View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4602-Insertion-6 (Length: 526)

Name: NF4602-Insertion-6
Description: NF4602
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4602-Insertion-6
NF4602-Insertion-6
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (12-524)||(22468226-22468738)
chr3 (8-519)||(22431435-22431942)
chr3 (8-463)||(22632204-22632659)
chr3 (8-526)||(22358278-22358799)
chr3 (212-526)||(22630715-22631029)
chr3 (8-526)||(22368188-22368703)
chr3 (8-519)||(22635786-22636300)
chr3 (8-526)||(22443015-22443533)
chr3 (8-526)||(22436910-22437428)
chr3 (8-242)||(22631029-22631263)
chr3 (373-526)||(22354087-22354242)
chr3 (98-510)||(22458781-22459181)
chr3 (98-510)||(22481762-22482162)
chr3 (301-493)||(21937118-21937310)
chr3 (98-146)||(22207785-22207833)
chr3 (361-526)||(22615535-22615700)
chr3 (339-442)||(21930424-21930527)
chr3 (339-442)||(22034520-22034623)
chr3 (339-442)||(22052736-22052839)
chr3 (8-51)||(22370901-22370944)
chr3 (301-442)||(22027965-22028106)
chr3 (301-442)||(22186953-22187094)
chr3 (8-41)||(22657830-22657863)
chr3 (394-442)||(21945682-21945730)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (264-386)||(29610973-29611094)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-41)||(34975186-34975219)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (394-442)||(27294606-27294654)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 12 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 22468738 - 22468226
Alignment:
Q  12 tcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaggaccaacaatcttcagatccaggatgtgctgctggag---ttgacttgatcaaaactatg 108  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |   |||||||| | ||||||| |    
T  22468738 tcacatagaagatgtggttgatgattatatcttacttgaggaacaacaatcttctgatcctggatgtgctgctggtgctgttgacttggtgaaaactaag 22468639  T
Q  109 attcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaagatacaaatactgaaaaagatcatggcttccatatcc 208  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||| |||| | |   |||||||||||||||| | ||||    
T  22468638 atccttcgtctccaaataacttacaagattcagaacatcaagtcccgaatcagagaaataaaagaaacaagtgc---aaaagatcatggcttcaacatcc 22468542  T
Q  209 aatcttcttcggataaagcgtcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattgcagaaccttcaagacgctccattgtatttggatgaagctga 308  Q
    |||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  22468541 aatcttcttcagataaaccatcaagcagttctgcaacaaacagaaacgcctcatttttgcagaaccttcgagacgctccattttatatggatgaagctga 22468442  T
Q  309 tgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggaggactg 408  Q
    | ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  22468441 tcttgtgggatttgaagagccacgagacaaattgattgatttgttggtagagggaagagcagagcgcaccgttgtctccatagttggaatgggaggactg 22468342  T
Q  409 gggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctcatgtatggatcacggtgtctcgaccatacaatatag 508  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22468341 ggaaaaaccactatagccaagaaagtttttgacaaccaaaaggtcgttaaacattttgattgtcatgtatggatcacggtgtctcgaccatacaatatag 22468242  T
Q  509 aaaaattgttgaggga 524  Q
    ||||||||||||||||    
T  22468241 aaaaattgttgaggga 22468226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 8 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 22431942 - 22431435
Alignment:
Q  8 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaggaccaacaatcttcagatccaggatgtgctgctggagttgacttgatcaaaactat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||     
T  22431942 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaagaacaacaatcttctgatcctggatgcgctgctggtcttgacttgatcaaaactaa 22431843  T
Q  108 gattcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaagatacaaatactgaaaaagatcatggcttccatatc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||||||    
T  22431842 gattcttcgtctccaaatagcttacaagattcagaacatcaaatcccgaattagtgaaataaaagataca---agtgaaaaagatcatggcttccatatc 22431746  T
Q  208 caatcttcttcggataaagcgtcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattgcagaaccttcaagacgctccattgtatttggatgaagctg 307  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  22431745 caatcttcttcggataaagcatcaactagttctgcaacaaacagaaacgcctcattattgaagaatcttcgggacgctccattttatatggatgaagctg 22431646  T
Q  308 atgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggaggact 407  Q
    |||||||||| ||||| |||||| | |||| |||||||||||||||| || | |||| || ||| | |||||| ||||| |||| |||||||||||||||    
T  22431645 atgttgtgggatttgaagagccaagagacatattgattgattggctggtaaatggaaaagaagagctcacagtggtctccattg-tggaatgggaggact 22431547  T
Q  408 ggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctcatgtatggatcacggtgtctcgaccatacaatata 507  Q
    ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||   | |||| ||||||||||| ||| || | |||||||||| ||||||| ||||||  |||||    
T  22431546 gggaaaaaccactctaaccaagaaagtttttgacaacaacagggtccttaaacactttgattgtcgtttatggatcacagtgtctcaaccatatgatata 22431447  T
Q  508 gaaaaattgttg 519  Q
    ||||||||||||    
T  22431446 gaaaaattgttg 22431435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 8 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 22632659 - 22632204
Alignment:
Q  8 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaggaccaacaatcttcagatccaggatgtgctgctggag---ttgacttgatcaaaac 104  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||   |||||||| | |||||    
T  22632659 cttttcacattgaagatgtcattgatgattatatctttcttgaggaacaacaatcttctgatcctggatgtgctactggagctattgacttggtgaaaac 22632560  T
Q  105 tatgattcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaagatacaaatactgaaaaagatcatggcttccat 204  Q
    || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||||| |||| |   ||||||||||||||||||||     
T  22632559 taagattcttcgtctccaaattgctgacaagattcagaacatcaaatccagaattagagaaataaaagaaacaagt---gaaaaagatcatggcttccac 22632463  T
Q  205 atccaatcttcttcggataaagcgtcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattgcagaaccttcaagacgctccattgtatttggatgaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  22632462 atccaatcttcttcggataaaccatcaagtagttctgcaacaaacagaaatgcctcattattgcagaaccttcgagacgctccattttatatggatgaag 22632363  T
Q  305 ctgatgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggagg 404  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||   || ||| | ||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  22632362 ctgatgttgtgggatttgaagagccaatagagaaactaattaattggctggtagagggaagagcagatcgcacagttgtctccattattggaatgggagg 22632263  T
Q  405 actggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacact 463  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  22632262 actggggaaaaccactctagccaagaaagtttttgacaaccgaaagatcgttaaacact 22632204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 8 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 22358799 - 22358278
Alignment:
Q  8 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaggaccaacaatcttcagatccaggatgtgctgctggagttg---acttgatcaaaac 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  || | ||||| |||||||||||||| |||    |||   |||||||    
T  22358799 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatctttcttgaggaacaacatgctcctgatcctggatgtgctgctggtgttacaaactgtgtcaaaac 22358700  T
Q  105 tatgattcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaagatacaaatactgaaaaagatcatggcttccat 204  Q
    ||||  | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  22358699 tatggctttccgtctccaaatagcttacaagattcagaacatcaaatcccgaataagtgaaataaatgatacaagaactgaaaaagatcatggcttctat 22358600  T
Q  205 atccaatcttcttcggataaagcgtcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattgcagaaccttcaagacgctccattgtatttggatgaag 304  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| | ||  ||| |||||    
T  22358599 atccaatcttcttcggataaagcatcaactagttatgcaacaaacagaaacgcctcattatttcagaaccttcgagacgctccactttacatggttgaag 22358500  T
Q  305 ctgatgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggagg 404  Q
    |||||||||| || |||||  || || | ||||||||||||||||   || |||  ||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  22358499 ctgatgttgtaggatttgataagacaagagacaaattgattgattttttggtagcaggaagagcagaccggacaattgtctccattgttggaatgggagg 22358400  T
Q  405 actggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctcatgtatggatcacggtgtctcgaccatacaat 504  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22358399 actgggaaaaaccactctagcgaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgtaaaacactttgatcgtcgtgtatggattacggtgtctcgaccatacaat 22358300  T
Q  505 atagaaaaattgttgagggaca 526  Q
    | ||||||| ||||||||||||    
T  22358299 acagaaaaagtgttgagggaca 22358278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 212 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 22631029 - 22630715
Alignment:
Q  212 cttcttcggataaagcgtcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattgcagaaccttcaagacgctccattgtatttggatgaagctgatgt 311  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22631029 cttcttcggataaaccatcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattccagaaccttcgagatgctccattgtatttggatgaagctgatgt 22630930  T
Q  312 tgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggaggactgggg 411  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22630929 tgtgggctttgacgagccacgagacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggaggactgggg 22630830  T
Q  412 aaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctcatgtatggatcacggtgtctcgaccatacaatatagaaa 511  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22630829 aaaaccactcttgccaagaaaatttttgacaaccgaaaggtcgttaaacactttgattgtcatgaatggatcacggtgtctcgaccatacaatatagaaa 22630730  T
Q  512 aattgttgagggaca 526  Q
     ||||||||||||||    
T  22630729 cattgttgagggaca 22630715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 8 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 22368703 - 22368188
Alignment:
Q  8 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaggaccaacaatcttcagatccaggatgtgctgctggagttgacttgatcaaaactat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||||  ||||||||| |||||||||     
T  22368703 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaggaacatcaatcttctgaacctggatgtgctgctgctgttgacttgctcaaaactac 22368604  T
Q  108 gattcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaagatacaaatactgaaaaagatcatggcttccatatc 207  Q
     |  || ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||| ||| || ||||||||||| |||| |   ||||| ||||||| |||| | |||    
T  22368603 aaaactacgtctccaaattgcttataagattcagaacatcaattcccaaattagggaaataaaagaaacaagt---gaaaaggatcatgacttcgacatc 22368507  T
Q  208 caatcttcttcggataaagcgtcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattgcagaaccttcaagacgctccattgtatttggatgaagctg 307  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||| |||||| | ||  ||||||| ||||    
T  22368506 caatcttctttggataaagcatcaagtagttctgcaacaaacagaaatgcctcattatttcagaaccttcgagatgctccactttacatggatgatgctg 22368407  T
Q  308 atgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggaggact 407  Q
    |||  || || ||||| | | || | |||||||||||||||| | || |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22368406 atgcggtaggatttgatgtgtcaagagacaaattgattgatttgttggtagagggaagagcacaccgcacagttgtctccattgttggaatgggaggact 22368307  T
Q  408 ggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctcatgtatggatcacggtgtctcgaccatacaatata 507  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||||||| ||||||||||| |||| |    
T  22368306 gggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgacaaccaaaaggtcgttaaacactttgattgtcgtttatggatcacggtttctcgaccatataataaa 22368207  T
Q  508 gaaaaattgttgagggaca 526  Q
    ||||||||| ||| |||||    
T  22368206 gaaaaattgctgaaggaca 22368188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 8 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 22636300 - 22635786
Alignment:
Q  8 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaggaccaacaatcttcagatccaggatgtgctgctggagttg---acttgatcaaaac 104  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  || | ||||| || ||||||||||  | |    |||   |||||||    
T  22636300 cttttcacattgaagatgtcattgatgattatatctttcttgaggaacaacatgctcctgatcctggttgtgctgctgttgctacaaactgtgtcaaaac 22636201  T
Q  105 tatgattcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaagatacaaatactgaaaaagatcatggcttccat 204  Q
    ||||  | | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  22636200 tatggctttccgtctccaaatagcttacaagattcagaacatcaaatcccgaataagtgaaataaatgatacaagaactgaaaaagatcatggcttctat 22636101  T
Q  205 atccaatcttcttcggataaagcgtcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattgcagaaccttcaagacgctccattgtatttggatgaag 304  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||||||| | ||  ||| |||||    
T  22636100 atccaatcttcatcggataaagcatcaactagttctgcaacaaacagaaacgcctcactatttcagaaccttcgagacgctccactttacatggttgaag 22636001  T
Q  305 ctgatgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggagg 404  Q
    |||||||||| || |||||  ||||| | ||| |||||||||||    || ||| |||||||||||| || ||| ||||||| ||  |||||||||||||    
T  22636000 ctgatgttgtaggatttgataagccaagagacgaattgattgatcttttggtagcgggaagagcagaccggacaattgtctccatctttggaatgggagg 22635901  T
Q  405 actggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctcatgtatggatcacggtgtctcgaccatacaat 504  Q
    ||  || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22635900 acaaggaaaaaccactctagcgaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgtaaaatactttgattgtcgtgtatggattacggtgtctcgaccatacaat 22635801  T
Q  505 atagaaaaattgttg 519  Q
    | ||||||| |||||    
T  22635800 acagaaaaagtgttg 22635786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 8 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 22443533 - 22443015
Alignment:
Q  8 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaggaccaacaatcttcagatccaggatgtgctgctggagttgacttgatcaaaactat 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||     
T  22443533 cttttcatatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaagaacatcaatcttctgatcttggatgtgctgctggtcttgacttgatcaaaactaa 22443434  T
Q  108 gattcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaa---gatacaaatactgaaaaagatcatggcttccat 204  Q
    |||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||||| || ||||| || |||||||||   ||| ||| |   ||||||||||||||||||||     
T  22443433 gattcttcgtctccaaatagcagttaagattcagaacatcaattctcgaattagagaaataaaacaagattcaagt---gaaaaagatcatggcttccaa 22443337  T
Q  205 atccaatcttcttcggataaagcgtcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattgcagaaccttcaagacgct-ccattgtatttggatgaa 303  Q
    |||| ||||||||| |||||  | |||||||||||| ||||||    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  22443336 atccgatcttcttccgataagccatcaagtagttctccaacaagtgaaaacgcctcattattgcacaaccttcaagacgcttccatt-tatatggatgaa 22443238  T
Q  304 gctgatgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggag 403  Q
    |||||| |||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||| | || |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22443237 gctgatattgttggctttgaagagccaagagacaaattgattgatttgttggtagagggaagagaagaccgcacagttgtctccattgttggaatgggag 22443138  T
Q  404 gactggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctcatgtatggatcacggtgtctcgaccatacaa 503  Q
    || |||| ||||||||| ||||||   || |||||||||||| |||||| ||||| |||||| | | || | ||||||||| |||||||| | ||| |||    
T  22443137 gattgggaaaaaccactctagccagacaaatttttgacaaccaaaaggtagttaagcactttgactgtcttttatggatcatggtgtctcaatcattcaa 22443038  T
Q  504 tatagaaaaattgttgagggaca 526  Q
    ||| |||||| ||||||||||||    
T  22443037 tattgaaaaagtgttgagggaca 22443015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 8 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 22437428 - 22436910
Alignment:
Q  8 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaggaccaacaatcttcagatccaggatgtgctgctggagttg---acttgatcaaaac 104  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || | ||||| |||||||| ||||| |      |||   |||||||    
T  22437428 cttttgacatagaagatgtcattgatgattatatcttccatgaggaacaacaagctcctgatcctggatgtgccgctggtgccacaaactgtgtcaaaac 22437329  T
Q  105 tatgattcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaagatacaaatactgaaaaagatcatggcttccat 204  Q
    ||||  ||  |||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||| | ||||| |    
T  22437328 tatggctcaccgtctccaaatagcctacacgattcagaacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaagatacaagt---gaaaaagatcaagccttccgt 22437232  T
Q  205 atccaatcttcttcggataaagcgtcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattgcagaaccttcaagacgctccattgtatttggatgaag 304  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||| |||||||||| | | ||||||||  || || ||||||    
T  22437231 ctccaatcttcttcggataaagcatcaagtagttctgcaccaaacataaacaattcattatttcagaaccttcgacaggctccatttcatatgaatgaag 22437132  T
Q  305 ctgatgttgtgggctttgacgag-ccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggag 403  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| |||  || || |||| || |||||||| |   |||||||| ||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  22437131 ctgatgtcgtgggctttgaagagcccaaacg-catattgtttaattggctggtgaggggaagagtagagcgtgcagttgtctctattgtaggaatgggag 22437033  T
Q  404 gactggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctcatgtatggatcacggtgtctcgaccatacaa 503  Q
    | |  || ||||| ||| | ||||||||||||||||| |||   || ||| | ||||| ||| | | ||||||||||||||| ||||||| | ||||||     
T  22437032 ggcaaggaaaaactactctggccaagaaagtttttgagaacatcaaagtcttaaaacaatttgactgtcatgtatggatcacagtgtctcaatcatacag 22436933  T
Q  504 tatagaaaaattgttgagggaca 526  Q
    || ||||||||||||||||||||    
T  22436932 taaagaaaaattgttgagggaca 22436910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 22631263 - 22631029
Alignment:
Q  8 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgaggaccaacaatcttcagatccaggatgtgctgctggag---ttgacttgatcaaaac 104  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  || | ||||| ||||||||||||||||   |||||||| | |||||    
T  22631263 ctttccacatggaagatgtcattgatgattatatcttccatgaggaacaacatgctcctgatcctggatgtgctgctggagccgttgacttggtgaaaac 22631164  T
Q  105 tatgattcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaagatacaaatactgaaaaagatcatggcttccat 204  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||||| |||   | |||||||||||||||||||||     
T  22631163 taagattcttcgtctccaaattgcttacaagattcagaacatcaaatcccaaattagagaaataaaagaaaca---agtgaaaaagatcatggcttccac 22631067  T
Q  205 atccaatcttcttcggataaagcgtcaagtagttctgc 242  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  22631066 atccaatcttcttcggataaaccatcaagtagttctgc 22631029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 373 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 22354242 - 22354087
Alignment:
Q  373 cgcacagttgtctctattgttggaatgggaggactggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctc 472  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||| |||||  ||||| ||| |     
T  22354242 cgcacagttgtctccattgttggaatgggaggactgggaaaaaccactctagccagaaaagtttttgacaaccaaaaggtagttaagaactttgattgtt 22354143  T
Q  473 atg--tatggatcacggtgtctcgaccatacaatatagaaaaattgttgagggaca 526  Q
    |||  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  22354142 atgtatatggatcacggtatctcgaccatacaacatagaaaaagtgttgagggaca 22354087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 98 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 22459181 - 22458781
Alignment:
Q  98 tcaaaactatgattcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaagatacaaatactgaaaaagatcatgg 197  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||| || ||||||   | || |||||| ||| |    
T  22459181 tcaaaactataattcttcgtcgccaaatagcatacaagattcagaaaatcaaatcccaaattagtgaaatgaatgataca---agtggaaaagaacatag 22459085  T
Q  198 cttccatatccaatcttcttcggataaagcgtcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattgcagaaccttcaagacgctccattgtatttg 297  Q
    ||| ||||||||||| |||| |||  ||| |||||| ||| |||||||||||   ||||         || ||||||||| | | |||| ||| | | |     
T  22459084 cttgcatatccaatcatctttggaacaagggtcaagcagtactgcaacaaacttcaaca---------tggagaaccttcgaaaggctcaattttgtatc 22458994  T
Q  298 gatgaagctgatgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaa 397  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| |  ||| | |||| | | ||||||||| |||||||||  |||| ||  | |||| ||||| | ||||||||||    
T  22458993 gatgaagatgatgttgtaggctttgaagttccaagagacatactaattgattggttgatagaggagagagaagtgcacacaattgtcaccattgttggaa 22458894  T
Q  398 tgggaggactggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctcatgtatggatcacggtgtctcgacc 497  Q
     ||||||||  || ||||| ||| | || ||||| ||||||||| ||   ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||| | |    
T  22458893 agggaggacaaggaaaaacaactcttgcaaagaaggtttttgacgacaacaagatcgttaaacactttgattgtcatgtatggatcagagtgtctcaatc 22458794  T
Q  498 atacaatatagaa 510  Q
    |||||||||||||    
T  22458793 atacaatatagaa 22458781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 98 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 22482162 - 22481762
Alignment:
Q  98 tcaaaactatgattcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacatcaaatcccgaatgagtgaaataaaagatacaaatactgaaaaagatcatgg 197  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||| || ||||||   | || |||||| ||| |    
T  22482162 tcaaaactataattcttcgtcgccaaatagcatacaagattcagaaaatcaaatcccaaattagtgaaatgaatgataca---agtggaaaagaacatag 22482066  T
Q  198 cttccatatccaatcttcttcggataaagcgtcaagtagttctgcaacaaacagaaacacctcattattgcagaaccttcaagacgctccattgtatttg 297  Q
    ||| ||||||||||| |||| |||  ||| |||||| ||| |||||||||||   ||||         || ||||||||| | | |||| ||| | | |     
T  22482065 cttgcatatccaatcatctttggaacaagggtcaagcagtactgcaacaaacttcaaca---------tggagaaccttcgaaaggctcaattttgtatc 22481975  T
Q  298 gatgaagctgatgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaa 397  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| |  ||| | |||| | | ||||||||| |||||||||  |||| ||  | |||| ||||| | ||||||||||    
T  22481974 gatgaagatgatgttgtaggctttgaagttccaagagacatactaattgattggttgatagaggagagagaagtgcacacaattgtcaccattgttggaa 22481875  T
Q  398 tgggaggactggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctcatgtatggatcacggtgtctcgacc 497  Q
     ||||||||  || ||||| ||| | || ||||| ||||||||| ||   ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||| | |    
T  22481874 agggaggacaaggaaaaacaactcttgcaaagaaggtttttgacgacaacaagatcgttaaacactttgattgtcatgtatggatcagagtgtctcaatc 22481775  T
Q  498 atacaatatagaa 510  Q
    |||||||||||||    
T  22481774 atacaatatagaa 22481762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 301 - 493
Target Start/End: Original strand, 21937118 - 21937310
Alignment:
Q  301 gaagctgatgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgg 400  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | | | | ||||  |||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||| ||||| ||| | || |||||||    
T  21937118 gaagctgacgttgtgggctttgacaaacaaagggacattttgattgattggatgataaagggaagggcagagcgcactgttgtttctgtggtaggaatgg 21937217  T
Q  401 gaggactggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaacactttaattctcatgtatggatcacggtgtctc 493  Q
    |||| |  || ||||||||| |||| ||||||| |||||||| |    | ||||||  ||||||| ||| || |||||||||||| |||||||    
T  21937218 gagggcaaggaaaaaccactctagctaagaaagcttttgacagcaaggatgtcgttggacactttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctc 21937310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 146
Target Start/End: Original strand, 22207785 - 22207833
Alignment:
Q  98 tcaaaactatgattcttcgtctccaaatagcttacaagattcaggacat 146  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22207785 tcaaaaccaggattcttcgtctacaaatagcttacaagattcaggacat 22207833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 361 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 22615700 - 22615535
Alignment:
Q  361 ggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggaggactggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgacaacccaaaggtcgttaaac 460  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||| | ||| ||||||||| | |||||||| |||||||| | |    ||||   |  ||    
T  22615700 ggaagagtagagcgcactgttgtctctgtggtgggaatgggagggcagggtaaaaccactcttgccaagaatgtttttgatagcaaggaggtttgtggac 22615601  T
Q  461 actttaattctcatgtatggatcacggtgtctcgaccatacaatatagaaaaattgttgagggaca 526  Q
    ||||| ||| || |||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||   |||||||||||||    
T  22615600 actttgattgtcgtgtatggatcacagtgtctcaatcatacagtatagaagggttgttgagggaca 22615535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 442
Target Start/End: Original strand, 21930424 - 21930527
Alignment:
Q  339 attgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggaggactggggaaaaccactttagccaagaaagttttt 438  Q
    ||||||||||||| || || ||||||| | ||| ||||| || || ||| | || ||||||||||| |  || ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  21930424 attgattgattggatggtacagggaagggaagagcgcactgtggtgtctgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagttttt 21930523  T
Q  439 gaca 442  Q
    ||||    
T  21930524 gaca 21930527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 442
Target Start/End: Original strand, 22034520 - 22034623
Alignment:
Q  339 attgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggaggactggggaaaaccactttagccaagaaagttttt 438  Q
    ||||||||||||| || || ||||||| | ||| ||||| || || ||| | || ||||||||||| |  || ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  22034520 attgattgattggatggtacagggaagggaagagcgcactgtggtgtctgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagttttt 22034619  T
Q  439 gaca 442  Q
    ||||    
T  22034620 gaca 22034623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 339 - 442
Target Start/End: Original strand, 22052736 - 22052839
Alignment:
Q  339 attgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgggaggactggggaaaaccactttagccaagaaagttttt 438  Q
    ||||||||||||| || || ||||||| | ||| ||||| || || ||| | || ||||||||||| |  || ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  22052736 attgattgattggatggtaaagggaagggaagagcgcactgtggtttctctggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagttttt 22052835  T
Q  439 gaca 442  Q
    ||||    
T  22052836 gaca 22052839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 22370944 - 22370901
Alignment:
Q  8 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatatcttccttgag 51  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  22370944 ctttttacatagaagatgtcattgatgaatatatcttccatgag 22370901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 301 - 442
Target Start/End: Original strand, 22027965 - 22028106
Alignment:
Q  301 gaagctgatgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgg 400  Q
    |||||||| |||||||| ||||| | |||| |  | | ||||| ||||||| || || ||||||| | ||| ||||| || || ||| | || |||||||    
T  22027965 gaagctgaggttgtgggatttgaagcgccaagaaaaagattgactgattggttggtacagggaagggaagagcgcactgtggtgtctgtggtaggaatgg 22028064  T
Q  401 gaggactggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgaca 442  Q
    |||| |  || ||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  22028065 gagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgaca 22028106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 301 - 442
Target Start/End: Original strand, 22186953 - 22187094
Alignment:
Q  301 gaagctgatgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagagggaagagcagaacgcacagttgtctctattgttggaatgg 400  Q
    |||||||| |||||||| ||||| | |||| |  | | ||||||||| ||| || || ||||||| | ||| ||||| ||| | ||| | || |||||||    
T  22186953 gaagctgaggttgtgggatttgaagcgccaagaaaaagattgattgagtggatggtaaagggaagggaagagcgcactgttctttctgtggtaggaatgg 22187052  T
Q  401 gaggactggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgaca 442  Q
    |||| |  || ||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  22187053 gagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgaca 22187094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 22657863 - 22657830
Alignment:
Q  8 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatat 41  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22657863 cttttcgcatagaagatgtcattgatgattatat 22657830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 394 - 442
Target Start/End: Original strand, 21945682 - 21945730
Alignment:
Q  394 ggaatgggaggactggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgaca 442  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21945682 ggaatgggagggcaaggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgaca 21945730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 264 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 29611094 - 29610973
Alignment:
Q  264 attgcagaaccttcaagacgctccattgtatttggatgaagctgatgttgtgggctttgacgagccacgcgacaaattgattgattggctgatagaggga 363  Q
    ||||| |||||||| | | |||||||| ||  ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||| | || | ||| |||||||||||| || |||||    
T  29611094 attgctgaaccttcgaaaggctccattttacatggatgaagctgacgttgcaggctttgaagagccaagagaaatattaattgattggctggta-aggga 29610996  T
Q  364 agagcagaacgcacagttgtctc 386  Q
    |||||||| |||||||| |||||    
T  29610995 agagcagagcgcacagtcgtctc 29610973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 41
Target Start/End: Original strand, 34975186 - 34975219
Alignment:
Q  8 cttttcacatagaagatgtcattgatgattatat 41  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34975186 cttttctcatagaagatgtcattgatgattatat 34975219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 394 - 442
Target Start/End: Original strand, 27294606 - 27294654
Alignment:
Q  394 ggaatgggaggactggggaaaaccactttagccaagaaagtttttgaca 442  Q
    |||||||||||||  || ||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  27294606 ggaatgggaggacaaggaaaaaccactctagtcaagaaagtttttgaca 27294654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University