View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4602-Insertion-2 (Length: 747)

Name: NF4602-Insertion-2
Description: NF4602
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4602-Insertion-2
NF4602-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-747)||(32670240-32670986)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 747
Target Start/End: Original strand, 32670240 - 32670986
Alignment:
Q  8 gtttcttcacttatgtcatctttcgatcaagttaatgatgaatcgatggctatgatatcggaaactaattggtatggattagaaggtttacaatcaccta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32670240 gtttcttcacttatgtcatctttcgatcaagttaatgatgaatcgatggctatgatatcggaaactaattggtatggattagaaggtttacaatcaccta 32670339  T
Q  108 aatatgttgatcagatgttgttaagtgcttctttctttgatattgattcatcatcacatttgcttggtgatgatctatatgaagaaagtgatattccttt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32670340 aatatgttgatcagatgttgttaagtgcttctttctttgatattgattcatcatcacatttgcttggtgatgatctatatgaagaaagtgatattccttt 32670439  T
Q  208 gtggaacttcagctgaagaaacgatcaaatactcnnnnnnnnnnnnnnnnnn----acaaaattcaattcaattttaattcttttgtcttcagtgatact 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32670440 gtggaacttcagctgaagaaacgatcaaatactcttttctttttcttttcttttttacaaaattcaattcaattttaattcttttgtcttcagtgatact 32670539  T
Q  304 acttgaagatattagtgtaagaaataaatctaggctctagtgccacatattacaatatatagtctgagttcaaatttgtatatcnnnnnnngatacata- 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||     
T  32670540 acttgaagatattagtgtaagaaataaatctaggctctaatgccacatattacaatatatagtctgagttcaaatttgtatatcttttttttatacatac 32670639  T
Q  403 ---tggtgaatgttgggggagattcatattaattacggacatgtgaacnnnnnnnnnnnnnnngatatggattcttctacgtatttgaaattatgtatca 499  Q
       | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32670640 atatagtgaatgttgggggaaattcatattaattacggacatgtgaatttttttggcttttttgatatggattcttctacatatttgaaattatgtatca 32670739  T
Q  500 ttgatgcaaagcttgttatgtcaatgtcgtgaacaaagggacgaaatacacgtagttatcaagagtaaataaatattcctttaatcatttcttaatgcaa 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32670740 ttgatgcaaagcttgttatgtcaatgtcgtgaacaaagggacgaaatacatgtagttatcaagagtaaataaatattcctttaatcatttcttaatgcaa 32670839  T
Q  600 ctatgggagaaaatgttgtggttatatgtgagtaactatagggaggcctttattgcatggaaagttgttagagaaccttaaatcatattcgtagaggaat 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  32670840 ctatgggagaaaatgttgtggttatatgtgagtaactatagggaggcctttattgcatggaaagttgttagagaagcttaaatcatattcataga-gaat 32670938  T
Q  700 aaggaacccctttattccgctcaacnnnnnnnctctcgacctctctta 747  Q
    |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  32670939 aaggaacccctttattccgctcaactttttttctctcgacctctctta 32670986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University