View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4597_low_1 (Length: 667)
Name: NF4597_low_1
Description: NF4597
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4597_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 37904001 - 37903356
Alignment:
| Q |
18 |
catacatggttcatgcagattcacattgcccaaagaggggctataaaccccttaattgagatgcttaagtcttcagatttacagcttagggaaatgtcaa |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37904001 |
catacatggttcatgcagattcacattgcccaaagaggggctataaaccccttaattgagatgcttaagtcttcagatttacagcttagggaaatgtcaa |
37903902 |
T |
|
| Q |
118 |
cttttgcacttgggaggttggcacaggtgattatcatttgcaaccagtatttatctgtatatggaaattaatttatcgaaatcaatcctaaatgtttata |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37903901 |
cttttgcacttgggaggttggcacaggtgattatcatttgcaaccagtatttatctgtatatgggaattaatttatcgaaatcaatcctaaatgtttata |
37903802 |
T |
|
| Q |
218 |
taattcatgttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttctgttcaa |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37903801 |
taattcatgttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttccgttcaa |
37903702 |
T |
|
| Q |
318 |
cacaacgcagcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaat |
417 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37903701 |
cacaacgcagcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaat |
37903602 |
T |
|
| Q |
418 |
cattgatgcctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatg |
517 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37903601 |
cattgatgcctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatg |
37903502 |
T |
|
| Q |
518 |
atggacatttcaacgctcaagtacgttcatttgctctttgtagcacagtgctacaatatgttcacatttaattttctgtcatttcttctttggaatgata |
617 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37903501 |
atggacatttcaacgctcaagtacgttcatttgctctttgcagcacagtactacaatatgttcacatttaattttctgtcatttcttctttggaatgata |
37903402 |
T |
|
| Q |
618 |
atttagttgtttgtttatcaaggtaatagaacctcttcttctcact |
663 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37903401 |
atttagttgtttgtttatcaaggtaatagaacctcttcttctcact |
37903356 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 37910512 - 37909867
Alignment:
| Q |
18 |
catacatggttcatgcagattcacattgcccaaagaggggctataaaccccttaattgagatgcttaagtcttcagatttacagcttagggaaatgtcaa |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37910512 |
catacatggttcatgcagattcacattgcccaaagaggggctataaaccccttaattgagatgcttaagtcttcagatttacagcttagggaaatgtcaa |
37910413 |
T |
|
| Q |
118 |
cttttgcacttgggaggttggcacaggtgattatcatttgcaaccagtatttatctgtatatggaaattaatttatcgaaatcaatcctaaatgtttata |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37910412 |
cttttgcacttgggaggttggcacaggtgattatcatttgcaaccagtatttatctgtatatgggaattaatttatcgaaatcaatcctaaatgtttata |
37910313 |
T |
|
| Q |
218 |
taattcatgttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttctgttcaa |
317 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37910312 |
taattcatgttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttccgttcaa |
37910213 |
T |
|
| Q |
318 |
cacaacgcagcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaat |
417 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37910212 |
cacaacgcagcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaat |
37910113 |
T |
|
| Q |
418 |
cattgatgcctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatg |
517 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37910112 |
cattgatgcctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatg |
37910013 |
T |
|
| Q |
518 |
atggacatttcaacgctcaagtacgttcatttgctctttgtagcacagtgctacaatatgttcacatttaattttctgtcatttcttctttggaatgata |
617 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37910012 |
atggacatttcaacgctcaagtacgttcatttgctctttgcagcacagtactacaatatgttcacatttaattttctgtcatttcttctttggaatgata |
37909913 |
T |
|
| Q |
618 |
atttagttgtttgtttatcaaggtaatagaacctcttcttctcact |
663 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37909912 |
atttagttgtttgtttatcaaggtaatagaacctcttcttctcact |
37909867 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University