View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4600-Insertion-6 (Length: 719)

Name: NF4600-Insertion-6
Description: NF4600
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4600-Insertion-6
NF4600-Insertion-6
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-719)||(54010313-54011023)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 696; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 696; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 719
Target Start/End: Original strand, 54010313 - 54011023
Alignment:
Q  8 ctgttaacatctaaggcaccaacttcatgatgagtccaaccttcaagactatgtaccactcctccagcatggcatgcatgaactactcctctatccattg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54010313 ctgttaacatctaaggcaccaacttcatgatgagtccaaccttcaagactatgtaccactcctccagcatggcatgcatgaactactcctctatccattg 54010412  T
Q  108 tgtactacatcaataaaaattcaccaacatatagtaattaatatcctttttcaatttatacatgtgaaaaatattaatgaagttgattgatttgcttacc 207  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54010413 tgtactacatcaataaaa-ttcaccaacatatagtaattaatatcctttttcaatttatacatgagaaaaatattaatgaagttgattgatttgcttacc 54010511  T
Q  208 tcacagcaaccaagaccttccacgtcttctggtaatctcatggctgctagatcaccataagtacaatctcttctgaatgataaaattggtgggacaacaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54010512 tcacagcaaccaagaccttccacgtcttctggtaatctcatggctgctagatcaccataagtacaatctcttctgaatgataaaattggtgggacaacaa 54010611  T
Q  308 attgatgaaaatgggttccacttggtgcccaactttgctctcttggtgttatccacttgccaacaatccaggcctgtatcaagacatgtaaccattatgc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54010612 attgatgaaaatgggttccacttggtgcccaactttgctctcttggtgttatccacttgccaacaatccaggcctgtatcaagacatgtaaccattatgc 54010711  T
Q  408 aaattacattaatattctcaacttctaaacatggttcatactcaaatttaaacgtacttatattatagctaaatttggaaagttgattcttatttatttt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54010712 aaattacattaatattctcaacttctaaacatggttcatactcaaatttaaacgtacttatattatagctaaatttggaaagttgattcttatttatttt 54010811  T
Q  508 cgagctcaattacatagactaatttcacaagttgtagtagaactgtccacggagttgacatctcaaaagatgtttctctgtacatcttgtgagatgtcga 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54010812 cgagctcaattacatagactaatttcacaagttgtagtagaactgtccacggagttgacatctcaaaatatgtttctctgtacatcttgtgagatgtcga 54010911  T
Q  608 attcatgaccaagttgttccgaaaacgacaactgaaatctaatatttgtgatgtgctaataaaaattggcatgtgaggatgataaagagtctctattaaa 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54010912 attcatgaccaagttgttccgaaaacgacaactgaaatctaatatttgtgatgtgctaataaaaattggcatgtgaggatgataaagagtctctattaaa 54011011  T
Q  708 catgaaggtaag 719  Q
    ||||||||||||    
T  54011012 catgaaggtaag 54011023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University