View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4603_high_12 (Length: 334)

Name: NF4603_high_12
Description: NF4603
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4603_high_12
NF4603_high_12
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (45-311)||(4231808-4232074)
chr4 (40-101)||(19964665-19964726)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (46-283)||(7890723-7890960)
chr1 (48-311)||(3301071-3301334)
chr1 (40-311)||(45993165-45993436)
chr1 (40-197)||(45983385-45983542)
chr1 (40-203)||(7888452-7888615)
chr1 (40-310)||(43045789-43046059)
chr1 (46-203)||(51292064-51292221)
chr1 (40-310)||(43084217-43084487)
chr1 (40-310)||(43066348-43066618)
chr1 (86-310)||(43045336-43045560)
chr1 (46-311)||(38137539-38137804)
chr1 (85-196)||(40034418-40034529)
chr1 (131-187)||(43076553-43076609)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (135-315)||(16349476-16349656)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (48-315)||(33861173-33861443)
chr2 (128-283)||(34691196-34691349)
chr2 (128-283)||(34713608-34713761)
chr2 (128-202)||(16232624-16232698)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (46-283)||(1846761-1846998)
chr8 (40-203)||(4620139-4620302)
chr8 (131-206)||(4787274-4787349)
chr8 (135-203)||(4297922-4297990)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (45-184)||(7528768-7528907)
chr6 (45-184)||(7519397-7519536)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 45 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 4232074 - 4231808
Alignment:
Q  45 actggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaagtatg 144  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||  ||||| ||| | ||| ||||||||  | |||||||||| ||||   ||||||| ||||||||| |||||||    
T  4232074 actggtcacttgatctacaagcttggaggtattgacaagcgtgtgattgagaggtttgagaaagaagctgctgagatgaacaagcgttcatttaagtatg 4231975  T
Q  145 cttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgctacactatcat 244  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||  ||| ||||| ||  | ||   || || |||| ||||    
T  4231974 cttgggttcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagaccactaagtactactgcactgtcat 4231875  T
Q  245 tgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgct 311  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||    
T  4231874 tgatgcccctggacacagggatttcattaagaacatgattactggtacatcccaagctgattgtgct 4231808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 40 - 101
Target Start/End: Original strand, 19964665 - 19964726
Alignment:
Q  40 ccactactggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19964665 ccactactggtcacttgatccacaagcttggatatattgacaaccatgtcattgagagtctc 19964726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 46 - 283
Target Start/End: Original strand, 7890723 - 7890960
Alignment:
Q  46 ctggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaagtatgc 145  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||  |||||  ||  ||||||| || ||  | |||||||||| ||||   |||||||||| |||||||||||||||    
T  7890723 ctggtcatttgatctacaagcttggaggtattgaaaaggatgtcatcgatagatttgagaaagaagctgctgagatgaacaggcattcattcaagtatgc 7890822  T
Q  146 ttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgctacactatcatt 245  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||| ||||| ||| | |||  | ||| |||| |||||    
T  7890823 ttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctgtggaagtttgagacaaccaacttccgctgcactctcatt 7890922  T
Q  246 gatgccgctggacatagggatttcattcataacatgat 283  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  7890923 gatgcccctggacacagggatttcattaagaacatgat 7890960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 48 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 3301334 - 3301071
Alignment:
Q  48 ggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaagtatgctt 147  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||| ||| | ||| ||||||||  | |||||||||| ||||   ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3301334 ggtcacttgatctacaagcttggaggtattgacaagcgtgtgattgagaggtttgagaaagaagctgctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgctt 3301235  T
Q  148 gggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgctacactatcattga 247  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| || || ||  ||| ||||| ||  | ||   || || |||| |||||||    
T  3301234 gggtgctcgacaagctcaaggctgaatgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagactactaagtactactgcactgtcattga 3301135  T
Q  248 tgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgct 311  Q
    |||| | ||||| |||||||||||| | |||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||    
T  3301134 tgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgct 3301071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 40 - 311
Target Start/End: Original strand, 45993165 - 45993436
Alignment:
Q  40 ccactactggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaa 139  Q
    ||||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||  |||   |||||| |||||||| |||||||||| ||||   |||| || ||||||||||||    
T  45993165 ccactactggtcatttcatccacaaacttggatgtattcacaagagtgtcatcgagagtcttgagaaagaagctgctgagatgatcaagcgttcattcaa 45993264  T
Q  140 gtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgctacact 239  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  ||| ||||| |||   ||   | ||| ||||    
T  45993265 gtatgcttgggtgcttgacaagctcaagactgagcgtgaaagaggtatcacaattgacagttctttgtcgaagtttgagacaaacaagtacagctgcact 45993364  T
Q  240 atcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgct 311  Q
     ||||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||| | ||||| ||||||||||||    
T  45993365 gtcattgatgcctccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgattgtgct 45993436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 40 - 197
Target Start/End: Original strand, 45983385 - 45983542
Alignment:
Q  40 ccactactggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaa 139  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |||   ||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||| ||||||||||||    
T  45983385 ccactactggtcatttgatccacaaacttggatgtattcacaagagtgtcattgagagtcttgagaaagaagctgctaagatgaacaagcgttcattcaa 45983484  T
Q  140 gtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgac 197  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  45983485 gtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtgttacaattgac 45983542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 40 - 203
Target Start/End: Original strand, 7888452 - 7888615
Alignment:
Q  40 ccactactggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaa 139  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||||||  |||||  ||  ||||||| ||||  || |||||||||| ||||   || ||||| |||| ||||||    
T  7888452 ccactgctggtcatttgatctacaagcttggaggtattgaaaaggatgtcatcgagaaacttgagaaagaagctgctgagataaacagacgtttattcaa 7888551  T
Q  140 gtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttct 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7888552 gtatgcttgggtgcttgacaaactcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttct 7888615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 40 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 43046059 - 43045789
Alignment:
Q  40 ccactactggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaa 139  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||| ||| | ||||||||||||  | |||||||||| ||||   ||||||| ||||||||||||    
T  43046059 ccaccactggtcacttgatctacaagcttggaggtattgacaagcgtgtcattgagaggtttgagaaagaagctgctgagatgaacaagcgttcattcaa 43045960  T
Q  140 gtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgctacact 239  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| || || |   ||| ||||| ||| | ||   || || ||||    
T  43045959 gtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactactgcact 43045860  T
Q  240 atcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgc 310  Q
     |||| |||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||  ||||||| |||||||||||    
T  43045859 gtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgc 43045789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 46 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 51292221 - 51292064
Alignment:
Q  46 ctggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaagtatgc 145  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||  ||||| |||  ||| ||||||||| || |||||||||| | ||   ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  51292221 ctggtcatttgatctacaagcttggaggtattgacaagaatgacattgagagacttgagaaagaagctactgagatgaacatgcgttcattcacgtatgc 51292122  T
Q  146 ttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttct 203  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51292121 ttgggtgcttgacaagttcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttct 51292064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 40 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 43084487 - 43084217
Alignment:
Q  40 ccactactggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaa 139  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||| ||| | |||||| |||||  | |||||||||| ||||   ||||||| ||||||||||||    
T  43084487 ccacaactggtcacttgatctacaagcttggaggtattgacaagcgtgtcatagagaggtttgagaaagaagctgctgagatgaacaagcgttcattcaa 43084388  T
Q  140 gtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgctacact 239  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| || || |   ||| ||||| ||| | ||   || || ||||    
T  43084387 gtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactactgcact 43084288  T
Q  240 atcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgc 310  Q
     |||| |||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||  ||||||| |||||||||||    
T  43084287 gtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgc 43084217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 40 - 310
Target Start/End: Original strand, 43066348 - 43066618
Alignment:
Q  40 ccactactggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaa 139  Q
    |||| ||||||||||| ||| |||| ||||||  ||||| ||| | ||||||||||||  | |||||||||| ||||   ||||||| ||||||||||||    
T  43066348 ccaccactggtcacttaatctacaaacttggaggtattgacaagcgtgtcattgagaggtttgagaaagaagctgctgagatgaacaagcgttcattcaa 43066447  T
Q  140 gtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgctacact 239  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| || || |   ||| ||||| ||| | ||   || || ||||    
T  43066448 gtatgcctgggttcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactactgcact 43066547  T
Q  240 atcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgc 310  Q
     |||| |||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |  ||  ||||||| |||||||||||    
T  43066548 gtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgc 43066618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 86 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 43045560 - 43045336
Alignment:
Q  86 tgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggt 185  Q
    ||||||||||||  | |||||||||| ||||   ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||    
T  43045560 tgtcattgagaggtttgagaaagaagctgctgagatgaacaagcgttcattcaagtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggt 43045461  T
Q  186 atcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgatta 285  Q
    ||||| |||||| || || |   ||| ||||| ||| | ||   || || |||| |||| |||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||| |    
T  43045460 atcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactactgcactgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatca 43045361  T
Q  286 atgggtcatcccacgctgattgtgc 310  Q
      ||  ||||||| |||||||||||    
T  43045360 ccggaacatcccaagctgattgtgc 43045336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 46 - 311
Target Start/End: Original strand, 38137539 - 38137804
Alignment:
Q  46 ctggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaagtatgc 145  Q
    ||||||| |||||| |||| ||||||  |||||  ||  ||||||||||||| || |||||||||| | ||   || |||| ||  || |||||||||||    
T  38137539 ctggtcatttgatctacaaacttggaggtattgaaaaggatgtcattgagagacttgagaaagaagctactgagataaacaagccatcgttcaagtatgc 38137638  T
Q  146 ttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgctacactatcatt 245  Q
    ||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||   || ||||| ||  | ||   || || |||| |||||    
T  38137639 ttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactactgcactctcatt 38137738  T
Q  246 gatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgct 311  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||| | ||||||||||  ||| | ||||| ||||| ||||||    
T  38137739 gatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattaccgggacgtcccaagctgactgtgct 38137804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 85 - 196
Target Start/End: Original strand, 40034418 - 40034529
Alignment:
Q  85 atgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagagg 184  Q
    ||||||||||||   | |||||||||| ||||   ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  40034418 atgtcattgagaaatttgagaaagaagctgctgagatgaacaagcgctcattcaagtatgcttgggtacttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagagg 40034517  T
Q  185 tatcacaattga 196  Q
    | | ||||||||    
T  40034518 tgttacaattga 40034529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 131 - 187
Target Start/End: Original strand, 43076553 - 43076609
Alignment:
Q  131 ttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtat 187  Q
    |||| |||||||||| ||| | |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||    
T  43076553 ttcagtcaagtatgcctggatccttgacaagctcagggctgaacgtgaaagaggtat 43076609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 135 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 16349656 - 16349476
Alignment:
Q  135 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgct 234  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||| ||| | ||   | |||    
T  16349656 ttcaagtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgct 16349557  T
Q  235 acactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttc 315  Q
     |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  16349556 gcactatcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgctcttc 16349476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 81; Significance: 4e-38; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 48 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 33861443 - 33861173
Alignment:
Q  48 ggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaagtatgct- 146  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||  ||  ||| | |||||||||||||||||     
T  33861443 ggtcatttgctccacaagcttggatgtattgacaagcatgtcattgacagtcttgaggaagaagctgctcagatcgacaagtgttcattcaagtatgcta 33861344  T
Q  147 --tgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgctacactatcat 244  Q
      ||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||||| |||    |   | | |||||| ||||    
T  33861343 attgggttcttgacaagctcgaggctgagcgtgaaagaggtatctccattgacgtttctatgcgtaattttgagacaaaccagtaccggtacactgtcat 33861244  T
Q  245 tgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgattaatgggtcatcccacgctgattgtgctcttc 315  Q
    ||||||| ||||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||||    
T  33861243 tgatgcccctggacacagggattatattaagaacatgattaatgggacatcctatgctgattgcgctcttc 33861173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 128 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 34691349 - 34691196
Alignment:
Q  128 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaac 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||| ||| | ||     
T  34691349 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctatgc--aagtttgagacaaccaag 34691252  T
Q  228 cgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgat 283  Q
      ||||| |||| ||||||||||  | ||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  34691251 tactgcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttcattaagaacatgat 34691196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 128 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 34713761 - 34713608
Alignment:
Q  128 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaac 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||| ||| | ||     
T  34713761 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctatgc--aagtttgagacaaccaag 34713664  T
Q  228 cgctgctacactatcattgatgccgctggacatagggatttcattcataacatgat 283  Q
      ||||| |||| ||||||||||  | ||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  34713663 tactgcttcactctcattgatgctcccggacacagggatttcattaagaacatgat 34713608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 128 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 16232698 - 16232624
Alignment:
Q  128 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttc 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16232698 gcgttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttc 16232624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 46 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 1846998 - 1846761
Alignment:
Q  46 ctggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaagtatgc 145  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||  |||||  ||  ||||||| |||||  | |||||||||| ||||   || |||||||||||||||||||||||    
T  1846998 ctggtcatttgatctacaagcttggaggtattgaaaaggatgtcatcgagagatttgagaaagaagctgctgagataaacaggcgttcattcaagtatgc 1846899  T
Q  146 ttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatgcagaattttgaaacaccaaaccgctgctacactatcatt 245  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |   ||| ||||| ||| | |||  |  || |||| |||||    
T  1846898 ttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatggaagtttgagacaaccaacttcctctgcactctcatt 1846799  T
Q  246 gatgccgctggacatagggatttcattcataacatgat 283  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  1846798 gatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgat 1846761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 40 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 4620302 - 4620139
Alignment:
Q  40 ccactactggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaa 139  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||||||  ||||   ||  ||||||||||| |  | ||||||||||  |||   || |||| | ||||||||||    
T  4620302 ccactgctggtcatttgatctacaagcttggaggtattaaaaaggatgtcattgagcgatttgagaaagaagccgctgagataaacatgtgttcattcaa 4620203  T
Q  140 gtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttct 203  Q
     |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  4620202 atatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaatcgacatttct 4620139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 131 - 206
Target Start/End: Original strand, 4787274 - 4787349
Alignment:
Q  131 ttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttctatg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||    
T  4787274 ttcattcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcaagggtgagcgtgaaagaggtgccacaattgacatttctatg 4787349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 135 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 4297990 - 4297922
Alignment:
Q  135 ttcaagtatgcttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacgtttct 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||||||||  |||||||||| |||||    
T  4297990 ttcaagtatgcttgggtacttgacaaactcaaagctgaccatgaaagaggtgccacaattgacatttct 4297922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 52; Significance: 9e-21; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 45 - 184
Target Start/End: Original strand, 7528768 - 7528907
Alignment:
Q  45 actggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaagtatg 144  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||  ||||| ||| | ||| || |||||  | ||||| |||| ||||   ||||||| |||||||||||||||||    
T  7528768 actggtcacttgatctacaagctaggaggtattgacaagcgtgtgatcgagagatttgagaaggaagctgctgagatgaacaagcgttcattcaagtatg 7528867  T
Q  145 cttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagagg 184  Q
    | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7528868 catgggttcttgacaaacttaaggctgagcgtgaaagagg 7528907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 184
Target Start/End: Original strand, 7519397 - 7519536
Alignment:
Q  45 actggtcacttgatccacaagcttggatatattgtcaaccatgtcattgagagtctcgagaaagaagttgctctcatgaacaggcgttcattcaagtatg 144  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||  ||||| ||| | ||| || |||||  ||||||| |||| ||||   ||||||| | | || |||||||| |    
T  7519397 actggtcacttgatctacaagctaggaggtattgacaagcgtgtgatcgagagattcgagaaggaagctgctgagatgaacaagaggtctttcaagtacg 7519496  T
Q  145 cttgggtgcttgacaaactcatggctgagcgtgaaagagg 184  Q
    | ||||| |||||||| || | ||||||||||||||||||    
T  7519497 catgggttcttgacaagcttaaggctgagcgtgaaagagg 7519536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University