View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4598-Insertion-1 (Length: 1120)

Name: NF4598-Insertion-1
Description: NF4598
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4598-Insertion-1
NF4598-Insertion-1
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (29-1027)||(914653-915660)
chr6 (576-646)||(994668-994738)
chr6 (212-249)||(994968-995004)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (157-221)||(26640653-26640719)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 874; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 874; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 1027
Target Start/End: Original strand, 914653 - 915660
Alignment:
Q  29 tattagaccaactaacgctaccagagaaaatcaagttgaaatgtatcttcaaaattatgcatcaagccaccaaaactcttctgaatcagtcagagcatta 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  914653 tattagaccaactaacgctaccagagaaaatcaagttgaaatgtatcttcaaaattatgcatcaagccaccaaaactcttctgaatcagtcagagcatta 914752  T
Q  129 atgtccatattcaagaccatggtaacatgatcccttttcttccaacccacctcacgaactagacgatgggtgggaggacgagcttccaaacgcatgaaga 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  914753 atgtccatattcaagaccatggtaacatgatcccttttcttccaacccacatcacgaactagacgatgggtgggaggacgagcttccaaacgcatgaaga 914852  T
Q  229 gcaacatgggactaagcaaaagttgttgacatgattttgtacctctttgtaagggttccctcaaagataaatttgttgcgagagatttaaatattcctca 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  914853 gcaacatgggactaagcaaaagttgttgacatgattttgtacctctttgtaagggttccctcaaagataaatttgttgcgagagatttaaatattcctca 914952  T
Q  329 taatcaacaaagctaatatgactttttcatctactaatgccataacgatatatgaaacat-attcaagccaacattgtgacacattgattgaacaacatg 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  914953 taatcaacaaagctaatatgactttttcatctactaatgccataacgatatatgaaacattattcaagccaacattgtgacacattgattgaacaacatg 915052  T
Q  428 aaatcttcaatcaatccaaatatcattagcttgcggacataacataagacaatgaataatgnnnnnnnccttcacacaacaatgggcaagttgatgttaa 527  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  915053 aaatcttcaatcaatccaaatatcattagcttgcggacataacataagacaatgaataatgtttttttccttcacacaacaatgggcaagttgatgttaa 915152  T
Q  528 ctgaactccccgatgacacattttatatttctagaggggagagatttgtgaaaagtttgtcattcaatcttgctcgtaccttccaaatccatgaccaaga 627  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  915153 ctgaactccccgatgacacattttatatttctagtggggagagatttgtgaaaagtttgtcatacaatcttgctcgtaccttccaaatccatgaccaaga 915252  T
Q  628 ttgttgaagattttcaatatggtgttgagataagagccaattggaacaactcttctaaattgacaactaggctctgtttggattgatgtaacaaaatgaa 727  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  915253 ttgttgaagattttcaatatggtgttgagataagagccaattggaacaactcttctaaattgacaactaggctctgtttggattgatgtaacaaaatgaa 915352  T
Q  728 gcggaatgaaataaaacataatgaaatggagtagaatgaaacataacggaatgaatgttccttgtcattgttcgggtatgatatgacagagcataacaaa 827  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  915353 gcggaatgaaataaaacataatgaaatggagtagaatgaaacataacggaatgaatgttccttgtcattgttcgggtatgatatgacagagcataacaaa 915452  T
Q  828 ttactcgctccattatttrgaaagtgaacgaaatggaacgagttgtannnnnnnnattccttttgaagccaataccagaactaatggtatgttgttgcat 927  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  915453 ttactcgctccattatttagaaagtgaacgaaatggaacgagttgtattttttttattccttttgaagccaataccagaactaatggtatgttgttgcat 915552  T
Q  928 attgaagcc-acactatagattgagatacgatactattga--gaaaatag-atg-acgaaatgtagtaaaggg-agttgaagcct-atac-aggatgcat 1019  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||    
T  915553 attgaagccaacactatagattgagatacgatactattgaagaaaaatagaatgaacgaaatgtagtaaagggaagttgaggcctaatacaaggatgcat 915652  T
Q  1020 ttgtaatt 1027  Q
    ||||||||    
T  915653 ttgtaatt 915660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 576 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 994738 - 994668
Alignment:
Q  576 tgaaaagtttgtcattcaatcttgctcgtaccttccaaatccatgaccaagattgttgaagattttcaata 646  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||    
T  994738 tgaaaagtttgtcatacaatcttgctcgtagtgtccaagtccacgagcaagattgttgaaaattttcaata 994668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 212 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 995004 - 994968
Alignment:
Q  212 ttccaaacgcatgaagagcaacatgggactaagcaaaa 249  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  995004 ttccaaacgcatgaagagcaacat-ggactaagcaaaa 994968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 221
Target Start/End: Original strand, 26640653 - 26640719
Alignment:
Q  157 gatcccttttcttccaacccacctcacgaactagacgatgg--gtgggaggacgagcttccaaacgc 221  Q
    |||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||  |  ||||||||| ||||||||||||||    
T  26640653 gatcccctttcttccaagcaacctcacgaactagacgacagaagtgggaggaggagcttccaaacgc 26640719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University