View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4594-Insertion-1 (Length: 997)

Name: NF4594-Insertion-1
Description: NF4594
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4594-Insertion-1
NF4594-Insertion-1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-997)||(45170049-45171037)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 882; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 882; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 997
Target Start/End: Original strand, 45170049 - 45171037
Alignment:
Q  8 ggcagttgttgaaccagacacggtgctcatgcttggacaaaagttctatgtagtaccaataagcacaatacgaaagcttcaaggtctttctccaaggaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45170049 ggcagttgttgaaccagacacggtgctcatgcttggacaaaagttctatgtagtaccaataagcacaatacgaaagcttcaaggtctttctccaaggaac 45170148  T
Q  108 tctccttctcctgctcgtgaaatgacaatcggttctttactcgatgagactagaaacacacaatcacgcacaatgaaggaagatgatggtatgatctcta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  45170149 tctccttctcctgctcgtgaaatgacaatcggttctttactcgatgagactagaaacacacaatcccgcacagtgaaggaagatgatggtatgatctcta 45170248  T
Q  208 cttgctgtatctttaggaagaaacgtattgcgaagaaagctaacaactacaagcaaagttcaaaaaacgagagcaagaaatcagaaaccagatcggatgt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45170249 cttgctgtatctttaggaagaaacatattgcgaagaaagctaacaactacaagcaacgttcaaaaaacgagagcaagaaatcagaaaccagatcggatgt 45170348  T
Q  308 tagaaatcagagtgtagatgtaaatgaaacaaatggcagtttaccttatgataaattttttgtgcgcctatttaacggaggtgtgactaaagcaaatgtc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45170349 tagaaatcagagtgtagatgtaaatgaaacaaatggcagtttatcttatgataaaatttttgtgcgcctatttaacggaggtgtgactaaagcaaatgtc 45170448  T
Q  408 agtaatgcaacaaaggaaacaagaacatcatcgagcagcactgaccttcgtgatagcaatacagcaaacaggaagaggaagacagatttggcaggaaaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45170449 agtaatgcaacaaaggaaacaagaacatcatcgagcagcactgaccttcgtgatagcaatacagcaaacaggaagaggaagacagatttggcaggaaaaa 45170548  T
Q  508 gaagctctcctaagagagcatggtcttctgattattggcaaccaagtctagatagcattaccgaggagtgaaataactttgtggcagtagaggccttggc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  45170549 gaagctctcctaagagagcatggtcttctgattattggcaaccaagtctagatagcatcactgaggagtgaaataac--tgtggcagtagaggccttggc 45170646  T
Q  608 tgttgatgatatacaataatacaataatttgtacttaatttatttgttcttcaaaacaaaacctatatgctttaagtaccacaacgcaccctcggctgcg 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45170647 tgttgatgatatacaataatacaataatttgtactttatttatttgttcttcaaaacaaaatctatatgctttaagtaccacaacgcaccctcggctgcg 45170746  T
Q  708 ttgtctgctgccattttcnnnnnnngatgaggagcaccataaacctctacagtggttttggttacttcacttgtctctatgtttttagatgctttacctg 807  Q
    ||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45170747 ttgtctgctgccattttcttttttttatgaggagcaccataaacctctacagtggttttggttacttcacttgtctctatgtttttagatgctttacctg 45170846  T
Q  808 tctccatctcaacaataactttgaatgtgaacctgtgaaaaatatcaattggtgaccgagaacaacaagaaaaaagttatgactgtatttccttcnnnnn 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  45170847 tctccatctcaacaataactttgaatgtgaacctgtgaaaaacatcaattggtgaccgagaacaacaagaaaaaagttatgactgtatttccttcttttt 45170946  T
Q  908 nngaagagaaatgactgtatttccttaagtttcatcatgaattgcaaaaaagggcagcgaagtat-atagtaatgtcatgcaataagacaa 997  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45170947 ttgaagagaaatgactgtatttccttaagtttcatcatgaattgcaaaaaagggcagcgaagtataatagtaatgtcatgcaataagacaa 45171037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University