
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  15786 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagattaacaatgagtggttaaatgatttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcact 15885  T
Q  772 tgatga 777  Q
    ||||||    
T  15886 tgatga 15891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 70; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 672 - 777
Target Start/End: Original strand, 197077 - 197182
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  197077 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagattaacaatgagtggttaaatgaattgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcact 197176  T
Q  772 tgatga 777  Q
    ||||||    
T  197177 tgatga 197182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 70; Significance: 4e-31; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 672 - 777
Target Start/End: Original strand, 22464642 - 22464747
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  22464642 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagattaacaatgagtggttaaatgatttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcact 22464741  T
Q  772 tgatga 777  Q
    ||||||    
T  22464742 tgatga 22464747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 672 - 777
Target Start/End: Original strand, 22483521 - 22483626
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  22483521 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagattaacaatgaatggttaaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcact 22483620  T
Q  772 tgatga 777  Q
    ||||||    
T  22483621 tgatga 22483626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 672 - 777
Target Start/End: Original strand, 34526324 - 34526429
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  34526324 caatgaagattatcaagactaaattgcgcaacaagattaacaatgagtggttaaatgatttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcact 34526423  T
Q  772 tgatga 777  Q
    ||||||    
T  34526424 tgatga 34526429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 35649861 - 35649752
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcact 771  Q
    ||||||||||||| || |||||||||  | | ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |    
T  35649861 caatgaagattataaagactaaattg--ccagaagatcaacgatgtgttgttcaatgacttgatgatatgttacaccgagcgggagatattcaagtcatt 35649764  T
Q  772 tgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||    
T  35649763 tgatgatgttga 35649752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 12539574 - 12539656
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12539574 caacaagatcaacaatgcgtggttcaatgacttgatgatatgtta-accgagcataagatattcaagtcacttgatgatgttga 12539656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 34317642 - 34317559
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34317642 caacaagatcaatgatgtgtggttcaatgacttgatgatatgttacaccgagtaagagatattcaagtcacttcatgatgttga 34317559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 672 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 33453391 - 33453280
Alignment:
Q  672 caatgaagattatcaatactaaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatg-ttacatcgagcaggagatattcaagtcac 770  Q
    ||||||||||||||||  ||||| || |||||||||||||| |||||||| | |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  33453391 caatgaagattatcaagtctaaactgcgcaacaagatcaacgatgtgtgg-tcaatgacttcatcatatgtttacaccgagcgggagatatttaagtcac 33453293  T
Q  771 ttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||||||    
T  33453292 ttgatgatgttga 33453280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 691 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 19952015 - 19951923
Alignment:
Q  691 taaattgtgcaacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||| |||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||| ||||||| |||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19952015 taaattgcgcaacaagattaacgatgtatggttcaatgacttgacgatatgtcacactgagcgagagatattcaagtcacttgatgatgttga 19951923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 729 - 783
Target Start/End: Original strand, 13308745 - 13308799
Alignment:
Q  729 acttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13308745 acttgatgatatgttacaccgagcgagagatattcaagtcacttgatgatgttga 13308799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0178 (Bit Score: 60; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0178
Description:

Target: scaffold0178; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Original strand, 17740 - 17823
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  17740 caacaagatcaacgatgtgtggttcaatgacttgatgatacgttacatcgagcgggagatatttaagtcacttgctgatgttga 17823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 700 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 435530 - 435442
Alignment:
Q  700 caacaagatcaacaatgtgtggttgaatgacttgatgatatg-----ttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    |||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||     ||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||    
T  435530 caacaagatcaataatgtgtggctcaatgacttgatgatatgatatgttacaccgagcggaagatattcaagtcacttgattatgttga 435442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0198 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0198
Description:

Target: scaffold0198; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 734 - 783
Target Start/End: Original strand, 1430 - 1479
Alignment:
Q  734 atgatatgttacatcgagcaggagatattcaagtcacttgatgatgttga 783  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1430 atgatatgttacaccgagcgggagatattcaaatcacttgatgatgttga 1479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University