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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4602-Insertion-3 (Length: 701)
Name: NF4602-Insertion-3
Description: NF4602
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4602-Insertion-3 |
 | |
|
| [»] chr5 (14 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 628; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 628; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 26033258 - 26032561
Alignment:
| Q |
7 |
aaggcgtggcttgtcacccttccccgacaacatggaactggatgatgagctgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatatt |
106 |
Q |
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| T |
26033258 |
aaggcgtggcttgtcacccttccctgacaacatggaactggatgatgagctgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatata |
26033159 |
T |
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| Q |
107 |
ccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataat---gtgggaagta |
203 |
Q |
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| T |
26033158 |
ccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatattgtgggaagta |
26033059 |
T |
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| Q |
204 |
cttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttatatgttaaaattgttgatatgaggtgttaaatttacagttactttcatt |
303 |
Q |
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| T |
26033058 |
cttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatacgaggtgttaaatttactgttactttcatt |
26032959 |
T |
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| Q |
304 |
aatttcaggggtagcattattggaacttctcatataccaatggctccacccgcaacatgttcataccttccaccacctatggagactcagtatcatggtg |
403 |
Q |
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| T |
26032958 |
aatttcaggggaagcattattggaacttcttatatacctatggctccacccccaccatgttcataccttccaccacctatggagactcagtatcatggtg |
26032859 |
T |
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| Q |
404 |
actttatggatccagatttttggttacacaacagttcattagacaatgacgatgctaggcgtgtgtatttgtctgagacaaatttcgttgatgaaaaagg |
503 |
Q |
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| T |
26032858 |
actttatggatccagatttttggttacacaacagttcattagacaatgacgatgctaggcgtgtgtatttgtctgagacaaatttcgttgatgaaaaagg |
26032759 |
T |
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| Q |
504 |
gaagaagcctatttcgttggaggacgatgttgaagcaaacctccttgacgacttcatggatccatttctatgtattgacttcagtaatttggaggacgat |
603 |
Q |
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| T |
26032758 |
gaagaagcctatttcgttggaggacgatgttgaagcaaacctccttgatgacttcatggatccatttctatgtattgacttcagtaatttggaggacgat |
26032659 |
T |
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| Q |
604 |
gttgaagccggcggtcgtttatttgacaatgatgataacagtaacttgcatgacacgatatgaaaagcttatagtgtttgcaacacaatgtttctgta |
701 |
Q |
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| T |
26032658 |
gttgaagccggcggtcgtttatttgacaatgatgataaccgtaacttgcatgacacgatataaaaagcttatagtgtttgcaacacaatgtttctgta |
26032561 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 14 - 376
Target Start/End: Original strand, 38456345 - 38456717
Alignment:
| Q |
14 |
ggcttgtcacccttccccgacaacatggaactggatgatgagctgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaat |
113 |
Q |
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| T |
38456345 |
ggcttgtcacccttccccgacaacatggaaccggatcataagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaat |
38456444 |
T |
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| Q |
114 |
tgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacatt |
213 |
Q |
| |
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|
| T |
38456445 |
tgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacatt |
38456544 |
T |
|
| Q |
214 |
gattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttatatgttaaaattgttgatatgag-gtgttaaatttacagttactttcattaatttcagg |
312 |
Q |
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| T |
38456545 |
gattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgagtgtgttaaatttacagttactttcatcaatttcagg |
38456644 |
T |
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| Q |
313 |
ggt---agcattattggaacttc------tcatataccaatggctccacccgcaacatgttcataccttccac |
376 |
Q |
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|
| T |
38456645 |
ggtagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccac |
38456717 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 14 - 376
Target Start/End: Original strand, 38180985 - 38181356
Alignment:
| Q |
14 |
ggcttgtcacccttccccgacaacatggaactggatgatgagctgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaat |
113 |
Q |
| |
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| T |
38180985 |
ggcttgtcacccttccccgacaacatggaaccggatcataagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaat |
38181084 |
T |
|
| Q |
114 |
tgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacatt |
213 |
Q |
| |
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| T |
38181085 |
tgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacatt |
38181184 |
T |
|
| Q |
214 |
gattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttatatgttaaaattgttgatatgaggtgttaaatttacagttactttcattaatttcaggg |
313 |
Q |
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|
| T |
38181185 |
gattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgaggtgttatatttacagttactttcatcaatttcaggg |
38181284 |
T |
|
| Q |
314 |
---gtagcattattggaacttc------tcatataccaatggctccacccgcaacatgttcataccttccac |
376 |
Q |
| |
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| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||| || |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38181285 |
ttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccac |
38181356 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 14 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 38190146 - 38189775
Alignment:
| Q |
14 |
ggcttgtcacccttccccgacaacatggaactggatgatgagctgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaat |
113 |
Q |
| |
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| T |
38190146 |
ggcttgtcacccttccccgacaacatggaaccggatcataagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaat |
38190047 |
T |
|
| Q |
114 |
tgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacatt |
213 |
Q |
| |
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|
| T |
38190046 |
tgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacatt |
38189947 |
T |
|
| Q |
214 |
gattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttatatgttaaaattgttgatatgaggtgttaaatttacagttactttcattaatttcaggg |
313 |
Q |
| |
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|
| T |
38189946 |
gattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgaggtgttatatttacagttactttcatcaatttcaggg |
38189847 |
T |
|
| Q |
314 |
---gtagcattattggaacttc------tcatataccaatggctccacccgcaacatgttcataccttccac |
376 |
Q |
| |
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| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||| || |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38189846 |
ttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccac |
38189775 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 14 - 376
Target Start/End: Original strand, 38208209 - 38208580
Alignment:
| Q |
14 |
ggcttgtcacccttccccgacaacatggaactggatgatgagctgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaat |
113 |
Q |
| |
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|
|
| T |
38208209 |
ggcttgtcacccttccccgacaacatggaaccggatcataagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaat |
38208308 |
T |
|
| Q |
114 |
tgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacatt |
213 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
38208309 |
tgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacatt |
38208408 |
T |
|
| Q |
214 |
gattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttatatgttaaaattgttgatatgaggtgttaaatttacagttactttcattaatttcaggg |
313 |
Q |
| |
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| T |
38208409 |
gattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgaggtgttatatttacagttactttcatcaatttcaggg |
38208508 |
T |
|
| Q |
314 |
---gtagcattattggaacttc------tcatataccaatggctccacccgcaacatgttcataccttccac |
376 |
Q |
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|
| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||| || |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38208509 |
ttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccac |
38208580 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 14 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 38217371 - 38217000
Alignment:
| Q |
14 |
ggcttgtcacccttccccgacaacatggaactggatgatgagctgaatagtagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaat |
113 |
Q |
| |
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|
|
| T |
38217371 |
ggcttgtcacccttccccgacaacatggaaccggatcataagttgaatagtagccaacaagttgaggattcacaagaagatgaatttaatataccacaat |
38217272 |
T |
|
| Q |
114 |
tgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacatt |
213 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217271 |
tgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgttccaaacatgttctacaataatgtgggaagtacttcaacatt |
38217172 |
T |
|
| Q |
214 |
gattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttatatgttaaaattgttgatatgaggtgttaaatttacagttactttcattaatttcaggg |
313 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
38217171 |
gattgataggtgagtagattatgtaattccattttcttttatatgttaaaattgtttatatgaggtgttatatttacagttactttcatcaatttcaggg |
38217072 |
T |
|
| Q |
314 |
---gtagcattattggaacttc------tcatataccaatggctccacccgcaacatgttcataccttccac |
376 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||| || |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38217071 |
ttagcagcattattggaacttctcatattcatatacctatagctctaccctcaccatgttcataccttccac |
38217000 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 556 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 38172046 - 38171901
Alignment:
| Q |
556 |
ttcatggatccatttctatgtattgacttcagtaatttggaggacgatgttgaagccggcggtcgtttatttgacaatgatgataacagtaacttgcatg |
655 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38172046 |
ttcatggatccatgtctatgtattgacttcagtaatttggaggacgatgttgaaaccggcggtcgtttatttgacaatgatgataacagtaacttgcatg |
38171947 |
T |
|
| Q |
656 |
acacgatatgaaaagcttatagtgtttgcaacacaatgtttctgta |
701 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38171946 |
acacgatataaaaagcttatagtgtttgcaacacaatttttctgta |
38171901 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 491 - 701
Target Start/End: Original strand, 38181375 - 38181577
Alignment:
| Q |
491 |
ttgatgaaaaagggaagaagcctatttcgttggaggacgatgttgaagcaaacctccttgacgacttcatggatccatttctatgtattgacttcagtaa |
590 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
38181375 |
ttgatgaaaaagggaagaagccaatttcattggaggacgatgttgaagcaaacct---tgatgatttcatggat---------ttgattgacttcagtaa |
38181462 |
T |
|
| Q |
591 |
tttggaggacgatgttgaagccggcggtcgtttatttgacaatgatg----ataacagtaacttgcatgacacgatatgaaaagcttatagtgtttgcaa |
686 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
38181463 |
tttggaggacgatgttgaagccggcagtcgtttatttgacaatgatgatatataacagtaacttgcatgacacgatataaaaagcttatagtgtttgcaa |
38181562 |
T |
|
| Q |
687 |
cacaatgtttctgta |
701 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |
|
|
| T |
38181563 |
cacaatttttctgta |
38181577 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 491 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 38189756 - 38189554
Alignment:
| Q |
491 |
ttgatgaaaaagggaagaagcctatttcgttggaggacgatgttgaagcaaacctccttgacgacttcatggatccatttctatgtattgacttcagtaa |
590 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
38189756 |
ttgatgaaaaagggaagaagccaatttcattggaggacgatgttgaagcaaacct---tgatgatttcatggat---------ttgattgacttcagtaa |
38189669 |
T |
|
| Q |
591 |
tttggaggacgatgttgaagccggcggtcgtttatttgacaatgatg----ataacagtaacttgcatgacacgatatgaaaagcttatagtgtttgcaa |
686 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
38189668 |
tttggaggacgatgttgaagccggcagtcgtttatttgacaatgatgatatataacagtaacttgcatgacacgatataaaaagcttatagtgtttgcaa |
38189569 |
T |
|
| Q |
687 |
cacaatgtttctgta |
701 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |
|
|
| T |
38189568 |
cacaatttttctgta |
38189554 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 491 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 38216981 - 38216779
Alignment:
| Q |
491 |
ttgatgaaaaagggaagaagcctatttcgttggaggacgatgttgaagcaaacctccttgacgacttcatggatccatttctatgtattgacttcagtaa |
590 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
38216981 |
ttgatgaaaaagggaagaagccaatttcattggaggacgatgttgaagcaaacct---tgatgatttcatggat---------ttgattgacttcagtaa |
38216894 |
T |
|
| Q |
591 |
tttggaggacgatgttgaagccggcggtcgtttatttgacaatgatg----ataacagtaacttgcatgacacgatatgaaaagcttatagtgtttgcaa |
686 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
38216893 |
tttggaggacgatgttgaagccggcagtcgtttatttgacaatgatgatatataacagtaacttgcatgacacgatataaaaagcttatagtgtttgcaa |
38216794 |
T |
|
| Q |
687 |
cacaatgtttctgta |
701 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |
|
|
| T |
38216793 |
cacaatttttctgta |
38216779 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 491 - 701
Target Start/End: Original strand, 38208599 - 38208803
Alignment:
| Q |
491 |
ttgatgaaaaagggaagaagcctatttcgttggaggac-gat-gttgaagcaaacctccttgacgacttcatggatccatttctatgtattgacttcagt |
588 |
Q |
| |
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|
| T |
38208599 |
ttgatgaaaaagggaagaagccaatttcattggaggaccgatcgttgaagcaaacct---tgatgatttcatggat---------ttgattgacttcagt |
38208686 |
T |
|
| Q |
589 |
aatttggaggacgatgttgaagccggcggtcgtttatttgacaatgatg----ataacagtaacttgcatgacacgatatgaaaagcttatagtgtttgc |
684 |
Q |
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|
|
| T |
38208687 |
aatttggaggacgatgttgaagccggcagtcgtttatttgacaatgatgatatataacagtaacttgcatgacacgatataaaaagcttatagtgtttgc |
38208786 |
T |
|
| Q |
685 |
aacacaatgtttctgta |
701 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38208787 |
aacacaatttttctgta |
38208803 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 491 - 701
Target Start/End: Original strand, 38456736 - 38456940
Alignment:
| Q |
491 |
ttgatgaaaaagggaagaagcctatttcgttggaggacgatgttgaagcaaacctccttgacgacttcatggatccatttctatgtattgacttcagtaa |
590 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||| | |||||||||||||| |
|
|
| T |
38456736 |
ttgatgaaaatgggaagaagccaatttcattggaggacgattttgaagcaaacct---tgatgatttcatggat---------ttgattgacttcagtaa |
38456823 |
T |
|
| Q |
591 |
tttggaggacgatgttgaagccggcggtcgtttatttgacaatgatg------ataacagtaacttgcatgacacgatatgaaaagcttatagtgtttgc |
684 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
38456824 |
tttggaggacgatgttgaagccggcagtcgtttatttgacaatgatgatatatataacagtaacttgcatgacaagatataaaaagcttatattgtttgc |
38456923 |
T |
|
| Q |
685 |
aacacaatgtttctgta |
701 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38456924 |
aacacaacttttctgta |
38456940 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 61
Target Start/End: Original strand, 38447517 - 38447566
Alignment:
| Q |
12 |
gtggcttgtcacccttccccgacaacatggaactggatgatgagctgaat |
61 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
38447517 |
gtggcttgtcacccttccctgacaacatggaactggatgatgagttgaat |
38447566 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 207
Target Start/End: Original strand, 38447655 - 38447688
Alignment:
| Q |
174 |
caaacatgttctacaataatgtgggaagtacttc |
207 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38447655 |
caaatatgttctacaataatgtgggaagtacttc |
38447688 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 91; Significance: 1e-43; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 89 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 6067860 - 6067743
Alignment:
| Q |
89 |
gaagatgaatttcatattccacaattgaaatttagaaaatatccatcaatttttgatgagataaatgaaaaacttttagatgtcccaaacatgttctaca |
188 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6067860 |
gaagatgaattt-atataccacaattgaaatttagaaaatatccataaattttttatgagataaatgaaacacttttagatgtcccaaacatgttctaca |
6067762 |
T |
|
| Q |
189 |
ataatgtgggaagtacttc |
207 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
6067761 |
ataacgtgggaagtacttc |
6067743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 322 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 6067699 - 6067645
Alignment:
| Q |
322 |
attggaacttctcatataccaatggctccacccgcaacatgttcataccttccac |
376 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6067699 |
attggaacttctcatatacctatggatccacccccaccatgttcataccttccac |
6067645 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 46; Significance: 7e-17; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 453 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 53351051 - 53350919
Alignment:
| Q |
453 |
cgatgctaggcgtgtgtatttgtctgagacaaatttcgttgatgaaaaagggaagaagcctatttcgttggaggacgatgttgaagcaaacctccttgac |
552 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||| | | |||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
53351051 |
cgatgctagtcgtgtgcactcctctgagctaaatttggttgatgaaaaaggaaagaagccaatttctttgaaggacgatgttgaagcaaa---ccttgat |
53350955 |
T |
|
| Q |
553 |
gacttcatggatccatttctatgtattgacttcagt |
588 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| | ||| | |||||||||||| |
|
|
| T |
53350954 |
gacttgatggatccgtgtcttttgattgacttcagt |
53350919 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 64 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 53351307 - 53351249
Alignment:
| Q |
64 |
tagccaacaaattgaggattcacaagaagatgaatttcatattccacaattgaaattta |
122 |
Q |
| |
|
|||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||| || ||| ||||||||| |
|
|
| T |
53351307 |
tagccaacaagttaaggattcacaagatgatgaatttaatataccgcaagtgaaattta |
53351249 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 202 - 257
Target Start/End: Original strand, 38343008 - 38343063
Alignment:
| Q |
202 |
tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttatat |
257 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| | |||||||| |
|
|
| T |
38343008 |
tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat |
38343063 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 477 - 544
Target Start/End: Original strand, 38343324 - 38343391
Alignment:
| Q |
477 |
tgagacaaatttcgttgatgaaaaagggaagaagcctatttcgttggaggacgatgttgaagcaaacc |
544 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
38343324 |
tgagacaaatttggttgatgagaaagggaagaagcaaatttcttcggagagcgatgttgaagtaaacc |
38343391 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 202 - 257
Target Start/End: Original strand, 38447201 - 38447256
Alignment:
| Q |
202 |
tacttcaacattgattgataggtgagtagattatgtaattccattttattttatat |
257 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| | |||||||| |
|
|
| T |
38447201 |
tacttctacattgattgataggtgagttgattatgcaatgccattctcttttatat |
38447256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 477 - 544
Target Start/End: Original strand, 38447517 - 38447584
Alignment:
| Q |
477 |
tgagacaaatttcgttgatgaaaaagggaagaagcctatttcgttggaggacgatgttgaagcaaacc |
544 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| | |||| ||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
38447517 |
tgagacaaatttggttgatgagaaagggaagaagcaaatttcttcggagagcgatgttgaagtaaacc |
38447584 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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