View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4599-Insertion-1 (Length: 925)

Name: NF4599-Insertion-1
Description: NF4599
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4599-Insertion-1
NF4599-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-907)||(40539701-40540618)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 907
Target Start/End: Complemental strand, 40540618 - 40539701
Alignment:
Q  8 agtacgtggccaatgtggaatcacaatcagataagcaatagggagcatttgattaattagtttttgatagcaactaccannnnnnnaaattatcttaaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  40540618 agtacgtggccaatgtggaatcacaatcagataagcaatggggagcatttgattaattagtttttgatagcaactaccatttttttaaattatcttaaaa 40540519  T
Q  108 aagagcatacttgacaaaatagtttgatcaatattaattatacaagtagttataactaaatgagaaaataaataaaataaacatgtgcatgatgtgtcac 207  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40540518 aagagcatactcgacaaaatagtttgatcaatattaattatacaagtagttataactaaatgagaaaataaataaaataaacatgtgcatgatgtgtcac 40540419  T
Q  208 tttagtaataagagtttataatgt---------------gacgaaattccgtttaaaatatttataaaatgcgttctaaaatgcaaattaaattctgtct 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  40540418 tttagtaataagagtttataatgtacagttaagagtaaagacgaaattccgtttaaaatatttataaaatacgttctaaaatgcaaattaaattccgtct 40540319  T
Q  293 aaaacatttataaaatgattattagcgtcacttcaattaattaaaagaaatctactttcttgatttttcttaagnnnnnnnnnnnnnn---tgctaatga 389  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||                    |||||||||    
T  40540318 aaaacatttataaaatgatcattagtgtcacttcaattaattaaaagaaatttactttcttgattttttttttttgaaaaaaaattaaaaatgctaatga 40540219  T
Q  390 aaagcattagtaggtagactcaaactgaagtgaagagtaaattattaaagatttgaaatgnnnnnnngtgaccaataatgccacaccactatgtcctatg 489  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40540218 aaaggattagtaggtagactcaaactgaagtgaagagtaaattattaaagatttgaaatgaaaaaaagtgaccaataacgccacaccactatgtcctatg 40540119  T
Q  490 actttnnnnnnngttgtgaaatccttatcaaataatgctaaagtagcatgtaaataattttacaaatcaatccctttctcaatctatataactcgccctt 589  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40540118 actttaaaaaaagttgtgaaatccttatcaaataatgctaaagtagcatgtaaataattttacaaatcaatccctttctcaatctatataactcgccctt 40540019  T
Q  590 tcttatttgctctcatttcagagaaataaaattaatcttctctatattctcttattaatcctagcagctaccttacaccccaacttgaatcaaatggatc 689  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  40540018 tcttatttgctctcatttcagagaaataaaattaatcttctctatattctcttattaatcctagcagctaccttacacccctacttgaatcaaatggata 40539919  T
Q  690 ctaaccagatcaagaagattcaagctatgaacaagtacaagaagcaccaattcctagaaaatttacatttttattccttaacagcattaatatgtagttt 789  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40539918 ctaaccagatcaagaagattcaagctatgaacaagtacaagaagcaccaattcctagaaaatttacatttttattccttaacagcattaatatgtagttt 40539819  T
Q  790 attttgctgtgtcacactttgctcaccctatctttcttcagtcttggtgtacatatcaagtttaattccacttcttttgagttcaaaactcctattcatc 889  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40539818 attttgctgtgtcacactttgcttaccctatctttcttcaatcttggtgtacatatcaagtttaattccacttcttttgagttcaaaactcctattcatc 40539719  T
Q  890 ctttgtaacatcatcatt 907  Q
    ||||||||||||||||||    
T  40539718 ctttgtaacatcatcatt 40539701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University