View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4604-Insertion-9 (Length: 760)

Name: NF4604-Insertion-9
Description: NF4604
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4604-Insertion-9
NF4604-Insertion-9
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (8-760)||(9218244-9218996)
chr1 (8-757)||(9199728-9200477)
chr1 (8-757)||(9170161-9170910)
chr1 (8-760)||(9118365-9119117)
chr1 (8-760)||(9161335-9162087)
chr1 (8-760)||(9155423-9156175)
chr1 (10-742)||(9229131-9229863)
chr1 (26-745)||(1868392-1869111)
chr1 (26-739)||(1842789-1843502)
chr1 (26-739)||(1856803-1857513)
chr1 (18-536)||(1815523-1816041)
chr1 (624-739)||(1816126-1816241)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (288-325)||(41703820-41703857)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (264-325)||(40573369-40573430)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 725; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 725; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 760
Target Start/End: Original strand, 9218244 - 9218996
Alignment:
Q  8 attccaaggatgcttctccattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218244 attccaaggatgcttctccattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgca 9218343  T
Q  108 gcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218344 gcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaa 9218443  T
Q  208 agtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9218444 agtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctatacacatc 9218543  T
Q  308 acttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaacc 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9218544 acttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgtcgctatctcggtttgatcaagtggaacc 9218643  T
Q  408 aatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattggaattgatgcag 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9218644 aatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcag 9218743  T
Q  508 ctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaa 607  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218744 ctgaatgtagatatgataaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaa 9218843  T
Q  608 atcgaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatt 707  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218844 atcaaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatt 9218943  T
Q  708 tgggacagaacaactacctcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtctat 760  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218944 tgggacagaacaactacctcattaatgaattgctcgatctgatttgcgtctat 9218996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 578; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 757
Target Start/End: Original strand, 9199728 - 9200477
Alignment:
Q  8 attccaaggatgcttctccattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9199728 attccaaggatgcttctccattaaccttataccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgca 9199827  T
Q  108 gcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaa 207  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9199828 gcaagaatagcaacctccttaatctctttcttgttttcatcatccaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaa 9199927  T
Q  208 agtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatc 307  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9199928 agtgcatagcaagactaatggtttcttcttgcctgttaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaaccactccaaagctataaacatc 9200027  T
Q  308 acttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaacc 407  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9200028 acttttctcggttagttgatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaacc 9200127  T
Q  408 aatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattggaattgatgcag 507  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  9200128 aatctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctgtggataattggaattgatgcag 9200227  T
Q  508 ctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaa 607  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||    ||||||||||    
T  9200228 ctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgctatccttaaacgtgttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaa 9200327  T
Q  608 atcgaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatt 707  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||| ||||  ||||||||||| |||||||||||||||    
T  9200328 atcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacactaatgaaggaacttctgtctctagacaacagcctaggagtttgacaacattcctatgatttatt 9200427  T
Q  708 tgggacagaacaactacctcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtc 757  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  9200428 tgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttgatttgcgtc 9200477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 562; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 757
Target Start/End: Original strand, 9170161 - 9170910
Alignment:
Q  8 attccaaggatgcttctccattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  9170161 attccaaggatgcttctccattaaccttatgccatccaactccattgccacttccttcatacaaggtctttcatcccctctaagtcttaaacaccttgaa 9170260  T
Q  108 gcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaa 207  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || | || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9170261 gcaagaatagcaacctccttaatctctttcttgttatcatcgttcacaaatccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttttaaacaagacaaaa 9170360  T
Q  208 agtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170361 agtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatc 9170460  T
Q  308 acttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaacc 407  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9170461 acttttttcggttaatttatgtgtttgcatatactcgggatctaagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaacc 9170560  T
Q  408 aatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattggaattgatgcag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9170561 aatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcag 9170660  T
Q  508 ctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaa 607  Q
     |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| |||| ||||||||||    ||||||||||    
T  9170661 atgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttaagcgggttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaa 9170760  T
Q  608 atcgaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatt 707  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||    
T  9170761 atcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacaccaatgaaggaacttctgtctctagacaacaccctaggagtttgacaacattcctatgatttatt 9170860  T
Q  708 tgggacagaacaactacctcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtc 757  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||    
T  9170861 tgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctcaatttgatttgcgtc 9170910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 9119117 - 9118365
Alignment:
Q  8 attccaaggatgcttctccattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgca 107  Q
    |||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| || |||| |||||| |||||||||||     
T  9119117 attccatggatgcatctcctttaaccttataccatccaactccatagctatttccttcatactaggtctttcctctcctcgaagtctcaaacaccttgct 9119018  T
Q  108 gcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaa 207  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9119017 gcaagaatagcaacctccttaatctcttccttgttatcatcattcaaaattccaacttgaatagcttcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaga 9118918  T
Q  208 agtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118917 agtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaatcaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatc 9118818  T
Q  308 acttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaacc 407  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9118817 acttttctcggttaattgatgcgtttgcatgtactctgggtctaagtatccaagtgttccttgtaccactgttgctatctcggtttgatcaagtggaacc 9118718  T
Q  408 aatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattggaattgatgcag 507  Q
    ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  9118717 aatttggaagctccgaaatcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaaatgatgcag 9118618  T
Q  508 ctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaa 607  Q
     |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||| |||  |||||  |||  ||||||||||||    
T  9118617 atgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaa 9118518  T
Q  608 atcgaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatt 707  Q
    |||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9118517 atcgaaaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatt 9118418  T
Q  708 tgggacagaacaactacctcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtctat 760  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9118417 tgggacagaataactacctcattaatgaattgctcgatttgatttgcgtctat 9118365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 760
Target Start/End: Original strand, 9161335 - 9162087
Alignment:
Q  8 attccaaggatgcttctccattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgca 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||     
T  9161335 attccaaggatggttctccattaaccttataccatccaactccattgccacttccttcatgctaggcctttcatcccctcttagtctcaaacaccttgct 9161434  T
Q  108 gcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaa 207  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  9161435 gcaagaatagcaacctccttaatctcctccttgttttcatcatttaaaataccaacttgaatagcttcaaaaattctatcttgttttaaacaagacaaaa 9161534  T
Q  208 agtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatc 307  Q
    |||||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| | || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9161535 agtgcatagcaagactgatattctcttctggcctattaaaagaaagaggtttgtctcccgtaagaagctctgcaagaactacaccaaagctataaacatc 9161634  T
Q  308 acttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaacc 407  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9161635 acttttctctgttagttgatgtgtttgcatatactccggatctaagtaaccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaacc 9161734  T
Q  408 aatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattggaattgatgcag 507  Q
    || || |||||||| || || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  9161735 aacctcgaagctccaaaatcagaaacttttgcattgtaattgtcatctaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataataggtattgatgcag 9161834  T
Q  508 ctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaa 607  Q
     |||||||| ||| || ||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  9161835 atgaatgtaaatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgtgttttccatgttggattgtttgctttatctttagtattatgtatgaa 9161934  T
Q  608 atcgaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatt 707  Q
    |||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||    
T  9161935 atcgaaaagtgtaccattgctaacgaattcatacaccaacgaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatt 9162034  T
Q  708 tgggacagaacaactacctcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtctat 760  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||    
T  9162035 tgggacagaacaactacctcgttaatgaactgctcaatttgatttgcatctat 9162087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 760
Target Start/End: Original strand, 9155423 - 9156175
Alignment:
Q  8 attccaaggatgcttctccattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgca 107  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||     
T  9155423 attccaaggatgtttctccattaaccttataccatccaactccatagctatttccttcatactaggtctttcctcacctcgaagtcgtaaacaccgtgct 9155522  T
Q  108 gcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaa 207  Q
    || ||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  9155523 gccagaatagcaacctctttaatctcctccttgttttcatcatttaagataccaacttgaatagcttcaaaaattctatcttgttttaaacaagacaaaa 9155622  T
Q  208 agtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatc 307  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||  | ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  9155623 agtgcattgcaagactaatactctcttctggcctattaaaagatagaggtttatctcctgtcagaagctccgcaagcactactccaaagctatagacatc 9155722  T
Q  308 acttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaacc 407  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9155723 acttttctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatctaggtatccaagagttccttgaaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaact 9155822  T
Q  408 aatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattggaattgatgcag 507  Q
    || || |||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  9155823 aacctcgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattgtcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcag 9155922  T
Q  508 ctgaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaa 607  Q
     |||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||  | | ||||||||    
T  9155923 atgaatgtagatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctttaaacgggttttccatgttggattgtttgttttatctttagtactatgtatgaa 9156022  T
Q  608 atcgaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatt 707  Q
    ||| |||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| || || |||||||||    
T  9156023 atcaaaaagtgtaccattgctaacgaattcataaaccaaggaaggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctgtgatttatt 9156122  T
Q  708 tgggacagaacaactacctcgttaatgaattgctcgatctgatttgcgtctat 760  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||    
T  9156123 tgggataggacaactacctcattaataaactgctcgatttgatttgcatctat 9156175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 10 - 742
Target Start/End: Original strand, 9229131 - 9229863
Alignment:
Q  10 tccaaggatgcttctccattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagc 109  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||  || || | ||||||||| |||||  |||| ||||||||||| || ||| ||||||| || |||||||||||    
T  9229131 tccaagggtgcttctccattaaccttaacccctctagctccatagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgcagc 9229230  T
Q  110 aagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaag 209  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| | |||||| |||||||| ||||| |||||||||| | | ||| | |  | ||  | | |||||||||| || |||    
T  9229231 aagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatcattcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaag 9229330  T
Q  210 tgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcac 309  Q
    || || ||||| ||  || | |||||||| || |||||||||| ||||||  | || ||||| |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||    
T  9229331 tgaattgcaaggcttctgttttcttctggtctattaaaagaaataggtttctcccccgttaggagctctgccagtactaccccgaagctataaacatcac 9229430  T
Q  310 ttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaa 409  Q
    |||| || |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||  || ||||||   || |||||||||||||||||    
T  9229431 ttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatctaaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcatagtatgatcaagtggaaccaa 9229530  T
Q  410 tcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagct 509  Q
    ||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||| |  ||||||| |    
T  9229531 tcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagat 9229630  T
Q  510 gaatgtagatatgacaaagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaat 609  Q
    |||||||||||||| ||||| || ||| | || ||||||||||||||||| |||||||||  || ||| ||| | || ||  ||| | | || || ||||    
T  9229631 gaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatccttaaacgcgttttccatattgcattattttccttttcaatactagtgtgcatcaaat 9229730  T
Q  610 cgaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttg 709  Q
    ||||||| || || ||||||| ||||||||| || | | ||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  9229731 cgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttg 9229830  T
Q  710 ggacagaacaactacctcgttaatgaattgctc 742  Q
    ||||| |||||| ||||| || |||||||||||    
T  9229831 ggacaaaacaaccacctcatttatgaattgctc 9229863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 26 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 1869111 - 1868392
Alignment:
Q  26 cattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctcc 125  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| |||||| |||| || |||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||| ||  ||||||    
T  1869111 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctcc 1869012  T
Q  126 ttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaa 225  Q
    || |||||||  |||||||| |||||  | |  ||| |||||||| | ||||| |  ||||||| ||| || ||||| |  || ||||| ||||||||      
T  1869011 ttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaatacattatcttttttcaatcaagatagtaaatgcattgcaagacttc 1868912  T
Q  226 tggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattg 325  Q
    |  | ||||| |||||   |||| ||| ||||||  | || || || | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  1868911 ttctttcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgtcagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattg 1868812  T
Q  326 atgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaag 425  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  1868811 acttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaa 1868712  T
Q  426 tcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgaca 525  Q
    || || ||||| || ||||   |   ||| |||||||||||   |||||| ||||||||||| || || || ||||| |||  |||||||||||||||||    
T  1868711 tccgatactttggcggtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtagatatgaca 1868612  T
Q  526 aagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcgaaaagtgttccgtt 625  Q
    ||||  |||||  |||||| |||||| | | ||| |||||||||| |  ||| ||  | ||||   |     | ||||| ||| |  |||| || || ||    
T  1868611 aagcttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccatt 1868512  T
Q  626 gctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacc 725  Q
    | ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||    
T  1868511 ggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaaccacc 1868412  T
Q  726 tcgttaatgaattgctcgat 745  Q
    || ||||||||||| |||||    
T  1868411 tcattaatgaattgatcgat 1868392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 26 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 1843502 - 1842789
Alignment:
Q  26 cattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctcc 125  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| |||||| |||| || |||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||| ||  ||||||    
T  1843502 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctcc 1843403  T
Q  126 ttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaa 225  Q
    || |||||||  |||||||| |||||  | |  ||| |||||||| | ||||| |  ||||||| ||| || ||||| |  || | ||| ||||||||      
T  1843402 ttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaacacattatcttttttcaatcaagatagtaaattcattgcaagacttc 1843303  T
Q  226 tggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattg 325  Q
    |  ||||||| |||||   |||| ||| ||||||  | || ||||| | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  1843302 ttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattg 1843203  T
Q  326 atgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaag 425  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||     
T  1843202 acttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaattggaaccaatcttgaagctccaaaa 1843103  T
Q  426 tcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgaca 525  Q
    || || ||||| || ||||   |   ||| |||||||||||   |||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||  |||||||||||||||||    
T  1843102 tctgatactttggctgtgttggttctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggattattggtattgaggcatatgaatgtagatatgaca 1843003  T
Q  526 aagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcgaaaagtgttccgtt 625  Q
    |||   |||||  |||||| |||||| | | ||| |||||||||| |  ||| ||  | ||||   |     | ||||| ||| |  |||| || || ||    
T  1843002 aagtttcagctacctctgcggctatcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccatt 1842903  T
Q  626 gctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacc 725  Q
    | ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| || ||||    
T  1842902 ggtaacaaattcataaaccaacaaaggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaataattacc 1842803  T
Q  726 tcgttaatgaattg 739  Q
    || |||||||||||    
T  1842802 tcattaatgaattg 1842789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 26 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 1857513 - 1856803
Alignment:
Q  26 cattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctcc 125  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| |||||| |||| || |||||||| || ||||||||||| |||||| | || ||||||| ||  ||||||    
T  1857513 cattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctcc 1857414  T
Q  126 ttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaa 225  Q
    || |||||||  |||||||| |||||  | |  ||| |||||||| | ||||| |  ||||| | ||| || ||||| | ||| ||||||||||||||      
T  1857413 ttgatctcttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttc 1857314  T
Q  226 tggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattg 325  Q
    |  | ||||| |||||   |||| ||| ||||||  | || || || | |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  1857313 ttctttcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgtcagcaactccacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattg 1857214  T
Q  326 atgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaag 425  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  1857213 acttgtttgcatatactctggatctaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaa 1857114  T
Q  426 tcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgaca 525  Q
    || || ||||| || ||||   |  |||| |||||||||||   |||||| ||||||||||| || || ||  |||| |||  |||||||||||||||||    
T  1857113 tccgacactttggcggtgttggttccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgaca 1857014  T
Q  526 aagcaccagctgtctctgctgctatccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcgaaaagtgttccgtt 625  Q
     |||  |||||  |||||| |||||| | | ||| || ||||| | |||||  || |  ||| ||||     | || || || ||  |||| || || ||    
T  1857013 gagcctcagctacctctgcggctatcttaagacgagtcttccaagttggatcattcgtcttaccttt---tgtgtgaataaattcagaaagagtaccatt 1856917  T
Q  626 gctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacc 725  Q
    ||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||| || | |||| | |||    
T  1856916 gctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacatttctgtgatttatttgagagacaacatccacc 1856817  T
Q  726 tcgttaatgaattg 739  Q
    || |||||||||||    
T  1856816 tcattaatgaattg 1856803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 536
Target Start/End: Original strand, 1815523 - 1816041
Alignment:
Q  18 tgcttctccattaaccttatgccatccaactccatagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatag 117  Q
    ||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||| |||| || |||||||| || ||| ||||||| |||||  | || ||||||| ||    
T  1815523 tgcttatccattaacctcattccctccaattccatagccacttccttcatgcttggtctttcctcccctataagtctcaaacagttcgccgcaagaacag 1815622  T
Q  118 aaacctccttaatctctttcttgttttcatcattgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagc 217  Q
      |||||| | ||| |||  |||||||| |||||  | |  ||| |||||||| | ||||| |  ||||| | ||| || ||||| ||||||||| ||||    
T  1815623 ccacctccatgatcacttgtttgttttcttcattccacaaaccatcttgaataacttcaaacacattatcctttttcaagcaagataaaaagtgcgtagc 1815722  T
Q  218 aagactaatggtctcttctggcctgttaaaagaaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcg 317  Q
    ||||||  |  ||||||| |||||   |||| ||| ||||||  | || ||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||     
T  1815723 aagacttcttctctcttccggcctaccaaaacaaaaaggtttctcccccgttagcagctccacaagaactactccaaagctatatacatcacttttctca 1815822  T
Q  318 gttaattgatgtgtttgcatatactctggatctaagtatccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaag 417  Q
    ||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||||| ||| ||||| |    
T  1815823 gttaattggcttgtttgcatatactctggatccaagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatg 1815922  T
Q  418 ctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattgtcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatgaataattggaattgatgcagctgaatgtag 517  Q
    |||| || || || ||||| || ||||   |  |||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||    
T  1815923 ctccaaaatctgacactttagcggtgttggttccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcag 1816022  T
Q  518 atatgacaaagcaccagct 536  Q
    |||||||| ||| ||||||    
T  1816023 atatgacagagctccagct 1816041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 624 - 739
Target Start/End: Original strand, 1816126 - 1816241
Alignment:
Q  624 ttgctaacaaattcatacaccaatgaaggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaacta 723  Q
    ||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||| || | |||| | |    
T  1816126 ttgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccccaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgagagacaacatcca 1816225  T
Q  724 cctcgttaatgaattg 739  Q
    ||||||||||||||||    
T  1816226 cctcgttaatgaattg 1816241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 288 - 325
Target Start/End: Original strand, 41703820 - 41703857
Alignment:
Q  288 actccaaagctataaacatcacttttttcggttaattg 325  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41703820 actccatagctataaacatcacttttatcggttaattg 41703857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 264 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 40573430 - 40573369
Alignment:
Q  264 cctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaattg 325  Q
    ||||| || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||    
T  40573430 cctgtcagtagctctgctaggactactccaaatctataaacatcactcttctctgttaattg 40573369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University