View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4604-Insertion-4 (Length: 1002)

Name: NF4604-Insertion-4
Description: NF4604
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4604-Insertion-4
NF4604-Insertion-4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-976)||(9465912-9466881)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 736; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 736; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 976
Target Start/End: Original strand, 9465912 - 9466881
Alignment:
Q  8 aaatcctcctcttgttccatgaagaatccattgaacttatcaatctcattattcaacaaatacataaactcagcctcagattttccatacccaattgaac 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9465912 aaatcctcctcttgttccatgaagaatccattgaacttatcaatctcattattcaacaaatacataaactcagcctcagattttccatacccaattgaac 9466011  T
Q  108 catttagcaatgatgttggtgctgctgatataagtctcaatagtttcttcaattccttatatgacaaaaatttgtctctccattctggcaaagtatcttg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9466012 catttagcaatgatgttggtgctgctgatataagtctcaatagtttcttcaattccttatatgacaaaaatttgtctctccattctggcaaagtatcttg 9466111  T
Q  208 aacctgttgcttgagtctcttgccaaatttcataatgttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncctaaacctaaggaagaaaaaattataannnnnnng 307  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||                         ||||||||||||||||||||||| ||||       |    
T  9466112 aacctgttgcttgagtctcttaccaaatttcataatgttaaaaaacaaaaggaaaaaaaaaaaacctaaacctaaggaagaaaaaatgataatttttttg 9466211  T
Q  308 tattgagaaaatgtggtttggtttgatatttgtgagaaaagggtgtacggggggtttttattggcaaaatgtttagtagaatattaggaagcatatgctt 407  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9466212 tattgaaaaaatgtggtttggtttgatatttgtgagaaaagggtgtacggggggtttttattggcaaaaggtttagtagaatattaggaagcatatgctt 9466311  T
Q  408 agcgtgtgataaagtggcggtttagaaaagagtataaaagggtaattaagatgggagcatgagaattcttgggaagcatattctgttactataatgttat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9466312 agcgtgtgataaagtggcggtttagaaaagagtataaaagggtaattaagatgggagcatgagaattcttgggaagcatattctgttactataatgttat 9466411  T
Q  508 atggtcatacttaggaccatgactttgaaaattaaatttttccactttttcttggtggcagctcaacgtggcttgagtttagtaaccaaacaaggggaac 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9466412 atggtcatacttaggaccatgactttgaaaattaaatttttccactttttcttggtggcagctcaacgtggcttgagtttagtaaccaaacaaggggaac 9466511  T
Q  608 aatggaaagtgaggtatgtgaagtgggtcccattaattactcattgtatttgtaaagagtaaaatagatgtaactagggtttagattatttattcgatga 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  9466512 aatggaaagtgaggtatgtgaagtgggtcccattaattactcattgtatttgtagagagtaaaatagttgtaactaggatttagactatttattggatga 9466611  T
Q  708 tttgagagtgttcttaaggttggtctatatagccttagccttgggttcgtttagcccgttaacttaagcattaagttataagaaagggataagtactgga 807  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  9466612 tttgagagtgttcttaaggttggtgtatatagccttagccttgggctcgtttagcccgttaacttaggcattaagttatcatgaagggataagtactgga 9466711  T
Q  808 tttccaacggcttctagaagg-ttatatggcgactgcccgatagtaaccgcctatatgatgtttaggccctctttaa-ggctctcgtggttattt-aggc 904  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |    
T  9466712 tttccaacggcttctagaaggcttatatggtgactgcccgatagtaaccgcctatatgatgtttaggccctttttaagggctctcgtggttatttaagcc 9466811  T
Q  905 cttatgaaggtgcctttgtccttttatccgggttttcccagtccaacaagcccaacaagcacgagtcatggg 976  Q
    ||||||||||   | |||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  9466812 cttatgaagggcgccttgtcc-tttatccgggttttcccactcc-acaagccccacaagcacgagtcttggg 9466881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University